# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.499 0.203 0.012 0.232 0.016 0.008 0.002 0.015 0.002 0.001 2 K 0.019 0.345 0.426 0.006 0.027 0.134 0.005 0.001 0.034 0.001 0.002 3 L 0.139 0.219 0.465 0.037 0.014 0.094 0.006 0.001 0.021 0.001 0.004 4 S 0.459 0.178 0.100 0.154 0.044 0.024 0.010 0.007 0.019 0.005 0.001 5 R 0.230 0.172 0.117 0.321 0.036 0.037 0.056 0.002 0.027 0.001 0.002 6 L 0.092 0.369 0.329 0.058 0.025 0.034 0.060 0.002 0.028 0.001 0.002 7 V 0.011 0.327 0.399 0.003 0.047 0.017 0.003 0.001 0.184 0.008 0.001 8 P 0.019 0.003 0.871 0.010 0.001 0.019 0.004 0.001 0.002 0.002 0.069 9 G 0.001 0.002 0.007 0.003 0.012 0.003 0.046 0.894 0.001 0.032 0.001 10 V 0.005 0.487 0.451 0.004 0.024 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 P 0.047 0.132 0.684 0.032 0.017 0.039 0.005 0.001 0.007 0.002 0.035 12 A 0.001 0.553 0.094 0.009 0.319 0.007 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 13 R 0.001 0.788 0.126 0.001 0.047 0.027 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 14 I 0.001 0.437 0.427 0.002 0.005 0.120 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 15 K 0.027 0.761 0.100 0.021 0.048 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 16 R 0.007 0.592 0.127 0.006 0.212 0.025 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 17 L 0.013 0.797 0.108 0.006 0.031 0.031 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 18 E 0.061 0.353 0.378 0.042 0.073 0.051 0.010 0.002 0.025 0.003 0.002 19 V 0.111 0.356 0.235 0.057 0.138 0.032 0.007 0.002 0.052 0.009 0.001 20 S 0.185 0.107 0.407 0.125 0.031 0.061 0.048 0.002 0.023 0.007 0.005 21 G 0.536 0.007 0.054 0.041 0.049 0.004 0.020 0.147 0.002 0.139 0.001 22 E 0.894 0.021 0.048 0.023 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 23 L 0.962 0.007 0.007 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.993 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.987 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.970 0.004 0.005 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.856 0.006 0.012 0.084 0.014 0.004 0.009 0.008 0.002 0.004 0.001 30 M 0.251 0.024 0.034 0.663 0.003 0.002 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 31 G 0.104 0.017 0.052 0.034 0.088 0.011 0.213 0.382 0.009 0.086 0.003 32 F 0.102 0.283 0.380 0.131 0.020 0.035 0.029 0.002 0.013 0.001 0.003 33 V 0.006 0.432 0.295 0.002 0.036 0.019 0.002 0.001 0.205 0.002 0.001 34 P 0.022 0.004 0.854 0.011 0.002 0.022 0.004 0.001 0.003 0.003 0.075 35 G 0.003 0.003 0.015 0.004 0.019 0.004 0.054 0.839 0.001 0.058 0.001 36 E 0.025 0.407 0.459 0.024 0.056 0.014 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 37 E 0.018 0.532 0.335 0.025 0.029 0.042 0.006 0.001 0.012 0.001 0.002 38 I 0.003 0.789 0.115 0.005 0.056 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.006 0.694 0.161 0.002 0.083 0.042 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 I 0.005 0.489 0.329 0.003 0.013 0.147 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 41 V 0.061 0.734 0.105 0.018 0.023 0.036 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 42 Q 0.074 0.493 0.187 0.019 0.149 0.026 0.012 0.001 0.033 0.004 0.002 43 V 0.078 0.564 0.186 0.047 0.033 0.043 0.016 0.001 0.029 0.001 0.002 44 A 0.019 0.287 0.411 0.004 0.155 0.013 0.003 0.001 0.097 0.009 0.001 45 P 0.191 0.012 0.661 0.018 0.004 0.044 0.002 0.001 0.007 0.007 0.053 46 L 0.088 0.130 0.243 0.361 0.025 0.024 0.097 0.006 0.021 0.002 0.004 47 G 0.011 0.005 0.030 0.020 0.059 0.005 0.032 0.529 0.003 0.304 0.001 48 D 0.009 0.151 0.542 0.010 0.053 0.016 0.008 0.001 0.203 0.007 0.001 49 P 0.290 0.005 0.600 0.014 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 50 I 0.175 0.530 0.127 0.066 0.067 0.007 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 51 V 0.018 0.744 0.163 0.006 0.024 0.018 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 52 C 0.010 0.742 0.148 0.003 0.069 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.009 0.481 0.304 0.003 0.015 0.146 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 