# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.216 0.109 0.101 0.120 0.129 0.103 0.077 0.061 0.036 0.023 0.017 0.006 0.003 0.001 2 K 0.138 0.133 0.143 0.175 0.153 0.105 0.063 0.043 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 3 L 0.031 0.023 0.033 0.064 0.105 0.126 0.163 0.156 0.148 0.063 0.046 0.023 0.015 0.004 4 S 0.138 0.153 0.168 0.159 0.137 0.097 0.059 0.036 0.034 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 5 R 0.355 0.268 0.133 0.082 0.049 0.069 0.020 0.009 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 6 L 0.050 0.059 0.063 0.151 0.204 0.204 0.117 0.079 0.040 0.017 0.007 0.006 0.003 0.001 7 V 0.094 0.120 0.156 0.201 0.178 0.121 0.064 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.363 0.177 0.156 0.106 0.072 0.061 0.031 0.014 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.221 0.152 0.200 0.137 0.111 0.070 0.051 0.022 0.021 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 10 V 0.100 0.106 0.160 0.168 0.145 0.120 0.078 0.053 0.036 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 11 P 0.060 0.072 0.068 0.130 0.179 0.149 0.119 0.096 0.067 0.035 0.014 0.007 0.003 0.002 12 A 0.020 0.012 0.016 0.023 0.041 0.069 0.109 0.132 0.149 0.146 0.177 0.061 0.036 0.009 13 R 0.026 0.032 0.049 0.091 0.130 0.123 0.130 0.169 0.085 0.066 0.051 0.027 0.010 0.012 14 I 0.007 0.005 0.007 0.012 0.019 0.032 0.047 0.079 0.180 0.176 0.164 0.142 0.102 0.028 15 K 0.024 0.028 0.032 0.065 0.083 0.113 0.136 0.158 0.125 0.105 0.074 0.034 0.014 0.009 16 R 0.041 0.073 0.092 0.114 0.138 0.140 0.129 0.090 0.079 0.041 0.043 0.010 0.004 0.006 17 L 0.028 0.027 0.027 0.060 0.101 0.144 0.121 0.146 0.125 0.094 0.061 0.034 0.027 0.006 18 E 0.134 0.184 0.185 0.174 0.120 0.089 0.052 0.029 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 19 V 0.058 0.055 0.070 0.129 0.191 0.178 0.128 0.091 0.063 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 20 S 0.163 0.159 0.286 0.124 0.108 0.068 0.045 0.016 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 G 0.628 0.178 0.088 0.052 0.025 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.319 0.258 0.205 0.109 0.056 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.044 0.036 0.050 0.114 0.201 0.184 0.169 0.115 0.062 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 24 H 0.065 0.130 0.158 0.237 0.197 0.119 0.048 0.022 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.622 0.255 0.062 0.026 0.011 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.067 0.104 0.154 0.233 0.210 0.147 0.049 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.026 0.023 0.037 0.078 0.143 0.165 0.201 0.183 0.082 0.025 0.022 0.007 0.005 0.001 28 V 0.105 0.115 0.111 0.195 0.186 0.138 0.075 0.042 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 29 G 0.487 0.178 0.133 0.072 0.046 0.042 0.018 0.008 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 30 M 0.059 0.048 0.072 0.122 0.186 0.179 0.142 0.082 0.048 0.029 0.015 0.011 0.006 0.002 31 G 0.064 0.058 0.092 0.128 0.176 0.174 0.125 0.090 0.050 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 32 F 0.119 0.065 0.053 0.086 0.132 0.124 0.138 0.119 0.067 0.046 0.027 0.012 0.008 0.003 33 V 0.095 0.080 0.080 0.121 0.155 0.137 0.112 0.096 0.056 0.031 0.024 0.009 0.003 0.002 34 P 0.126 0.100 0.120 0.153 0.152 0.124 0.079 0.058 0.038 0.026 0.014 0.006 0.002 0.002 35 G 0.099 0.077 0.100 0.129 0.150 0.129 0.108 0.083 0.061 0.030 0.024 0.006 0.003 0.002 36 E 0.117 0.098 0.128 0.140 0.129 0.112 0.091 0.074 0.051 0.029 0.020 0.006 0.003 0.002 37 E 0.049 0.057 0.057 0.127 0.166 0.149 0.128 0.121 0.068 0.044 0.015 0.011 0.004 0.003 38 I 0.013 0.009 0.011 0.019 0.036 0.070 0.109 0.116 0.164 0.161 0.153 0.079 0.049 0.013 39 E 0.038 0.038 0.061 0.078 0.105 0.121 0.133 0.152 0.098 0.071 0.059 