# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.374 0.053 0.007 0.378 0.012 0.015 0.016 0.009 0.016 0.028 2 K 0.157 0.289 0.055 0.001 0.442 0.002 0.003 0.010 0.004 0.004 0.034 3 L 0.106 0.046 0.006 0.004 0.087 0.007 0.007 0.163 0.477 0.067 0.030 4 S 0.026 0.087 0.030 0.014 0.075 0.034 0.088 0.278 0.319 0.036 0.013 5 R 0.076 0.028 0.009 0.003 0.106 0.007 0.050 0.106 0.095 0.482 0.037 6 L 0.099 0.285 0.120 0.025 0.256 0.010 0.032 0.033 0.031 0.074 0.034 7 V 0.008 0.168 0.519 0.234 0.030 0.013 0.005 0.008 0.008 0.003 0.003 8 P 0.010 0.091 0.055 0.033 0.026 0.041 0.546 0.123 0.063 0.007 0.004 9 G 0.026 0.007 0.018 0.028 0.009 0.012 0.008 0.009 0.020 0.714 0.150 10 V 0.028 0.519 0.151 0.029 0.150 0.020 0.050 0.014 0.011 0.016 0.013 11 P 0.337 0.067 0.012 0.002 0.453 0.004 0.006 0.007 0.007 0.034 0.070 12 A 0.141 0.184 0.002 0.001 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 R 0.180 0.073 0.011 0.001 0.714 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 14 I 0.584 0.023 0.002 0.001 0.350 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 15 K 0.150 0.171 0.024 0.010 0.535 0.033 0.031 0.008 0.005 0.005 0.028 16 R 0.290 0.101 0.031 0.001 0.468 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.092 17 L 0.189 0.258 0.015 0.005 0.441 0.006 0.009 0.014 0.009 0.014 0.040 18 E 0.187 0.172 0.155 0.017 0.260 0.019 0.029 0.036 0.019 0.019 0.087 19 V 0.071 0.182 0.094 0.062 0.076 0.077 0.061 0.171 0.064 0.092 0.051 20 S 0.008 0.192 0.143 0.217 0.023 0.081 0.092 0.152 0.039 0.041 0.012 21 G 0.009 0.035 0.055 0.062 0.011 0.025 0.012 0.366 0.111 0.258 0.057 22 E 0.010 0.096 0.020 0.002 0.036 0.004 0.011 0.696 0.096 0.021 0.008 23 L 0.012 0.018 0.005 0.001 0.012 0.002 0.003 0.854 0.074 0.015 0.004 24 H 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.917 0.058 0.005 0.001 25 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.939 0.042 0.002 0.001 26 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.941 0.026 0.006 0.001 27 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.883 0.083 0.012 0.001 28 V 0.003 0.006 0.004 0.002 0.005 0.004 0.021 0.760 0.180 0.013 0.003 29 G 0.007 0.009 0.004 0.004 0.009 0.012 0.095 0.617 0.134 0.101 0.007 30 M 0.011 0.668 0.100 0.008 0.076 0.006 0.031 0.047 0.030 0.017 0.005 31 G 0.082 0.045 0.035 0.033 0.067 0.012 0.022 0.041 0.047 0.428 0.188 32 F 0.127 0.204 0.180 0.051 0.150 0.013 0.042 0.056 0.056 0.075 0.047 33 V 0.011 0.178 0.534 0.190 0.035 0.014 0.006 0.011 0.010 0.006 0.005 34 P 0.002 0.038 0.030 0.033 0.006 0.054 0.723 0.075 0.035 0.004 0.002 35 G 0.028 0.009 0.020 0.020 0.010 0.010 0.009 0.012 0.018 0.702 0.161 36 E 0.041 0.579 0.026 0.004 0.296 0.007 0.011 0.009 0.006 0.010 0.011 37 E 0.249 0.053 0.005 0.001 0.660 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.022 38 I 0.301 0.073 0.002 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 E 0.140 0.108 0.017 0.001 0.705 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 40 I 0.588 0.037 0.004 0.001 0.320 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.039 41 V 0.205 0.140 0.020 0.015 0.462 0.036 0.029 0.016 0.015 