# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.317 0.083 0.029 0.057 0.069 0.069 0.102 0.085 0.082 0.070 0.039 2 K 0.150 0.395 0.056 0.215 0.127 0.030 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 3 L 0.015 0.011 0.008 0.032 0.021 0.048 0.108 0.112 0.218 0.174 0.253 4 S 0.154 0.164 0.053 0.241 0.210 0.076 0.060 0.019 0.014 0.007 0.003 5 R 0.107 0.320 0.076 0.268 0.148 0.039 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 6 L 0.004 0.004 0.004 0.014 0.015 0.036 0.091 0.119 0.229 0.209 0.276 7 V 0.115 0.333 0.062 0.222 0.133 0.050 0.045 0.018 0.011 0.007 0.003 8 P 0.264 0.361 0.076 0.139 0.080 0.029 0.025 0.013 0.007 0.004 0.002 9 G 0.628 0.163 0.024 0.081 0.046 0.026 0.014 0.007 0.005 0.003 0.002 10 V 0.081 0.117 0.024 0.125 0.117 0.149 0.183 0.087 0.062 0.036 0.020 11 P 0.201 0.242 0.045 0.293 0.143 0.043 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 12 A 0.013 0.010 0.013 0.020 0.031 0.058 0.126 0.144 0.193 0.206 0.185 13 R 0.019 0.110 0.053 0.359 0.284 0.084 0.056 0.019 0.010 0.005 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.023 0.048 0.180 0.327 0.405 15 K 0.016 0.039 0.065 0.306 0.312 0.122 0.084 0.025 0.015 0.010 0.004 16 R 0.047 0.196 0.110 0.278 0.147 0.090 0.065 0.024 0.022 0.013 0.007 17 L 0.007 0.004 0.004 0.013 0.022 0.035 0.093 0.178 0.212 0.207 0.226 18 E 0.199 0.266 0.098 0.209 0.132 0.031 0.030 0.016 0.009 0.007 0.002 19 V 0.014 0.049 0.038 0.072 0.050 0.081 0.130 0.106 0.165 0.166 0.128 20 S 0.140 0.373 0.054 0.182 0.137 0.049 0.039 0.014 0.007 0.003 0.001 21 G 0.761 0.118 0.025 0.035 0.021 0.012 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 22 E 0.393 0.222 0.079 0.181 0.072 0.030 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 23 L 0.006 0.011 0.015 0.035 0.034 0.087 0.236 0.165 0.197 0.123 0.090 24 H 0.006 0.016 0.048 0.126 0.186 0.213 0.222 0.095 0.052 0.026 0.010 25 E 0.031 0.045 0.533 0.204 0.093 0.050 0.026 0.008 0.005 0.003 0.001 26 K 0.003 0.008 0.074 0.087 0.123 0.190 0.263 0.122 0.079 0.034 0.018 27 L 0.001 0.002 0.011 0.006 0.008 0.014 0.061 0.107 0.214 0.300 0.276 28 V 0.003 0.011 0.129 0.142 0.212 0.163 0.163 0.077 0.050 0.038 0.011 29 G 0.029 0.056 0.365 0.221 0.144 0.069 0.060 0.026 0.018 0.010 0.004 30 M 0.011 0.009 0.013 0.019 0.026 0.060 0.220 0.168 0.226 0.156 0.092 31 G 0.202 0.135 0.035 0.094 0.086 0.073 0.123 0.083 0.088 0.049 0.033 32 F 0.015 0.014 0.017 0.043 0.038 0.056 0.126 0.109 0.210 0.183 0.190 33 V 0.053 0.116 0.039 0.127 0.121 0.123 0.130 0.086 0.092 0.064 0.050 34 P 0.153 0.584 0.031 0.104 0.074 0.019 0.018 0.008 0.004 0.003 0.002 35 G 0.742 0.131 0.008 0.045 0.033 0.016 0.010 0.007 0.004 0.003 0.003 36 E 0.274 0.377 0.032 0.120 0.108 0.039 0.027 0.010 0.006 0.004 0.002 37 E 0.122 0.249 0.029 0.294 0.189 0.048 0.042 0.017 0.007 0.003 0.001 38 I 0.002 0.002 0.002 0.007 0.013 0.042 0.115 0.177 0.233 0.201 0.207 39 E 0.037 0.119 0.125 0.508 0.165 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.003 0.006 0.010 0.010 0.023 0.068 0.126 0.234 0.246 0.272 41 V 0.008 0.015 0.027 0.100 0.120 0.096 