# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.030 0.022 0.008 0.016 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.010 0.085 0.347 2 K 0.013 0.022 0.003 0.001 0.027 0.064 0.013 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.158 0.006 0.117 0.559 3 L 0.014 0.011 0.004 0.001 0.004 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.330 0.005 0.043 0.568 4 S 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.183 0.005 0.391 0.358 5 R 0.320 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.005 0.004 0.002 0.045 0.029 0.131 0.425 6 L 0.223 0.193 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.140 0.015 0.066 0.328 7 V 0.043 0.048 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.007 0.167 0.541 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.051 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.020 0.111 0.612 10 V 0.718 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.012 0.034 0.144 11 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.018 0.928 12 A 0.014 0.002 0.004 0.001 0.019 0.005 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.717 0.003 0.037 0.182 13 R 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.014 0.037 14 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.650 0.001 0.028 0.311 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.959 0.001 0.005 0.016 16 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.018 0.012 0.012 0.365 0.001 0.072 0.500 17 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.022 0.011 0.002 0.002 0.738 0.002 0.036 0.168 18 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.222 0.002 0.193 0.530 19 V 0.033 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.006 0.147 0.658 20 S 0.019 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.005 0.288 0.589 21 G 0.056 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.026 0.068 0.822 22 E 0.128 0.041 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.384 0.410 23 L 0.047 0.150 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.306 0.451 24 H 0.033 0.628 0.003 0.001 0.017 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.052 0.215 25 E 0.014 0.778 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.033 0.156 26 K 0.015 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.020 0.068 27 L 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 28 V 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.013 29 G 0.029 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.020 30 M 0.179 0.636 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.152 0.001 0.027 31 G 0.663 0.064 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.010 0.169 0.004 0.057 32 F 0.008 0.007 0.865 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.015 0.088 33 V 0.010 0.018 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.003 0.202 0.608 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.004 0.213 0.494 36 E 0.674 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.019 0.036 0.181 37 E 0.099 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.002 0.094 0.621 38 I 0.017 0.003 0.006 0.001 0.016 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.769 0.003 0.042 0.132 39 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.001 0.025 0.069 40 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.701 0.001 0.051 0.230 41 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.036 0.004 0.902 0.001 0.007 0.031 42 Q 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.028 0.018 0.009 0.690 0.001 0.046 0.190 43 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.019 0.002 0.061 0.024 0.003 0.004 0.596 0.005 0.030 0.240 44 A 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.061 0.009 0.004 0.005 0.006 0.010 0.002 0.516 0.004 0.097 0.266 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 46 L 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.006 0.113 0.655 47 G 0.188 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.032 0.058 0.628 48 D 0.297 0.004 0.009 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.013 0.173 0.409 49 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.977 50 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.039 0.064 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.586 0.002 0.082 0.170 51 V 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.033 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.005 0.005 0.495 0.002 0.100 0.275 52 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.205 0.196 0.048 0.008 0.448 0.001 0.015 0.064 53 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.026 0.007 0.002 0.001 0.814 0.001 0.026 0.100 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.499 0.109 0.034 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.212 0.001 0.020 0.114 55 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.546 0.001 0.107 0.289 56 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.008 0.311 0.570 57 R 0.353 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.130 0.140 0.313 58 N 0.045 0.026 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.009 0.323 0.432 59 I 0.020 0.013 0.016 0.003 0.446 0.034 0.049 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.006 0.070 0.160 60 T 0.012 0.048 0.001 0.001 0.029 0.342 0.065 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.002 0.061 0.245 61 L 0.026 0.081 0.005 0.001 0.007 0.015 0.038 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.494 0.009 0.040 0.261 62 R 0.037 0.167 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.263 0.010 0.098 0.408 63 K 0.041 0.161 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.189 0.014 0.058 0.518 64 R 0.055 0.140 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.014 0.079 0.643 65 E 0.135 0.207 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.022 0.123 0.433 66 A 0.247 0.378 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.023 0.026 0.205 67 D 0.131 0.241 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.401 0.013 0.026 0.179 68 L 0.145 0.142 0.020 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.017 0.024 0.338 69 I 0.041 0.046 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.806 0.010 0.007 0.074 70 E 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.861 0.003 0.018 0.073 71 V 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.145 0.094 0.029 0.528 0.002 0.013 0.150 72 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.209 0.222 0.042 0.006 0.442 0.001 0.011 0.047 73 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.102 0.065 0.006 0.061 0.007 0.004 0.006 0.200 0.002 0.050 0.478 74 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.228 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.290 0.001 0.037 0.183 75 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.002 0.158 0.695 76 G 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.037 0.238 0.588 77 E 0.277 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.126 0.160 0.398 78 L 0.100 0.022 0.033 0.006 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.015 0.182 0.546 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 80 L 0.011 0.001 0.002 0.001 0.075 0.206 0.197 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.002 0.046 0.244 81 I 0.045 0.007 0.001 0.002 0.003 0.016 0.044 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.558 0.002 0.047 0.243 82 L 0.027 0.021 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.671 0.003 0.030 0.213 83 A 0.020 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.003 0.003 0.672 0.005 0.031 0.218