0.026 0.010 0.010 40 I 0.015 0.010 0.014 0.019 0.031 0.044 0.073 0.102 0.138 0.149 0.189 0.117 0.070 0.031 41 V 0.020 0.018 0.021 0.042 0.055 0.093 0.091 0.127 0.154 0.134 0.089 0.086 0.051 0.019 42 Q 0.042 0.048 0.063 0.096 0.122 0.121 0.146 0.121 0.091 0.066 0.047 0.021 0.007 0.007 43 V 0.054 0.058 0.063 0.094 0.139 0.133 0.121 0.109 0.091 0.056 0.052 0.017 0.008 0.005 44 A 0.099 0.099 0.116 0.123 0.158 0.131 0.096 0.070 0.050 0.029 0.018 0.006 0.004 0.002 45 P 0.067 0.087 0.099 0.156 0.170 0.137 0.102 0.084 0.052 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 46 L 0.077 0.097 0.096 0.144 0.177 0.144 0.098 0.075 0.048 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 47 G 0.199 0.187 0.163 0.138 0.098 0.087 0.056 0.030 0.023 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 48 D 0.123 0.117 0.134 0.153 0.148 0.123 0.077 0.055 0.033 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 49 P 0.059 0.056 0.066 0.092 0.138 0.140 0.134 0.106 0.095 0.056 0.033 0.014 0.007 0.004 50 I 0.022 0.016 0.025 0.044 0.077 0.108 0.147 0.160 0.131 0.121 0.078 0.042 0.021 0.008 51 V 0.025 0.025 0.032 0.063 0.105 0.109 0.131 0.155 0.122 0.095 0.066 0.039 0.020 0.016 52 C 0.018 0.010 0.012 0.017 0.026 0.047 0.064 0.086 0.148 0.191 0.157 0.136 0.072 0.017 53 K 0.028 0.047 0.057 0.105 0.145 0.147 0.152 0.143 0.072 0.043 0.033 0.014 0.006 0.008 54 I 0.010 0.012 0.016 0.028 0.056 0.082 0.126 0.140 0.171 0.130 0.136 0.050 0.032 0.012 55 G 0.046 0.085 0.088 0.178 0.169 0.154 0.103 0.086 0.048 0.022 0.014 0.004 0.002 0.002 56 N 0.093 0.115 0.141 0.153 0.128 0.122 0.089 0.057 0.054 0.024 0.015 0.005 0.001 0.001 57 R 0.026 0.041 0.052 0.104 0.179 0.181 0.165 0.108 0.077 0.038 0.018 0.007 0.003 0.002 58 N 0.040 0.055 0.085 0.124 0.163 0.166 0.136 0.097 0.071 0.039 0.013 0.006 0.003 0.002 59 I 0.036 0.025 0.030 0.056 0.098 0.113 0.179 0.174 0.102 0.091 0.056 0.024 0.013 0.005 60 T 0.054 0.057 0.059 0.105 0.118 0.139 0.111 0.121 0.096 0.061 0.032 0.027 0.013 0.006 61 L 0.055 0.041 0.039 0.065 0.103 0.114 0.150 0.168 0.095 0.067 0.059 0.024 0.014 0.007 62 R 0.044 0.074 0.085 0.152 0.192 0.161 0.120 0.081 0.055 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 63 K 0.102 0.122 0.146 0.185 0.160 0.134 0.072 0.038 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 64 R 0.426 0.186 0.168 0.091 0.058 0.035 0.020 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.135 0.174 0.241 0.151 0.112 0.109 0.036 0.015 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.033 0.059 0.057 0.161 0.238 0.184 0.136 0.080 0.034 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 67 D 0.268 0.263 0.181 0.097 0.059 0.070 0.029 0.012 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 68 L 0.077 0.070 0.085 0.157 0.192 0.161 0.100 0.068 0.047 0.022 0.009 0.008 0.003 0.001 69 I 0.017 0.012 0.018 0.034 0.074 0.122 0.186 0.164 0.126 0.087 0.099 0.038 0.018 0.006 70 E 0.046 0.051 0.083 0.122 0.166 0.153 0.121 0.112 0.061 0.040 0.025 0.011 0.005 0.006 71 V 0.039 0.020 0.018 0.033 0.050 0.070 0.099 0.123 0.155 0.151 0.111 0.076 0.043 0.011 72 E 0.066 0.060 0.066 0.116 0.140 0.145 0.134 0.110 0.070 0.046 0.027 0.012 0.005 0.004 73 V 0.064 0.056 0.079 0.114 0.162 0.134 0.130 0.097 0.069 0.043 0.032 0.012 0.005 0.004 74 V 0.090 0.086 0.075 0.129 0.195 0.135 0.106 0.084 0.051 0.027 0.014 0.005 0.003 0.002 75 G 0.246 0.187 0.149 0.138 0.103 0.074 0.049 0.024 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.442 0.164 0.122 0.083 0.062 0.047 0.045 0.015 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 77 E 0.443 0.180 0.125 0.077 0.062 0.045 0.039 0.009 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.145 0.121 0.111 0.152 0.154 0.146 0.076 0.047 0.023 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 79 P 0.214 