# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.011 0.003 0.006 0.006 0.019 0.069 0.010 0.877 2 G 0.009 0.009 0.024 0.055 0.089 0.160 0.023 0.632 3 E 0.028 0.024 0.026 0.067 0.080 0.100 0.034 0.640 4 L 0.082 0.057 0.045 0.133 0.114 0.081 0.071 0.417 5 P 0.035 0.054 0.106 0.103 0.178 0.072 0.065 0.387 6 L 0.027 0.024 0.137 0.167 0.233 0.052 0.084 0.277 7 I 0.015 0.010 0.168 0.204 0.253 0.057 0.075 0.218 8 L 0.057 0.008 0.139 0.111 0.186 0.075 0.095 0.328 9 A 0.262 0.007 0.042 0.044 0.052 0.082 0.087 0.424 10 D 0.076 0.010 0.011 0.011 0.020 0.090 0.028 0.754 11 D 0.012 0.007 0.011 0.006 0.022 0.122 0.009 0.811 12 G 0.039 0.032 0.031 0.045 0.108 0.123 0.046 0.576 13 T 0.027 0.031 0.032 0.094 0.115 0.086 0.182 0.433 14 Y 0.012 0.054 0.061 0.168 0.193 0.064 0.125 0.324 15 E 0.025 0.073 0.045 0.210 0.286 0.039 0.063 0.258 16 I 0.026 0.024 0.073 0.199 0.210 0.051 0.097 0.318 17 T 0.025 0.029 0.076 0.222 0.256 0.053 0.123 0.215 18 K 0.109 0.035 0.037 0.090 0.146 0.094 0.055 0.434 19 L 0.160 0.026 0.018 0.034 0.044 0.115 0.031 0.572 20 N 0.089 0.062 0.011 0.026 0.049 0.108 0.031 0.624 21 G 0.040 0.130 0.010 0.015 0.053 0.089 0.026 0.638 22 G 0.049 0.303 0.019 0.075 0.119 0.064 0.052 0.318 23 R 0.035 0.291 0.023 0.155 0.165 0.048 0.054 0.229 24 R 0.016 0.201 0.030 0.170 0.260 0.041 0.046 0.236 25 F 0.013 0.255 0.040 0.198 0.327 0.025 0.039 0.103 26 L 0.024 0.198 0.051 0.190 0.319 0.035 0.058 0.125 27 F 0.015 0.065 0.091 0.353 0.265 0.021 0.099 0.091 28 R 0.079 0.183 0.042 0.175 0.223 0.038 0.090 0.170 29 M 0.219 0.059 0.071 0.064 0.092 0.069 0.088 0.339 30 K 0.170 0.040 0.015 0.054 0.062 0.087 0.033 0.539 31 N 0.047 0.014 0.008 0.010 0.019 0.047 0.021 0.835 32 L 0.013 0.009 0.030 0.051 0.072 0.164 0.053 0.607 33 G 0.020 0.010 0.060 0.075 0.116 0.103 0.151 0.467 34 I 0.190 0.008 0.030 0.042 0.035 0.087 0.051 0.557 35 E 0.276 0.014 0.032 0.031 0.032 0.066 0.049 0.500 36 S 0.037 0.011 0.010 0.010 0.037 0.083 0.014 0.799 37 G 0.017 0.008 0.041 0.024 0.095 0.101 0.035 0.678 38 K 0.018 0.009 0.036 0.299 0.273 0.058 0.044 0.262 39 K 0.008 0.004 0.045 0.179 0.239 0.050 0.068 0.407 40 I 0.003 0.003 0.065 0.293 0.320 0.039 0.046 0.230 41 Q 0.027 0.005 0.082 0.220 0.300 0.048 0.043 0.275 42 V 0.068 0.012 0.044 0.154 0.128 0.057 0.048 0.489 43 S 0.037 0.026 0.038 0.075 0.181 0.078 0.034 0.532 44 G 0.051 0.042 0.024 0.065 0.173 0.079 0.058 0.507 45 R 0.031 0.039 0.028 0.211 0.231 0.074 0.052 0.335 46 R 0.015 0.025 0.036 0.188 0.306 0.051 0.061 0.319 47 Y 0.005 0.013 0.051 0.263 0.375 0.038 0.050 0.204 48 Y 0.026 0.011 0.076 0.214 0.314 0.054 0.047 0.259 49 I 0.089 0.020 0.059 0.245 0.177 0.054 0.071 0.286 50 E 0.037 0.031 0.027 0.073 0.171 0.082 0.031 0.547 51 G 0.038 0.038 0.032 0.056 0.142 0.073 0.055 0.568 52 R 0.028 0.067 0.042 0.226 0.209 0.083 0.050 0.295 53 E 0.018 0.027 0.071 0.104 0.164 0.068 0.067 0.480 54 I 0.098 0.041 0.053 0.206 0.145 0.072 0.068 0.317 55 D 0.124 0.035 0.066 0.085 0.113 0.078 0.087 0.413 56 L 0.042 0.025 0.039 0.041 0.073 0.111 0.033 0.636 57 G 0.073 0.052 0.034 0.056 0.103 0.085 0.055 0.541 58 Y 0.035 0.034 0.023 0.039 0.061 0.103 0.114 0.591 59 G 0.044 0.116 0.038 0.069 0.113 0.095 0.145 0.380 60 E 0.090 0.175 0.020 0.066 0.115 0.078 0.073 0.384 61 A 0.035 0.155 0.036 0.062 0.108 0.088 0.073 0.443 62 T 0.019 0.310 0.036 0.087 0.192 0.048 0.063 0.244 63 K 0.017 0.187 0.043 0.140 0.252 0.049 0.075 0.236 64 I 0.011 0.153 0.066 0.258 0.263 0.039 0.065 0.145 65 W 0.023 0.183 0.050 0.194 0.327 0.029 0.086 0.108 66 V 0.032 0.131 0.052 0.151 0.208 0.046 0.177 0.204 67 R 0.013 0.104 0.070 0.239 0.228 0.041 0.122 0.183 68 R 0.078 0.161 0.045 0.093 0.134 0.076 0.065 0.349 69 V 0.130 0.095 0.067 0.091 0.088 0.093 0.110 0.326 70 S 0.160 0.077 0.026 0.026 0.034 0.092 0.043 0.541 71 D 0.222 0.076 0.010 0.013 0.018 0.069 0.051 0.541 72 A 0.025 0.020 0.014 0.014 0.020 0.118 0.046 0.744 73 G 0.111 0.035 0.018 0.025 0.043 0.109 0.130 0.528 74 E 0.175 0.027 0.011 0.029 0.028 0.105 0.066 0.560 75 E 0.018 0.010 0.016 0.027 0.049 0.121 0.029 0.730 76 S 0.034 0.008 0.011 0.016 0.036 0.104 0.031 0.758 77 H 0.192 0.015 0.014 0.043 0.042 0.116 0.077 0.500 78 P 0.075 0.011 0.012 0.019 0.031 0.101 0.045 0.706 79 Q 0.048 0.013 0.013 0.025 0.056 0.115 0.048 0.682 80 K 0.033 0.009 0.017 0.035 0.060 0.108 0.038 0.701