# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.006 0.030 0.017 0.028 0.006 0.011 0.009 0.088 0.499 0.094 0.018 0.015 0.009 0.002 0.096 0.074 2 G 0.578 0.018 0.052 0.065 0.001 0.010 0.002 0.006 0.091 0.035 0.012 0.018 0.014 0.001 0.006 0.092 3 E 0.299 0.122 0.404 0.124 0.001 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.019 4 L 0.024 0.015 0.342 0.581 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 5 P 0.002 0.037 0.116 0.751 0.003 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.006 0.007 0.964 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.002 0.012 0.024 0.931 0.004 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.002 0.035 0.041 0.814 0.028 0.053 0.002 0.010 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 9 A 0.003 0.013 0.008 0.104 0.068 0.764 0.003 0.008 0.003 0.002 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 10 D 0.003 0.116 0.005 0.019 0.254 0.040 0.047 0.033 0.001 0.004 0.435 0.012 0.002 0.026 0.001 0.001 11 D 0.007 0.310 0.016 0.081 0.002 0.007 0.003 0.271 0.048 0.002 0.008 0.054 0.001 0.001 0.186 0.003 12 G 0.017 0.012 0.170 0.074 0.001 0.014 0.011 0.001 0.257 0.099 0.009 0.006 0.010 0.001 0.003 0.314 13 T 0.702 0.040 0.144 0.099 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 14 Y 0.011 0.013 0.467 0.458 0.003 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.003 0.033 0.048 0.906 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.001 0.003 0.018 0.594 0.058 0.312 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.207 0.008 0.745 0.004 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.010 0.007 0.818 0.029 0.092 0.003 0.003 0.011 0.007 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 19 L 0.011 0.011 0.046 0.074 0.660 0.051 0.035 0.024 0.002 0.003 0.052 0.006 0.017 0.007 0.001 0.001 20 N 0.001 0.029 0.006 0.065 0.201 0.079 0.026 0.442 0.007 0.016 0.041 0.032 0.015 0.022 0.016 0.001 21 G 0.005 0.025 0.005 0.034 0.012 0.059 0.004 0.192 0.117 0.183 0.142 0.070 0.059 0.001 0.062 0.029 22 G 0.055 0.008 0.012 0.011 0.005 0.034 0.005 0.004 0.068 0.123 0.152 0.222 0.243 0.003 0.003 0.053 23 R 0.072 0.018 0.026 0.009 0.001 0.021 0.002 0.004 0.001 0.002 0.147 0.291 0.397 0.001 0.005 0.005 24 R 0.001 0.011 0.015 0.005 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.353 0.523 0.001 0.001 0.003 25 F 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.033 0.933 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.967 0.001 0.001 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.004 29 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.016 0.001 0.001 30 K 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.931 0.006 0.033 0.006 31 N 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.097 0.791 0.003 0.057 32 L 0.012 0.003 0.033 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.870 0.007 33 G 0.005 0.010 0.141 0.019 0.001 0.006 0.016 0.001 0.014 0.016 0.001 0.002 0.042 0.004 0.002 0.719 34 I 0.753 0.010 0.087 0.054 0.015 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.028 0.003 0.004 0.007 35 E 0.001 0.027 0.098 0.053 0.521 0.036 0.089 0.011 0.001 0.002 0.012 0.008 0.006 0.132 0.001 0.002 36 S 0.010 0.154 0.023 0.223 0.002 0.038 0.003 0.397 0.008 0.002 0.009 0.004 0.006 0.001 0.116 0.005 37 G 0.009 0.025 0.034 0.133 0.008 0.033 0.005 0.001 0.439 0.180 0.017 0.007 0.007 0.001 0.001 0.100 38 K 0.652 0.063 0.043 0.225 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.003 0.035 0.563 0.373 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 I 0.006 0.004 0.089 0.892 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.008 0.034 0.909 0.028 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.002 0.002 0.179 0.796 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 