# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.051 0.001 0.001 0.004 0.017 0.012 0.059 0.001 0.001 0.013 0.842 2 G 0.002 0.001 0.001 0.014 0.160 0.152 0.138 0.001 0.001 0.015 0.519 3 E 0.007 0.003 0.001 0.017 0.053 0.089 0.058 0.001 0.001 0.018 0.752 4 L 0.003 0.001 0.001 0.011 0.411 0.277 0.045 0.001 0.001 0.014 0.237 5 P 0.009 0.007 0.001 0.046 0.141 0.337 0.040 0.001 0.001 0.029 0.390 6 L 0.006 0.001 0.001 0.027 0.303 0.466 0.029 0.001 0.001 0.025 0.143 7 I 0.002 0.001 0.001 0.076 0.238 0.439 0.031 0.001 0.001 0.022 0.189 8 L 0.060 0.001 0.002 0.053 0.218 0.259 0.045 0.001 0.001 0.043 0.317 9 A 0.562 0.001 0.001 0.015 0.057 0.044 0.038 0.002 0.001 0.049 0.230 10 D 0.052 0.004 0.001 0.011 0.018 0.025 0.095 0.001 0.001 0.024 0.768 11 D 0.009 0.003 0.001 0.009 0.022 0.030 0.065 0.001 0.001 0.020 0.840 12 G 0.014 0.006 0.001 0.026 0.270 0.168 0.080 0.002 0.001 0.043 0.390 13 T 0.003 0.003 0.001 0.028 0.207 0.285 0.057 0.001 0.001 0.217 0.198 14 Y 0.001 0.003 0.001 0.059 0.338 0.343 0.031 0.001 0.001 0.068 0.155 15 E 0.008 0.015 0.001 0.069 0.245 0.458 0.024 0.001 0.001 0.037 0.142 16 I 0.008 0.004 0.001 0.042 0.200 0.399 0.050 0.001 0.001 0.056 0.239 17 T 0.006 0.005 0.002 0.145 0.257 0.354 0.038 0.001 0.001 0.052 0.140 18 K 0.029 0.014 0.004 0.173 0.116 0.208 0.058 0.003 0.001 0.077 0.318 19 L 0.184 0.026 0.003 0.166 0.074 0.056 0.098 0.005 0.001 0.079 0.308 20 N 0.053 0.071 0.002 0.058 0.040 0.044 0.098 0.005 0.001 0.046 0.583 21 G 0.022 0.165 0.002 0.033 0.017 0.033 0.081 0.004 0.001 0.095 0.548 22 G 0.022 0.663 0.002 0.007 0.021 0.017 0.035 0.004 0.001 0.048 0.181 23 R 0.011 0.855 0.001 0.003 0.013 0.014 0.009 0.002 0.001 0.050 0.043 24 R 0.006 0.916 0.001 0.002 0.002 0.007 0.004 0.003 0.001 0.035 0.025 25 F 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 26 L 0.019 0.787 0.006 0.001 0.006 0.008 0.004 0.003 0.001 0.148 0.019 27 F 0.046 0.534 0.020 0.002 0.007 0.011 0.013 0.003 0.003 0.308 0.054 28 R 0.057 0.697 0.017 0.007 0.006 0.010 0.028 0.014 0.004 0.086 0.077 29 M 0.122 0.253 0.111 0.006 0.004 0.010 0.037 0.121 0.074 0.129 0.131 30 K 0.388 0.171 0.009 0.006 0.020 0.022 0.045 0.005 0.003 0.037 0.295 31 N 0.016 0.070 0.002 0.003 0.006 0.017 0.045 0.002 0.001 0.023 0.816 32 L 0.014 0.027 0.007 0.027 0.049 0.058 0.194 0.003 0.002 0.150 0.469 33 G 0.060 0.015 0.046 0.074 0.084 0.122 0.113 0.007 0.017 0.183 0.279 34 I 0.080 0.003 0.002 0.018 0.037 0.041 0.091 0.002 0.001 0.051 0.675 35 E 0.244 0.003 0.004 0.064 0.024 0.038 0.075 0.003 0.001 0.111 0.434 36 S 0.011 0.002 0.001 0.041 0.015 0.039 0.156 0.001 0.001 0.034 0.700 37 G 0.008 0.001 0.001 0.041 0.031 0.052 0.123 0.001 0.001 0.026 0.717 38 K 0.001 0.001 0.001 0.060 0.366 0.328 0.071 0.001 0.001 0.017 0.156 39 K 0.001 0.001 0.001 0.116 0.161 0.323 0.049 0.001 0.001 0.051 0.298 40 I 0.001 0.001 0.001 0.049 0.491 0.313 0.026 0.001 0.001 