0.015 0.046 42 Q 0.187 0.176 0.058 0.004 0.467 0.006 0.011 0.012 0.010 0.010 0.059 43 V 0.205 0.181 0.033 0.017 0.251 0.016 0.032 0.039 0.040 0.098 0.088 44 A 0.046 0.335 0.349 0.030 0.151 0.009 0.014 0.013 0.016 0.011 0.026 45 P 0.091 0.272 0.226 0.072 0.124 0.025 0.027 0.049 0.061 0.027 0.027 46 L 0.017 0.189 0.115 0.052 0.052 0.061 0.382 0.056 0.051 0.017 0.009 47 G 0.040 0.019 0.036 0.119 0.019 0.051 0.041 0.014 0.031 0.480 0.149 48 D 0.065 0.443 0.107 0.026 0.260 0.014 0.018 0.007 0.009 0.027 0.024 49 P 0.337 0.065 0.005 0.002 0.519 0.006 0.005 0.005 0.008 0.017 0.030 50 I 0.168 0.142 0.008 0.003 0.636 0.009 0.011 0.003 0.003 0.003 0.014 51 V 0.260 0.044 0.005 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 52 C 0.194 0.107 0.003 0.001 0.678 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 53 K 0.426 0.052 0.015 0.001 0.416 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.080 54 I 0.174 0.098 0.039 0.101 0.164 0.139 0.040 0.035 0.031 0.082 0.096 55 G 0.005 0.028 0.059 0.518 0.010 0.173 0.138 0.029 0.015 0.020 0.006 56 N 0.038 0.022 0.031 0.087 0.020 0.033 0.015 0.044 0.048 0.564 0.097 57 R 0.053 0.408 0.040 0.012 0.259 0.020 0.021 0.076 0.049 0.040 0.022 58 N 0.248 0.100 0.021 0.007 0.428 0.009 0.013 0.082 0.028 0.022 0.041 59 I 0.250 0.115 0.019 0.010 0.354 0.010 0.025 0.124 0.031 0.023 0.039 60 T 0.170 0.153 0.040 0.007 0.328 0.012 0.025 0.162 0.030 0.018 0.054 61 L 0.138 0.141 0.049 0.013 0.170 0.015 0.033 0.260 0.055 0.065 0.062 62 R 0.062 0.237 0.069 0.024 0.116 0.020 0.031 0.234 0.082 0.086 0.039 63 K 0.036 0.063 0.020 0.008 0.073 0.011 0.029 0.520 0.191 0.034 0.014 64 R 0.007 0.039 0.020 0.009 0.012 0.012 0.049 0.638 0.177 0.032 0.004 65 E 0.038 0.012 0.006 0.003 0.027 0.006 0.038 0.423 0.212 0.207 0.029 66 A 0.151 0.129 0.014 0.007 0.241 0.012 0.013 0.282 0.110 0.019 0.020 67 D 0.021 0.034 0.019 0.032 0.055 0.121 0.359 0.251 0.070 0.029 0.008 68 L 0.580 0.015 0.004 0.004 0.168 0.003 0.025 0.033 0.010 0.099 0.059 69 I 0.074 0.191 0.001 0.001 0.722 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 70 E 0.296 0.047 0.014 0.001 0.598 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 71 V 0.348 0.117 0.007 0.001 0.461 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.053 72 E 0.124 0.239 0.054 0.004 0.495 0.009 0.018 0.012 0.006 0.005 0.034 73 V 0.399 0.133 0.039 0.003 0.283 0.005 0.013 0.016 0.010 0.016 0.082 74 V 0.064 0.120 0.085 0.145 0.092 0.155 0.095 0.055 0.040 0.087 0.062 75 G 0.016 0.087 0.077 0.417 0.030 0.139 0.068 0.040 0.041 0.067 0.018 76 G 0.037 0.099 0.112 0.154 0.053 0.046 0.039 0.080 0.078 0.253 0.050 77 E 0.081 0.239 0.131 0.032 0.146 0.020 0.039 0.073 0.070 0.113 0.055 78 L 0.061 0.420 0.186 0.020 0.173 0.010 0.014 0.042 0.026 0.017 0.030 79 P 0.098 0.269 0.094 0.017 0.178 0.019 0.040 0.132 0.074 0.038 0.041 80 L 0.097 0.167 0.034 0.007 0.206 0.016 0.047 0.215 0.120 0.059 0.032 81 I 0.140 0.134 0.040 0.010 0.229 0.016 0.044 0.189 0.081 0.078 0.040 82 L 0.113 0.130 0.053 0.020 0.166 0.025 0.050 0.197 0.092 0.100 0.054 83 A 0.087 0.175 0.071 0.025 0.165 0.028 0.040 0.180 0.094 0.084 0.049