# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.388 0.055 0.010 0.346 0.013 0.018 0.024 0.013 0.021 0.028 2 K 0.151 0.304 0.066 0.002 0.406 0.003 0.004 0.017 0.007 0.006 0.035 3 L 0.104 0.045 0.007 0.004 0.087 0.007 0.008 0.188 0.449 0.070 0.031 4 S 0.027 0.091 0.029 0.015 0.079 0.036 0.084 0.294 0.295 0.037 0.013 5 R 0.082 0.031 0.010 0.003 0.119 0.008 0.054 0.125 0.103 0.425 0.039 6 L 0.108 0.259 0.117 0.024 0.257 0.010 0.034 0.038 0.033 0.082 0.038 7 V 0.012 0.193 0.510 0.196 0.039 0.015 0.006 0.010 0.009 0.004 0.005 8 P 0.013 0.109 0.060 0.039 0.031 0.045 0.491 0.129 0.069 0.010 0.005 9 G 0.030 0.009 0.025 0.039 0.011 0.014 0.010 0.012 0.025 0.681 0.143 10 V 0.028 0.495 0.184 0.034 0.137 0.020 0.047 0.014 0.012 0.015 0.013 11 P 0.320 0.078 0.015 0.003 0.441 0.005 0.009 0.009 0.009 0.037 0.074 12 A 0.143 0.187 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 R 0.177 0.076 0.010 0.001 0.715 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 14 I 0.576 0.022 0.002 0.001 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 15 K 0.162 0.158 0.019 0.007 0.566 0.025 0.022 0.006 0.004 0.004 0.026 16 R 0.280 0.100 0.030 0.001 0.491 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.085 17 L 0.220 0.226 0.014 0.004 0.443 0.005 0.009 0.013 0.009 0.013 0.043 18 E 0.197 0.162 0.138 0.017 0.260 0.022 0.034 0.037 0.019 0.021 0.092 19 V 0.073 0.197 0.104 0.068 0.078 0.077 0.056 0.140 0.055 0.097 0.055 20 S 0.009 0.187 0.133 0.231 0.024 0.083 0.088 0.150 0.040 0.043 0.013 21 G 0.009 0.037 0.060 0.069 0.011 0.030 0.014 0.355 0.117 0.246 0.051 22 E 0.012 0.106 0.023 0.002 0.037 0.004 0.013 0.668 0.101 0.024 0.009 23 L 0.012 0.019 0.005 0.001 0.012 0.002 0.004 0.840 0.082 0.019 0.005 24 H 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.898 0.070 0.007 0.002 25 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.927 0.049 0.003 0.001 26 K 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.927 0.033 0.009 0.001 27 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.847 0.105 0.018 0.002 28 V 0.005 0.009 0.005 0.003 0.007 0.006 0.029 0.733 0.183 0.017 0.004 29 G 0.011 0.013 0.006 0.006 0.013 0.016 0.102 0.537 0.143 0.141 0.012 30 M 0.015 0.638 0.096 0.010 0.097 0.007 0.032 0.046 0.032 0.021 0.007 31 G 0.100 0.056 0.045 0.039 0.089 0.013 0.024 0.043 0.047 0.375 0.168 32 F 0.138 0.201 0.170 0.046 0.164 0.013 0.042 0.053 0.054 0.069 0.050 33 V 0.012 0.181 0.516 0.196 0.038 0.016 0.007 0.012 0.011 0.006 0.006 34 P 0.002 0.043 0.033 0.036 0.007 0.055 0.707 0.075 0.036 0.004 0.002 35 G 0.027 0.008 0.020 0.020 0.010 0.010 0.009 0.012 0.018 0.700 0.166 36 E 0.040 0.583 0.024 0.004 0.295 0.007 0.011 0.009 0.006 0.010 0.011 37 E 0.257 0.051 0.005 0.001 0.653 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.023 38 I 0.301 0.072 0.002 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 