0.159 0.134 0.138 0.133 0.093 0.059 0.031 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 80 L 0.117 0.083 0.093 0.131 0.148 0.133 0.098 0.076 0.055 0.033 0.018 0.010 0.004 0.001 81 I 0.125 0.087 0.101 0.138 0.163 0.125 0.099 0.071 0.043 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 82 L 0.129 0.091 0.105 0.143 0.169 0.116 0.089 0.069 0.041 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 83 A 0.154 0.128 0.110 0.162 0.157 0.108 0.070 0.054 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 84 D 0.350 0.192 0.120 0.116 0.086 0.056 0.044 0.016 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 85 D 0.463 0.189 0.138 0.069 0.047 0.041 0.030 0.009 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 86 G 0.381 0.175 0.136 0.102 0.074 0.055 0.044 0.013 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 87 T 0.216 0.161 0.119 0.138 0.126 0.106 0.064 0.028 0.021 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 88 Y 0.089 0.076 0.085 0.121 0.155 0.152 0.113 0.085 0.055 0.037 0.019 0.010 0.004 0.002 89 E 0.169 0.104 0.142 0.122 0.126 0.098 0.074 0.057 0.048 0.029 0.021 0.006 0.002 0.001 90 I 0.062 0.052 0.064 0.108 0.143 0.124 0.108 0.110 0.087 0.060 0.036 0.026 0.014 0.005 91 T 0.083 0.060 0.069 0.101 0.110 0.119 0.102 0.107 0.092 0.070 0.042 0.029 0.011 0.004 92 K 0.151 0.121 0.114 0.146 0.141 0.107 0.089 0.060 0.033 0.020 0.012 0.004 0.002 0.002 93 L 0.092 0.068 0.073 0.100 0.145 0.131 0.114 0.101 0.074 0.046 0.032 0.015 0.007 0.003 94 N 0.246 0.159 0.144 0.135 0.108 0.078 0.056 0.036 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 95 G 0.361 0.163 0.112 0.112 0.081 0.064 0.054 0.020 0.014 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 96 G 0.249 0.144 0.134 0.123 0.123 0.090 0.068 0.030 0.021 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 97 R 0.306 0.159 0.155 0.123 0.105 0.069 0.039 0.019 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 98 R 0.324 0.163 0.126 0.135 0.107 0.065 0.038 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 99 F 0.168 0.111 0.100 0.163 0.190 0.108 0.074 0.043 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 100 L 0.207 0.136 0.135 0.140 0.143 0.094 0.071 0.033 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 101 F 0.443 0.170 0.118 0.100 0.076 0.045 0.025 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 R 0.507 0.233 0.085 0.060 0.043 0.039 0.020 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.107 0.098 0.114 0.182 0.190 0.163 0.075 0.038 0.019 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 104 K 0.413 0.172 0.135 0.093 0.074 0.049 0.041 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 105 N 0.475 0.187 0.143 0.068 0.047 0.043 0.020 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.119 0.099 0.098 0.173 0.201 0.150 0.077 0.045 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 107 G 0.127 0.098 0.118 0.173 0.200 0.118 0.076 0.046 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 108 I 0.159 0.123 0.130 0.165 0.171 0.103 0.066 0.043 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 109 E 0.371 0.195 0.131 0.107 0.083 0.051 0.034 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.364 0.219 0.161 0.089 0.055 0.064 0.027 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 G 0.211 0.139 0.167 0.162 0.140 0.077 0.063 0.017 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 112 K 0.144 0.161 0.164 0.177 0.120 0.099 0.064 0.036 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 113 K 0.065 0.076 0.071 0.166 0.197 0.158 0.102 0.084 0.038 0.026 0.008 0.006 0.002 0.001 114 I 0.010 0.010 0.013 0.031 0.062 0.104 0.150 0.144 0.152 0.125 0.079 0.073 0.036 0.010 115 Q 0.034 0.029 0.052 0.058 0.093 0.118 0.115 0.134 0.142 0.090 0.081 0.035 0.011 0.008 116 V 0.015 