# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147.824 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.096 0.091 0.114 0.129 0.112 0.090 0.075 0.045 0.030 0.024 0.009 0.005 0.002 2 K 0.126 0.126 0.145 0.175 0.156 0.107 0.066 0.047 0.028 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 3 L 0.026 0.020 0.029 0.057 0.093 0.116 0.158 0.160 0.163 0.073 0.056 0.027 0.019 0.005 4 S 0.111 0.131 0.149 0.162 0.150 0.110 0.071 0.047 0.043 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 5 R 0.308 0.274 0.144 0.090 0.055 0.078 0.022 0.011 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 6 L 0.043 0.054 0.059 0.146 0.202 0.206 0.119 0.087 0.045 0.019 0.008 0.007 0.004 0.001 7 V 0.087 0.129 0.160 0.209 0.172 0.120 0.062 0.032 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.333 0.181 0.166 0.114 0.075 0.065 0.032 0.014 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 G 0.227 0.157 0.219 0.130 0.104 0.063 0.048 0.019 0.021 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 10 V 0.081 0.100 0.154 0.173 0.151 0.129 0.082 0.058 0.039 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 11 P 0.043 0.057 0.053 0.116 0.177 0.157 0.136 0.112 0.076 0.043 0.015 0.009 0.003 0.003 12 A 0.015 0.009 0.013 0.018 0.034 0.059 0.100 0.126 0.154 0.159 0.192 0.071 0.040 0.010 13 R 0.021 0.026 0.041 0.076 0.117 0.115 0.131 0.181 0.093 0.074 0.063 0.033 0.012 0.016 14 I 0.005 0.005 0.006 0.010 0.016 0.028 0.042 0.072 0.177 0.179 0.170 0.150 0.109 0.031 15 K 0.021 0.026 0.030 0.065 0.082 0.113 0.137 0.165 0.127 0.106 0.071 0.033 0.015 0.009 16 R 0.041 0.079 0.097 0.115 0.134 0.141 0.127 0.087 0.081 0.039 0.042 0.009 0.003 0.005 17 L 0.030 0.031 0.032 0.073 0.121 0.159 0.122 0.144 0.112 0.077 0.047 0.027 0.020 0.005 18 E 0.159 0.206 0.194 0.166 0.106 0.076 0.044 0.022 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.063 0.062 0.078 0.142 0.202 0.177 0.116 0.079 0.052 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 20 S 0.208 0.177 0.300 0.106 0.086 0.052 0.036 0.011 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 G 0.658 0.177 0.076 0.044 0.021 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.335 0.261 0.197 0.104 0.053 0.029 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.042 0.035 0.049 0.116 0.211 0.191 0.165 0.111 0.058 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 24 H 0.073 0.138 0.169 0.232 0.188 0.114 0.045 0.020 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.629 0.247 0.062 0.027 0.012 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.068 0.107 0.155 0.233 0.207 0.146 0.047 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.025 0.023 0.037 0.080 0.147 0.166 0.203 0.180 0.081 0.024 0.021 0.006 0.005 0.001 28 V 0.112 0.125 0.120 0.200 0.183 0.131 0.066 0.035 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 29 G 0.533 0.179 0.127 0.060 0.036 0.034 0.014 0.006 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 30 M 0.060 0.051 0.076 0.130 0.195 0.184 0.137 0.075 0.042 0.024 0.012 0.009 0.004 0.001 31 G 0.069 0.062 0.096 0.132 0.178 0.172 0.121 0.085 0.046 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 32 F 0.132 0.069 0.055 0.091 0.136 0.124 0.134 0.114 0.061 0.041 0.024 0.011 0.007 0.002 33 V 0.109 0.086 0.085 0.125 0.156 0.133 0.105 0.089 0.051 0.027 0.022 0.008 0.003 0.002 34 P 0.138 0.100 0.121 0.150 0.151 0.121 0.077 0.056 0.037 0.026 0.014 0.006 0.002 0.002 35 G 0.109 0.079 0.101 0.127 0.148 0.127 0.106 0.081 0.059 0.029 0.024 0.006 0.003 0.002 36 E 0.132 0.098 0.125 0.134 0.127 0.111 0.089 0.073 0.051 0.030 0.020 0.006 0.003 0.002 37 E 0.058 0.062 0.061 0.130 0.167 0.147 0.124 0.114 0.065 0.041 0.015 0.010 0.004 0.003 38 I 0.017 0.011 0.013 0.021 0.039 0.073 0.109 0.117 0.157 0.159 0.150 0.077 0.047 0.012 39 E 0.047 0.045 0.069 0.091 0.117 0.126 0.131 0.144 0.085 0.059 0.048 0.021 0.008 0.008 40 I 0.020 0.012 0.017 0.022 0.035 0.049 0.077 0.105 0.141 0.148 0.177 0.109 0.063 0.025 41 V 0.030 0.028 0.032 0.063 0.079 0.115 0.109 0.136 0.133 0.106 0.069 0.055 0.031 0.014 42 Q 0.057 0.059 0.078 0.108 0.125 0.123 0.132 0.106 0.085 0.058 0.042 0.017 0.006 