# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.064 0.125 0.073 0.192 0.007 0.063 0.030 0.002 0.001 0.009 0.009 0.018 0.012 0.065 0.030 0.032 0.076 0.053 0.072 0.008 2 K 0.049 0.072 0.101 0.097 0.240 0.004 0.022 0.031 0.003 0.001 0.006 0.007 0.017 0.010 0.042 0.038 0.028 0.031 0.073 0.119 0.009 3 L 0.054 0.064 0.074 0.088 0.320 0.002 0.017 0.020 0.005 0.002 0.007 0.008 0.023 0.012 0.065 0.037 0.111 0.015 0.035 0.034 0.005 4 S 0.047 0.039 0.151 0.117 0.106 0.011 0.151 0.029 0.004 0.004 0.007 0.007 0.016 0.012 0.132 0.008 0.062 0.016 0.024 0.051 0.004 5 R 0.020 0.026 0.077 0.076 0.180 0.014 0.256 0.013 0.001 0.002 0.006 0.005 0.008 0.006 0.025 0.023 0.070 0.087 0.054 0.049 0.002 6 L 0.014 0.017 0.069 0.048 0.165 0.001 0.062 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.032 0.024 0.061 0.172 0.167 0.146 0.003 7 V 0.007 0.003 0.093 0.050 0.048 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.053 0.015 0.158 0.536 0.001 8 P 0.001 0.002 0.021 0.078 0.140 0.001 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.454 0.019 0.034 0.141 0.001 9 G 0.003 0.010 0.021 0.009 0.055 0.001 0.724 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.020 0.006 0.019 0.069 0.018 0.033 0.001 10 V 0.012 0.006 0.196 0.187 0.035 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.011 0.011 0.116 0.372 0.006 11 P 0.022 0.063 0.012 0.024 0.760 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.006 0.008 0.045 0.009 0.009 0.004 0.006 0.011 12 A 0.154 0.246 0.138 0.120 0.039 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 0.024 0.067 0.023 0.103 0.013 0.001 0.001 0.005 0.002 0.031 13 R 0.168 0.307 0.044 0.098 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.025 0.083 0.029 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 14 I 0.313 0.327 0.013 0.033 0.162 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.032 0.034 0.012 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 15 K 0.165 0.227 0.073 0.147 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.047 0.041 0.190 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 16 R 0.202 0.257 0.028 0.075 0.227 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.030 0.023 0.033 0.056 0.003 0.007 0.007 0.008 0.008 17 L 0.122 0.106 0.110 0.107 0.134 0.002 0.015 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.015 0.195 0.033 0.018 0.047 0.029 0.031 0.004 18 E 0.033 0.043 0.081 0.090 0.209 0.004 0.039 0.010 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.008 0.072 0.041 0.065 0.070 0.065 0.148 0.003 19 V 0.014 0.011 0.061 0.055 0.156 0.003 0.037 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.065 0.028 0.134 0.070 0.115 0.227 0.001 20 S 0.002 0.003 0.022 0.041 0.055 0.003 0.063 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.036 0.011 0.242 0.045 0.092 0.346 0.001 21 G 0.001 0.001 0.010 0.013 0.026 0.004 0.086 0.181 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.478 0.060 0.038 0.083 0.001 22 E 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.006 0.066 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.118 0.024 0.014 0.021 0.001 23 L 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.020 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.006 0.007 0.005 0.001 24 H 0.005 0.004 0.003 0.006 0.007 0.002 0.011 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 0.003 0.003 0.002 0.001 25 E 0.006 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.003 0.001 0.001 26 K 0.005 0.004 0.001 0.002 0.002 0.011 0.016 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.002 0.002 0.001 27 L 0.003 0.006 0.001 0.002 0.008 0.015 0.033 0.843 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.037 0.010 0.011 0.003 0.001 28 V 0.003 0.004 0.006 0.007 0.007 0.016 0.062 0.677 0.061 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.099 