# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.398 0.221 0.010 0.264 0.007 0.007 0.008 0.007 0.014 0.009 2 K 0.180 0.262 0.025 0.002 0.480 0.001 0.003 0.008 0.005 0.005 0.029 3 L 0.285 0.067 0.008 0.009 0.108 0.011 0.010 0.074 0.190 0.034 0.204 4 S 0.008 0.037 0.032 0.044 0.029 0.230 0.351 0.148 0.093 0.023 0.005 5 R 0.094 0.074 0.023 0.008 0.176 0.004 0.017 0.089 0.088 0.391 0.035 6 L 0.123 0.237 0.099 0.010 0.255 0.008 0.012 0.043 0.080 0.094 0.038 7 V 0.042 0.189 0.594 0.015 0.091 0.031 0.015 0.011 0.006 0.002 0.004 8 P 0.012 0.324 0.041 0.020 0.029 0.027 0.283 0.106 0.146 0.008 0.005 9 G 0.013 0.004 0.009 0.028 0.005 0.009 0.007 0.007 0.012 0.739 0.166 10 V 0.021 0.601 0.128 0.005 0.206 0.005 0.008 0.004 0.004 0.009 0.008 11 P 0.414 0.065 0.006 0.005 0.243 0.018 0.031 0.005 0.008 0.029 0.175 12 A 0.129 0.224 0.031 0.007 0.587 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 13 R 0.187 0.061 0.003 0.001 0.739 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 14 I 0.674 0.023 0.002 0.001 0.177 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 15 K 0.092 0.188 0.066 0.025 0.389 0.129 0.050 0.005 0.006 0.014 0.036 16 R 0.324 0.059 0.009 0.002 0.574 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 17 L 0.229 0.191 0.017 0.008 0.428 0.009 0.005 0.004 0.005 0.017 0.087 18 E 0.184 0.166 0.181 0.045 0.226 0.054 0.063 0.013 0.005 0.016 0.047 19 V 0.081 0.180 0.150 0.092 0.121 0.046 0.043 0.109 0.080 0.050 0.048 20 S 0.018 0.081 0.046 0.191 0.035 0.125 0.051 0.202 0.138 0.099 0.013 21 G 0.011 0.018 0.026 0.037 0.015 0.022 0.026 0.373 0.206 0.243 0.024 22 E 0.013 0.048 0.020 0.003 0.026 0.003 0.012 0.718 0.094 0.053 0.011 23 L 0.014 0.028 0.008 0.001 0.017 0.002 0.005 0.765 0.116 0.037 0.007 24 H 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.890 0.092 0.003 0.001 25 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.941 0.048 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.955 0.032 0.002 0.001 27 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.896 0.080 0.005 0.001 28 V 0.002 0.018 0.004 0.001 0.005 0.004 0.032 0.773 0.153 0.007 0.001 29 G 0.016 0.005 0.005 0.003 0.009 0.009 0.105 0.486 0.119 0.177 0.068 30 M 0.006 0.684 0.203 0.003 0.055 0.004 0.019 0.008 0.007 0.009 0.003 31 G 0.085 0.044 0.018 0.014 0.064 0.017 0.022 0.026 0.026 0.397 0.286 32 F 0.114 0.293 0.106 0.030 0.211 0.009 0.014 0.025 0.045 0.095 0.058 33 V 0.037 0.199 0.571 0.034 0.103 0.027 0.007 0.008 0.004 0.003 0.007 34 P 0.019 0.164 0.060 0.042 0.030 0.040 0.251 0.187 0.192 0.007 0.007 35 G 0.028 0.017 0.022 0.029 0.019 0.011 0.014 0.018 0.032 0.678 0.133 36 E 0.024 0.574 0.137 0.010 0.169 0.011 0.016 0.014 0.013 0.019 0.014 37 E 0.358 0.049 0.005 0.002 0.510 0.005 0.014 0.005 0.005 0.010 0.038 38 I 0.262 0.112 0.009 0.006 0.566 0.005 0.005 0.003 0.002 0.003 0.027 39 E 0.190 0.108 0.009 0.002 0.660 0.005 0.008 0.003 0.001 0.002 0.015 40 I 0.440 0.053 0.004 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 41 V 0.238 0.142 0.019 0.011 0.419 0.022 0.014 0.008 0.007 0.016 