# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.690 0.167 0.102 0.031 0.008 0.002 0.001 2 K 0.540 0.242 0.168 0.038 0.010 0.002 0.001 3 L 0.128 0.122 0.161 0.338 0.195 0.055 0.001 4 S 0.539 0.258 0.153 0.039 0.009 0.002 0.001 5 R 0.496 0.331 0.126 0.035 0.010 0.002 0.001 6 L 0.140 0.130 0.193 0.327 0.177 0.031 0.001 7 V 0.491 0.302 0.130 0.063 0.012 0.003 0.001 8 P 0.700 0.182 0.086 0.023 0.007 0.001 0.001 9 G 0.557 0.279 0.115 0.038 0.009 0.002 0.001 10 V 0.332 0.299 0.193 0.109 0.052 0.014 0.001 11 P 0.227 0.357 0.242 0.131 0.034 0.009 0.001 12 A 0.046 0.103 0.187 0.278 0.277 0.104 0.006 13 R 0.029 0.111 0.250 0.310 0.225 0.069 0.005 14 I 0.014 0.021 0.055 0.150 0.414 0.308 0.038 15 K 0.058 0.229 0.289 0.231 0.130 0.059 0.005 16 R 0.075 0.284 0.312 0.215 0.085 0.026 0.002 17 L 0.029 0.051 0.086 0.300 0.367 0.159 0.008 18 E 0.247 0.382 0.237 0.098 0.028 0.008 0.001 19 V 0.150 0.224 0.233 0.263 0.109 0.022 0.001 20 S 0.573 0.280 0.116 0.025 0.005 0.001 0.001 21 G 0.614 0.291 0.063 0.026 0.005 0.001 0.001 22 E 0.402 0.354 0.171 0.053 0.016 0.003 0.001 23 L 0.038 0.088 0.175 0.288 0.312 0.096 0.003 24 H 0.044 0.165 0.267 0.338 0.146 0.037 0.003 25 E 0.133 0.377 0.245 0.158 0.069 0.017 0.001 26 K 0.021 0.087 0.215 0.345 0.255 0.070 0.006 27 L 0.011 0.017 0.036 0.099 0.292 0.448 0.098 28 V 0.030 0.113 0.191 0.312 0.216 0.115 0.023 29 G 0.113 0.262 0.298 0.192 0.088 0.039 0.009 30 M 0.046 0.104 0.141 0.210 0.228 0.226 0.045 31 G 0.058 0.112 0.158 0.212 0.233 0.199 0.027 32 F 0.054 0.109 0.159 0.255 0.260 0.151 0.011 33 V 0.130 0.225 0.264 0.244 0.106 0.029 0.002 34 P 0.350 0.380 0.173 0.066 0.026 0.006 0.001 35 G 0.405 0.370 0.112 0.088 0.020 0.005 0.001 36 E 0.438 0.263 0.179 0.079 0.034 0.007 0.001 37 E 0.179 0.362 0.263 0.149 0.035 0.011 0.001 38 I 0.014 0.045 0.125 0.314 0.382 0.115 0.005 39 E 0.050 0.229 0.348 0.256 0.091 0.023 0.002 40 I 0.014 0.027 0.050 0.126 0.326 0.391 0.066 41 V 0.031 0.071 0.132 0.241 0.269 0.213 0.043 42 Q 0.102 0.221 0.248 0.220 0.121 0.071 0.017 43 V 0.113 0.170 0.210 0.230 0.168 0.089 0.021 44 A 0.082 0.116 0.134 0.195 0.212 0.209 0.051 45 P 0.152 0.217 0.186 0.174 0.142 0.104 0.026 46 L 0.150 0.177 0.183 0.218 0.155 0.091 0.025 47 G 0.242 0.272 0.200 0.138 0.077 0.053 0.018 48 D 0.073 0.123 0.147 0.214 0.224 0.169 0.051 49 P 0.061 0.080 0.156 0.186 0.232 0.209 0.077 50 I 0.023 0.052 0.079 0.158 0.262 0.328 0.097 51 V 0.036 0.093 0.194 0.264 0.231 0.136 0.045 52 C 0.011 0.018 0.029 