0.006 0.014 0.008 0.001 29 G 0.004 0.006 0.026 0.039 0.025 0.011 0.234 0.028 0.338 0.150 0.002 0.001 0.003 0.006 0.010 0.005 0.070 0.018 0.010 0.013 0.001 30 M 0.003 0.004 0.005 0.005 0.033 0.009 0.623 0.007 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.009 0.038 0.045 0.047 0.137 0.003 31 G 0.001 0.002 0.039 0.069 0.013 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.028 0.373 0.198 0.219 0.002 32 F 0.003 0.008 0.016 0.009 0.363 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.092 0.049 0.093 0.178 0.157 0.003 33 V 0.003 0.002 0.153 0.060 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.005 0.014 0.004 0.140 0.547 0.001 34 P 0.001 0.002 0.015 0.074 0.349 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.042 0.341 0.018 0.017 0.072 0.002 35 G 0.012 0.039 0.068 0.033 0.046 0.001 0.608 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.005 0.067 0.017 0.014 0.035 0.014 0.016 0.005 36 E 0.039 0.030 0.338 0.247 0.118 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.004 0.043 0.047 0.010 0.012 0.024 0.052 0.007 37 E 0.075 0.199 0.025 0.050 0.500 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.025 0.017 0.013 0.030 0.003 0.004 0.002 0.003 0.022 38 I 0.309 0.341 0.064 0.063 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.040 0.018 0.036 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 39 E 0.266 0.389 0.029 0.060 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.036 0.010 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 40 I 0.306 0.388 0.015 0.048 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.044 0.037 0.014 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.284 0.238 0.047 0.067 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.026 0.027 0.190 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 42 Q 0.247 0.274 0.049 0.131 0.105 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.014 0.011 0.027 0.029 0.041 0.021 0.006 0.008 0.006 0.011 0.008 43 V 0.125 0.112 0.036 0.034 0.337 0.003 0.034 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 0.031 0.024 0.066 0.055 0.054 0.031 0.016 0.009 0.004 44 A 0.060 0.050 0.201 0.154 0.057 0.002 0.023 0.005 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.010 0.149 0.014 0.026 0.035 0.077 0.116 0.004 45 P 0.023 0.010 0.020 0.024 0.434 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 0.027 0.124 0.041 0.092 0.161 0.001 46 L 0.008 0.011 0.047 0.089 0.047 0.005 0.147 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.064 0.009 0.247 0.076 0.097 0.136 0.001 47 G 0.007 0.008 0.028 0.019 0.099 0.004 0.274 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.021 0.015 0.225 0.070 0.078 0.130 0.001 48 D 0.014 0.012 0.117 0.078 0.041 0.001 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.031 0.021 0.069 0.027 0.116 0.394 0.004 49 P 0.028 0.043 0.023 0.025 0.417 0.002 0.053 0.006 0.001 0.001 0.006 0.009 0.015 0.014 0.030 0.070 0.150 0.035 0.024 0.037 0.012 50 I 0.140 0.238 0.155 0.095 0.038 0.002 0.023 0.012 0.001 0.001 0.019 0.017 0.045 0.033 0.095 0.021 0.010 0.006 0.013 0.006 0.032 51 V 0.201 0.258 0.033 0.036 0.165 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 0.034 0.070 0.056 0.020 0.027 0.002 0.002 0.005 0.001 0.047 52 C 0.284 0.293 0.030 0.036 0.057 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.036 0.072 0.075 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 53 K 0.222 0.253 0.021 0.055 0.130 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.032 0.082 0.076 0.026 0.024 0.001 0.002 0.002 0.002 0.045 54 I 0.230 0.251 0.044 0.095 0.120 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.027 0.031 0.096 0.031 0.006 0.003 0.008 0.008 0.014 55 G 0.113 0.144 0.118 0.140 0.082 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 0.022 