0.142 0.115 0.139 0.144 0.094 42 Q 0.027 0.069 0.192 0.213 0.159 0.112 0.103 0.047 0.039 0.028 0.012 43 V 0.036 0.046 0.119 0.199 0.175 0.134 0.131 0.064 0.048 0.032 0.018 44 A 0.055 0.029 0.029 0.058 0.054 0.085 0.199 0.134 0.173 0.117 0.066 45 P 0.200 0.180 0.064 0.154 0.107 0.080 0.089 0.046 0.040 0.025 0.016 46 L 0.098 0.076 0.043 0.098 0.085 0.113 0.153 0.104 0.098 0.071 0.062 47 G 0.387 0.166 0.045 0.117 0.089 0.061 0.053 0.030 0.025 0.017 0.011 48 D 0.059 0.075 0.028 0.111 0.121 0.134 0.167 0.108 0.092 0.063 0.043 49 P 0.054 0.058 0.036 0.108 0.119 0.137 0.133 0.107 0.099 0.085 0.066 50 I 0.005 0.010 0.013 0.034 0.048 0.105 0.170 0.206 0.161 0.143 0.105 51 V 0.007 0.035 0.049 0.174 0.146 0.136 0.138 0.115 0.092 0.069 0.038 52 C 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.040 0.131 0.211 0.297 0.296 53 K 0.019 0.065 0.073 0.263 0.248 0.109 0.095 0.050 0.037 0.028 0.013 54 I 0.002 0.002 0.005 0.007 0.006 0.015 0.040 0.080 0.191 0.293 0.360 55 G 0.071 0.165 0.067 0.297 0.215 0.078 0.057 0.021 0.015 0.010 0.004 56 N 0.232 0.220 0.063 0.142 0.105 0.054 0.061 0.041 0.040 0.028 0.013 57 R 0.064 0.073 0.030 0.129 0.152 0.159 0.152 0.081 0.076 0.055 0.030 58 N 0.054 0.097 0.056 0.186 0.162 0.130 0.147 0.073 0.054 0.028 0.013 59 I 0.005 0.011 0.021 0.036 0.044 0.062 0.153 0.168 0.200 0.188 0.112 60 T 0.017 0.034 0.078 0.142 0.130 0.101 0.172 0.119 0.100 0.067 0.041 61 L 0.002 0.007 0.028 0.027 0.027 0.046 0.116 0.145 0.214 0.235 0.152 62 R 0.010 0.050 0.094 0.133 0.138 0.130 0.188 0.088 0.080 0.062 0.028 63 K 0.020 0.028 0.067 0.140 0.159 0.191 0.207 0.095 0.049 0.029 0.013 64 R 0.507 0.086 0.176 0.118 0.054 0.021 0.018 0.008 0.005 0.004 0.001 65 E 0.052 0.135 0.085 0.204 0.150 0.123 0.140 0.051 0.036 0.018 0.008 66 A 0.005 0.005 0.011 0.017 0.018 0.050 0.104 0.113 0.224 0.225 0.229 67 D 0.086 0.094 0.330 0.289 0.123 0.048 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 68 L 0.008 0.056 0.172 0.273 0.208 0.155 0.079 0.024 0.015 0.006 0.003 69 I 0.003 0.003 0.006 0.005 0.009 0.017 0.076 0.137 0.217 0.256 0.269 70 E 0.021 0.087 0.116 0.284 0.306 0.084 0.065 0.022 0.010 0.005 0.001 71 V 0.001 0.004 0.037 0.016 0.011 0.019 0.046 0.067 0.219 0.298 0.281 72 E 0.042 0.063 0.083 0.286 0.299 0.078 0.093 0.026 0.018 0.009 0.003 73 V 0.079 0.131 0.078 0.130 0.104 0.092 0.133 0.090 0.082 0.053 0.027 74 V 0.064 0.090 0.043 0.145 0.138 0.159 0.146 0.073 0.064 0.047 0.032 75 G 0.347 0.277 0.064 0.114 0.069 0.039 0.044 0.023 0.013 0.007 0.003 76 G 0.423 0.167 0.057 0.119 0.092 0.045 0.040 0.027 0.015 0.010 0.004 77 E 0.415 0.264 0.063 0.112 0.064 0.031 0.025 0.012 0.008 0.005 0.002 78 L 0.052 0.050 0.028 0.090 0.097 0.145 0.203 0.147 0.099 0.056 0.033 79 P 0.409 0.183 0.110 0.129 0.067 0.038 0.031 0.016 0.010 0.006 0.002 80 L 0.117 0.090 0.096 0.162 0.142 0.139 0.122 0.064 0.037 0.023 0.010 81 I 0.128 0.105 0.083 0.112 0.092 0.100 0.132 0.082 0.076 0.058 0.031 82 L 0.087 0.095 0.070 0.144 0.144 0.151 0.150 0.075 0.045 0.026 0.013 83 A 0.434 0.136 0.153 0.106 0.059 0.037 0.030 0.019 0.013 0.009 0.004