E 0.136 0.110 0.017 0.001 0.707 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 40 I 0.592 0.036 0.003 0.001 0.320 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.037 41 V 0.206 0.140 0.018 0.013 0.476 0.032 0.027 0.016 0.014 0.014 0.044 42 Q 0.185 0.175 0.057 0.004 0.474 0.006 0.011 0.012 0.009 0.009 0.058 43 V 0.214 0.172 0.031 0.015 0.252 0.015 0.031 0.039 0.040 0.100 0.091 44 A 0.046 0.345 0.335 0.029 0.154 0.009 0.015 0.013 0.016 0.011 0.026 45 P 0.091 0.279 0.232 0.067 0.125 0.023 0.025 0.046 0.057 0.027 0.027 46 L 0.018 0.200 0.115 0.050 0.056 0.059 0.366 0.058 0.052 0.017 0.009 47 G 0.041 0.021 0.038 0.118 0.021 0.054 0.045 0.016 0.034 0.469 0.145 48 D 0.070 0.426 0.108 0.026 0.269 0.013 0.018 0.008 0.009 0.028 0.025 49 P 0.319 0.074 0.006 0.002 0.526 0.007 0.005 0.006 0.009 0.017 0.030 50 I 0.177 0.136 0.008 0.003 0.631 0.009 0.011 0.004 0.003 0.003 0.015 51 V 0.263 0.046 0.005 0.001 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 52 C 0.202 0.109 0.004 0.001 0.663 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 53 K 0.434 0.055 0.017 0.001 0.400 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.080 54 I 0.178 0.086 0.036 0.101 0.155 0.145 0.041 0.037 0.034 0.092 0.096 55 G 0.005 0.031 0.068 0.522 0.011 0.168 0.132 0.025 0.015 0.018 0.006 56 N 0.048 0.018 0.024 0.078 0.022 0.033 0.015 0.038 0.046 0.564 0.112 57 R 0.049 0.447 0.036 0.012 0.274 0.022 0.022 0.052 0.037 0.031 0.018 58 N 0.283 0.082 0.016 0.006 0.476 0.008 0.010 0.044 0.018 0.018 0.041 59 I 0.291 0.109 0.014 0.007 0.433 0.007 0.017 0.054 0.016 0.016 0.035 60 T 0.195 0.168 0.044 0.006 0.415 0.010 0.017 0.065 0.013 0.011 0.058 61 L 0.185 0.172 0.055 0.013 0.204 0.015 0.026 0.149 0.038 0.059 0.084 62 R 0.063 0.292 0.081 0.030 0.133 0.023 0.030 0.166 0.069 0.071 0.043 63 K 0.046 0.069 0.024 0.010 0.086 0.015 0.031 0.449 0.207 0.044 0.019 64 R 0.010 0.055 0.026 0.011 0.019 0.015 0.060 0.576 0.186 0.036 0.006 65 E 0.051 0.015 0.007 0.004 0.037 0.008 0.042 0.355 0.209 0.235 0.036 66 A 0.166 0.154 0.016 0.008 0.277 0.014 0.015 0.211 0.097 0.020 0.022 67 D 0.028 0.043 0.024 0.037 0.073 0.127 0.353 0.207 0.064 0.033 0.012 68 L 0.580 0.017 0.004 0.004 0.192 0.003 0.019 0.025 0.009 0.085 0.061 69 I 0.080 0.181 0.001 0.001 0.728 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 70 E 0.295 0.045 0.013 0.001 0.607 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 71 V 0.356 0.106 0.007 0.001 0.470 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.049 72 E 0.129 0.223 0.043 0.003 0.527 0.007 0.015 0.011 0.005 0.004 0.033 73 V 0.420 0.128 0.035 0.003 0.284 0.004 0.011 0.013 0.008 0.013 0.082 74 V 0.072 0.105 0.075 0.142 0.093 0.167 0.087 0.059 0.040 0.090 0.069 75 G 0.014 0.101 0.083 0.417 0.030 0.146 0.074 0.038 0.036 0.047 0.013 76 G 0.038 0.079 0.090 0.161 0.051 0.049 