# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.459 0.092 0.072 0.089 0.075 0.051 0.068 0.048 0.024 0.014 0.007 2 K 0.110 0.163 0.097 0.235 0.149 0.089 0.089 0.038 0.019 0.008 0.004 3 L 0.007 0.008 0.010 0.015 0.027 0.039 0.096 0.126 0.217 0.222 0.233 4 S 0.116 0.131 0.149 0.243 0.182 0.070 0.057 0.030 0.013 0.006 0.003 5 R 0.122 0.146 0.217 0.291 0.126 0.042 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 6 L 0.008 0.006 0.006 0.011 0.019 0.046 0.108 0.115 0.212 0.251 0.219 7 V 0.081 0.354 0.088 0.200 0.124 0.060 0.045 0.023 0.013 0.008 0.003 8 P 0.298 0.213 0.108 0.166 0.092 0.048 0.038 0.021 0.009 0.005 0.003 9 G 0.733 0.126 0.024 0.047 0.025 0.014 0.014 0.008 0.004 0.003 0.001 10 V 0.113 0.124 0.028 0.111 0.093 0.121 0.177 0.111 0.069 0.037 0.014 11 P 0.168 0.190 0.071 0.238 0.164 0.085 0.045 0.023 0.009 0.005 0.002 12 A 0.027 0.010 0.017 0.020 0.031 0.058 0.127 0.151 0.199 0.184 0.176 13 R 0.029 0.137 0.085 0.351 0.224 0.080 0.057 0.024 0.009 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.025 0.054 0.161 0.272 0.465 15 K 0.033 0.085 0.115 0.284 0.258 0.104 0.063 0.034 0.013 0.007 0.003 16 R 0.047 0.125 0.131 0.268 0.151 0.100 0.089 0.046 0.024 0.014 0.005 17 L 0.012 0.005 0.006 0.012 0.024 0.055 0.116 0.129 0.201 0.198 0.242 18 E 0.238 0.326 0.085 0.198 0.087 0.027 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 19 V 0.018 0.030 0.023 0.039 0.056 0.087 0.147 0.127 0.165 0.163 0.146 20 S 0.216 0.410 0.063 0.135 0.086 0.041 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 21 G 0.773 0.079 0.025 0.053 0.025 0.016 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 22 E 0.492 0.184 0.054 0.142 0.066 0.028 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 23 L 0.004 0.011 0.008 0.021 0.034 0.053 0.115 0.142 0.234 0.217 0.162 24 H 0.008 0.016 0.030 0.095 0.184 0.227 0.216 0.118 0.056 0.037 0.013 25 E 0.016 0.048 0.579 0.211 0.072 0.035 0.020 0.011 0.004 0.003 0.001 26 K 0.004 0.009 0.034 0.084 0.109 0.258 0.300 0.108 0.056 0.028 0.010 27 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.023 0.056 0.184 0.291 0.428 28 V 0.007 0.014 0.052 0.084 0.155 0.180 0.204 0.128 0.091 0.058 0.027 29 G 0.058 0.091 0.337 0.225 0.116 0.060 0.055 0.027 0.016 0.010 0.005 30 M 0.009 0.007 0.010 0.017 0.029 0.078 0.158 0.159 0.207 0.186 0.140 31 G 0.107 0.092 0.027 0.106 0.111 0.097 0.143 0.120 0.097 0.058 0.041 32 F 0.018 0.016 0.021 0.039 0.059 0.061 0.120 0.146 0.174 0.158 0.186 33 V 0.052 0.082 0.054 0.107 0.148 0.123 0.155 0.104 0.076 0.057 0.041 34 P 0.271 0.382 0.054 0.138 0.063 0.032 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 35 G 0.563 0.104 0.018 0.074 0.060 0.047 0.049 0.032 0.023 0.018 0.013 36 E 0.412 0.225 0.041 0.121 0.067 0.045 0.042 0.024 0.013 0.007 0.003 37 E 0.075 0.166 0.057 0.255 0.168 0.113 0.086 0.042 0.022 0.011 0.005 38 I 0.005 0.003 0.004 0.006 0.010 0.028 0.063 0.087 0.209 0.250 0.335 39 E 0.047 0.173 0.135 0.356 0.189 0.055 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 40 I 0.004 0.004 0.014 0.015 0.025 0.029 0.067 0.112 0.202 0.235 0.293 41 V 0.010 0.019 0.023 