# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.025 0.629 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 0.120 0.003 0.146 0.031 2 K 0.002 0.007 0.785 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.021 0.015 0.001 0.014 0.146 3 L 0.002 0.020 0.288 0.023 0.420 0.051 0.004 0.001 0.022 0.021 0.048 0.020 0.080 4 S 0.002 0.003 0.072 0.032 0.579 0.048 0.002 0.001 0.010 0.029 0.181 0.027 0.014 5 R 0.005 0.026 0.125 0.005 0.357 0.037 0.001 0.001 0.014 0.126 0.179 0.021 0.103 6 L 0.003 0.121 0.562 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.010 0.202 0.020 0.033 0.032 7 V 0.001 0.009 0.839 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.073 0.022 0.029 0.016 8 P 0.001 0.003 0.018 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.923 0.001 0.003 9 G 0.001 0.005 0.101 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.619 0.005 0.005 10 V 0.004 0.006 0.567 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.167 0.007 0.185 0.030 11 P 0.013 0.011 0.126 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.036 0.015 0.006 0.012 0.752 12 A 0.126 0.005 0.040 0.067 0.001 0.001 0.033 0.014 0.072 0.005 0.001 0.569 0.065 13 R 0.436 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.117 0.059 0.112 0.002 0.001 0.123 0.127 14 I 0.428 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.175 0.078 0.070 0.001 0.001 0.027 0.193 15 K 0.181 0.001 0.040 0.131 0.001 0.001 0.186 0.050 0.142 0.007 0.004 0.214 0.043 16 R 0.281 0.003 0.050 0.016 0.002 0.001 0.096 0.047 0.221 0.017 0.005 0.053 0.209 17 L 0.180 0.009 0.152 0.012 0.004 0.005 0.060 0.031 0.198 0.047 0.012 0.131 0.160 18 E 0.050 0.020 0.367 0.016 0.007 0.015 0.019 0.014 0.123 0.086 0.035 0.121 0.127 19 V 0.011 0.020 0.398 0.007 0.023 0.057 0.003 0.002 0.024 0.218 0.123 0.025 0.090 20 S 0.001 0.004 0.311 0.008 0.022 0.161 0.001 0.001 0.006 0.205 0.263 0.007 0.011 21 G 0.001 0.002 0.067 0.001 0.045 0.520 0.001 0.001 0.001 0.166 0.192 0.002 0.003 22 E 0.001 0.003 0.049 0.001 0.034 0.859 0.001 0.001 0.001 0.028 0.021 0.001 0.005 23 L 0.001 0.003 0.015 0.001 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.006 24 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 28 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.043 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.002 0.001 29 G 0.002 0.002 0.012 0.001 0.026 0.819 0.001 0.001 0.001 0.015 0.114 0.003 0.006 30 M 0.004 0.007 0.081 0.006 0.037 0.416 0.001 0.001 0.004 0.083 0.344 0.005 0.012 31 G 0.004 0.017 0.184 0.002 0.029 0.107 0.001 0.001 0.006 0.166 0.428 0.049 0.009 32 F 0.004 0.050 0.644 0.001 0.015 0.019 0.001 0.001 0.009 0.088 0.108 0.003 0.056 33 V 0.002 0.027 0.606 0.005 0.011 0.007 0.001 0.001 0.005 0.208 0.046 0.074 0.007 34 P 0.001 0.004 0.060 0.007 0.024 0.008 0.001 0.001 0.006 0.084 0.791 0.002 0.015 35 G 0.001 0.002 0.061 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.114 0.797 0.002 0.004 36 E 0.011 0.008 0.596 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.019 0.172 0.011 0.102 0.047 37 E 0.061 0.017 0.101 0.012 0.004 0.006 0.035 0.009 0.157 0.025 0.004 0.071 0.500 38 I 0.201 0.006 0.031 0.048 0.001 0.002 0.093 0.040 0.111 0.004 0.002 0.185 0.276 39 E 0.300 0.002 0.011 0.057 0.001 0.002 0.113 0.058 0.087 0.003 0.001 0.310 0.056 40 I 0.548 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.120 0.035 0.035 0.001 0.001 0.032 0.219 41 V 0.553 0.002 0.016 0.063 0.001 0.002 0.090 0.035 0.058 0.003 0.003 0.092 0.082 42 Q 0.265 0.004 0.031 0.029 0.005 0.003 0.073 0.013 0.037 0.012 0.008 0.438 0.083 