# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.019 0.011 0.180 0.130 0.137 0.020 0.002 0.001 0.004 0.463 2 K 0.009 0.007 0.003 0.077 0.088 0.195 0.041 0.001 0.001 0.002 0.577 3 L 0.031 0.011 0.007 0.151 0.116 0.344 0.039 0.001 0.001 0.003 0.298 4 S 0.009 0.022 0.001 0.110 0.206 0.225 0.078 0.001 0.001 0.004 0.345 5 R 0.081 0.014 0.003 0.043 0.086 0.166 0.235 0.006 0.001 0.012 0.355 6 L 0.385 0.038 0.002 0.089 0.073 0.153 0.038 0.002 0.001 0.004 0.217 7 V 0.039 0.025 0.004 0.038 0.132 0.120 0.246 0.004 0.001 0.008 0.383 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.021 0.003 0.001 0.033 0.066 0.214 0.085 0.003 0.001 0.018 0.557 10 V 0.773 0.001 0.013 0.013 0.017 0.013 0.065 0.001 0.001 0.010 0.096 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.003 0.001 0.001 0.073 0.296 0.585 0.011 0.001 0.001 0.003 0.029 13 R 0.007 0.002 0.001 0.297 0.145 0.271 0.042 0.001 0.001 0.001 0.234 14 I 0.004 0.001 0.001 0.166 0.286 0.443 0.009 0.001 0.001 0.001 0.091 15 K 0.001 0.001 0.001 0.424 0.187 0.330 0.015 0.001 0.001 0.002 0.040 16 R 0.005 0.002 0.001 0.104 0.151 0.223 0.056 0.001 0.001 0.001 0.459 17 L 0.017 0.001 0.001 0.293 0.138 0.315 0.035 0.001 0.001 0.002 0.198 18 E 0.009 0.002 0.001 0.074 0.113 0.183 0.089 0.001 0.001 0.009 0.520 19 V 0.027 0.005 0.006 0.067 0.051 0.110 0.096 0.001 0.001 0.007 0.631 20 S 0.022 0.008 0.001 0.029 0.019 0.053 0.145 0.001 0.001 0.005 0.716 21 G 0.040 0.005 0.002 0.005 0.005 0.010 0.054 0.001 0.001 0.011 0.868 22 E 0.084 0.030 0.006 0.007 0.005 0.005 0.319 0.001 0.001 0.006 0.538 23 L 0.039 0.095 0.005 0.010 0.005 0.015 0.250 0.001 0.001 0.005 0.576 24 H 0.059 0.420 0.003 0.021 0.014 0.039 0.129 0.003 0.001 0.004 0.308 25 E 0.054 0.647 0.002 0.005 0.014 0.016 0.049 0.002 0.001 0.002 0.210 26 K 0.043 0.839 0.003 0.003 0.006 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.078 27 L 0.032 0.918 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.025 28 V 0.010 0.949 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 29 G 0.072 0.728 0.004 0.003 0.002 0.006 0.036 0.072 0.001 0.001 0.075 30 M 0.301 0.547 0.015 0.004 0.003 0.004 0.004 0.078 0.001 0.003 0.042 31 G 0.459 0.137 0.050 0.016 0.018 0.016 0.022 0.115 0.001 0.004 0.164 32 F 0.037 0.026 0.623 0.018 0.010 0.017 0.028 0.008 0.001 0.003 0.231 33 V 0.034 0.025 0.018 0.160 0.134 0.123 0.119 0.003 0.001 0.005 0.378 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.016 0.003 0.001 0.078 0.072 0.139 0.066 0.001 0.001 0.011 0.613 36 E 0.624 0.001 0.010 0.031 0.030 0.023 0.075 0.001 0.001 0.010 0.197 37 E 0.019 0.002 0.001 0.059 0.026 0.037 0.064 0.001 0.001 0.002 0.790 38 I 0.016 0.001 0.001 0.074 0.339 0.457 0.013 0.001 0.001 0.002 0.097 39 E 0.002 0.002 0.001 0.131 0.329 0.407 0.033 0.001 0.001 0.002 0.094 40 I 0.003 0.001 0.001 0.082 0.249 0.335 0.015 0.001 0.001 0.001 0.314 41 V 0.001 0.001 0.001 0.175 0.253 0.504 0.013 0.001 0.001 0.001 0.052 42 Q 0.004 0.003 