# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 44.9058 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.268 0.094 0.092 0.112 0.134 0.111 0.072 0.049 0.035 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 2 K 0.168 0.133 0.150 0.172 0.144 0.097 0.066 0.034 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 3 L 0.080 0.040 0.059 0.090 0.144 0.149 0.124 0.124 0.089 0.054 0.026 0.014 0.005 0.002 4 S 0.225 0.159 0.146 0.153 0.114 0.089 0.055 0.028 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 5 R 0.350 0.237 0.147 0.099 0.067 0.039 0.028 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.065 0.045 0.076 0.129 0.206 0.180 0.122 0.089 0.047 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 7 V 0.125 0.124 0.157 0.193 0.163 0.113 0.061 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 8 P 0.342 0.163 0.127 0.114 0.088 0.065 0.045 0.025 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 9 G 0.186 0.198 0.137 0.156 0.122 0.079 0.062 0.028 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 10 V 0.048 0.057 0.094 0.129 0.162 0.167 0.133 0.094 0.060 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 11 P 0.045 0.052 0.064 0.112 0.176 0.156 0.135 0.113 0.069 0.036 0.023 0.010 0.006 0.003 12 A 0.012 0.008 0.010 0.017 0.035 0.059 0.086 0.133 0.178 0.160 0.148 0.102 0.041 0.012 13 R 0.017 0.018 0.030 0.077 0.120 0.109 0.127 0.147 0.119 0.089 0.069 0.048 0.018 0.011 14 I 0.004 0.004 0.005 0.006 0.011 0.019 0.030 0.055 0.124 0.224 0.238 0.153 0.091 0.037 15 K 0.031 0.040 0.051 0.083 0.102 0.122 0.142 0.142 0.110 0.069 0.052 0.032 0.017 0.007 16 R 0.038 0.052 0.065 0.110 0.139 0.118 0.110 0.108 0.113 0.070 0.042 0.016 0.011 0.006 17 L 0.023 0.024 0.041 0.066 0.132 0.136 0.165 0.159 0.104 0.071 0.046 0.021 0.008 0.004 18 E 0.146 0.197 0.162 0.167 0.124 0.080 0.051 0.030 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 19 V 0.066 0.051 0.097 0.134 0.186 0.167 0.130 0.082 0.053 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 20 S 0.278 0.235 0.145 0.138 0.089 0.049 0.038 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.600 0.189 0.101 0.050 0.030 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.365 0.240 0.145 0.107 0.077 0.034 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.059 0.046 0.090 0.149 0.214 0.185 0.123 0.079 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 24 H 0.090 0.117 0.154 0.218 0.184 0.134 0.056 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 E 0.579 0.257 0.091 0.037 0.016 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.099 0.149 0.168 0.200 0.189 0.105 0.047 0.025 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.037 0.023 0.041 0.068 0.151 0.200 0.184 0.172 0.078 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 28 V 0.140 0.125 0.140 0.170 0.157 0.117 0.070 0.045 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 29 G 0.523 0.242 0.109 0.062 0.026 0.014 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 M 0.082 0.044 0.075 0.154 0.230 0.169 0.106 0.066 0.040 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 31 G 0.127 0.096 0.126 0.152 0.154 0.132 0.104 0.057 0.027 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 32 F 0.179 0.076 0.081 0.116 0.153 0.131 0.089 0.085 0.045 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 33 V 0.147 0.088 0.110 0.145 0.149 0.140 0.090 0.057 0.036 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 34 P 0.174 0.111 0.128 0.142 0.127 0.116 0.087 0.048 0.030 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 35 G 0.163 0.121 0.108 0.134 0.140 0.115 0.084 0.054 0.038 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 36 E 0.114 0.137 0.140 0.161 0.129 0.111 0.088 0.051 0.033 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 37 E 0.049 0.054 0.082 0.136 0.198 0.160 0.120 0.095 0.059 0.024 0.013 0.005 0.004 0.002 38 I 0.015 0.012 0.018 0.030 0.062 0.099 0.172 0.175 0.148 0.108 0.084 0.050 0.021 0.006 39 E 0.040 0.040 0.062 0.118 0.153 0.125 0.110 0.120 0.099 0.061 0.039 0.021 0.008 0.004 40 I 0.014 0.009 0.014 0.023 0.039 0.055 0.077 0.111 0.148 0.173 0.160 0.113 0.043 0.021 41 V 0.027 