# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.037 0.024 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.293 0.009 0.045 0.415 2 K 0.007 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.002 0.187 0.625 3 L 0.013 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.002 0.059 0.718 4 S 0.025 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.024 0.005 0.003 0.334 0.009 0.187 0.367 5 R 0.378 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.014 0.003 0.005 0.002 0.042 0.025 0.047 0.459 6 L 0.253 0.069 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.150 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.026 0.045 0.303 7 V 0.024 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.004 0.420 0.356 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.038 0.083 0.550 10 V 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.066 0.122 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.096 0.086 0.052 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.576 0.001 0.036 0.139 13 R 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.001 0.015 0.115 14 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.770 0.001 0.019 0.171 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.009 0.027 16 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.039 0.012 0.395 0.001 0.050 0.462 17 L 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.054 0.062 0.042 0.010 0.600 0.001 0.057 0.161 18 E 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.012 0.003 0.017 0.008 0.007 0.002 0.319 0.002 0.144 0.458 19 V 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.004 0.089 0.660 20 S 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.003 0.147 0.785 21 G 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.054 0.912 22 E 0.122 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.240 0.599 23 L 0.061 0.116 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.414 0.388 24 H 0.037 0.706 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.054 0.164 25 E 0.010 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.024 0.123 26 K 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.050 27 L 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 28 V 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.016 29 G 0.025 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.021 30 M 0.146 0.579 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.245 0.001 0.021 31 G 0.536 0.090 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.268 0.002 0.060 32 F 0.013 0.010 0.859 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.088 33 V 0.003 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.001 0.471 0.356 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.422 0.014 0.150 0.387 36 E 0.816 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.054 0.098 37 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.023 0.884 38 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.100 0.048 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.689 0.001 0.019 0.104 39 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.001 0.015 0.068 40 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.848 0.001 0.017 0.109 41 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.001 0.011 0.031 42 Q 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.017 0.006 0.711 0.002 0.039 0.189 43 V 0.047 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.015 0.010 0.015 0.006 0.316 0.012 0.067 0.482 44 A 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.005 0.003 0.010 0.004 0.002 0.002 0.529 0.005 0.078 0.284 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 46 L 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.257 0.002 0.074 0.642 47 G 0.165 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.015 0.060 0.648 48 D 0.427 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.222 0.309 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 50 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.044 0.084 0.031 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.492 0.001 0.157 0.165 51 V 0.011 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.007 0.543 0.002 0.055 0.252 52 C 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.194 0.137 0.058 0.031 0.393 0.001 0.016 0.122 53 K 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.008 0.003 0.037 0.011 0.010 0.006 0.765 0.001 0.023 0.103 54 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.065 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.004 0.421 0.001 0.031 0.112 55 G 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.450 0.001 0.101 0.392 56 N 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.033 0.141 0.697 57 R 0.332 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.048 0.088 0.434 58 N 0.016 0.017 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.003 0.277 0.377 59 I 0.011 0.024 0.006 0.004 0.353 0.026 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.003 0.101 0.168 60 T 0.026 0.130 0.005 0.002 0.035 0.045 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.004 0.358 0.007 0.082 0.275 61 L 0.032 0.173 0.004 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.005 0.004 0.429 0.009 0.076 0.229 62 R 0.040 0.311 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.206 0.017 0.101 0.302 63 K 0.059 0.162 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.034 0.059 0.321 64 R 0.032 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.009 0.119 0.701 65 E 0.126 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.026 0.264 0.403 66 A 0.299 0.205 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.034 0.061 0.270 67 D 0.176 0.137 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.025 0.089 0.259 68 L 0.336 0.109 0.009 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.026 0.044 0.311 69 I 0.152 0.127 0.019 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.495 0.019 0.021 0.148 70 E 0.016 0.025 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.723 0.005 0.033 0.172 71 V 0.006 0.011 0.007 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.024 0.012 0.518 0.003 0.029 0.341 72 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.033 0.011 0.006 0.794 0.001 0.028 0.082 73 V 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.014 0.002 0.013 0.006 0.004 0.004 0.206 0.002 0.058 0.659 74 V 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.060 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.650 0.002 0.058 0.163 75 G 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.007 0.092 0.743 76 G 0.076 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.030 0.124 0.709 77 E 0.207 0.016 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.058 0.103 0.525 78 L 0.088 0.020 0.033 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.007 0.216 0.557 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 L 0.031 0.008 0.003 0.001 0.021 0.024 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.105 0.006 0.071 0.705 81 I 0.194 0.055 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.091 0.008 0.115 0.514 82 L 0.181 0.127 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.161 0.013 0.076 0.417 83 A 0.079 0.128 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.186 0.011 0.087 0.487