0.005 43 V 0.070 0.073 0.077 0.112 0.154 0.136 0.112 0.097 0.072 0.041 0.035 0.011 0.005 0.004 44 A 0.128 0.121 0.132 0.131 0.150 0.119 0.080 0.055 0.040 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 45 P 0.072 0.093 0.102 0.161 0.173 0.137 0.097 0.080 0.046 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 46 L 0.084 0.104 0.103 0.152 0.175 0.139 0.093 0.068 0.044 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 47 G 0.184 0.180 0.168 0.142 0.103 0.088 0.059 0.031 0.024 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 48 D 0.112 0.113 0.132 0.152 0.150 0.123 0.080 0.060 0.036 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 49 P 0.044 0.047 0.058 0.088 0.136 0.141 0.140 0.118 0.101 0.061 0.035 0.016 0.009 0.005 50 I 0.015 0.011 0.016 0.031 0.057 0.092 0.136 0.156 0.149 0.145 0.093 0.059 0.030 0.011 51 V 0.018 0.018 0.025 0.052 0.092 0.101 0.133 0.163 0.132 0.104 0.073 0.048 0.024 0.019 52 C 0.011 0.006 0.008 0.011 0.018 0.035 0.055 0.072 0.144 0.198 0.185 0.155 0.079 0.021 53 K 0.018 0.032 0.039 0.080 0.123 0.141 0.163 0.163 0.090 0.059 0.045 0.022 0.009 0.013 54 I 0.006 0.007 0.009 0.017 0.036 0.059 0.108 0.130 0.171 0.154 0.178 0.065 0.043 0.017 55 G 0.030 0.061 0.061 0.148 0.160 0.164 0.125 0.116 0.064 0.037 0.021 0.007 0.004 0.004 56 N 0.046 0.069 0.092 0.135 0.138 0.139 0.121 0.095 0.078 0.043 0.027 0.012 0.003 0.003 57 R 0.018 0.029 0.036 0.080 0.157 0.174 0.175 0.128 0.100 0.056 0.027 0.011 0.005 0.003 58 N 0.030 0.043 0.073 0.105 0.148 0.162 0.146 0.114 0.088 0.054 0.020 0.010 0.005 0.002 59 I 0.030 0.023 0.027 0.050 0.092 0.108 0.175 0.168 0.111 0.101 0.064 0.029 0.015 0.006 60 T 0.045 0.053 0.055 0.096 0.109 0.138 0.114 0.124 0.106 0.071 0.036 0.031 0.016 0.007 61 L 0.054 0.043 0.040 0.065 0.103 0.113 0.154 0.170 0.091 0.065 0.060 0.022 0.013 0.007 62 R 0.038 0.067 0.079 0.148 0.190 0.167 0.126 0.088 0.058 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 63 K 0.079 0.105 0.132 0.193 0.176 0.145 0.080 0.045 0.029 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 64 R 0.411 0.192 0.173 0.095 0.059 0.037 0.019 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.144 0.182 0.247 0.145 0.106 0.105 0.034 0.013 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.036 0.059 0.059 0.162 0.242 0.183 0.134 0.076 0.033 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 67 D 0.298 0.275 0.174 0.088 0.052 0.063 0.025 0.009 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 L 0.089 0.078 0.091 0.165 0.193 0.159 0.093 0.060 0.039 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 69 I 0.020 0.015 0.020 0.041 0.090 0.136 0.198 0.164 0.113 0.073 0.079 0.031 0.014 0.005 70 E 0.059 0.062 0.098 0.133 0.171 0.154 0.109 0.095 0.052 0.032 0.019 0.008 0.003 0.004 71 V 0.054 0.025 0.022 0.040 0.063 0.081 0.110 0.128 0.143 0.131 0.097 0.062 0.035 0.009 72 E 0.070 0.062 0.069 0.120 0.148 0.147 0.131 0.105 0.064 0.042 0.024 0.011 0.004 0.004 73 V 0.081 0.065 0.088 0.118 0.158 0.131 0.122 0.088 0.064 0.040 0.028 0.010 0.004 0.003 74 V 0.113 0.096 0.084 0.135 0.184 0.129 0.097 0.075 0.044 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 75 G 0.284 0.180 0.144 0.128 0.097 0.069 0.046 0.022 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 76 G 0.417 0.162 0.120 0.093 0.070 0.055 0.045 0.017 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 77 E 0.455 0.175 0.126 0.080 0.061 0.043 0.034 0.010 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.200 0.130 0.113 0.143 0.144 0.121 0.068 0.040 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 79 P 0.361 0.167 0.128 0.110 0.090 0.060 0.039 0.019 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 80 L 0.231 0.119 0.109 0.135 0.137 0.100 0.067 0.045 0.025 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 81 I 0.182 0.098 0.097 0.127 0.155 0.110 0.087 0.059 0.037 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 82 L 0.204 0.108 0.113 0.129 0.132 0.103 0.074 0.056 0.035 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 83 A 0.339 0.140 0.101 0.103 0.096 0.074 0.060 0.033 0.023 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001