# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.012 0.040 0.133 0.113 0.119 0.080 0.485 2 K 0.158 0.049 0.040 0.064 0.093 0.086 0.085 0.425 3 L 0.233 0.035 0.026 0.068 0.077 0.067 0.047 0.446 4 S 0.084 0.018 0.024 0.068 0.095 0.083 0.040 0.588 5 R 0.010 0.003 0.044 0.051 0.114 0.101 0.056 0.622 6 L 0.094 0.001 0.023 0.037 0.057 0.114 0.025 0.649 7 V 0.729 0.001 0.008 0.023 0.013 0.030 0.039 0.157 8 P 0.008 0.001 0.006 0.005 0.025 0.107 0.004 0.844 9 G 0.006 0.001 0.014 0.006 0.052 0.059 0.010 0.852 10 V 0.033 0.002 0.026 0.377 0.199 0.074 0.034 0.255 11 P 0.004 0.001 0.088 0.120 0.265 0.063 0.026 0.433 12 A 0.001 0.001 0.094 0.243 0.505 0.017 0.017 0.123 13 R 0.002 0.001 0.152 0.387 0.395 0.008 0.019 0.037 14 I 0.006 0.001 0.141 0.304 0.268 0.021 0.034 0.226 15 K 0.004 0.002 0.137 0.381 0.371 0.016 0.014 0.075 16 R 0.013 0.003 0.131 0.138 0.278 0.055 0.043 0.339 17 L 0.013 0.008 0.122 0.158 0.191 0.081 0.041 0.387 18 E 0.082 0.029 0.069 0.108 0.115 0.091 0.047 0.459 19 V 0.164 0.190 0.019 0.028 0.030 0.080 0.077 0.413 20 S 0.042 0.516 0.008 0.006 0.010 0.043 0.030 0.345 21 G 0.022 0.796 0.006 0.005 0.005 0.020 0.027 0.118 22 E 0.008 0.947 0.002 0.004 0.003 0.006 0.008 0.023 23 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 24 H 0.010 0.910 0.001 0.001 0.002 0.002 0.066 0.007 25 E 0.008 0.731 0.016 0.010 0.007 0.006 0.192 0.031 26 K 0.027 0.734 0.025 0.018 0.020 0.014 0.110 0.054 27 L 0.268 0.073 0.184 0.028 0.036 0.035 0.292 0.083 28 V 0.799 0.005 0.008 0.006 0.005 0.020 0.019 0.138 29 G 0.050 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.923 30 M 0.003 0.001 0.004 0.003 0.008 0.110 0.003 0.869 31 G 0.002 0.001 0.035 0.064 0.161 0.215 0.025 0.498 32 F 0.014 0.001 0.011 0.015 0.016 0.055 0.011 0.878 33 V 0.605 0.001 0.039 0.056 0.019 0.038 0.073 0.170 34 P 0.038 0.001 0.011 0.007 0.019 0.062 0.006 0.857 35 G 0.010 0.001 0.034 0.012 0.065 0.061 0.011 0.806 36 E 0.004 0.002 0.129 0.230 0.318 0.068 0.021 0.230 37 E 0.003 0.003 0.078 0.191 0.275 0.049 0.025 0.377 38 I 0.004 0.004 0.120 0.359 0.236 0.020 0.043 0.213 39 E 0.007 0.005 0.176 0.351 0.342 0.014 0.046 0.058 40 I 0.035 0.009 0.130 0.227 0.345 0.023 0.037 0.195 41 V 0.024 0.005 0.118 0.342 0.290 0.028 0.020 0.173 42 Q 0.011 0.003 0.041 0.196 0.320 0.054 0.038 0.338 43 V 0.014 0.001 0.042 0.089 0.130 0.078 0.035 0.611 44 A 0.393 0.002 0.018 0.108 0.080 0.069 0.036 0.294 45 P 0.427 0.001 0.006 0.012 0.013 0.053 0.028 0.460 46 L 0.009 0.001 0.007 0.006 0.024 0.132 0.009 0.813 47 G 0.007 0.001 0.006 0.003 0.013 0.060 0.008 0.902 48 D 0.123 0.005 0.017 0.122 0.076 0.144 0.079 0.434 49 P 0.004 0.002 0.060 0.054 0.128 0.091 0.028 0.633 50 I 0.001 0.001 0.168 0.192 0.541 0.015 0.016 0.067 51 V 0.001 0.001 0.177 0.298 0.388 0.009 0.039 0.089 52 C 0.001 0.001 0.321 0.451 0.163 0.006 0.015 0.044 53 K 0.066 0.003 0.259 0.207 0.299 0.019 0.045 0.102 54 I 0.248 0.004 0.141 0.052 0.049 0.064 0.058 0.385 55 G 0.033 0.004 0.063 0.024 0.078 0.108 0.009 0.681 56 N 0.004 0.004 0.031 0.015 0.083 0.067 0.056 0.740 57 R 0.003 0.018 0.077 0.242 0.324 0.065 0.077 0.194 58 N 0.006 0.021 0.077 0.327 0.318 0.019 0.106 0.125 59 I 0.013 0.061 0.080 0.366 0.195 0.030 0.037 0.217 60 T 0.009 0.058 0.252 0.172 0.289 0.021 0.084 0.115 61 L 0.015 0.117 0.148 0.201 0.183 0.036 0.160 0.141 62 R 0.100 0.355 0.050 0.067 0.084 0.030 0.176 0.137 63 K 0.132 0.267 0.029 0.043 0.047 0.056 0.152 0.275 64 R 0.042 0.219 0.032 0.033 0.048 0.071 0.102 0.452 65 E 0.218 0.123 0.022 0.023 0.045 0.062 0.108 0.399 66 A 0.113 0.034 0.024 0.023 0.026 0.100 0.113 0.566 67 D 0.030 0.031 0.042 0.045 0.098 0.098 0.037 0.619 68 L 0.013 0.010 0.032 0.024 0.088 0.075 0.033 0.726 69 I 0.007 0.010 0.137 0.241 0.219 0.100 0.031 0.256 70 E 0.012 0.013 0.140 0.148 0.314 0.053 0.056 0.262 71 V 0.019 0.017 0.118 0.201 0.152 0.058 0.079 0.357 72 E 0.049 0.020 0.155 0.186 0.153 0.069 0.067 0.303 73 V 0.155 0.015 0.055 0.052 0.052 0.069 0.075 0.526 74 V 0.191 0.022 0.027 0.029 0.033 0.076 0.043 0.579 75 G 0.097 0.011 0.012 0.011 0.019 0.072 0.026 0.752 76 G 0.019 0.016 0.007 0.017 0.025 0.102 0.021 0.794 77 E 0.032 0.029 0.012 0.019 0.027 0.096 0.025 0.760 78 L 0.147 0.081 0.020 0.065 0.053 0.096 0.084 0.454 79 P 0.101 0.073 0.027 0.046 0.066 0.078 0.063 0.546 80 L 0.087 0.034 0.034 0.053 0.085 0.082 0.076 0.549 81 I 0.061 0.021 0.031 0.061 0.080 0.109 0.074 0.564 82 L 0.059 0.021 0.019 0.035 0.057 0.091 0.065 0.653 83 A 0.048 0.020 0.017 0.031 0.053 0.103 0.046 0.682