# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.203 0.070 0.141 0.493 2 K 0.186 0.112 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.094 0.124 0.076 0.386 3 L 0.305 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.052 0.087 0.077 0.429 4 S 0.042 0.010 0.002 0.001 0.003 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.156 0.044 0.109 0.601 5 R 0.006 0.003 0.004 0.001 0.044 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.037 0.099 0.681 6 L 0.027 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.031 0.125 0.675 7 V 0.530 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.092 0.049 0.290 8 P 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.107 0.853 9 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.014 0.164 0.749 10 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.081 0.084 0.362 11 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.357 0.059 0.074 0.466 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.014 0.009 0.003 0.749 0.029 0.033 0.135 13 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.024 0.007 0.844 0.026 0.010 0.058 14 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 0.652 0.048 0.030 0.239 15 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.827 0.016 0.024 0.110 16 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.065 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.441 0.033 0.060 0.341 17 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.082 0.032 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.042 0.073 0.291 18 E 0.118 0.018 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.059 0.105 0.456 19 V 0.143 0.197 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.073 0.070 0.481 20 S 0.037 0.604 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.030 0.269 21 G 0.014 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.006 0.043 22 E 0.015 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 0.032 23 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 24 H 0.017 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.012 25 E 0.015 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.007 0.035 26 K 0.059 0.741 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.073 0.022 0.061 27 L 0.071 0.086 0.268 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.491 0.019 0.054 28 V 0.675 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.040 0.197 29 G 0.043 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.082 0.819 30 M 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.034 0.162 0.728 31 G 0.016 0.004 0.003 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.035 0.153 0.732 32 F 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.126 0.812 33 V 0.454 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.101 0.070 0.303 34 P 0.069 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.044 0.129 0.708 35 G 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.020 0.142 0.695 36 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.677 0.019 0.056 0.230 37 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.044 0.038 0.268 38 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.002 0.010 0.014 0.005 0.004 0.631 0.033 0.032 0.249 39 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.013 0.008 0.839 0.027 0.011 0.071 40 I 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.008 0.657 0.064 0.026 0.212 41 V 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.620 0.034 0.035 0.265 42 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.022 0.050 0.218 43 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.021 0.099 0.709 44 A 0.129 0.003 0.002 0.001 0.011 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.128 0.099 0.391 45 P 0.227 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.059 0.071 0.583 46 L 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.124 0.825 47 G 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.010 0.183 0.718 48 D 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.317 0.066 0.115 0.465 49 P 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.048 0.003 0.007 0.002 0.005 0.003 0.297 0.099 0.104 0.392 50 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.013 0.013 0.008 0.785 0.061 0.018 0.078 51 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.017 0.029 0.019 0.678 0.070 0.017 0.115 52 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.045 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.642 0.028 0.007 0.032 53 K 0.008 0.002 0.001 0.001 0.035 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.739 0.047 0.026 0.127 54 I 0.351 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.227 0.044 0.109 55 G 0.026 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.028 0.169 0.552 56 N 0.017 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.100 0.163 0.476 57 R 0.007 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.356 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.067 0.069 0.181 58 N 0.035 0.235 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.067 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.239 0.121 0.046 0.189 59 I 0.039 0.262 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.005 0.202 0.027 0.009 0.003 0.193 0.077 0.022 0.119 60 T 0.060 0.116 0.020 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.147 0.028 0.006 0.223 0.148 0.035 0.158 61 L 0.094 0.185 0.013 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.003 0.260 0.126 0.054 0.241 62 R 0.109 0.205 0.015 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.112 0.101 0.341 63 K 0.092 0.158 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.110 0.091 0.457 64 R 0.116 0.100 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.144 0.098 0.432 65 E 0.171 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.123 0.092 0.465 66 A 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.080 0.142 0.587 67 D 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.066 0.074 0.320 68 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.611 0.062 0.034 0.277 69 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.736 0.024 0.029 0.196 70 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.867 0.021 0.011 0.085 71 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.012 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.499 0.053 0.039 0.343 72 E 0.007 0.002 0.001 0.001 0.024 0.008 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.680 0.044 0.035 0.182 73 V 0.131 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.093 0.071 0.516 74 V 0.138 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.057 0.081 0.610 75 G 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.016 0.087 0.806 76 G 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.022 0.125 0.728 77 E 0.027 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.030 0.132 0.694 78 L 0.166 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.084 0.066 0.103 0.483 79 P 0.123 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.013 0.010 0.008 0.003 0.043 0.073 0.094 0.585 80 L 0.121 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.010 0.014 0.005 0.128 0.068 0.107 0.513 81 I 0.046 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.103 0.036 0.105 0.685 82 L 0.040 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.030 0.112 0.695 83 A 0.049 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.036 0.113 0.688