0.070 0.190 0.514 0.168 53 K 0.033 0.138 0.256 0.315 0.170 0.074 0.014 54 I 0.029 0.053 0.090 0.213 0.343 0.234 0.037 55 G 0.098 0.245 0.249 0.240 0.116 0.043 0.008 56 N 0.299 0.344 0.185 0.104 0.038 0.025 0.005 57 R 0.084 0.157 0.188 0.257 0.220 0.085 0.010 58 N 0.099 0.200 0.272 0.242 0.120 0.056 0.012 59 I 0.039 0.068 0.107 0.158 0.239 0.329 0.059 60 T 0.061 0.100 0.185 0.254 0.225 0.152 0.022 61 L 0.038 0.049 0.088 0.174 0.309 0.287 0.055 62 R 0.086 0.186 0.251 0.226 0.172 0.071 0.008 63 K 0.186 0.317 0.225 0.170 0.073 0.026 0.003 64 R 0.363 0.368 0.130 0.099 0.030 0.010 0.001 65 E 0.165 0.201 0.242 0.198 0.151 0.041 0.003 66 A 0.053 0.108 0.198 0.345 0.206 0.085 0.005 67 D 0.281 0.329 0.241 0.100 0.034 0.013 0.001 68 L 0.100 0.260 0.303 0.214 0.093 0.026 0.003 69 I 0.030 0.059 0.084 0.201 0.312 0.285 0.029 70 E 0.056 0.151 0.261 0.284 0.173 0.067 0.008 71 V 0.030 0.039 0.066 0.188 0.334 0.315 0.028 72 E 0.115 0.280 0.318 0.192 0.072 0.021 0.002 73 V 0.152 0.272 0.246 0.188 0.100 0.039 0.003 74 V 0.130 0.156 0.222 0.287 0.161 0.041 0.002 75 G 0.552 0.270 0.115 0.051 0.010 0.002 0.001 76 G 0.747 0.175 0.060 0.013 0.004 0.001 0.001 77 E 0.626 0.245 0.096 0.025 0.006 0.002 0.001 78 L 0.204 0.208 0.212 0.237 0.113 0.025 0.001 79 P 0.393 0.313 0.186 0.079 0.023 0.007 0.001 80 L 0.179 0.205 0.205 0.220 0.144 0.043 0.002 81 I 0.170 0.230 0.242 0.205 0.113 0.039 0.002 82 L 0.123 0.167 0.219 0.245 0.184 0.060 0.003 83 A 0.221 0.223 0.238 0.210 0.084 0.022 0.001 84 D 0.483 0.283 0.149 0.060 0.020 0.005 0.001 85 D 0.622 0.243 0.091 0.033 0.008 0.002 0.001 86 G 0.547 0.275 0.113 0.046 0.014 0.004 0.001 87 T 0.240 0.298 0.235 0.142 0.063 0.020 0.002 88 Y 0.063 0.105 0.186 0.327 0.233 0.080 0.006 89 E 0.145 0.258 0.260 0.185 0.104 0.043 0.005 90 I 0.063 0.106 0.175 0.255 0.248 0.136 0.016 91 T 0.083 0.114 0.136 0.197 0.244 0.190 0.036 92 K 0.153 0.244 0.249 0.205 0.099 0.042 0.008 93 L 0.181 0.140 0.153 0.225 0.201 0.086 0.014 94 N 0.449 0.254 0.157 0.091 0.033 0.014 0.003 95 G 0.630 0.222 0.095 0.034 0.013 0.006 0.001 96 G 0.377 0.225 0.169 0.119 0.076 0.030 0.005 97 R 0.328 0.270 0.163 0.138 0.068 0.029 0.004 98 R 0.257 0.223 0.201 0.163 0.104 0.045 0.005 99 F 0.166 0.143 0.193 0.203 0.183 0.103 0.009 100 L 0.145 0.173 0.222 0.219 0.160 0.073 0.008 101 F 0.228 0.286 0.196 0.174 0.085 0.027 0.003 102 R 0.281 0.301 0.209 0.134 0.053 0.019 0.002 103 M 0.137 0.121 0.162 0.260 0.230 0.083 0.008 104 K 0.395 0.315 0.174 0.092 0.018 