# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.441 0.158 0.017 0.239 0.013 0.012 0.022 0.008 0.015 0.015 2 K 0.160 0.260 0.048 0.007 0.332 0.008 0.014 0.053 0.021 0.036 0.060 3 L 0.213 0.057 0.015 0.008 0.168 0.013 0.027 0.147 0.194 0.067 0.090 4 S 0.020 0.080 0.041 0.040 0.060 0.118 0.166 0.260 0.150 0.042 0.021 5 R 0.118 0.127 0.059 0.007 0.246 0.008 0.055 0.157 0.062 0.124 0.036 6 L 0.195 0.203 0.115 0.004 0.267 0.007 0.032 0.036 0.033 0.062 0.046 7 V 0.025 0.290 0.471 0.069 0.052 0.039 0.008 0.018 0.007 0.007 0.014 8 P 0.010 0.274 0.070 0.073 0.023 0.082 0.349 0.058 0.048 0.008 0.005 9 G 0.010 0.003 0.007 0.039 0.005 0.007 0.002 0.003 0.008 0.814 0.101 10 V 0.012 0.628 0.203 0.008 0.121 0.004 0.005 0.003 0.004 0.006 0.004 11 P 0.368 0.070 0.008 0.004 0.485 0.005 0.010 0.004 0.004 0.011 0.031 12 A 0.093 0.337 0.035 0.003 0.517 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 13 R 0.238 0.026 0.001 0.001 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 I 0.516 0.022 0.001 0.001 0.417 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 15 K 0.190 0.119 0.024 0.026 0.446 0.073 0.039 0.005 0.003 0.007 0.068 16 R 0.356 0.054 0.010 0.002 0.509 0.002 0.001 0.002 0.002 0.015 0.046 17 L 0.160 0.191 0.032 0.005 0.465 0.009 0.013 0.018 0.020 0.027 0.060 18 E 0.193 0.167 0.098 0.023 0.272 0.021 0.031 0.035 0.014 0.049 0.097 19 V 0.076 0.176 0.106 0.108 0.091 0.078 0.047 0.121 0.047 0.089 0.062 20 S 0.021 0.161 0.147 0.201 0.040 0.068 0.084 0.163 0.057 0.043 0.016 21 G 0.011 0.020 0.025 0.053 0.012 0.024 0.020 0.413 0.241 0.152 0.029 22 E 0.023 0.072 0.018 0.003 0.049 0.004 0.014 0.627 0.112 0.067 0.013 23 L 0.022 0.022 0.002 0.001 0.022 0.002 0.010 0.771 0.104 0.031 0.012 24 H 0.010 0.007 0.002 0.001 0.010 0.003 0.009 0.859 0.079 0.012 0.006 25 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.877 0.087 0.006 0.001 26 K 0.004 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.900 0.052 0.021 0.001 27 L 0.012 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.019 0.770 0.140 0.033 0.005 28 V 0.005 0.022 0.008 0.004 0.009 0.011 0.071 0.705 0.142 0.019 0.004 29 G 0.047 0.024 0.021 0.012 0.039 0.015 0.118 0.416 0.121 0.164 0.024 30 M 0.022 0.336 0.185 0.021 0.073 0.028 0.052 0.100 0.075 0.085 0.024 31 G 0.053 0.163 0.138 0.045 0.130 0.024 0.049 0.095 0.074 0.133 0.097 32 F 0.267 0.120 0.080 0.006 0.195 0.005 0.028 0.021 0.024 0.176 0.078 33 V 0.003 0.312 0.624 0.034 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 34 P 0.010 0.104 0.037 0.060 0.017 0.082 0.451 0.108 0.117 0.010 0.005 35 G 0.013 0.006 0.013 0.060 0.009 0.011 0.004 0.011 0.019 0.791 0.063 36 E 0.029 0.480 0.181 0.018 0.199 0.014 0.016 0.014 0.014 0.025 0.010 37 E 0.317 0.059 0.005 0.002 0.575 0.002 0.004 0.004 0.003 0.008 0.022 38 I 0.197 0.111 0.012 0.002 0.657 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 0.009 39 E 0.193 0.105 0.006 0.001 0.673 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 40 I 0.560 0.024 0.001 0.001 0.356 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.047 41 V 0.186 0.121 0.021 