# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.024 0.085 0.843 2 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.030 0.130 0.585 3 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.066 0.031 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.199 0.025 0.111 0.485 4 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.028 0.005 0.089 0.053 0.016 0.007 0.294 0.069 0.098 0.311 5 P 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.078 0.115 0.101 0.018 0.380 0.067 0.035 0.179 6 L 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.014 0.048 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.081 0.019 0.475 0.053 0.038 0.204 7 I 0.014 0.005 0.005 0.002 0.064 0.097 0.051 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.470 0.064 0.033 0.169 8 L 0.011 0.005 0.012 0.001 0.059 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.397 0.074 0.075 0.351 9 A 0.387 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.072 0.057 0.347 10 D 0.117 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.069 0.099 0.638 11 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.026 0.111 0.764 12 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.331 0.055 0.119 0.430 13 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.097 0.045 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.417 0.058 0.058 0.196 14 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.016 0.003 0.044 0.017 0.007 0.005 0.464 0.062 0.065 0.299 15 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.075 0.109 0.055 0.008 0.619 0.052 0.011 0.056 16 I 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.054 0.017 0.540 0.114 0.028 0.180 17 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.830 0.048 0.014 0.074 18 K 0.016 0.008 0.003 0.001 0.017 0.007 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.487 0.055 0.066 0.330 19 L 0.056 0.012 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.057 0.073 0.366 20 N 0.150 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.076 0.099 0.437 21 G 0.051 0.270 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.070 0.078 0.484 22 G 0.026 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.036 0.027 0.180 23 R 0.016 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.006 0.021 24 R 0.011 0.851 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.043 0.013 0.052 25 F 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.010 26 L 0.030 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.005 0.014 27 F 0.027 0.691 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.192 0.013 0.046 28 R 0.044 0.734 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.084 0.019 0.066 29 M 0.116 0.209 0.149 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.258 0.055 0.166 30 K 0.356 0.055 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.048 0.064 0.432 31 N 0.027 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.027 0.085 0.774 32 L 0.010 0.015 0.009 0.001 0.002 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.075 0.135 0.636 33 G 0.028 0.014 0.027 0.002 0.041 0.011 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.113 0.097 0.496 34 I 0.031 0.003 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.037 0.101 0.698 35 E 0.561 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.067 0.044 0.044 0.268 36 S 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.031 0.156 0.707 37 G 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.014 0.106 0.743 38 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.037 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.512 0.040 0.044 0.233 39 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.043 0.016 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.400 0.049 0.045 0.417 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.010 0.008 0.004 0.002 0.007 0.002 0.068 0.024 0.009 0.004 0.591 0.046 0.023 0.169 41 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.097 0.018 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.018 0.005 0.557 0.058 0.014 0.144 42 V 0.030 0.001 0.002 0.001 0.032 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.393 0.065 0.063 0.381 43 S 0.157 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.335 0.053 0.057 0.387 44 G 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.012 0.100 0.805 45 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.016 0.077 0.500 46 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.012 0.006 0.197 0.028 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.272 0.022 0.036 0.397 47 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.156 0.035 0.018 0.020 0.019 0.027 0.004 0.041 0.007 0.003 0.003 0.292 0.026 0.016 0.107 48 Y 0.010 0.001 0.004 0.001 0.303 0.015 0.010 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.085 0.019 0.008 0.005 0.332 0.047 0.013 0.129 49 I 0.332 0.001 0.002 0.001 0.020 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.005 0.004 0.170 0.070 0.046 0.309 50 E 0.190 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.028 0.065 0.664 51 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.011 0.083 0.841 52 R 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.323 0.041 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.030 0.057 0.315 53 E 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.247 0.124 0.034 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.136 0.038 0.048 0.346 54 I 0.013 0.004 0.002 0.001 0.011 0.008 0.005 0.005 0.012 0.014 0.047 0.006 0.119 0.029 0.007 0.005 0.392 0.045 0.055 0.223 55 D 0.035 0.007 0.005 0.001 0.013 0.007 0.009 0.010 0.001 0.001 0.004 0.003 0.126 0.105 0.042 0.012 0.181 0.067 0.053 0.318 56 L 0.072 0.010 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.016 0.009 0.174 0.042 0.109 0.537 57 G 0.094 0.044 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.089 0.049 0.109 0.599 58 Y 0.058 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.134 0.101 0.578 59 G 0.055 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.233 0.095 0.469 60 E 0.202 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.220 0.088 0.073 0.241 61 A 0.011 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.175 0.069 0.087 0.584 62 T 0.004 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.006 0.007 0.004 0.003 0.559 0.062 0.056 0.205 63 K 0.007 0.097 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.006 0.008 0.012 0.007 0.552 0.109 0.043 0.143 64 I 0.002 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.754 0.046 0.024 0.127 65 W 0.005 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.842 0.056 0.008 0.032 66 V 0.016 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.229 0.051 0.212 67 R 0.004 0.023 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.747 0.049 0.043 0.114 68 R 0.050 0.065 0.015 0.002 0.017 0.019 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.074 0.115 0.373 69 V 0.084 0.046 0.055 0.001 0.025 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.118 0.122 0.379 70 S 0.208 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.036 0.126 0.538 71 D 0.205 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.048 0.065 0.624 72 A 0.034 0.025 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.094 0.128 0.677 73 G 0.075 0.036 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.144 0.093 0.573 74 E 0.159 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.023 0.027 0.015 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 0.071 0.093 0.551 75 E 0.020 0.009 0.004 0.001 0.005 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.010 0.005 0.002 0.001 0.047 0.040 0.128 0.707 76 S 0.034 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.002 0.043 0.030 0.132 0.722 77 H 0.347 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.030 0.083 0.081 0.423 78 P 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 0.104 0.747 79 Q 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.018 0.085 0.806 80 K 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.142 0.764