0.009 0.014 0.021 0.040 0.047 0.099 0.129 0.122 0.142 0.186 0.091 0.060 0.027 117 S 0.015 0.014 0.016 0.028 0.040 0.073 0.063 0.096 0.153 0.138 0.115 0.141 0.081 0.027 118 G 0.025 0.032 0.033 0.075 0.098 0.117 0.155 0.158 0.108 0.093 0.053 0.029 0.014 0.010 119 R 0.044 0.051 0.065 0.097 0.124 0.122 0.130 0.129 0.094 0.056 0.060 0.017 0.005 0.005 120 R 0.078 0.087 0.105 0.113 0.141 0.135 0.102 0.078 0.075 0.040 0.030 0.007 0.005 0.004 121 Y 0.032 0.038 0.050 0.095 0.145 0.146 0.143 0.137 0.085 0.069 0.028 0.021 0.008 0.003 122 Y 0.047 0.057 0.058 0.095 0.149 0.142 0.129 0.121 0.089 0.060 0.028 0.015 0.007 0.005 123 I 0.041 0.029 0.039 0.048 0.070 0.098 0.103 0.131 0.143 0.125 0.085 0.055 0.027 0.007 124 E 0.115 0.110 0.108 0.136 0.130 0.114 0.090 0.087 0.045 0.029 0.022 0.008 0.003 0.004 125 G 0.062 0.043 0.055 0.077 0.089 0.107 0.098 0.103 0.120 0.096 0.068 0.047 0.023 0.010 126 R 0.078 0.068 0.076 0.114 0.131 0.123 0.134 0.114 0.064 0.043 0.033 0.011 0.005 0.004 127 E 0.072 0.068 0.084 0.116 0.134 0.130 0.112 0.095 0.079 0.051 0.032 0.017 0.006 0.005 128 I 0.022 0.020 0.023 0.042 0.074 0.111 0.137 0.150 0.137 0.114 0.088 0.043 0.030 0.009 129 D 0.069 0.074 0.093 0.122 0.141 0.129 0.116 0.095 0.066 0.045 0.028 0.014 0.005 0.004 130 L 0.058 0.051 0.063 0.088 0.123 0.117 0.120 0.123 0.093 0.071 0.049 0.025 0.012 0.007 131 G 0.054 0.038 0.040 0.072 0.116 0.137 0.124 0.132 0.103 0.080 0.047 0.031 0.018 0.007 132 Y 0.078 0.077 0.089 0.126 0.157 0.133 0.121 0.088 0.059 0.037 0.018 0.010 0.004 0.003 133 G 0.129 0.100 0.099 0.119 0.140 0.117 0.107 0.076 0.050 0.030 0.022 0.006 0.002 0.002 134 E 0.204 0.155 0.169 0.144 0.107 0.087 0.056 0.032 0.025 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 135 A 0.088 0.092 0.102 0.160 0.153 0.143 0.105 0.067 0.043 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 136 T 0.073 0.094 0.095 0.147 0.161 0.154 0.108 0.081 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 137 K 0.043 0.043 0.049 0.089 0.148 0.148 0.131 0.111 0.100 0.067 0.033 0.022 0.010 0.005 138 I 0.015 0.009 0.015 0.018 0.036 0.063 0.102 0.137 0.147 0.146 0.187 0.071 0.041 0.012 139 W 0.026 0.029 0.042 0.067 0.100 0.102 0.115 0.143 0.106 0.087 0.081 0.053 0.024 0.024 140 V 0.010 0.009 0.010 0.018 0.024 0.044 0.052 0.086 0.176 0.189 0.130 0.145 0.082 0.024 141 R 0.037 0.043 0.050 0.083 0.105 0.116 0.156 0.155 0.094 0.070 0.060 0.017 0.008 0.007 142 R 0.053 0.066 0.098 0.115 0.140 0.128 0.108 0.094 0.080 0.046 0.045 0.014 0.006 0.006 143 V 0.039 0.047 0.048 0.101 0.159 0.159 0.126 0.138 0.079 0.053 0.026 0.013 0.009 0.003 144 S 0.109 0.145 0.139 0.171 0.144 0.111 0.074 0.044 0.036 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 145 D 0.234 0.158 0.176 0.129 0.100 0.087 0.050 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 146 A 0.549 0.164 0.160 0.052 0.030 0.016 0.016 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 G 0.210 0.160 0.135 0.170 0.128 0.096 0.049 0.026 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 148 E 0.293 0.151 0.161 0.127 0.100 0.066 0.051 0.023 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 149 E 0.352 0.172 0.128 0.110 0.094 0.057 0.041 0.018 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 150 S 0.210 0.117 0.095 0.127 0.126 0.126 0.078 0.053 0.030 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 151 H 0.143 0.104 0.121 0.158 0.167 0.115 0.081 0.053 0.029 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 152 P 0.129 0.072 0.082 0.115 0.141 0.127 0.100 0.091 0.066 0.037 0.021 0.013 0.005 0.002 153 Q 0.304 0.168 0.143 0.123 0.090 0.066 0.048 0.026 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 154 K 0.322 0.152 0.134 0.125 0.096 0.069 0.047 0.023 0.015 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001