# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.008 0.004 0.050 0.055 0.069 0.083 0.001 0.001 0.006 0.640 2 K 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.081 0.001 0.001 0.001 0.900 3 L 0.075 0.007 0.002 0.070 0.039 0.104 0.068 0.001 0.001 0.004 0.631 4 S 0.033 0.029 0.001 0.086 0.067 0.062 0.247 0.001 0.001 0.010 0.464 5 R 0.167 0.025 0.002 0.047 0.028 0.058 0.131 0.004 0.001 0.015 0.523 6 L 0.295 0.052 0.006 0.244 0.037 0.075 0.075 0.002 0.001 0.018 0.196 7 V 0.035 0.012 0.003 0.039 0.039 0.032 0.291 0.002 0.001 0.004 0.543 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.997 9 G 0.019 0.002 0.003 0.035 0.087 0.304 0.072 0.001 0.001 0.009 0.468 10 V 0.832 0.001 0.001 0.017 0.025 0.026 0.024 0.001 0.001 0.003 0.072 11 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.977 12 A 0.009 0.001 0.001 0.126 0.319 0.448 0.009 0.001 0.001 0.001 0.087 13 R 0.007 0.001 0.001 0.397 0.223 0.173 0.036 0.001 0.001 0.002 0.161 14 I 0.009 0.001 0.001 0.154 0.261 0.402 0.020 0.001 0.001 0.003 0.149 15 K 0.005 0.001 0.001 0.173 0.315 0.491 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 16 R 0.001 0.001 0.001 0.047 0.153 0.266 0.092 0.001 0.001 0.001 0.439 17 L 0.007 0.001 0.001 0.083 0.291 0.507 0.019 0.001 0.001 0.002 0.087 18 E 0.012 0.004 0.001 0.037 0.154 0.191 0.140 0.001 0.001 0.004 0.457 19 V 0.015 0.005 0.001 0.027 0.100 0.177 0.141 0.001 0.001 0.005 0.528 20 S 0.009 0.004 0.001 0.009 0.014 0.059 0.229 0.001 0.001 0.003 0.672 21 G 0.078 0.008 0.001 0.012 0.006 0.015 0.096 0.001 0.001 0.038 0.747 22 E 0.045 0.025 0.006 0.005 0.003 0.005 0.323 0.001 0.001 0.006 0.582 23 L 0.070 0.140 0.005 0.009 0.008 0.021 0.290 0.001 0.001 0.007 0.449 24 H 0.053 0.563 0.002 0.010 0.003 0.019 0.031 0.001 0.001 0.002 0.314 25 E 0.021 0.770 0.001 0.003 0.004 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.176 26 K 0.037 0.823 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.115 27 L 0.028 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.033 28 V 0.013 0.954 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 29 G 0.039 0.895 0.007 0.002 0.005 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.028 30 M 0.174 0.684 0.004 0.004 0.004 0.004 0.005 0.075 0.001 0.001 0.045 31 G 0.302 0.191 0.020 0.016 0.007 0.010 0.006 0.183 0.001 0.013 0.252 32 F 0.078 0.017 0.613 0.044 0.007 0.009 0.058 0.008 0.001 0.003 0.164 33 V 0.063 0.010 0.017 0.119 0.066 0.046 0.363 0.003 0.001 0.004 0.309 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.994 35 G 0.010 0.003 0.002 0.101 0.097 0.215 0.071 0.001 0.001 0.006 0.494 36 E 0.770 0.001 0.001 0.026 0.056 0.053 0.022 0.001 0.001 0.003 0.069 37 E 0.009 0.001 0.001 0.012 0.031 0.032 0.110 0.001 0.001 0.001 0.804 38 I 0.018 0.001 0.001 0.081 0.302 0.418 0.021 0.001 0.001 0.001 0.157 39 E 0.007 0.001 0.001 0.183 0.421 0.328 0.016 0.001 0.001 0.001 0.043 40 I 0.002 0.001 0.001 0.073 0.269 0.279 0.037 0.001 0.001 0.001 0.340 41 V 0.002 0.001 0.001 0.261 0.234 0.486 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 