# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.011 0.139 0.052 0.070 0.090 0.013 0.530 2 K 0.018 0.006 0.034 0.029 0.043 0.071 0.004 0.796 3 L 0.029 0.010 0.075 0.037 0.156 0.078 0.003 0.612 4 S 0.042 0.028 0.036 0.069 0.108 0.315 0.008 0.395 5 R 0.288 0.023 0.020 0.025 0.040 0.190 0.031 0.383 6 L 0.403 0.061 0.061 0.036 0.045 0.048 0.030 0.316 7 V 0.081 0.043 0.065 0.108 0.101 0.119 0.012 0.470 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.035 0.012 0.027 0.075 0.216 0.090 0.049 0.496 10 V 0.761 0.001 0.018 0.025 0.019 0.032 0.011 0.134 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 A 0.012 0.001 0.121 0.239 0.494 0.042 0.001 0.092 13 R 0.066 0.001 0.263 0.262 0.234 0.026 0.003 0.146 14 I 0.007 0.001 0.189 0.223 0.389 0.018 0.001 0.174 15 K 0.002 0.001 0.436 0.289 0.257 0.005 0.001 0.011 16 R 0.002 0.001 0.102 0.210 0.336 0.017 0.001 0.334 17 L 0.003 0.001 0.348 0.119 0.393 0.018 0.001 0.117 18 E 0.005 0.001 0.079 0.156 0.180 0.110 0.002 0.468 19 V 0.015 0.003 0.070 0.056 0.156 0.088 0.003 0.608 20 S 0.010 0.004 0.022 0.012 0.049 0.191 0.003 0.707 21 G 0.066 0.008 0.010 0.007 0.013 0.080 0.009 0.807 22 E 0.090 0.018 0.006 0.004 0.005 0.331 0.007 0.538 23 L 0.128 0.137 0.011 0.007 0.018 0.240 0.010 0.448 24 H 0.053 0.525 0.014 0.010 0.027 0.064 0.006 0.301 25 E 0.016 0.630 0.008 0.006 0.013 0.061 0.005 0.261 26 K 0.035 0.802 0.006 0.005 0.007 0.016 0.006 0.122 27 L 0.024 0.906 0.004 0.004 0.010 0.004 0.005 0.042 28 V 0.018 0.874 0.006 0.006 0.019 0.009 0.009 0.057 29 G 0.043 0.863 0.007 0.005 0.005 0.005 0.013 0.059 30 M 0.176 0.644 0.017 0.014 0.008 0.005 0.073 0.062 31 G 0.798 0.019 0.005 0.006 0.003 0.004 0.104 0.061 32 F 0.031 0.027 0.707 0.032 0.025 0.012 0.028 0.139 33 V 0.031 0.016 0.075 0.142 0.191 0.138 0.011 0.396 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.009 0.005 0.076 0.131 0.188 0.190 0.017 0.383 36 E 0.855 0.001 0.018 0.012 0.013 0.038 0.006 0.058 37 E 0.019 0.001 0.026 0.103 0.077 0.053 0.002 0.720 38 I 0.015 0.001 0.029 0.366 0.517 0.023 0.001 0.049 39 E 0.005 0.001 0.066 0.482 0.394 0.007 0.001 0.045 40 I 0.001 0.001 0.025 0.278 0.538 0.009 0.001 0.148 41 V 0.001 0.001 0.174 0.327 0.481 0.004 0.001 0.012 42 Q 0.001 0.002 0.054 0.415 0.456 0.012 0.001 0.060 43 V 0.004 0.003 0.089 0.098 0.566 0.017 0.004 0.219 44 A 0.019 0.004 0.125 0.199 0.284 0.083 0.005 0.283 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.018 0.002 0.021 0.047 0.142 0.130 0.009 0.630 47 G 0.195 0.006 0.020 0.024 0.027 0.069 0.046 0.613 48 D 0.277 0.003 0.026 0.036 0.035 0.137 0.012 0.474 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 50 I 0.021 0.003 0.075 0.158 0.356 0.199 0.003 0.187 51 V 0.085 0.006 0.156 0.208 0.320 0.056 0.004 0.165 52 C 0.010 0.012 0.124 0.409 0.337 0.015 0.002 0.092 53 K 0.011 0.008 0.141 0.267 0.395 0.026 0.003 0.150 54 I 0.009 0.008 0.121 0.248 0.378 0.033 0.004 0.199 55 G 0.004 0.004 0.038 0.084 0.146 0.059 0.006 0.659 56 N 0.030 0.003 0.027 0.049 0.078 0.120 0.021 0.671 57 R 0.245 0.004 0.050 0.037 0.052 0.198 0.015 0.397 58 N 0.080 0.006 0.091 0.127 0.158 0.179 0.006 0.354 59 I 0.029 0.017 0.107 0.250 0.363 0.059 0.004 0.172 60 T 0.025 0.022 0.133 0.192 0.399 0.059 0.004 0.166 61 L 0.035 0.037 0.079 0.211 0.318 0.082 0.004 0.235 62 R 0.049 0.076 0.045 0.141 0.311 0.150 0.010 0.218 63 K 0.055 0.100 0.058 0.044 0.224 0.095 0.014 0.410 64 R 0.025 0.086 0.009 0.011 0.032 0.168 0.010 0.660 65 E 0.146 0.153 0.003 0.007 0.016 0.222 0.020 0.433 66 A 0.141 0.584 0.007 0.009 0.016 0.041 0.020 0.182 67 D 0.051 0.739 0.011 0.019 0.020 0.022 0.021 0.116 68 L 0.120 0.436 0.045 0.026 0.033 0.035 0.056 0.249 69 I 0.125 0.402 0.095 0.135 0.093 0.025 0.024 0.101 70 E 0.017 0.075 0.164 0.269 0.242 0.023 0.008 0.203 71 V 0.009 0.028 0.148 0.239 0.284 0.018 0.006 0.269 72 E 0.010 0.009 0.432 0.272 0.175 0.014 0.004 0.083 73 V 0.005 0.011 0.059 0.146 0.124 0.025 0.002 0.628 74 V 0.008 0.013 0.234 0.123 0.325 0.033 0.004 0.260 75 G 0.011 0.006 0.030 0.039 0.068 0.076 0.005 0.765 76 G 0.064 0.007 0.018 0.019 0.034 0.070 0.018 0.770 77 E 0.178 0.011 0.018 0.013 0.021 0.138 0.024 0.597 78 L 0.152 0.019 0.034 0.044 0.049 0.094 0.010 0.599 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 80 L 0.016 0.013 0.023 0.047 0.127 0.103 0.004 0.666 81 I 0.275 0.063 0.035 0.048 0.068 0.089 0.012 0.409 82 L 0.153 0.132 0.044 0.077 0.133 0.069 0.010 0.382 83 A 0.106 0.119 0.041 0.058 0.090 0.076 0.011 0.499