# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.037 0.064 0.086 0.296 0.037 0.066 0.042 0.032 0.040 0.239 0.061 2 G 0.033 0.098 0.107 0.129 0.068 0.047 0.032 0.046 0.080 0.285 0.076 3 E 0.169 0.209 0.081 0.017 0.326 0.010 0.020 0.015 0.019 0.074 0.059 4 L 0.087 0.427 0.143 0.025 0.212 0.017 0.020 0.014 0.014 0.016 0.024 5 P 0.178 0.218 0.057 0.011 0.445 0.013 0.018 0.017 0.013 0.011 0.019 6 L 0.306 0.088 0.011 0.001 0.542 0.003 0.004 0.009 0.009 0.008 0.019 7 I 0.154 0.218 0.031 0.003 0.515 0.005 0.009 0.015 0.005 0.009 0.035 8 L 0.295 0.103 0.028 0.009 0.318 0.011 0.016 0.016 0.011 0.049 0.144 9 A 0.100 0.237 0.252 0.072 0.143 0.037 0.021 0.034 0.017 0.038 0.049 10 D 0.040 0.063 0.077 0.232 0.045 0.156 0.121 0.111 0.072 0.058 0.025 11 D 0.041 0.103 0.091 0.278 0.049 0.096 0.073 0.042 0.046 0.146 0.034 12 G 0.035 0.090 0.121 0.127 0.063 0.051 0.025 0.028 0.039 0.329 0.091 13 T 0.178 0.218 0.042 0.008 0.423 0.005 0.011 0.011 0.012 0.039 0.053 14 Y 0.243 0.162 0.020 0.006 0.522 0.008 0.012 0.004 0.004 0.004 0.014 15 E 0.213 0.124 0.011 0.002 0.624 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.011 16 I 0.446 0.019 0.001 0.001 0.522 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 T 0.175 0.112 0.009 0.001 0.676 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.016 18 K 0.398 0.048 0.006 0.001 0.425 0.002 0.002 0.003 0.002 0.010 0.104 19 L 0.205 0.109 0.043 0.034 0.217 0.042 0.024 0.040 0.025 0.081 0.181 20 N 0.031 0.074 0.053 0.298 0.043 0.181 0.148 0.072 0.023 0.049 0.026 21 G 0.038 0.070 0.103 0.289 0.044 0.059 0.037 0.069 0.040 0.204 0.047 22 G 0.036 0.101 0.100 0.082 0.062 0.030 0.026 0.226 0.166 0.129 0.042 23 R 0.033 0.086 0.031 0.009 0.059 0.011 0.025 0.548 0.150 0.033 0.015 24 R 0.033 0.044 0.009 0.003 0.041 0.005 0.014 0.704 0.100 0.035 0.013 25 F 0.023 0.020 0.002 0.001 0.023 0.002 0.005 0.814 0.072 0.033 0.006 26 L 0.009 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.892 0.059 0.012 0.004 27 F 0.006 0.009 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.885 0.073 0.006 0.001 28 R 0.012 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 0.844 0.056 0.045 0.005 29 M 0.028 0.026 0.003 0.001 0.023 0.002 0.016 0.700 0.159 0.031 0.011 30 K 0.006 0.009 0.004 0.005 0.008 0.014 0.086 0.697 0.151 0.015 0.006 31 N 0.054 0.018 0.015 0.006 0.043 0.010 0.076 0.533 0.107 0.120 0.019 32 L 0.020 0.415 0.123 0.014 0.086 0.020 0.061 0.158 0.043 0.044 0.017 33 G 0.132 0.079 0.049 0.034 0.145 0.020 0.032 0.099 0.045 0.202 0.163 34 I 0.175 0.191 0.144 0.013 0.216 0.011 0.023 0.088 0.044 0.054 0.042 35 E 0.063 0.108 0.158 0.136 0.087 0.093 0.066 0.152 0.055 0.044 0.036 36 S 0.028 0.283 0.087 0.095 0.065 0.077 0.245 0.050 0.035 0.025 0.010 37 G 0.024 0.014 0.021 0.120 0.018 0.027 0.009 0.009 0.014 0.563 0.181 38 K 0.072 0.431 0.135 0.015 0.281 0.009 0.011 0.008 0.007 0.015 0.015 39 K 0.335 0.050 0.005 0.001 0.588 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.012 40 I 0.169 0.122 0.010 0.001 