54 I 0.049 0.442 0.315 0.030 0.009 0.081 0.012 0.001 0.059 0.001 0.002 55 G 0.043 0.023 0.062 0.061 0.139 0.010 0.101 0.214 0.007 0.337 0.003 56 N 0.025 0.060 0.081 0.094 0.111 0.017 0.330 0.238 0.011 0.033 0.001 57 R 0.036 0.447 0.296 0.043 0.142 0.015 0.007 0.002 0.008 0.002 0.001 58 N 0.044 0.423 0.387 0.026 0.038 0.060 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 59 I 0.027 0.785 0.105 0.010 0.038 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 60 T 0.028 0.668 0.146 0.006 0.114 0.024 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 61 L 0.050 0.653 0.161 0.027 0.029 0.051 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 62 R 0.219 0.318 0.221 0.027 0.069 0.072 0.019 0.002 0.045 0.005 0.001 63 K 0.671 0.090 0.118 0.069 0.014 0.009 0.017 0.002 0.006 0.002 0.001 64 R 0.706 0.080 0.111 0.048 0.013 0.015 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 65 E 0.453 0.058 0.043 0.411 0.008 0.008 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 66 A 0.302 0.241 0.294 0.066 0.039 0.020 0.016 0.004 0.015 0.002 0.001 67 D 0.541 0.106 0.090 0.206 0.017 0.014 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 68 L 0.024 0.546 0.140 0.120 0.104 0.014 0.033 0.001 0.018 0.001 0.001 69 I 0.010 0.725 0.185 0.003 0.037 0.028 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 70 E 0.005 0.484 0.412 0.007 0.016 0.063 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 71 V 0.010 0.698 0.143 0.005 0.014 0.116 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 72 E 0.020 0.687 0.152 0.004 0.072 0.047 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 V 0.044 0.312 0.453 0.009 0.029 0.113 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 74 V 0.136 0.405 0.240 0.071 0.029 0.046 0.010 0.001 0.057 0.001 0.003 75 G 0.084 0.052 0.151 0.081 0.133 0.017 0.150 0.118 0.020 0.191 0.005 76 G 0.107 0.041 0.132 0.055 0.161 0.012 0.071 0.245 0.009 0.164 0.004 77 E 0.153 0.203 0.275 0.271 0.026 0.035 0.016 0.003 0.011 0.001 0.004 78 L 0.028 0.425 0.341 0.008 0.059 0.013 0.004 0.001 0.120 0.002 0.001 79 P 0.219 0.013 0.681 0.014 0.006 0.025 0.002 0.001 0.002 0.003 0.034 80 L 0.183 0.345 0.247 0.100 0.068 0.022 0.010 0.004 0.020 0.001 0.001 81 I 0.087 0.532 0.266 0.021 0.042 0.021 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 82 L 0.089 0.357 0.356 0.052 0.020 0.089 0.006 0.001 0.027 0.001 0.002 83 A 0.160 0.342 0.245 0.061 0.118 0.026 0.010 0.003 0.025 0.008 0.002 84 D 0.274 0.187 0.237 0.112 0.043 0.059 0.022 0.007 0.043 0.012 0.005 85 D 0.081 0.059 0.098 0.547 0.026 0.015 0.148 0.007 0.015 0.003 0.002 86 G 0.017 0.005 0.017 0.007 0.057 0.002 0.084 0.636 0.002 0.171 0.001 87 T 0.103 0.290 0.314 0.210 0.020 0.030 0.021 0.001 0.009 0.001 0.001 88 Y 0.055 0.434 0.339 0.060 0.060 0.028 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 89 E 0.128 0.460 0.230 0.050 0.043 0.052 0.015 0.001 0.018 0.001 0.001 90 I 0.044 0.614 0.215 0.017 0.052 0.036 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 91 T 0.131 0.479 0.246 0.036 0.033 0.049 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 92 K 0.140 0.370 0.251 0.044 0.069 0.065 0.011 0.002 0.044 0.002 0.002 93 L 0.288 0.307 0.206 0.091 0.034 0.025 0.012 0.001 0.030 0.003 0.003 94 N 0.142 0.086 0.180 0.227 0.050 0.022 0.200 0.029 0.029 0.030 0.005 95 G 0.022 0.008 0.037 0.033 0.083 0.004 0.128 0.402 0.004 0.277 0.001 96 G 0.088 0.038 0.180 0.065 0.125 0.014 0.050 0.223 0.006 0.207 0.004 97 R 0.308 0.166 0.335 0.091 0.038 0.026 0.014 0.006 0.009 0.005 0.003 98 R 0.494 0.188 0.173 0.066 0.029 0.029 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 99 F 0.574 0.173 0.120 0.059 0.035 0.023 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 100 L 0.827 0.066 0.067 0.018 0.004 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 101 F 0.909 0.037 0.020 0.021 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 102 R 0.902 0.024 0.025 0.033 0.005 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 103 M 0.775 0.028 0.043 0.129 0.005 0.008 