42 Q 0.003 0.002 0.001 0.127 0.343 0.406 0.024 0.001 0.001 0.001 0.094 43 V 0.003 0.003 0.001 0.118 0.157 0.409 0.026 0.001 0.001 0.002 0.280 44 A 0.019 0.002 0.001 0.159 0.224 0.420 0.033 0.001 0.001 0.003 0.140 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.974 46 L 0.012 0.002 0.001 0.021 0.064 0.166 0.059 0.001 0.001 0.002 0.673 47 G 0.107 0.004 0.001 0.029 0.041 0.067 0.067 0.001 0.001 0.032 0.653 48 D 0.398 0.001 0.004 0.015 0.036 0.035 0.101 0.001 0.001 0.007 0.403 49 P 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.957 50 I 0.011 0.001 0.001 0.099 0.274 0.349 0.128 0.001 0.001 0.003 0.135 51 V 0.030 0.002 0.001 0.180 0.162 0.333 0.061 0.001 0.001 0.003 0.228 52 C 0.008 0.003 0.001 0.183 0.312 0.423 0.011 0.001 0.001 0.002 0.058 53 K 0.003 0.006 0.001 0.164 0.388 0.312 0.019 0.001 0.001 0.001 0.106 54 I 0.001 0.004 0.001 0.052 0.348 0.512 0.011 0.001 0.001 0.001 0.072 55 G 0.005 0.005 0.001 0.055 0.161 0.370 0.100 0.001 0.001 0.004 0.298 56 N 0.062 0.003 0.002 0.031 0.039 0.062 0.158 0.001 0.001 0.015 0.628 57 R 0.214 0.010 0.005 0.036 0.108 0.167 0.141 0.001 0.001 0.007 0.312 58 N 0.057 0.013 0.004 0.040 0.101 0.145 0.154 0.001 0.001 0.008 0.476 59 I 0.036 0.017 0.003 0.046 0.210 0.338 0.063 0.001 0.001 0.004 0.283 60 T 0.022 0.052 0.002 0.051 0.221 0.343 0.090 0.001 0.001 0.004 0.214 61 L 0.034 0.102 0.001 0.041 0.226 0.337 0.059 0.001 0.001 0.004 0.194 62 R 0.026 0.197 0.002 0.025 0.125 0.273 0.106 0.003 0.001 0.003 0.241 63 K 0.074 0.156 0.004 0.031 0.066 0.165 0.045 0.004 0.001 0.004 0.450 64 R 0.033 0.115 0.008 0.010 0.039 0.068 0.096 0.004 0.001 0.004 0.626 65 E 0.138 0.179 0.013 0.017 0.040 0.065 0.132 0.005 0.001 0.008 0.402 66 A 0.150 0.391 0.010 0.025 0.049 0.081 0.023 0.006 0.001 0.004 0.260 67 D 0.085 0.350 0.007 0.025 0.136 0.137 0.054 0.007 0.001 0.005 0.192 68 L 0.435 0.139 0.009 0.029 0.042 0.057 0.064 0.012 0.001 0.006 0.208 69 I 0.266 0.154 0.018 0.084 0.174 0.181 0.026 0.010 0.001 0.003 0.083 70 E 0.025 0.026 0.014 0.202 0.286 0.254 0.035 0.003 0.001 0.002 0.152 71 V 0.005 0.012 0.013 0.193 0.224 0.336 0.017 0.001 0.001 0.001 0.197 72 E 0.005 0.003 0.001 0.197 0.258 0.501 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 73 V 0.001 0.002 0.001 0.026 0.039 0.057 0.035 0.001 0.001 0.001 0.839 74 V 0.005 0.003 0.001 0.117 0.159 0.511 0.026 0.001 0.001 0.001 0.177 75 G 0.018 0.003 0.001 0.034 0.028 0.049 0.114 0.001 0.001 0.007 0.746 76 G 0.094 0.007 0.002 0.025 0.029 0.045 0.111 0.001 0.001 0.011 0.676 77 E 0.090 0.007 0.003 0.013 0.013 0.032 0.122 0.001 0.001 0.005 0.715 78 L 0.107 0.011 0.004 0.031 0.061 0.086 0.108 0.001 0.001 0.004 0.587 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.988 80 L 0.025 0.013 0.001 0.023 0.070 0.173 0.073 0.001 0.001 0.002 0.622 81 I 0.104 0.102 0.001 0.032 0.065 0.078 0.086 0.001 0.001 0.006 0.526 82 L 0.097 0.153 0.002 0.027 0.084 0.135 0.052 0.002 0.001 0.004 0.445 83 A 0.078 0.136 0.002 0.026 0.052 0.078 0.063 0.003 0.001 0.003 0.559