# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.016 0.005 0.011 0.010 0.016 0.036 0.005 0.901 2 G 0.094 0.003 0.026 0.020 0.026 0.204 0.019 0.609 3 E 0.095 0.002 0.039 0.025 0.029 0.052 0.020 0.738 4 L 0.045 0.002 0.133 0.269 0.265 0.111 0.004 0.172 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 6 L 0.003 0.001 0.067 0.179 0.566 0.026 0.001 0.159 7 I 0.010 0.001 0.095 0.337 0.366 0.029 0.001 0.162 8 L 0.009 0.002 0.054 0.232 0.314 0.021 0.002 0.365 9 A 0.008 0.002 0.099 0.335 0.410 0.033 0.002 0.110 10 D 0.009 0.004 0.022 0.198 0.121 0.136 0.006 0.503 11 D 0.020 0.004 0.025 0.052 0.113 0.184 0.019 0.583 12 G 0.292 0.003 0.022 0.049 0.103 0.212 0.112 0.207 13 T 0.417 0.001 0.028 0.056 0.034 0.296 0.028 0.140 14 Y 0.004 0.001 0.058 0.346 0.345 0.038 0.001 0.207 15 E 0.001 0.001 0.042 0.397 0.511 0.020 0.001 0.029 16 I 0.002 0.001 0.062 0.137 0.401 0.032 0.001 0.365 17 T 0.001 0.001 0.074 0.410 0.506 0.003 0.001 0.008 18 K 0.002 0.001 0.060 0.192 0.232 0.035 0.002 0.477 19 L 0.005 0.001 0.307 0.143 0.407 0.020 0.002 0.115 20 N 0.007 0.006 0.086 0.118 0.224 0.216 0.004 0.339 21 G 0.036 0.006 0.034 0.027 0.089 0.108 0.012 0.688 22 G 0.095 0.017 0.044 0.028 0.081 0.145 0.012 0.578 23 R 0.059 0.033 0.027 0.026 0.053 0.273 0.006 0.523 24 R 0.028 0.072 0.008 0.008 0.023 0.158 0.003 0.700 25 F 0.063 0.368 0.009 0.011 0.033 0.092 0.004 0.420 26 L 0.043 0.615 0.021 0.014 0.052 0.045 0.003 0.207 27 F 0.013 0.789 0.004 0.005 0.010 0.033 0.003 0.142 28 R 0.027 0.850 0.002 0.003 0.006 0.013 0.004 0.094 29 M 0.010 0.966 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.014 30 K 0.020 0.897 0.010 0.008 0.007 0.009 0.005 0.044 31 N 0.037 0.846 0.010 0.006 0.013 0.006 0.020 0.062 32 L 0.183 0.659 0.016 0.010 0.016 0.011 0.039 0.066 33 G 0.237 0.214 0.056 0.053 0.038 0.039 0.093 0.271 34 I 0.021 0.048 0.543 0.128 0.069 0.043 0.008 0.140 35 E 0.020 0.053 0.140 0.195 0.138 0.094 0.009 0.350 36 S 0.035 0.061 0.057 0.060 0.120 0.103 0.017 0.547 37 G 0.115 0.038 0.157 0.073 0.126 0.061 0.042 0.388 38 K 0.137 0.011 0.180 0.201 0.114 0.089 0.021 0.247 39 K 0.007 0.002 0.022 0.024 0.025 0.057 0.002 0.862 40 I 0.005 0.001 0.071 0.259 0.527 0.015 0.001 0.121 41 Q 0.002 0.001 0.177 0.276 0.375 0.027 0.001 0.141 42 V 0.003 0.001 0.129 0.240 0.219 0.037 0.001 0.369 43 S 0.002 0.001 0.241 0.185 0.425 0.034 0.001 0.111 44 G 0.006 0.001 0.090 0.094 0.130 0.082 0.006 0.590 45 R 0.034 0.001 0.111 0.086 0.122 0.164 0.014 0.469 46 R 0.021 0.001 0.060 0.050 0.071 0.093 0.004 0.698 47 Y 0.019 0.001 0.067 0.238 0.295 0.070 0.003 0.306 48 Y 0.006 0.001 0.079 0.258 0.416 0.044 0.001 0.196 49 I 0.007 0.002 0.060 0.311 0.328 0.035 0.001 0.257 50 E 0.007 0.003 0.090 0.129 0.289 0.106 0.002 0.375 51 G 0.019 0.003 0.068 0.063 0.148 0.106 0.011 0.581 52 R 0.097 0.003 0.082 0.053 0.063 0.262 0.025 0.416 53 E 0.049 0.003 0.055 0.038 0.045 0.137 0.010 0.663 54 I 0.028 0.006 0.121 0.199 0.242 0.116 0.004 0.284 55 D 0.014 0.010 0.069 0.081 0.173 0.170 0.004 0.478 56 L 0.045 0.022 0.102 0.068 0.207 0.084 0.007 0.466 57 G 0.054 0.023 0.071 0.050 0.096 0.298 0.013 0.394 58 Y 0.107 0.018 0.041 0.040 0.062 0.122 0.024 0.586 59 G 0.077 0.038 0.049 0.047 0.083 0.150 0.013 0.542 60 E 0.075 0.033 0.027 0.049 0.058 0.288 0.010 0.461 61 A 0.069 0.084 0.034 0.052 0.085 0.104 0.009 0.563 62 T 0.111 0.120 0.048 0.153 0.225 0.051 0.012 0.281 63 K 0.088 0.094 0.085 0.135 0.204 0.072 0.013 0.310 64 I 0.030 0.092 0.120 0.276 0.264 0.024 0.006 0.187 65 W 0.018 0.065 0.131 0.213 0.433 0.018 0.005 0.117 66 V 0.012 0.046 0.133 0.241 0.361 0.024 0.005 0.178 67 R 0.006 0.022 0.227 0.238 0.394 0.023 0.003 0.088 68 R 0.016 0.047 0.046 0.105 0.136 0.058 0.008 0.583 69 V 0.036 0.055 0.122 0.097 0.401 0.034 0.008 0.246 70 S 0.020 0.103 0.101 0.124 0.136 0.133 0.010 0.373 71 D 0.062 0.085 0.023 0.034 0.085 0.113 0.023 0.575 72 A 0.179 0.071 0.024 0.018 0.040 0.252 0.039 0.377 73 G 0.253 0.038 0.013 0.014 0.020 0.266 0.062 0.334 74 E 0.222 0.055 0.027 0.021 0.025 0.236 0.021 0.393 75 E 0.063 0.057 0.013 0.024 0.026 0.105 0.010 0.703 76 S 0.143 0.078 0.017 0.026 0.081 0.098 0.021 0.537 77 H 0.238 0.059 0.029 0.045 0.071 0.077 0.011 0.470 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 Q 0.025 0.009 0.018 0.033 0.077 0.110 0.005 0.724 80 K 0.225 0.026 0.018 0.017 0.028 0.048 0.011 0.628