0.040 0.069 0.070 0.295 0.058 77 E 0.107 0.235 0.120 0.035 0.180 0.021 0.040 0.050 0.052 0.105 0.057 78 L 0.081 0.387 0.176 0.025 0.201 0.016 0.015 0.029 0.022 0.016 0.033 79 P 0.146 0.222 0.068 0.019 0.245 0.024 0.044 0.095 0.069 0.032 0.035 80 L 0.167 0.154 0.028 0.006 0.297 0.013 0.035 0.119 0.094 0.053 0.035 81 I 0.135 0.221 0.060 0.005 0.394 0.007 0.022 0.056 0.028 0.029 0.044 82 L 0.194 0.177 0.057 0.009 0.318 0.009 0.020 0.062 0.028 0.056 0.068 83 A 0.084 0.228 0.186 0.052 0.135 0.036 0.051 0.100 0.047 0.042 0.039 84 D 0.029 0.107 0.134 0.164 0.051 0.100 0.103 0.177 0.070 0.046 0.019 85 D 0.021 0.193 0.162 0.163 0.041 0.068 0.136 0.095 0.050 0.052 0.020 86 G 0.024 0.035 0.062 0.083 0.020 0.031 0.020 0.033 0.036 0.507 0.148 87 T 0.179 0.212 0.050 0.009 0.324 0.011 0.020 0.035 0.027 0.070 0.063 88 Y 0.174 0.250 0.025 0.006 0.451 0.013 0.010 0.019 0.011 0.014 0.028 89 E 0.262 0.147 0.041 0.009 0.427 0.013 0.015 0.023 0.012 0.013 0.037 90 I 0.279 0.121 0.030 0.007 0.406 0.010 0.012 0.039 0.022 0.024 0.050 91 T 0.135 0.214 0.057 0.010 0.414 0.012 0.019 0.054 0.024 0.019 0.042 92 K 0.259 0.126 0.057 0.009 0.295 0.009 0.022 0.063 0.030 0.041 0.089 93 L 0.121 0.124 0.077 0.047 0.151 0.061 0.066 0.142 0.060 0.080 0.071 94 N 0.023 0.140 0.110 0.188 0.042 0.134 0.115 0.104 0.051 0.068 0.024 95 G 0.019 0.063 0.083 0.237 0.020 0.064 0.050 0.095 0.055 0.258 0.057 96 G 0.031 0.152 0.201 0.105 0.049 0.027 0.017 0.112 0.068 0.188 0.051 97 R 0.060 0.149 0.053 0.011 0.121 0.017 0.027 0.364 0.121 0.045 0.032 98 R 0.064 0.099 0.033 0.008 0.099 0.014 0.025 0.482 0.104 0.047 0.028 99 F 0.044 0.080 0.024 0.006 0.074 0.008 0.013 0.625 0.080 0.031 0.016 100 L 0.028 0.026 0.010 0.003 0.042 0.004 0.007 0.790 0.069 0.013 0.008 101 F 0.009 0.013 0.004 0.002 0.013 0.002 0.012 0.889 0.046 0.006 0.002 102 R 0.015 0.008 0.002 0.002 0.012 0.001 0.020 0.875 0.048 0.014 0.003 103 M 0.013 0.010 0.004 0.002 0.017 0.004 0.012 0.786 0.128 0.019 0.005 104 K 0.004 0.007 0.004 0.004 0.006 0.009 0.036 0.797 0.110 0.019 0.003 105 N 0.023 0.025 0.011 0.005 0.026 0.009 0.068 0.645 0.099 0.077 0.011 106 L 0.050 0.281 0.059 0.015 0.122 0.009 0.049 0.305 0.047 0.045 0.019 107 G 0.081 0.131 0.069 0.029 0.160 0.015 0.023 0.321 0.054 0.057 0.061 108 I 0.089 0.086 0.083 0.010 0.106 0.010 0.037 0.424 0.102 0.023 0.029 109 E 0.043 0.023 0.027 0.042 0.037 0.075 0.100 0.490 0.099 0.043 0.022 110 S 0.004 0.529 0.193 0.061 0.019 0.035 0.123 0.019 0.009 0.005 0.003 111 G 0.024 0.002 0.004 0.015 0.005 0.005 0.002 0.002 0.003 0.506 0.432 112 K 0.024 0.686 0.019 0.004 0.235 0.009 0.008 0.004 0.003 0.004 0.005 113 K 0.397 0.032 0.003 0.001 0.525 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 0.028 114 I 0.216 0.115 0.003 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 115 Q 0.169 0.077 0.020 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 