# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.466 0.296 0.028 0.086 0.021 0.020 0.003 0.050 0.003 0.001 2 K 0.049 0.117 0.695 0.012 0.018 0.072 0.003 0.001 0.028 0.001 0.003 3 L 0.514 0.075 0.306 0.038 0.014 0.036 0.002 0.001 0.007 0.002 0.007 4 S 0.639 0.097 0.053 0.137 0.050 0.006 0.006 0.001 0.005 0.004 0.001 5 R 0.222 0.131 0.110 0.250 0.076 0.039 0.125 0.022 0.016 0.007 0.002 6 L 0.113 0.234 0.457 0.106 0.012 0.030 0.018 0.002 0.025 0.002 0.001 7 V 0.012 0.328 0.401 0.002 0.021 0.007 0.001 0.001 0.226 0.001 0.001 8 P 0.057 0.002 0.849 0.010 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.071 9 G 0.007 0.003 0.013 0.007 0.025 0.004 0.025 0.883 0.002 0.031 0.001 10 V 0.007 0.233 0.672 0.003 0.034 0.005 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 11 P 0.055 0.007 0.809 0.010 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.097 12 A 0.010 0.711 0.086 0.011 0.160 0.005 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 13 R 0.005 0.839 0.105 0.003 0.035 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 I 0.006 0.383 0.505 0.005 0.006 0.063 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 15 K 0.044 0.708 0.099 0.027 0.090 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 16 R 0.017 0.472 0.092 0.044 0.241 0.046 0.029 0.005 0.051 0.002 0.001 17 L 0.015 0.780 0.140 0.009 0.034 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 18 E 0.070 0.369 0.329 0.031 0.054 0.100 0.006 0.001 0.037 0.002 0.001 19 V 0.144 0.441 0.200 0.048 0.094 0.045 0.004 0.001 0.019 0.004 0.001 20 S 0.343 0.048 0.202 0.207 0.039 0.057 0.074 0.002 0.020 0.004 0.003 21 G 0.360 0.009 0.039 0.026 0.072 0.008 0.082 0.269 0.004 0.131 0.001 22 E 0.820 0.021 0.086 0.033 0.008 0.023 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 23 L 0.916 0.016 0.024 0.026 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 24 H 0.981 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.990 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.984 0.002 0.002 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.961 0.004 0.006 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 V 0.961 0.003 0.011 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.883 0.005 0.007 0.089 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.286 0.011 0.038 0.641 0.004 0.002 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 31 G 0.068 0.007 0.041 0.043 0.041 0.003 0.211 0.435 0.002 0.150 0.001 32 F 0.093 0.176 0.512 0.108 0.019 0.041 0.024 0.002 0.021 0.002 0.001 33 V 0.003 0.559 0.310 0.002 0.036 0.005 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 34 P 0.036 0.002 0.885 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 35 G 0.016 0.015 0.057 0.013 0.068 0.007 0.029 0.717 0.009 0.067 0.001 36 E 0.051 0.382 0.432 0.039 0.069 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.003 37 E 0.021 0.360 0.486 0.036 0.023 0.036 0.011 0.002 0.016 0.001 0.007 38 I 0.002 0.847 0.106 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.008 0.594 0.287 0.004 0.041 0.039 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 40 I 0.013 0.469 0.434 0.006 0.017 0.036 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 41 V 0.042 0.699 0.147 0.013 0.042 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 42 Q 0.051 0.601 0.134 0.029 0.111 0.045 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 43 V 0.045 0.731 0.082 0.032 0.076 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 44 A 0.013 0.205 0.372 0.002 0.066 0.022 0.004 0.001 0.313 0.003 0.001 45 P 0.196 0.006 0.721 0.016 0.001 0.019 0.002 0.001 0.003 0.001 0.034 46 L 0.207 0.106 0.262 0.327 0.031 0.010 0.038 0.005 0.009 0.003 0.001 47 G 0.013 0.005 0.023 0.017 0.065 0.005 0.042 0.634 0.003 0.191 0.001 48 D 0.002 0.201 0.470 0.005 0.063 0.007 0.010 0.001 0.236 0.004 0.001 49 P 0.056 0.002 0.837 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 50 I 0.049 0.637 0.208 0.040 0.041 0.010 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 51 V 0.007 0.756 0.190 0.008 0.016 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 52 C 0.003 0.871 0.076 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 K 0.006 0.752 0.146 0.002 0.034 0.035 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 54 I 0.036 0.280 0.480 0.034 0.023 0.084 0.003 0.001 0.057 0.001 0.002 55 G 0.090 0.024 0.049 0.061 0.127 0.012 0.097 0.271 0.004 0.265 0.001 56 N 0.012 0.032 0.026 0.343 0.052 0.024 0.449 0.042 0.012 0.009 0.001 57 R 0.027 0.592 0.230 0.068 0.037 0.009 0.023 0.002 0.012 0.002 0.001 58 N 0.071 0.467 0.279 0.030 0.064 0.061 0.008 0.001 0.016 0.001 0.002 59 I 0.041 0.727 0.138 0.015 0.045 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 60 T 0.084 0.637 0.132 0.014 0.053 0.046 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 61 L 0.143 0.452 0.200 0.032 0.087 0.054 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 62 R 0.197 0.439 0.169 0.032 0.095 0.040 0.006 0.001 0.018 0.003 0.001 63 K 0.655 0.097 0.135 0.040 0.024 0.029 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 64 R 0.620 0.065 0.069 0.102 0.055 0.025 0.039 0.009 0.012 0.004 0.001 65 E 0.333 0.118 0.052 0.344 0.052 0.027 0.056 0.004 0.011 0.002 0.001 66 A 0.347 0.233 0.204 0.059 0.056 0.034 0.019 0.004 0.041 0.003 0.001 67 D 0.548 0.092 0.152 0.142 0.018 0.021 0.016 0.002 0.005 0.001 0.002 68 L 0.090 0.371 0.147 0.264 0.049 0.021 0.035 0.003 0.019 0.001 0.001 69 I 0.007 0.776 0.176 0.007 0.025 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 70 E 0.022 0.352 0.511 0.007 0.017 0.059 0.006 0.001 0.024 0.001 0.002 71 V 0.007 0.791 0.143 0.005 0.024 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 72 E 0.028 0.569 0.248 0.006 0.050 0.060 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 73 V 0.090 0.276 0.420 0.026 0.033 0.107 0.006 0.001 0.038 0.001 0.002 74 V 0.184 0.286 0.239 0.157 0.043 0.039 0.014 0.001 0.033 0.002 0.002 75 G 0.104 0.024 0.117 0.091 0.146 0.015 0.121 0.152 0.012 0.219 0.001 76 G 0.161 0.042 0.174 0.083 0.148 0.020 0.075 0.120 0.009 0.168 0.001 77 E 0.192 0.181 0.310 0.175 0.039 0.055 0.017 0.002 0.019 0.004 0.005 78 L 0.042 0.248 0.473 0.007 0.046 0.021 0.004 0.001 0.154 0.002 0.002 79 P 0.247 0.005 0.680 0.011 0.002 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.037 80 L 0.411 0.188 0.215 0.101 0.029 0.028 0.007 0.005 0.015 0.001 0.001 81 I 0.208 0.367 0.247 0.071 0.041 0.036 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 82 L 0.227 0.259 0.276 0.106 0.047 0.044 0.016 0.001 0.021 0.002 0.002 83 A 0.290 0.169 0.248 0.094 0.083 0.040 0.030 0.008 0.025 0.013 0.001