0.001 0.119 0.326 0.352 0.032 0.001 0.001 0.002 0.160 43 V 0.021 0.004 0.001 0.080 0.201 0.425 0.026 0.001 0.001 0.002 0.240 44 A 0.018 0.006 0.001 0.079 0.217 0.389 0.063 0.001 0.001 0.003 0.223 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 46 L 0.015 0.002 0.001 0.028 0.039 0.187 0.070 0.001 0.001 0.005 0.654 47 G 0.233 0.003 0.003 0.014 0.022 0.041 0.063 0.004 0.001 0.025 0.592 48 D 0.493 0.002 0.026 0.012 0.023 0.022 0.090 0.001 0.001 0.009 0.323 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.005 0.001 0.001 0.065 0.272 0.543 0.029 0.001 0.001 0.004 0.081 51 V 0.040 0.004 0.001 0.142 0.149 0.256 0.042 0.001 0.001 0.002 0.363 52 C 0.010 0.002 0.001 0.103 0.393 0.425 0.005 0.001 0.001 0.001 0.061 53 K 0.004 0.004 0.001 0.127 0.296 0.389 0.031 0.001 0.001 0.002 0.147 54 I 0.010 0.004 0.001 0.128 0.306 0.396 0.028 0.001 0.001 0.001 0.126 55 G 0.003 0.003 0.001 0.101 0.122 0.309 0.130 0.001 0.001 0.006 0.324 56 N 0.048 0.001 0.003 0.035 0.044 0.092 0.088 0.001 0.001 0.050 0.639 57 R 0.206 0.003 0.015 0.063 0.047 0.054 0.212 0.001 0.001 0.020 0.379 58 N 0.016 0.004 0.006 0.059 0.107 0.171 0.212 0.001 0.001 0.018 0.407 59 I 0.012 0.008 0.003 0.078 0.260 0.443 0.048 0.001 0.001 0.004 0.142 60 T 0.012 0.022 0.001 0.068 0.209 0.412 0.043 0.001 0.001 0.001 0.231 61 L 0.019 0.036 0.001 0.082 0.272 0.318 0.051 0.001 0.001 0.002 0.219 62 R 0.026 0.059 0.001 0.039 0.095 0.310 0.093 0.002 0.001 0.002 0.374 63 K 0.039 0.110 0.002 0.045 0.127 0.227 0.086 0.003 0.001 0.004 0.357 64 R 0.024 0.196 0.001 0.012 0.058 0.082 0.076 0.004 0.001 0.005 0.543 65 E 0.139 0.128 0.005 0.015 0.029 0.110 0.189 0.015 0.001 0.009 0.362 66 A 0.243 0.347 0.009 0.016 0.051 0.079 0.040 0.015 0.001 0.007 0.193 67 D 0.145 0.143 0.018 0.029 0.240 0.260 0.030 0.010 0.001 0.005 0.120 68 L 0.064 0.135 0.058 0.073 0.070 0.100 0.025 0.015 0.001 0.004 0.454 69 I 0.038 0.014 0.003 0.131 0.393 0.316 0.006 0.001 0.001 0.001 0.097 70 E 0.005 0.016 0.004 0.267 0.167 0.295 0.027 0.004 0.001 0.005 0.209 71 V 0.006 0.004 0.001 0.094 0.352 0.405 0.008 0.001 0.001 0.001 0.130 72 E 0.001 0.002 0.001 0.261 0.210 0.446 0.013 0.001 0.001 0.002 0.064 73 V 0.003 0.002 0.001 0.059 0.189 0.220 0.028 0.001 0.001 0.001 0.497 74 V 0.007 0.004 0.001 0.095 0.197 0.386 0.072 0.001 0.001 0.002 0.237 75 G 0.018 0.005 0.001 0.031 0.067 0.098 0.124 0.001 0.001 0.020 0.635 76 G 0.206 0.005 0.004 0.020 0.021 0.024 0.104 0.001 0.001 0.024 0.592 77 E 0.176 0.003 0.010 0.014 0.005 0.010 0.200 0.001 0.001 0.018 0.561 78 L 0.061 0.007 0.015 0.036 0.053 0.073 0.186 0.001 0.001 0.015 0.555 79 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.986 80 L 0.012 0.006 0.002 0.136 0.106 0.252 0.107 0.001 0.001 0.004 0.374 81 I 0.037 0.019 0.002 0.348 0.100 0.186 0.061 0.001 0.001 0.004 0.244 82 L 0.022 0.057 0.003 0.296 0.098 0.198 0.074 0.001 0.001 0.004 0.247 83 A 0.027 0.058 0.002 0.331 0.067 0.180 0.092 0.002 0.001 0.003 0.239