116 V 0.466 0.063 0.011 0.004 0.308 0.006 0.005 0.004 0.004 0.013 0.116 117 S 0.040 0.077 0.069 0.210 0.084 0.213 0.125 0.023 0.023 0.091 0.046 118 G 0.032 0.044 0.084 0.438 0.031 0.060 0.024 0.016 0.025 0.198 0.049 119 R 0.089 0.242 0.153 0.074 0.216 0.024 0.016 0.039 0.046 0.062 0.039 120 R 0.057 0.083 0.032 0.024 0.104 0.050 0.073 0.172 0.282 0.092 0.032 121 Y 0.116 0.093 0.057 0.034 0.133 0.033 0.061 0.112 0.104 0.176 0.081 122 Y 0.149 0.157 0.056 0.020 0.252 0.018 0.026 0.107 0.055 0.093 0.069 123 I 0.146 0.151 0.061 0.018 0.223 0.026 0.039 0.186 0.059 0.046 0.043 124 E 0.112 0.096 0.047 0.043 0.125 0.041 0.056 0.208 0.088 0.121 0.063 125 G 0.080 0.161 0.087 0.064 0.186 0.025 0.017 0.209 0.073 0.055 0.042 126 R 0.060 0.135 0.031 0.010 0.170 0.013 0.027 0.423 0.096 0.021 0.016 127 E 0.159 0.041 0.012 0.007 0.112 0.006 0.045 0.448 0.083 0.055 0.033 128 I 0.086 0.116 0.034 0.019 0.170 0.016 0.037 0.390 0.071 0.032 0.028 129 D 0.098 0.061 0.033 0.017 0.156 0.017 0.031 0.394 0.111 0.044 0.037 130 L 0.060 0.030 0.015 0.011 0.060 0.011 0.074 0.533 0.129 0.056 0.019 131 G 0.058 0.083 0.052 0.050 0.073 0.040 0.127 0.316 0.077 0.094 0.031 132 Y 0.044 0.142 0.075 0.098 0.064 0.049 0.067 0.186 0.087 0.139 0.050 133 G 0.052 0.072 0.114 0.149 0.062 0.041 0.018 0.120 0.102 0.195 0.075 134 E 0.065 0.130 0.051 0.020 0.135 0.034 0.112 0.252 0.135 0.046 0.019 135 A 0.269 0.047 0.025 0.017 0.156 0.028 0.048 0.088 0.067 0.161 0.094 136 T 0.092 0.310 0.041 0.021 0.343 0.034 0.046 0.046 0.023 0.020 0.023 137 K 0.324 0.063 0.014 0.004 0.469 0.007 0.009 0.016 0.009 0.029 0.056 138 I 0.212 0.153 0.009 0.002 0.591 0.002 0.003 0.005 0.003 0.003 0.018 139 W 0.281 0.109 0.040 0.004 0.451 0.007 0.011 0.008 0.004 0.007 0.078 140 V 0.243 0.187 0.058 0.029 0.259 0.030 0.015 0.019 0.020 0.038 0.102 141 R 0.049 0.214 0.114 0.147 0.136 0.103 0.087 0.042 0.037 0.042 0.029 142 R 0.171 0.090 0.063 0.031 0.155 0.019 0.033 0.050 0.046 0.232 0.110 143 V 0.064 0.426 0.113 0.013 0.228 0.013 0.018 0.022 0.019 0.039 0.044 144 S 0.128 0.328 0.139 0.015 0.306 0.006 0.004 0.021 0.011 0.009 0.034 145 D 0.026 0.059 0.021 0.010 0.052 0.026 0.060 0.428 0.268 0.037 0.013 146 A 0.043 0.063 0.030 0.011 0.068 0.021 0.083 0.344 0.131 0.176 0.029 147 G 0.096 0.129 0.058 0.014 0.136 0.010 0.022 0.276 0.105 0.107 0.047 148 E 0.048 0.070 0.051 0.035 0.063 0.047 0.052 0.398 0.129 0.069 0.038 149 E 0.037 0.261 0.066 0.031 0.081 0.037 0.092 0.201 0.097 0.074 0.023 150 S 0.050 0.083 0.076 0.072 0.068 0.029 0.034 0.082 0.060 0.349 0.097 151 H 0.073 0.293 0.210 0.043 0.142 0.012 0.020 0.066 0.041 0.057 0.044 152 P 0.081 0.232 0.099 0.022 0.161 0.021 0.037 0.143 0.113 0.052 0.040 153 Q 0.064 0.158 0.071 0.028 0.119 0.047 0.088 0.182 0.125 0.085 0.033 154 K 0.105 0.124 0.061 0.023 0.147 0.025 0.041 0.155 0.106 0.155 0.057