# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.006 0.005 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.323 0.022 0.134 0.484 2 K 0.464 0.093 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.046 0.095 0.055 0.229 3 L 0.712 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.087 0.020 0.097 4 S 0.073 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.038 0.141 0.693 5 R 0.011 0.001 0.002 0.001 0.030 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.029 0.125 0.657 6 L 0.034 0.001 0.011 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.042 0.169 0.576 7 V 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.061 0.037 0.141 8 P 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.028 0.154 0.768 9 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.182 0.757 10 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.066 0.061 0.288 11 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.025 0.082 0.391 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.037 0.006 0.003 0.002 0.763 0.014 0.027 0.142 13 R 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.015 0.008 0.798 0.046 0.013 0.067 14 I 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.560 0.043 0.039 0.334 15 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.788 0.020 0.025 0.153 16 R 0.016 0.005 0.001 0.001 0.004 0.021 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.056 0.079 0.325 17 L 0.012 0.008 0.002 0.001 0.020 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.079 0.070 0.383 18 E 0.055 0.029 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.044 0.093 0.521 19 V 0.122 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.056 0.085 0.552 20 S 0.045 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.042 0.065 0.450 21 G 0.034 0.644 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.041 0.231 22 E 0.019 0.704 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.094 0.030 0.117 23 L 0.016 0.876 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.008 0.049 24 H 0.023 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.031 0.006 0.031 25 E 0.026 0.734 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.009 0.107 0.012 0.080 26 K 0.072 0.668 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.099 0.022 0.069 27 L 0.063 0.081 0.374 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.359 0.016 0.088 28 V 0.572 0.041 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.043 0.261 29 G 0.114 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.032 0.061 0.765 30 M 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.202 0.741 31 G 0.009 0.005 0.006 0.002 0.019 0.018 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.075 0.148 0.582 32 F 0.006 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.018 0.103 0.801 33 V 0.478 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.111 0.035 0.252 34 P 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.054 0.129 0.705 35 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.014 0.118 0.746 36 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.058 0.036 0.204 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.507 0.025 0.082 0.350 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.003 0.002 0.001 0.854 0.008 0.017 0.091 39 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.026 0.016 0.776 0.038 0.014 0.062 40 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.772 0.041 0.021 0.148 41 V 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.034 0.032 0.301 42 Q 0.010 0.005 0.001 0.001 0.007 0.024 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.623 0.045 0.059 0.194 43 V 0.017 0.002 0.002 0.001 0.009 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.062 0.070 0.705 44 A 0.157 0.005 0.005 0.002 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.099 0.074 0.426 45 P 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.040 0.087 0.695 46 L 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.019 0.123 0.753 47 G 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.021 0.139 0.764 48 D 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.318 0.082 0.112 0.418 49 P 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.020 0.004 0.008 0.004 0.004 0.003 0.190 0.052 0.107 0.576 50 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.017 0.019 0.009 0.801 0.043 0.015 0.065 51 V 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.056 0.056 0.010 0.003 0.002 0.001 0.002 0.022 0.032 0.043 0.021 0.359 0.105 0.041 0.228 52 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.530 0.095 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.291 0.025 0.008 0.026 53 K 0.069 0.001 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.558 0.076 0.039 0.221 54 I 0.499 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.089 0.046 0.167 55 G 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.015 0.202 0.744 56 N 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.211 0.036 0.147 0.597 57 R 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.084 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.039 0.031 0.103 58 N 0.017 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.173 0.045 0.006 0.010 0.002 0.001 0.002 0.257 0.100 0.046 0.219 59 I 0.013 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.562 0.082 0.017 0.003 0.092 0.027 0.017 0.108 60 T 0.017 0.070 0.003 0.001 0.003 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.163 0.263 0.033 0.151 0.038 0.043 0.167 61 L 0.031 0.098 0.008 0.002 0.005 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.005 0.269 0.102 0.065 0.382 62 R 0.266 0.313 0.005 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.066 0.055 0.202 63 K 0.120 0.207 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.059 0.111 0.401 64 R 0.085 0.122 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.065 0.117 0.523 65 E 0.143 0.107 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.066 0.118 0.398 66 A 0.060 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.082 0.163 0.519 67 D 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.509 0.028 0.079 0.327 68 L 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.437 0.033 0.082 0.406 69 I 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.776 0.016 0.027 0.151 70 E 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.014 0.811 0.031 0.019 0.073 71 V 0.002 0.010 0.002 0.001 0.014 0.021 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.547 0.049 0.033 0.278 72 E 0.025 0.010 0.008 0.003 0.059 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.651 0.064 0.026 0.124 73 V 0.190 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.053 0.062 0.528 74 V 0.065 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.032 0.074 0.737 75 G 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.021 0.103 0.805 76 G 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.027 0.103 0.751 77 E 0.037 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.085 0.747 78 L 0.067 0.071 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.019 0.003 0.012 0.006 0.003 0.002 0.063 0.066 0.090 0.576 79 P 0.086 0.055 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.034 0.032 0.021 0.004 0.052 0.079 0.098 0.520 80 L 0.143 0.030 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.021 0.035 0.009 0.077 0.071 0.091 0.497 81 I 0.095 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.124 0.060 0.096 0.580 82 L 0.048 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.045 0.113 0.651 83 A 0.032 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.044 0.123 0.659