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 104 K 0.835 0.027 0.040 0.064 0.006 0.003 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 105 N 0.442 0.039 0.063 0.326 0.026 0.026 0.048 0.019 0.008 0.003 0.001 106 L 0.249 0.231 0.212 0.213 0.022 0.011 0.033 0.001 0.026 0.001 0.001 107 G 0.162 0.102 0.307 0.044 0.079 0.093 0.083 0.065 0.019 0.041 0.006 108 I 0.101 0.424 0.364 0.037 0.026 0.022 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 109 E 0.150 0.289 0.386 0.039 0.019 0.041 0.008 0.001 0.054 0.004 0.008 110 S 0.096 0.121 0.229 0.299 0.036 0.010 0.172 0.007 0.020 0.004 0.005 111 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.001 0.065 0.849 0.001 0.061 0.001 112 K 0.005 0.465 0.433 0.016 0.061 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 113 K 0.003 0.610 0.315 0.012 0.020 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 114 I 0.001 0.838 0.075 0.003 0.063 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 Q 0.002 0.751 0.155 0.002 0.047 0.029 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 V 0.007 0.735 0.144 0.005 0.014 0.072 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 117 S 0.023 0.576 0.212 0.041 0.074 0.027 0.013 0.001 0.029 0.002 0.001 118 G 0.018 0.044 0.112 0.017 0.242 0.034 0.071 0.138 0.011 0.311 0.003 119 R 0.039 0.308 0.407 0.035 0.064 0.052 0.018 0.002 0.069 0.005 0.002 120 R 0.425 0.083 0.347 0.070 0.023 0.016 0.007 0.002 0.008 0.009 0.010 121 Y 0.265 0.162 0.157 0.242 0.069 0.039 0.030 0.011 0.018 0.004 0.001 122 Y 0.134 0.375 0.268 0.088 0.056 0.030 0.020 0.002 0.022 0.001 0.001 123 I 0.168 0.367 0.254 0.048 0.079 0.029 0.014 0.003 0.030 0.005 0.002 124 E 0.140 0.283 0.366 0.067 0.050 0.036 0.023 0.003 0.025 0.004 0.003 125 G 0.179 0.103 0.194 0.095 0.178 0.049 0.052 0.085 0.019 0.043 0.003 126 R 0.271 0.330 0.234 0.042 0.067 0.017 0.013 0.003 0.021 0.002 0.001 127 E 0.385 0.292 0.177 0.044 0.013 0.060 0.015 0.001 0.011 0.001 0.002 128 I 0.196 0.527 0.118 0.040 0.089 0.010 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 129 D 0.102 0.122 0.436 0.022 0.023 0.222 0.015 0.003 0.045 0.006 0.006 130 L 0.585 0.082 0.138 0.136 0.013 0.017 0.012 0.001 0.012 0.001 0.002 131 G 0.479 0.053 0.094 0.078 0.054 0.015 0.047 0.082 0.013 0.083 0.002 132 Y 0.158 0.124 0.159 0.405 0.055 0.013 0.052 0.007 0.022 0.004 0.002 133 G 0.052 0.023 0.108 0.027 0.140 0.015 0.067 0.267 0.012 0.287 0.003 134 E 0.421 0.128 0.242 0.127 0.029 0.013 0.016 0.004 0.012 0.004 0.004 135 A 0.321 0.160 0.248 0.135 0.071 0.020 0.019 0.009 0.010 0.004 0.003 136 T 0.156 0.317 0.118 0.259 0.106 0.008 0.018 0.001 0.015 0.001 0.001 137 K 0.008 0.722 0.107 0.013 0.098 0.007 0.021 0.001 0.023 0.001 0.001 138 I 0.003 0.719 0.221 0.002 0.017 0.029 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 139 W 0.023 0.394 0.415 0.020 0.012 0.116 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 140 V 0.046 0.578 0.208 0.023 0.021 0.090 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 141 R 0.131 0.359 0.258 0.065 0.104 0.039 0.019 0.003 0.015 0.006 0.001 142 R 0.075 0.193 0.191 0.069 0.163 0.087 0.133 0.045 0.026 0.016 0.002 143 V 0.066 0.537 0.250 0.033 0.033 0.052 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 144 S 0.120 0.268 0.377 0.075 0.058 0.055 0.010 0.002 0.027 0.007 0.002 145 D 0.389 0.204 0.225 0.060 0.047 0.028 0.006 0.002 0.031 0.005 0.002 146 A 0.464 0.134 0.184 0.126 0.016 0.032 0.021 0.001 0.018 0.001 0.003 147 G 0.502 0.062 0.152 0.066 0.061 0.015 0.062 0.042 0.014 0.022 0.002 148 E 0.601 0.118 0.189 0.046 0.013 0.010 0.006 0.002 0.011 0.002 0.001 149 E 0.320 0.123 0.137 0.364 0.017 0.013 0.013 0.001 0.008 0.001 0.002 150 S 0.173 0.109 0.136 0.232 0.093 0.047 0.098 0.071 0.023 0.015 0.002 151 H 0.046 0.312 0.424 0.017 0.065 0.019 0.010 0.001 0.102 0.004 0.001 152 P 0.254 0.026 0.630 0.025 0.005 0.027 0.003 0.001 0.004 0.004 0.022 153 Q 0.331 0.172 0.202 0.174 0.041 0.027 0.022 0.011 0.016 0.003 0.002 154 K 0.188 0.280 0.257 0.106 0.070 0.026 0.033 0.009 0.026 0.005 0.001