0.030 0.151 0.042 0.027 0.013 0.015 0.040 0.007 56 N 0.091 0.117 0.047 0.039 0.193 0.001 0.160 0.002 0.001 0.001 0.010 0.015 0.023 0.021 0.064 0.051 0.064 0.047 0.018 0.029 0.008 57 R 0.081 0.121 0.193 0.069 0.093 0.002 0.064 0.006 0.001 0.001 0.012 0.014 0.029 0.025 0.114 0.039 0.034 0.045 0.017 0.029 0.011 58 N 0.154 0.157 0.048 0.025 0.348 0.002 0.022 0.009 0.001 0.001 0.014 0.023 0.041 0.030 0.048 0.026 0.011 0.012 0.010 0.008 0.011 59 I 0.180 0.195 0.079 0.069 0.094 0.002 0.008 0.017 0.004 0.001 0.030 0.027 0.085 0.070 0.095 0.013 0.005 0.005 0.007 0.006 0.009 60 T 0.165 0.152 0.029 0.072 0.218 0.004 0.014 0.030 0.005 0.001 0.024 0.034 0.077 0.044 0.062 0.020 0.013 0.007 0.012 0.007 0.010 61 L 0.125 0.164 0.073 0.098 0.070 0.006 0.025 0.054 0.015 0.001 0.034 0.030 0.075 0.054 0.091 0.017 0.019 0.009 0.012 0.021 0.007 62 R 0.106 0.089 0.031 0.047 0.232 0.008 0.045 0.140 0.007 0.002 0.007 0.011 0.016 0.014 0.040 0.029 0.040 0.024 0.041 0.065 0.004 63 K 0.041 0.052 0.038 0.092 0.076 0.009 0.031 0.224 0.006 0.003 0.004 0.005 0.009 0.007 0.051 0.013 0.234 0.023 0.037 0.043 0.002 64 R 0.030 0.026 0.016 0.022 0.050 0.031 0.108 0.543 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.005 0.072 0.018 0.024 0.028 0.001 65 E 0.044 0.052 0.034 0.067 0.062 0.027 0.147 0.358 0.003 0.006 0.002 0.002 0.003 0.002 0.015 0.003 0.076 0.034 0.039 0.023 0.001 66 A 0.054 0.071 0.031 0.052 0.135 0.013 0.106 0.295 0.012 0.010 0.003 0.002 0.006 0.005 0.011 0.011 0.077 0.027 0.040 0.033 0.005 67 D 0.063 0.088 0.069 0.120 0.079 0.015 0.112 0.238 0.006 0.008 0.003 0.003 0.006 0.004 0.030 0.006 0.062 0.015 0.031 0.032 0.012 68 L 0.056 0.170 0.044 0.149 0.189 0.006 0.090 0.053 0.017 0.012 0.013 0.009 0.023 0.016 0.014 0.039 0.024 0.016 0.013 0.011 0.037 69 I 0.226 0.279 0.051 0.072 0.116 0.002 0.023 0.016 0.005 0.004 0.010 0.008 0.017 0.030 0.049 0.022 0.004 0.006 0.011 0.009 0.038 70 E 0.133 0.243 0.083 0.246 0.079 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.018 0.026 0.033 0.038 0.001 0.006 0.006 0.004 0.061 71 V 0.142 0.305 0.024 0.038 0.213 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.038 0.039 0.018 0.080 0.001 0.003 0.002 0.001 0.060 72 E 0.115 0.254 0.136 0.078 0.049 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.022 0.109 0.060 0.087 0.007 0.001 0.002 0.002 0.003 0.050 73 V 0.153 0.100 0.015 0.039 0.529 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.021 0.025 0.010 0.057 0.002 0.004 0.006 0.005 0.013 74 V 0.056 0.043 0.124 0.181 0.111 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.012 0.403 0.008 0.011 0.009 0.010 0.015 0.001 75 G 0.026 0.024 0.065 0.110 0.175 0.002 0.138 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.070 0.022 0.108 0.037 0.057 0.151 0.001 76 G 0.007 0.006 0.064 0.038 0.048 0.001 0.280 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.146 0.216 0.038 0.115 0.001 77 E 0.008 0.009 0.077 0.026 0.177 0.001 0.200 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.011 0.088 0.167 0.055 0.163 0.001 78 L 0.015 0.013 0.121 0.057 0.182 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.022 0.099 0.021 0.102 0.311 0.002 79 P 0.046 0.054 0.069 0.076 0.353 0.002 0.038 0.013 0.001 0.001 0.006 0.010 0.022 0.010 0.099 0.016 0.095 0.019 0.023 0.042 0.007 80 L 0.165 0.177 0.079 0.092 0.114 0.005 0.044 0.035 0.001 0.001 0.034 0.026 0.066 0.032 0.046 0.020 0.016 0.009 0.018 0.008 0.012 81 I 0.147 0.202 0.061 0.063 0.149 0.003 0.014 0.046 0.002 0.001 0.028 0.028 0.075 0.047 0.064 0.016 0.008 0.007 0.012 0.005 0.020 82 L 0.195 0.199 0.039 0.057 0.097 0.002 0.012 0.028 0.011 0.001 0.042 0.044 0.103 0.081 0.030 0.019 0.010 0.003 0.007 0.005 0.016 83 A 0.172 0.159 0.061 0.101 0.133 0.003 0.021 0.022 0.009 0.002 0.019 0.023 0.062 0.063 0.066 0.029 0.018 0.007 0.010 0.012 0.010