0.686 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 41 Q 0.333 0.040 0.004 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 42 V 0.437 0.044 0.016 0.016 0.229 0.018 0.007 0.008 0.005 0.033 0.187 43 S 0.020 0.053 0.035 0.420 0.033 0.222 0.181 0.007 0.005 0.011 0.013 44 G 0.086 0.035 0.087 0.363 0.065 0.041 0.011 0.008 0.009 0.231 0.064 45 R 0.066 0.214 0.148 0.077 0.173 0.050 0.054 0.032 0.082 0.068 0.036 46 R 0.218 0.170 0.046 0.010 0.416 0.010 0.020 0.009 0.013 0.031 0.054 47 Y 0.168 0.163 0.015 0.002 0.630 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.011 48 Y 0.395 0.043 0.009 0.001 0.492 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.046 49 I 0.240 0.096 0.073 0.097 0.178 0.073 0.023 0.025 0.011 0.040 0.146 50 E 0.027 0.083 0.063 0.397 0.044 0.173 0.155 0.016 0.009 0.016 0.016 51 G 0.065 0.046 0.070 0.239 0.053 0.035 0.016 0.023 0.032 0.336 0.084 52 R 0.051 0.219 0.127 0.061 0.146 0.046 0.054 0.063 0.104 0.086 0.042 53 E 0.282 0.124 0.031 0.007 0.369 0.007 0.018 0.023 0.024 0.048 0.066 54 I 0.207 0.199 0.050 0.011 0.396 0.013 0.016 0.026 0.016 0.018 0.046 55 D 0.225 0.110 0.060 0.022 0.307 0.025 0.031 0.039 0.021 0.041 0.119 56 L 0.134 0.120 0.077 0.066 0.122 0.062 0.061 0.089 0.044 0.120 0.106 57 G 0.042 0.094 0.137 0.284 0.062 0.098 0.075 0.055 0.029 0.086 0.040 58 Y 0.100 0.097 0.077 0.123 0.105 0.047 0.054 0.095 0.091 0.162 0.048 59 G 0.029 0.077 0.133 0.173 0.049 0.077 0.050 0.115 0.125 0.136 0.036 60 E 0.095 0.104 0.060 0.015 0.142 0.016 0.054 0.195 0.161 0.104 0.055 61 A 0.249 0.047 0.011 0.005 0.181 0.012 0.071 0.143 0.140 0.057 0.084 62 T 0.115 0.186 0.042 0.020 0.244 0.067 0.090 0.129 0.037 0.036 0.035 63 K 0.246 0.085 0.007 0.003 0.594 0.005 0.007 0.027 0.004 0.009 0.013 64 I 0.239 0.052 0.003 0.001 0.686 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.006 65 W 0.307 0.063 0.003 0.001 0.569 0.002 0.005 0.015 0.003 0.005 0.028 66 V 0.411 0.053 0.005 0.003 0.353 0.007 0.014 0.026 0.012 0.015 0.103 67 R 0.140 0.229 0.045 0.020 0.381 0.038 0.035 0.046 0.013 0.019 0.035 68 R 0.225 0.156 0.030 0.004 0.459 0.004 0.007 0.038 0.011 0.028 0.039 69 V 0.176 0.096 0.024 0.007 0.233 0.012 0.026 0.150 0.109 0.085 0.082 70 S 0.037 0.131 0.093 0.060 0.074 0.057 0.108 0.275 0.102 0.035 0.028 71 D 0.074 0.042 0.044 0.033 0.065 0.029 0.078 0.349 0.096 0.149 0.041 72 A 0.023 0.313 0.102 0.047 0.058 0.048 0.094 0.141 0.073 0.082 0.019 73 G 0.044 0.061 0.063 0.121 0.047 0.043 0.027 0.078 0.074 0.317 0.126 74 E 0.095 0.154 0.072 0.020 0.167 0.016 0.030 0.160 0.140 0.104 0.043 75 E 0.079 0.145 0.067 0.020 0.147 0.022 0.092 0.189 0.121 0.082 0.036 76 S 0.104 0.138 0.074 0.034 0.145 0.036 0.059 0.083 0.061 0.198 0.068 77 H 0.082 0.349 0.184 0.019 0.234 0.011 0.010 0.032 0.021 0.034 0.023 78 P 0.096 0.155 0.077 0.016 0.166 0.016 0.037 0.187 0.156 0.057 0.038 79 Q 0.092 0.125 0.062 0.017 0.150 0.020 0.056 0.174 0.138 0.122 0.044 80 K 0.082 0.215 0.086 0.022 0.176 0.025 0.042 0.130 0.083 0.095 0.044