0.005 0.001 105 N 0.356 0.306 0.204 0.088 0.036 0.009 0.001 106 L 0.156 0.210 0.259 0.223 0.113 0.037 0.001 107 G 0.099 0.157 0.235 0.245 0.190 0.072 0.002 108 I 0.175 0.291 0.275 0.191 0.058 0.009 0.001 109 E 0.459 0.357 0.126 0.047 0.009 0.001 0.001 110 S 0.595 0.287 0.090 0.021 0.007 0.001 0.001 111 G 0.390 0.385 0.130 0.081 0.012 0.002 0.001 112 K 0.263 0.320 0.252 0.114 0.046 0.005 0.001 113 K 0.046 0.236 0.310 0.300 0.087 0.020 0.001 114 I 0.001 0.006 0.025 0.104 0.415 0.433 0.015 115 Q 0.012 0.103 0.248 0.382 0.190 0.058 0.007 116 V 0.005 0.013 0.027 0.054 0.164 0.537 0.201 117 S 0.007 0.022 0.040 0.130 0.244 0.383 0.174 118 G 0.026 0.073 0.133 0.261 0.228 0.194 0.085 119 R 0.072 0.184 0.225 0.209 0.166 0.106 0.038 120 R 0.048 0.157 0.255 0.237 0.158 0.117 0.028 121 Y 0.013 0.033 0.062 0.157 0.326 0.356 0.053 122 Y 0.036 0.095 0.186 0.260 0.259 0.143 0.020 123 I 0.043 0.102 0.144 0.237 0.272 0.174 0.029 124 E 0.087 0.228 0.277 0.214 0.114 0.061 0.019 125 G 0.044 0.093 0.143 0.233 0.246 0.187 0.054 126 R 0.075 0.200 0.199 0.242 0.162 0.097 0.025 127 E 0.047 0.104 0.152 0.241 0.239 0.156 0.061 128 I 0.020 0.021 0.032 0.065 0.159 0.441 0.261 129 D 0.037 0.087 0.114 0.225 0.234 0.212 0.090 130 L 0.067 0.088 0.110 0.160 0.199 0.242 0.135 131 G 0.058 0.072 0.091 0.156 0.226 0.286 0.111 132 Y 0.102 0.164 0.200 0.227 0.162 0.118 0.028 133 G 0.114 0.158 0.183 0.218 0.201 0.111 0.015 134 E 0.301 0.273 0.189 0.125 0.065 0.037 0.009 135 A 0.281 0.279 0.170 0.150 0.076 0.037 0.008 136 T 0.177 0.238 0.208 0.208 0.115 0.049 0.005 137 K 0.082 0.153 0.251 0.281 0.164 0.063 0.007 138 I 0.042 0.051 0.101 0.181 0.286 0.295 0.044 139 W 0.059 0.117 0.195 0.245 0.234 0.135 0.016 140 V 0.087 0.125 0.179 0.260 0.230 0.108 0.013 141 R 0.303 0.314 0.213 0.119 0.036 0.014 0.001 142 R 0.333 0.317 0.210 0.084 0.039 0.016 0.001 143 V 0.086 0.103 0.171 0.346 0.214 0.076 0.004 144 S 0.449 0.295 0.168 0.062 0.020 0.006 0.001 145 D 0.499 0.285 0.117 0.073 0.021 0.005 0.001 146 A 0.568 0.242 0.127 0.044 0.015 0.004 0.001 147 G 0.287 0.232 0.211 0.172 0.074 0.022 0.002 148 E 0.363 0.247 0.196 0.129 0.052 0.013 0.001 149 E 0.389 0.281 0.175 0.105 0.038 0.012 0.001 150 S 0.329 0.238 0.192 0.138 0.077 0.025 0.001 151 H 0.367 0.281 0.198 0.106 0.038 0.010 0.001 152 P 0.384 0.216 0.190 0.143 0.058 0.008 0.001 153 Q 0.790 0.166 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 154 K 0.853 0.113 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001