# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154.418 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.200 0.088 0.098 0.123 0.129 0.120 0.085 0.061 0.041 0.030 0.015 0.006 0.003 0.001 2 K 0.124 0.106 0.108 0.172 0.174 0.115 0.081 0.054 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 3 L 0.044 0.027 0.038 0.071 0.108 0.138 0.142 0.157 0.136 0.076 0.036 0.015 0.008 0.002 4 S 0.194 0.154 0.136 0.171 0.118 0.095 0.062 0.032 0.017 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 5 R 0.398 0.226 0.162 0.086 0.061 0.028 0.018 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.057 0.042 0.072 0.151 0.194 0.193 0.147 0.080 0.034 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 7 V 0.160 0.144 0.189 0.165 0.148 0.084 0.056 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.310 0.152 0.133 0.152 0.121 0.058 0.030 0.021 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 G 0.275 0.235 0.153 0.129 0.092 0.052 0.030 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 10 V 0.076 0.068 0.110 0.153 0.206 0.154 0.091 0.063 0.035 0.027 0.011 0.003 0.002 0.001 11 P 0.045 0.061 0.087 0.157 0.243 0.159 0.103 0.053 0.041 0.030 0.011 0.005 0.002 0.002 12 A 0.029 0.010 0.017 0.038 0.056 0.109 0.121 0.104 0.135 0.143 0.111 0.072 0.040 0.014 13 R 0.015 0.025 0.039 0.123 0.129 0.108 0.143 0.149 0.110 0.064 0.047 0.028 0.011 0.009 14 I 0.004 0.003 0.004 0.008 0.015 0.036 0.060 0.159 0.154 0.165 0.174 0.138 0.067 0.013 15 K 0.021 0.023 0.034 0.068 0.085 0.118 0.131 0.183 0.110 0.096 0.067 0.033 0.021 0.009 16 R 0.037 0.044 0.067 0.100 0.172 0.123 0.115 0.074 0.088 0.068 0.052 0.035 0.010 0.014 17 L 0.028 0.017 0.030 0.058 0.098 0.166 0.146 0.139 0.114 0.112 0.050 0.024 0.013 0.004 18 E 0.156 0.169 0.163 0.186 0.134 0.074 0.055 0.030 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 19 V 0.065 0.057 0.079 0.170 0.170 0.194 0.112 0.058 0.051 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 20 S 0.291 0.227 0.161 0.125 0.100 0.051 0.022 0.010 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 G 0.576 0.246 0.094 0.049 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.448 0.281 0.165 0.053 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.064 0.048 0.102 0.117 0.215 0.208 0.129 0.074 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 24 H 0.120 0.129 0.165 0.197 0.206 0.095 0.050 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.612 0.230 0.088 0.036 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.102 0.131 0.141 0.244 0.180 0.100 0.054 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.035 0.023 0.046 0.089 0.153 0.190 0.187 0.154 0.089 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 28 V 0.176 0.152 0.136 0.182 0.119 0.092 0.066 0.039 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 29 G 0.574 0.223 0.116 0.036 0.019 0.014 0.009 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.060 0.055 0.098 0.147 0.226 0.165 0.095 0.052 0.044 0.030 0.018 0.006 0.003 0.001 31 G 0.108 0.091 0.090 0.128 0.152 0.145 0.132 0.081 0.041 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 32 F 0.079 0.065 0.063 0.113 0.156 0.161 0.114 0.088 0.072 0.048 0.024 0.010 0.005 0.002 33 V 0.103 0.083 0.103 0.146 0.138 0.127 0.109 0.078 0.054 0.026 0.018 0.009 0.004 0.001 34 P 0.164 0.109 0.143 0.138 0.154 0.115 0.066 0.033 0.033 0.022 0.013 0.007 0.002 0.002 35 G 0.130 0.099 0.118 0.146 0.174 0.108 0.078 0.057 0.042 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 36 E 0.142 0.099 0.113 0.144 0.133 0.119 0.090 0.061 0.040 0.030 0.017 0.006 0.005 0.002 37 E 0.050 0.058 0.080 0.148 0.225 0.140 0.107 0.059 0.058 0.046 0.015 0.008 0.003 0.003 38 I 0.025 0.014 0.023 0.046 0.071 0.118 0.127 0.124 0.123 0.134 0.107 0.051 0.029 0.010 39 E 0.052 0.051 0.073 0.151 0.137 0.124 0.122 0.084 0.082 0.046 0.037 0.023 0.009 0.009 40 I 0.011 0.006 0.008 0.017 0.028 0.051 0.076 0.172 0.193 0.174 0.131 0.088 0.035 0.010 41 V 0.018 0.018 0.022 0.037 0.058 0.095 0.101 0.252 0.147 0.101 0.069 0.044 0.032 0.006 42 Q 0.065 0.077 0.081 0.119 0.128 0.102 0.107 0.096 0.069 0.060 0.047 