0.039 0.049 0.055 0.078 0.101 0.110 0.124 0.120 0.117 0.086 0.049 0.034 0.013 42 Q 0.065 0.078 0.091 0.124 0.131 0.119 0.116 0.102 0.078 0.046 0.026 0.013 0.008 0.004 43 V 0.054 0.057 0.070 0.104 0.146 0.127 0.107 0.112 0.096 0.063 0.035 0.016 0.008 0.005 44 A 0.100 0.125 0.129 0.165 0.148 0.115 0.078 0.057 0.039 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 45 P 0.067 0.075 0.117 0.141 0.156 0.153 0.117 0.080 0.048 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 46 L 0.078 0.087 0.107 0.125 0.161 0.147 0.112 0.083 0.051 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 47 G 0.210 0.197 0.142 0.150 0.101 0.071 0.053 0.031 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 48 D 0.103 0.077 0.103 0.124 0.143 0.138 0.100 0.078 0.061 0.033 0.019 0.011 0.007 0.003 49 P 0.034 0.030 0.046 0.075 0.126 0.153 0.155 0.136 0.094 0.059 0.048 0.027 0.013 0.005 50 I 0.011 0.011 0.016 0.030 0.055 0.077 0.122 0.162 0.161 0.144 0.111 0.059 0.029 0.010 51 V 0.019 0.017 0.024 0.067 0.119 0.112 0.110 0.151 0.140 0.092 0.075 0.043 0.017 0.014 52 C 0.007 0.005 0.007 0.006 0.011 0.024 0.048 0.066 0.116 0.176 0.225 0.185 0.091 0.033 53 K 0.025 0.024 0.040 0.089 0.136 0.128 0.126 0.151 0.118 0.068 0.051 0.026 0.013 0.006 54 I 0.007 0.007 0.010 0.020 0.043 0.064 0.092 0.130 0.172 0.186 0.139 0.081 0.030 0.018 55 G 0.033 0.049 0.068 0.112 0.139 0.158 0.129 0.126 0.075 0.050 0.033 0.017 0.006 0.005 56 N 0.044 0.073 0.085 0.118 0.133 0.124 0.125 0.101 0.081 0.053 0.035 0.016 0.009 0.004 57 R 0.016 0.025 0.040 0.074 0.133 0.153 0.155 0.157 0.123 0.062 0.033 0.017 0.007 0.003 58 N 0.044 0.056 0.072 0.125 0.193 0.149 0.120 0.103 0.068 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 59 I 0.023 0.016 0.022 0.034 0.065 0.092 0.140 0.161 0.151 0.129 0.092 0.049 0.020 0.006 60 T 0.077 0.060 0.083 0.130 0.174 0.131 0.100 0.104 0.068 0.036 0.020 0.009 0.004 0.002 61 L 0.048 0.034 0.042 0.071 0.110 0.114 0.118 0.130 0.135 0.088 0.059 0.029 0.014 0.005 62 R 0.050 0.051 0.072 0.149 0.164 0.184 0.157 0.090 0.047 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 63 K 0.061 0.101 0.143 0.173 0.166 0.135 0.103 0.050 0.034 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 64 R 0.263 0.264 0.183 0.142 0.073 0.039 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.065 0.151 0.219 0.191 0.166 0.106 0.055 0.023 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 66 A 0.020 0.021 0.040 0.079 0.169 0.215 0.182 0.149 0.083 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 67 D 0.164 0.310 0.186 0.112 0.074 0.052 0.050 0.022 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 68 L 0.079 0.088 0.092 0.126 0.158 0.124 0.100 0.094 0.065 0.029 0.018 0.012 0.012 0.003 69 I 0.010 0.011 0.013 0.015 0.041 0.058 0.096 0.114 0.157 0.161 0.129 0.116 0.066 0.012 70 E 0.040 0.039 0.058 0.139 0.168 0.123 0.129 0.136 0.078 0.043 0.024 0.012 0.007 0.003 71 V 0.027 0.017 0.019 0.030 0.049 0.060 0.075 0.118 0.169 0.181 0.126 0.073 0.034 0.021 72 E 0.052 0.052 0.079 0.148 0.176 0.147 0.109 0.102 0.064 0.034 0.021 0.010 0.004 0.002 73 V 0.053 0.051 0.077 0.133 0.131 0.153 0.123 0.094 0.078 0.055 0.032 0.013 0.006 0.002 74 V 0.061 0.072 0.104 0.148 0.182 0.167 0.120 0.073 0.041 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 75 G 0.239 0.178 0.157 0.149 0.106 0.073 0.054 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.360 0.210 0.156 0.115 0.067 0.040 0.028 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.352 0.225 0.134 0.111 0.075 0.042 0.032 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.060 0.045 0.080 0.139 0.169 0.184 0.148 0.091 0.046 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 79 P 0.082 0.071 0.096 0.137 0.186 0.147 0.113 0.077 0.048 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 80 L 0.060 0.026 0.036 0.046 0.072 0.098 0.113 0.137 0.126 0.115 0.090 0.052 0.022 0.008 81 I 0.055 0.039 0.049 0.062 0.092 0.109 0.103 0.122 0.118 0.101 0.078 0.043 0.022 0.009 82 L 0.050 0.033 0.042 0.064 0.102 0.114 0.116 0.137 0.125 0.096 0.062 0.037 0.016 0.008 83 A 0.107 0.087 0.085 0.117 0.141 0.122 0.107 0.082 0.060 0.044 0.026 0.013 0.006 0.004