0.104 42 Q 0.222 0.135 0.041 0.009 0.495 0.009 0.015 0.008 0.006 0.014 0.045 43 V 0.177 0.158 0.040 0.027 0.236 0.021 0.024 0.023 0.043 0.167 0.084 44 A 0.063 0.324 0.282 0.036 0.184 0.018 0.022 0.023 0.022 0.013 0.012 45 P 0.121 0.122 0.151 0.054 0.134 0.057 0.081 0.099 0.101 0.039 0.040 46 L 0.039 0.161 0.057 0.078 0.065 0.065 0.215 0.114 0.147 0.041 0.016 47 G 0.028 0.018 0.036 0.126 0.015 0.059 0.029 0.021 0.040 0.525 0.104 48 D 0.043 0.431 0.234 0.013 0.214 0.005 0.010 0.006 0.007 0.022 0.014 49 P 0.335 0.147 0.012 0.005 0.353 0.011 0.022 0.014 0.021 0.019 0.061 50 I 0.155 0.153 0.017 0.010 0.548 0.022 0.048 0.008 0.008 0.010 0.023 51 V 0.300 0.036 0.002 0.001 0.639 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 52 C 0.174 0.118 0.016 0.001 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 53 K 0.395 0.078 0.007 0.002 0.450 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.061 54 I 0.227 0.119 0.051 0.131 0.148 0.042 0.018 0.007 0.009 0.037 0.211 55 G 0.007 0.026 0.052 0.594 0.011 0.169 0.095 0.014 0.011 0.016 0.006 56 N 0.087 0.049 0.060 0.116 0.081 0.022 0.016 0.025 0.050 0.380 0.116 57 R 0.100 0.270 0.086 0.018 0.233 0.036 0.025 0.057 0.056 0.076 0.044 58 N 0.171 0.181 0.028 0.006 0.406 0.015 0.041 0.044 0.035 0.033 0.040 59 I 0.296 0.099 0.011 0.003 0.513 0.005 0.007 0.020 0.015 0.007 0.025 60 T 0.230 0.134 0.016 0.007 0.389 0.021 0.037 0.075 0.017 0.019 0.053 61 L 0.238 0.144 0.035 0.016 0.317 0.017 0.020 0.060 0.023 0.046 0.082 62 R 0.088 0.353 0.128 0.029 0.197 0.016 0.016 0.063 0.019 0.049 0.040 63 K 0.045 0.046 0.014 0.007 0.077 0.011 0.019 0.390 0.302 0.067 0.021 64 R 0.014 0.040 0.023 0.006 0.029 0.019 0.054 0.573 0.200 0.036 0.006 65 E 0.041 0.025 0.007 0.003 0.039 0.005 0.026 0.523 0.135 0.168 0.027 66 A 0.157 0.043 0.009 0.007 0.117 0.014 0.026 0.359 0.142 0.070 0.056 67 D 0.021 0.044 0.016 0.016 0.052 0.071 0.113 0.474 0.127 0.056 0.010 68 L 0.250 0.042 0.010 0.007 0.247 0.006 0.034 0.170 0.064 0.112 0.056 69 I 0.093 0.232 0.049 0.007 0.484 0.014 0.023 0.050 0.018 0.015 0.015 70 E 0.277 0.100 0.014 0.003 0.500 0.004 0.011 0.018 0.007 0.012 0.054 71 V 0.262 0.190 0.021 0.005 0.397 0.004 0.005 0.020 0.016 0.018 0.061 72 E 0.127 0.213 0.065 0.010 0.459 0.017 0.036 0.030 0.009 0.009 0.026 73 V 0.401 0.097 0.043 0.012 0.227 0.013 0.025 0.048 0.027 0.027 0.080 74 V 0.053 0.119 0.053 0.180 0.086 0.120 0.130 0.093 0.061 0.062 0.041 75 G 0.014 0.030 0.059 0.589 0.017 0.093 0.045 0.034 0.035 0.068 0.015 76 G 0.029 0.073 0.101 0.188 0.070 0.032 0.032 0.097 0.109 0.220 0.049 77 E 0.100 0.132 0.072 0.023 0.148 0.015 0.024 0.063 0.086 0.267 0.071 78 L 0.059 0.406 0.220 0.012 0.184 0.009 0.010 0.036 0.029 0.018 0.017 79 P 0.080 0.315 0.099 0.012 0.174 0.016 0.036 0.126 0.091 0.024 0.028 80 L 0.110 0.111 0.035 0.010 0.142 0.017 0.052 0.223 0.169 0.080 0.051 81 I 0.108 0.133 0.045 0.015 0.172 0.024 0.054 0.227 0.087 0.084 0.051 82 L 0.101 0.158 0.073 0.023 0.176 0.026 0.042 0.173 0.079 0.103 0.046 83 A 0.082 0.182 0.110 0.032 0.162 0.028 0.040 0.186 0.081 0.065 0.032