0.019 0.102 41 Q 0.012 0.001 0.001 0.173 0.228 0.322 0.026 0.001 0.001 0.042 0.195 42 V 0.023 0.001 0.001 0.046 0.252 0.253 0.063 0.001 0.001 0.044 0.317 43 S 0.026 0.001 0.001 0.100 0.111 0.169 0.077 0.001 0.001 0.033 0.480 44 G 0.019 0.001 0.001 0.031 0.080 0.110 0.099 0.001 0.001 0.018 0.639 45 R 0.004 0.001 0.001 0.026 0.218 0.265 0.089 0.001 0.001 0.014 0.383 46 R 0.003 0.001 0.001 0.024 0.184 0.355 0.065 0.001 0.001 0.024 0.344 47 Y 0.001 0.001 0.001 0.020 0.341 0.450 0.032 0.001 0.001 0.014 0.143 48 Y 0.019 0.001 0.001 0.048 0.232 0.353 0.030 0.001 0.001 0.048 0.265 49 I 0.157 0.002 0.001 0.042 0.190 0.163 0.055 0.002 0.001 0.058 0.331 50 E 0.035 0.005 0.001 0.049 0.073 0.093 0.073 0.001 0.001 0.025 0.646 51 G 0.026 0.006 0.001 0.021 0.044 0.061 0.065 0.001 0.001 0.020 0.755 52 R 0.018 0.007 0.001 0.065 0.271 0.173 0.069 0.001 0.001 0.036 0.360 53 E 0.013 0.011 0.002 0.067 0.139 0.242 0.072 0.003 0.001 0.072 0.379 54 I 0.012 0.005 0.001 0.067 0.280 0.257 0.061 0.001 0.001 0.030 0.287 55 D 0.071 0.015 0.002 0.066 0.144 0.194 0.047 0.003 0.001 0.081 0.376 56 L 0.041 0.024 0.001 0.033 0.104 0.109 0.094 0.001 0.001 0.039 0.554 57 G 0.067 0.063 0.003 0.024 0.040 0.059 0.104 0.004 0.001 0.052 0.584 58 Y 0.045 0.022 0.007 0.019 0.055 0.083 0.144 0.003 0.001 0.174 0.446 59 G 0.070 0.055 0.007 0.038 0.043 0.071 0.127 0.004 0.001 0.185 0.398 60 E 0.063 0.105 0.003 0.043 0.060 0.115 0.107 0.004 0.001 0.074 0.426 61 A 0.013 0.064 0.002 0.034 0.027 0.124 0.120 0.002 0.001 0.059 0.554 62 T 0.006 0.069 0.002 0.098 0.140 0.303 0.061 0.001 0.001 0.059 0.261 63 K 0.006 0.066 0.001 0.210 0.143 0.313 0.033 0.001 0.001 0.098 0.129 64 I 0.004 0.044 0.001 0.289 0.257 0.217 0.026 0.001 0.001 0.069 0.092 65 W 0.009 0.099 0.001 0.231 0.183 0.318 0.019 0.003 0.001 0.044 0.093 66 V 0.014 0.034 0.002 0.216 0.167 0.224 0.035 0.001 0.001 0.181 0.125 67 R 0.005 0.021 0.003 0.210 0.207 0.288 0.040 0.001 0.001 0.082 0.143 68 R 0.075 0.059 0.005 0.118 0.131 0.233 0.059 0.010 0.001 0.097 0.213 69 V 0.147 0.026 0.018 0.079 0.087 0.082 0.100 0.022 0.007 0.112 0.320 70 S 0.089 0.032 0.005 0.017 0.055 0.073 0.090 0.005 0.001 0.048 0.585 71 D 0.232 0.053 0.003 0.013 0.011 0.020 0.055 0.006 0.001 0.032 0.575 72 A 0.043 0.020 0.007 0.010 0.016 0.016 0.158 0.006 0.002 0.058 0.664 73 G 0.123 0.027 0.009 0.014 0.024 0.040 0.117 0.015 0.004 0.062 0.564 74 E 0.216 0.010 0.001 0.007 0.019 0.021 0.083 0.003 0.001 0.049 0.588 75 E 0.011 0.005 0.002 0.007 0.024 0.033 0.112 0.001 0.001 0.027 0.779 76 S 0.029 0.007 0.002 0.007 0.019 0.038 0.101 0.002 0.001 0.033 0.761 77 H 0.230 0.006 0.003 0.011 0.025 0.030 0.103 0.005 0.002 0.056 0.531 78 P 0.032 0.003 0.001 0.008 0.017 0.022 0.112 0.001 0.001 0.018 0.787 79 Q 0.028 0.003 0.001 0.011 0.015 0.028 0.078 0.001 0.001 0.016 0.821 80 K 0.020 0.003 0.001 0.020 0.020 0.029 0.125 0.001 0.001 0.021 0.760