0.018 0.456 0.060 0.044 0.014 0.009 0.013 0.058 42 Q 0.285 0.093 0.020 0.004 0.504 0.005 0.005 0.009 0.005 0.019 0.051 43 V 0.187 0.115 0.035 0.009 0.310 0.014 0.031 0.030 0.039 0.111 0.117 44 A 0.050 0.335 0.331 0.050 0.123 0.021 0.023 0.016 0.013 0.018 0.021 45 P 0.109 0.138 0.127 0.066 0.115 0.045 0.052 0.120 0.090 0.085 0.053 46 L 0.027 0.154 0.102 0.127 0.046 0.092 0.181 0.082 0.102 0.071 0.016 47 G 0.033 0.027 0.046 0.162 0.035 0.057 0.029 0.019 0.030 0.480 0.081 48 D 0.068 0.359 0.179 0.013 0.311 0.004 0.007 0.008 0.011 0.024 0.016 49 P 0.256 0.138 0.030 0.009 0.402 0.016 0.033 0.023 0.034 0.022 0.037 50 I 0.188 0.206 0.032 0.004 0.490 0.009 0.019 0.008 0.009 0.008 0.027 51 V 0.282 0.036 0.002 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 52 C 0.152 0.142 0.010 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 53 K 0.415 0.049 0.012 0.002 0.409 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.099 54 I 0.097 0.084 0.050 0.270 0.090 0.189 0.046 0.033 0.021 0.043 0.077 55 G 0.012 0.041 0.052 0.509 0.018 0.162 0.140 0.014 0.009 0.033 0.010 56 N 0.061 0.058 0.094 0.153 0.065 0.020 0.010 0.020 0.039 0.380 0.100 57 R 0.097 0.298 0.064 0.012 0.333 0.017 0.031 0.045 0.053 0.029 0.020 58 N 0.224 0.153 0.021 0.007 0.446 0.010 0.016 0.032 0.018 0.024 0.050 59 I 0.301 0.099 0.015 0.005 0.446 0.010 0.013 0.037 0.019 0.017 0.038 60 T 0.202 0.151 0.027 0.006 0.468 0.011 0.013 0.056 0.016 0.014 0.036 61 L 0.273 0.119 0.015 0.003 0.315 0.008 0.019 0.122 0.025 0.044 0.055 62 R 0.121 0.240 0.059 0.019 0.234 0.027 0.029 0.121 0.046 0.053 0.051 63 K 0.095 0.092 0.029 0.018 0.111 0.021 0.035 0.330 0.175 0.054 0.039 64 R 0.016 0.061 0.037 0.014 0.030 0.027 0.088 0.409 0.242 0.061 0.015 65 E 0.079 0.037 0.014 0.005 0.065 0.008 0.073 0.225 0.157 0.262 0.075 66 A 0.140 0.163 0.034 0.007 0.200 0.018 0.076 0.117 0.147 0.035 0.063 67 D 0.075 0.085 0.034 0.021 0.132 0.091 0.213 0.159 0.065 0.072 0.053 68 L 0.276 0.126 0.018 0.004 0.404 0.006 0.032 0.035 0.022 0.035 0.041 69 I 0.168 0.105 0.011 0.002 0.680 0.005 0.010 0.006 0.003 0.002 0.009 70 E 0.335 0.035 0.005 0.001 0.560 0.003 0.005 0.006 0.002 0.006 0.042 71 V 0.255 0.136 0.020 0.003 0.486 0.006 0.009 0.006 0.005 0.012 0.062 72 E 0.114 0.275 0.064 0.005 0.495 0.005 0.008 0.005 0.002 0.004 0.023 73 V 0.326 0.115 0.036 0.005 0.320 0.006 0.011 0.032 0.015 0.043 0.090 74 V 0.032 0.169 0.136 0.233 0.059 0.162 0.063 0.048 0.028 0.041 0.031 75 G 0.023 0.069 0.069 0.391 0.031 0.139 0.126 0.051 0.034 0.051 0.017 76 G 0.024 0.032 0.068 0.162 0.032 0.035 0.028 0.063 0.104 0.394 0.058 77 E 0.108 0.131 0.062 0.021 0.207 0.019 0.049 0.064 0.099 0.179 0.063 78 L 0.110 0.322 0.103 0.020 0.242 0.019 0.032 0.043 0.041 0.025 0.042 79 P 0.173 0.154 0.049 0.021 0.284 0.035 0.060 0.092 0.058 0.032 0.043 80 L 0.253 0.127 0.015 0.002 0.510 0.005 0.009 0.031 0.013 0.017 0.019 81 I 0.275 0.104 0.010 0.002 0.511 0.005 0.009 0.029 0.009 0.013 0.034 82 L 0.223 0.116 0.033 0.020 0.320 0.030 0.034 0.060 0.030 0.037 0.097 83 A 0.153 0.157 0.061 0.033 0.245 0.034 0.046 0.087 0.049 0.070 0.065