0.029 0.010 0.009 43 V 0.052 0.057 0.092 0.113 0.149 0.144 0.126 0.085 0.087 0.053 0.026 0.011 0.003 0.002 44 A 0.068 0.079 0.104 0.137 0.153 0.154 0.111 0.078 0.060 0.028 0.016 0.006 0.003 0.002 45 P 0.064 0.088 0.103 0.150 0.152 0.145 0.123 0.083 0.050 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 46 L 0.071 0.087 0.112 0.135 0.166 0.164 0.108 0.068 0.042 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 47 G 0.142 0.149 0.153 0.140 0.136 0.100 0.076 0.047 0.027 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 48 D 0.090 0.091 0.126 0.142 0.159 0.113 0.093 0.057 0.049 0.034 0.026 0.011 0.005 0.003 49 P 0.027 0.031 0.037 0.069 0.106 0.126 0.141 0.153 0.131 0.082 0.049 0.025 0.014 0.007 50 I 0.011 0.008 0.014 0.027 0.041 0.071 0.106 0.138 0.145 0.159 0.133 0.078 0.048 0.023 51 V 0.009 0.012 0.022 0.043 0.078 0.091 0.121 0.137 0.131 0.121 0.104 0.068 0.032 0.031 52 C 0.010 0.004 0.006 0.010 0.015 0.030 0.044 0.063 0.120 0.160 0.196 0.184 0.111 0.048 53 K 0.010 0.015 0.028 0.077 0.099 0.098 0.154 0.169 0.146 0.091 0.050 0.032 0.016 0.015 54 I 0.005 0.004 0.006 0.013 0.023 0.055 0.075 0.172 0.166 0.168 0.155 0.091 0.054 0.013 55 G 0.025 0.046 0.078 0.124 0.150 0.155 0.142 0.121 0.070 0.044 0.020 0.012 0.006 0.004 56 N 0.037 0.062 0.080 0.117 0.188 0.127 0.118 0.099 0.073 0.053 0.025 0.013 0.004 0.004 57 R 0.013 0.025 0.046 0.091 0.150 0.189 0.163 0.123 0.098 0.059 0.028 0.009 0.005 0.003 58 N 0.030 0.050 0.067 0.122 0.174 0.156 0.141 0.092 0.082 0.046 0.023 0.009 0.004 0.004 59 I 0.020 0.014 0.028 0.049 0.083 0.125 0.132 0.171 0.142 0.111 0.063 0.032 0.022 0.009 60 T 0.040 0.028 0.042 0.090 0.144 0.123 0.126 0.151 0.113 0.067 0.035 0.023 0.012 0.006 61 L 0.033 0.022 0.031 0.060 0.081 0.115 0.119 0.149 0.127 0.115 0.075 0.042 0.024 0.006 62 R 0.085 0.083 0.087 0.170 0.197 0.142 0.096 0.048 0.053 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 63 K 0.131 0.145 0.141 0.209 0.161 0.080 0.053 0.026 0.029 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 64 R 0.313 0.253 0.200 0.105 0.059 0.037 0.016 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.162 0.189 0.170 0.175 0.171 0.073 0.024 0.014 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.034 0.042 0.062 0.187 0.266 0.168 0.107 0.068 0.037 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 67 D 0.364 0.266 0.146 0.100 0.054 0.032 0.021 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.078 0.089 0.154 0.166 0.209 0.114 0.088 0.038 0.032 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 69 I 0.023 0.011 0.022 0.043 0.082 0.144 0.143 0.217 0.121 0.098 0.050 0.025 0.017 0.003 70 E 0.041 0.050 0.072 0.154 0.208 0.126 0.105 0.082 0.068 0.045 0.020 0.018 0.005 0.004 71 V 0.020 0.009 0.012 0.029 0.045 0.085 0.101 0.175 0.172 0.200 0.088 0.045 0.016 0.004 72 E 0.069 0.086 0.100 0.168 0.184 0.136 0.086 0.063 0.052 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 73 V 0.111 0.094 0.111 0.153 0.142 0.115 0.096 0.066 0.052 0.033 0.020 0.007 0.002 0.001 74 V 0.088 0.073 0.098 0.137 0.183 0.168 0.103 0.065 0.051 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 75 G 0.260 0.183 0.173 0.149 0.101 0.055 0.036 0.020 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 76 G 0.460 0.187 0.129 0.089 0.063 0.033 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 E 0.363 0.188 0.155 0.110 0.092 0.043 0.024 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.195 0.109 0.123 0.146 0.151 0.111 0.074 0.050 0.020 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 79 P 0.355 0.164 0.130 0.111 0.102 0.058 0.034 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 80 L 0.195 0.097 0.105 0.147 0.153 0.104 0.072 0.061 0.031 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 81 I 0.162 0.090 0.093 0.134 0.151 0.128 0.088 0.069 0.042 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 82 L 0.180 0.109 0.126 0.150 0.141 0.105 0.068 0.051 0.031 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 83 A 0.286 0.125 0.120 0.121 0.107 0.089 0.059 0.035 0.026 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001