43 V 0.217 0.018 0.073 0.020 0.008 0.005 0.029 0.009 0.043 0.027 0.022 0.031 0.499 44 A 0.015 0.017 0.351 0.025 0.008 0.004 0.003 0.002 0.016 0.114 0.023 0.400 0.022 45 P 0.003 0.012 0.469 0.004 0.024 0.004 0.001 0.001 0.006 0.124 0.144 0.010 0.200 46 L 0.001 0.005 0.144 0.006 0.031 0.003 0.001 0.001 0.002 0.180 0.598 0.020 0.009 47 G 0.002 0.004 0.071 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.378 0.517 0.009 0.005 48 D 0.005 0.010 0.310 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.536 0.063 0.029 0.032 49 P 0.022 0.010 0.446 0.031 0.005 0.001 0.003 0.001 0.014 0.051 0.037 0.029 0.351 50 I 0.373 0.006 0.043 0.058 0.003 0.001 0.067 0.012 0.063 0.006 0.004 0.237 0.126 51 V 0.766 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.080 0.009 0.008 0.001 0.001 0.053 0.075 52 C 0.727 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.112 0.009 0.003 0.001 0.001 0.050 0.094 53 K 0.725 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.031 0.013 0.010 0.001 0.001 0.161 0.054 54 I 0.450 0.002 0.015 0.015 0.001 0.001 0.023 0.006 0.009 0.006 0.008 0.072 0.392 55 G 0.046 0.001 0.035 0.243 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.045 0.477 0.105 0.036 56 N 0.020 0.001 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.188 0.687 0.009 0.039 57 R 0.082 0.011 0.231 0.009 0.007 0.007 0.007 0.001 0.010 0.149 0.041 0.345 0.102 58 N 0.254 0.022 0.048 0.006 0.005 0.025 0.064 0.002 0.013 0.016 0.007 0.114 0.424 59 I 0.427 0.010 0.017 0.032 0.005 0.038 0.055 0.005 0.010 0.006 0.004 0.244 0.148 60 T 0.476 0.006 0.024 0.023 0.007 0.047 0.032 0.006 0.014 0.012 0.009 0.169 0.176 61 L 0.279 0.016 0.052 0.007 0.008 0.032 0.023 0.005 0.016 0.022 0.018 0.094 0.428 62 R 0.072 0.009 0.369 0.016 0.015 0.113 0.003 0.001 0.014 0.087 0.031 0.146 0.123 63 K 0.007 0.004 0.068 0.009 0.180 0.533 0.001 0.001 0.002 0.062 0.098 0.010 0.026 64 R 0.003 0.002 0.034 0.004 0.271 0.524 0.001 0.001 0.001 0.033 0.119 0.004 0.006 65 E 0.009 0.004 0.038 0.003 0.342 0.499 0.001 0.001 0.001 0.024 0.065 0.004 0.012 66 A 0.020 0.009 0.207 0.024 0.178 0.259 0.001 0.001 0.007 0.039 0.161 0.012 0.081 67 D 0.012 0.004 0.088 0.058 0.074 0.212 0.002 0.001 0.021 0.075 0.386 0.049 0.018 68 L 0.082 0.008 0.152 0.019 0.035 0.078 0.012 0.010 0.055 0.052 0.215 0.025 0.256 69 I 0.222 0.007 0.207 0.030 0.004 0.032 0.054 0.043 0.098 0.050 0.018 0.111 0.124 70 E 0.225 0.006 0.045 0.009 0.003 0.013 0.125 0.110 0.200 0.011 0.007 0.186 0.060 71 V 0.131 0.007 0.036 0.015 0.003 0.008 0.158 0.166 0.221 0.007 0.004 0.027 0.219 72 E 0.101 0.004 0.082 0.045 0.002 0.006 0.042 0.056 0.233 0.017 0.004 0.364 0.043 73 V 0.062 0.011 0.119 0.012 0.009 0.007 0.024 0.027 0.182 0.030 0.016 0.029 0.471 74 V 0.016 0.011 0.448 0.031 0.022 0.011 0.008 0.005 0.069 0.095 0.093 0.116 0.076 75 G 0.005 0.008 0.392 0.017 0.036 0.010 0.001 0.001 0.016 0.209 0.227 0.033 0.045 76 G 0.003 0.013 0.265 0.004 0.061 0.016 0.001 0.001 0.006 0.311 0.263 0.027 0.030 77 E 0.004 0.033 0.418 0.007 0.034 0.026 0.001 0.001 0.010 0.251 0.150 0.020 0.046 78 L 0.006 0.033 0.530 0.010 0.030 0.022 0.001 0.001 0.013 0.218 0.044 0.056 0.037 79 P 0.008 0.018 0.558 0.011 0.048 0.046 0.002 0.001 0.016 0.091 0.059 0.026 0.117 80 L 0.023 0.035 0.265 0.022 0.142 0.111 0.009 0.003 0.031 0.065 0.082 0.086 0.125 81 I 0.040 0.033 0.273 0.020 0.075 0.093 0.014 0.005 0.040 0.059 0.057 0.110 0.181 82 L 0.025 0.032 0.399 0.015 0.048 0.072 0.006 0.003 0.038 0.088 0.046 0.078 0.150 83 A 0.006 0.010 0.656 0.010 0.022 0.046 0.001 0.001 0.016 0.096 0.036 0.045 0.056