0.088 0.143 0.141 0.166 0.145 0.115 0.090 0.059 42 Q 0.069 0.096 0.130 0.204 0.124 0.096 0.109 0.074 0.054 0.032 0.012 43 V 0.038 0.046 0.063 0.142 0.140 0.162 0.164 0.103 0.065 0.046 0.030 44 A 0.031 0.028 0.024 0.050 0.058 0.072 0.145 0.158 0.180 0.144 0.111 45 P 0.176 0.173 0.074 0.145 0.107 0.077 0.091 0.058 0.045 0.032 0.020 46 L 0.055 0.046 0.037 0.091 0.107 0.108 0.151 0.121 0.121 0.085 0.076 47 G 0.478 0.163 0.046 0.103 0.063 0.040 0.043 0.026 0.018 0.012 0.007 48 D 0.034 0.048 0.026 0.101 0.109 0.133 0.193 0.129 0.111 0.069 0.047 49 P 0.041 0.044 0.030 0.089 0.115 0.111 0.129 0.132 0.120 0.105 0.085 50 I 0.014 0.019 0.019 0.049 0.066 0.097 0.182 0.167 0.176 0.135 0.077 51 V 0.023 0.045 0.046 0.176 0.178 0.142 0.149 0.095 0.072 0.046 0.029 52 C 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.012 0.034 0.063 0.195 0.283 0.397 53 K 0.022 0.064 0.058 0.268 0.282 0.111 0.095 0.052 0.027 0.013 0.008 54 I 0.003 0.003 0.006 0.006 0.010 0.016 0.044 0.069 0.181 0.272 0.389 55 G 0.047 0.121 0.068 0.250 0.231 0.115 0.086 0.039 0.023 0.012 0.008 56 N 0.283 0.160 0.079 0.137 0.079 0.069 0.078 0.045 0.034 0.024 0.012 57 R 0.063 0.066 0.041 0.130 0.129 0.160 0.181 0.102 0.068 0.039 0.022 58 N 0.082 0.136 0.065 0.172 0.130 0.118 0.135 0.073 0.048 0.027 0.012 59 I 0.009 0.007 0.013 0.021 0.030 0.068 0.126 0.128 0.209 0.197 0.191 60 T 0.035 0.069 0.095 0.198 0.198 0.132 0.129 0.065 0.041 0.022 0.016 61 L 0.003 0.002 0.008 0.008 0.019 0.024 0.063 0.109 0.208 0.247 0.310 62 R 0.008 0.058 0.095 0.146 0.182 0.130 0.157 0.098 0.063 0.043 0.021 63 K 0.036 0.042 0.110 0.165 0.162 0.159 0.172 0.075 0.046 0.022 0.010 64 R 0.481 0.140 0.159 0.121 0.048 0.022 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 65 E 0.034 0.093 0.094 0.200 0.158 0.111 0.171 0.082 0.035 0.016 0.006 66 A 0.019 0.010 0.022 0.027 0.047 0.073 0.159 0.163 0.167 0.187 0.125 67 D 0.031 0.140 0.505 0.204 0.073 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.015 0.030 0.200 0.178 0.181 0.128 0.135 0.079 0.030 0.016 0.008 69 I 0.009 0.006 0.015 0.012 0.019 0.038 0.103 0.137 0.223 0.233 0.204 70 E 0.037 0.129 0.167 0.326 0.186 0.064 0.050 0.024 0.011 0.004 0.002 71 V 0.006 0.003 0.016 0.011 0.022 0.030 0.083 0.135 0.189 0.241 0.264 72 E 0.052 0.091 0.144 0.245 0.207 0.096 0.083 0.043 0.022 0.011 0.006 73 V 0.041 0.062 0.078 0.092 0.098 0.119 0.204 0.131 0.089 0.060 0.026 74 V 0.059 0.083 0.051 0.108 0.107 0.135 0.169 0.102 0.087 0.062 0.036 75 G 0.471 0.321 0.048 0.074 0.029 0.018 0.020 0.008 0.006 0.003 0.001 76 G 0.616 0.151 0.039 0.089 0.043 0.022 0.019 0.010 0.006 0.003 0.002 77 E 0.497 0.291 0.041 0.081 0.035 0.020 0.017 0.009 0.005 0.003 0.002 78 L 0.042 0.047 0.020 0.078 0.095 0.141 0.179 0.150 0.121 0.078 0.049 79 P 0.273 0.261 0.108 0.162 0.084 0.047 0.031 0.019 0.009 0.004 0.002 80 L 0.032 0.022 0.030 0.070 0.085 0.114 0.181 0.167 0.143 0.093 0.065 81 I 0.071 0.072 0.060 0.117 0.118 0.094 0.137 0.128 0.096 0.064 0.044 82 L 0.050 0.055 0.055 0.120 0.132 0.107 0.162 0.128 0.098 0.059 0.035 83 A 0.141 0.085 0.102 0.153 0.142 0.085 0.109 0.085 0.050 0.029 0.018