# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.005 0.042 0.161 0.165 0.116 0.040 0.461 2 K 0.133 0.018 0.036 0.090 0.140 0.094 0.067 0.421 3 L 0.178 0.012 0.023 0.078 0.056 0.070 0.058 0.525 4 S 0.107 0.005 0.028 0.065 0.149 0.090 0.032 0.524 5 R 0.003 0.001 0.027 0.037 0.074 0.126 0.019 0.714 6 L 0.027 0.001 0.031 0.074 0.084 0.101 0.027 0.653 7 V 0.766 0.006 0.005 0.016 0.021 0.023 0.052 0.111 8 P 0.011 0.001 0.015 0.013 0.016 0.141 0.015 0.788 9 G 0.004 0.001 0.015 0.014 0.054 0.130 0.018 0.765 10 V 0.005 0.004 0.141 0.276 0.279 0.067 0.077 0.151 11 P 0.004 0.001 0.143 0.127 0.217 0.071 0.022 0.414 12 A 0.001 0.001 0.246 0.274 0.257 0.035 0.043 0.141 13 R 0.003 0.002 0.336 0.212 0.279 0.029 0.029 0.110 14 I 0.014 0.002 0.196 0.266 0.225 0.041 0.038 0.217 15 K 0.017 0.007 0.253 0.174 0.211 0.046 0.046 0.247 16 R 0.024 0.011 0.198 0.097 0.183 0.074 0.056 0.358 17 L 0.013 0.010 0.124 0.087 0.090 0.103 0.037 0.537 18 E 0.096 0.050 0.058 0.045 0.051 0.110 0.051 0.539 19 V 0.219 0.210 0.013 0.007 0.009 0.061 0.055 0.427 20 S 0.085 0.616 0.004 0.002 0.002 0.031 0.053 0.206 21 G 0.046 0.687 0.005 0.003 0.004 0.025 0.101 0.129 22 E 0.016 0.731 0.007 0.006 0.007 0.018 0.109 0.106 23 L 0.018 0.919 0.002 0.002 0.004 0.004 0.022 0.029 24 H 0.004 0.937 0.002 0.006 0.002 0.003 0.034 0.012 25 E 0.013 0.909 0.003 0.006 0.005 0.004 0.032 0.028 26 K 0.047 0.753 0.010 0.006 0.013 0.007 0.098 0.065 27 L 0.133 0.171 0.136 0.055 0.021 0.046 0.316 0.121 28 V 0.650 0.033 0.010 0.005 0.009 0.022 0.106 0.164 29 G 0.028 0.005 0.013 0.003 0.004 0.071 0.017 0.858 30 M 0.022 0.004 0.042 0.011 0.023 0.124 0.023 0.752 31 G 0.009 0.002 0.052 0.019 0.026 0.196 0.046 0.651 32 F 0.020 0.001 0.017 0.009 0.008 0.104 0.011 0.830 33 V 0.432 0.004 0.033 0.022 0.037 0.065 0.088 0.319 34 P 0.025 0.001 0.037 0.008 0.011 0.111 0.014 0.794 35 G 0.006 0.001 0.014 0.013 0.037 0.100 0.014 0.816 36 E 0.003 0.002 0.177 0.155 0.393 0.061 0.065 0.145 37 E 0.003 0.001 0.178 0.243 0.279 0.052 0.030 0.215 38 I 0.001 0.001 0.058 0.330 0.224 0.048 0.019 0.320 39 E 0.002 0.001 0.263 0.339 0.309 0.016 0.023 0.047 40 I 0.016 0.002 0.068 0.244 0.256 0.037 0.030 0.347 41 V 0.022 0.003 0.164 0.207 0.212 0.054 0.047 0.291 42 Q 0.046 0.005 0.085 0.158 0.312 0.068 0.027 0.299 43 V 0.017 0.002 0.054 0.066 0.087 0.083 0.027 0.664 44 A 0.239 0.004 0.029 0.054 0.051 0.068 0.063 0.491 45 P 0.383 0.002 0.011 0.008 0.018 0.065 0.049 0.464 46 L 0.006 0.001 0.022 0.010 0.018 0.137 0.013 0.793 47 G 0.008 0.001 0.004 0.011 0.028 0.119 0.011 0.818 48 D 0.010 0.007 0.056 0.204 0.213 0.133 0.096 0.282 49 P 0.004 0.002 0.099 0.082 0.350 0.079 0.099 0.285 50 I 0.001 0.001 0.105 0.290 0.501 0.013 0.040 0.048 51 V 0.001 0.001 0.159 0.336 0.442 0.011 0.012 0.041 52 C 0.001 0.001 0.170 0.598 0.181 0.007 0.019 0.025 53 K 0.026 0.001 0.124 0.199 0.478 0.022 0.056 0.095 54 I 0.289 0.002 0.104 0.090 0.098 0.094 0.047 0.276 55 G 0.009 0.001 0.005 0.018 0.024 0.133 0.007 0.803 56 N 0.005 0.002 0.003 0.025 0.038 0.137 0.027 0.763 57 R 0.009 0.070 0.032 0.313 0.187 0.067 0.103 0.219 58 N 0.088 0.347 0.029 0.112 0.132 0.039 0.073 0.181 59 I 0.024 0.254 0.021 0.312 0.143 0.035 0.056 0.154 60 T 0.031 0.118 0.037 0.183 0.324 0.042 0.107 0.158 61 L 0.056 0.228 0.030 0.170 0.200 0.040 0.116 0.161 62 R 0.211 0.369 0.009 0.034 0.043 0.033 0.081 0.218 63 K 0.217 0.331 0.005 0.030 0.018 0.045 0.072 0.281 64 R 0.068 0.213 0.012 0.021 0.037 0.065 0.068 0.515 65 E 0.104 0.148 0.036 0.028 0.048 0.097 0.075 0.464 66 A 0.216 0.101 0.019 0.041 0.063 0.074 0.121 0.365 67 D 0.013 0.038 0.068 0.048 0.137 0.130 0.090 0.476 68 L 0.005 0.019 0.116 0.074 0.250 0.109 0.097 0.331 69 I 0.003 0.023 0.177 0.261 0.243 0.056 0.069 0.169 70 E 0.005 0.022 0.303 0.261 0.240 0.031 0.041 0.097 71 V 0.006 0.009 0.140 0.358 0.175 0.037 0.075 0.200 72 E 0.017 0.008 0.174 0.299 0.251 0.034 0.061 0.155 73 V 0.194 0.011 0.111 0.091 0.140 0.064 0.048 0.341 74 V 0.120 0.014 0.032 0.056 0.068 0.077 0.033 0.601 75 G 0.103 0.006 0.009 0.015 0.033 0.088 0.025 0.721 76 G 0.027 0.015 0.012 0.038 0.042 0.090 0.022 0.753 77 E 0.058 0.018 0.009 0.016 0.029 0.081 0.025 0.764 78 L 0.099 0.054 0.015 0.091 0.054 0.086 0.070 0.530 79 P 0.133 0.042 0.024 0.048 0.085 0.076 0.069 0.524 80 L 0.114 0.020 0.031 0.058 0.103 0.076 0.054 0.544 81 I 0.133 0.018 0.030 0.057 0.108 0.083 0.051 0.520 82 L 0.084 0.016 0.026 0.045 0.086 0.090 0.034 0.618 83 A 0.075 0.018 0.019 0.037 0.073 0.098 0.042 0.638