S 0.001 0.041 0.003 0.166 0.018 0.041 0.001 0.720 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 44 G 0.002 0.039 0.003 0.120 0.032 0.053 0.003 0.015 0.416 0.272 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 45 R 0.441 0.170 0.039 0.252 0.002 0.011 0.001 0.026 0.025 0.005 0.009 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 46 R 0.014 0.094 0.437 0.407 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 47 Y 0.028 0.005 0.249 0.700 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Y 0.003 0.016 0.085 0.726 0.144 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.002 0.001 0.101 0.855 0.024 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 50 E 0.001 0.016 0.001 0.015 0.011 0.047 0.001 0.900 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 51 G 0.001 0.021 0.001 0.022 0.002 0.008 0.001 0.010 0.730 0.154 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 52 R 0.734 0.045 0.044 0.080 0.001 0.004 0.001 0.003 0.030 0.007 0.004 0.039 0.002 0.001 0.001 0.006 53 E 0.042 0.031 0.777 0.116 0.001 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 54 I 0.011 0.016 0.406 0.506 0.010 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.018 0.017 0.317 0.468 0.140 0.009 0.007 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 56 L 0.003 0.061 0.006 0.446 0.100 0.030 0.004 0.248 0.007 0.002 0.072 0.005 0.004 0.001 0.012 0.001 57 G 0.001 0.012 0.006 0.061 0.524 0.055 0.068 0.021 0.046 0.125 0.019 0.031 0.004 0.020 0.001 0.006 58 Y 0.126 0.059 0.028 0.067 0.009 0.021 0.009 0.494 0.016 0.006 0.044 0.010 0.013 0.001 0.091 0.005 59 G 0.007 0.017 0.042 0.044 0.005 0.045 0.003 0.007 0.432 0.239 0.039 0.049 0.015 0.001 0.003 0.052 60 E 0.601 0.067 0.086 0.132 0.001 0.010 0.001 0.003 0.005 0.003 0.020 0.043 0.015 0.001 0.002 0.012 61 A 0.021 0.033 0.310 0.239 0.007 0.261 0.004 0.002 0.004 0.002 0.016 0.061 0.032 0.002 0.001 0.002 62 T 0.005 0.463 0.080 0.425 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 63 K 0.003 0.006 0.066 0.911 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 64 I 0.005 0.002 0.500 0.470 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 65 W 0.001 0.007 0.005 0.980 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.001 0.015 0.004 0.860 0.011 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 67 R 0.001 0.101 0.019 0.842 0.002 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 68 R 0.003 0.018 0.032 0.588 0.011 0.309 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 69 V 0.012 0.071 0.063 0.360 0.070 0.146 0.008 0.013 0.002 0.002 0.187 0.016 0.039 0.006 0.003 0.003 70 S 0.003 0.189 0.011 0.213 0.029 0.231 0.006 0.032 0.007 0.004 0.044 0.142 0.066 0.005 0.011 0.006 71 D 0.009 0.048 0.021 0.044 0.137 0.079 0.085 0.020 0.007 0.009 0.195 0.047 0.106 0.158 0.010 0.025 72 A 0.024 0.075 0.062 0.037 0.004 0.013 0.010 0.152 0.009 0.003 0.046 0.064 0.063 0.008 0.412 0.019 73 G 0.019 0.031 0.073 0.048 0.005 0.072 0.018 0.007 0.120 0.076 0.024 0.065 0.166 0.010 0.026 0.242 74 E 0.356 0.039 0.105 0.054 0.010 0.044 0.017 0.008 0.005 0.003 0.088 0.028 0.178 0.014 0.013 0.038 75 E 0.031 0.138 0.235 0.136 0.008 0.082 0.017 0.019 0.007 0.003 0.054 0.093 0.125 0.012 0.022 0.016 76 S 0.021 0.173 0.214 0.298 0.004 0.033 0.015 0.010 0.017 0.004 0.015 0.026 0.094 0.003 0.012 0.061 77 H 0.049 0.019 0.176 0.318 0.010 0.143 0.031 0.005 0.010 0.007 0.022 0.022 0.159 0.004 0.006 0.020 78 P 0.031 0.082 0.162 0.186 0.050 0.106 0.023 0.023 0.003 0.004 0.138 0.034 0.127 0.018 0.005 0.011 79 Q 0.013 0.137 0.040 0.283 0.065 0.080 0.036 0.047 0.018 0.005 0.055 0.109 0.054 0.034 0.016 0.009 80 K 0.020 0.051 0.117 0.216 0.035 0.074 0.073 0.056 0.026 0.013 0.067 0.046 0.111 0.016 0.047 0.033