# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.654 0.158 0.022 0.057 0.044 0.021 0.020 0.012 0.007 0.004 0.003 2 G 0.403 0.162 0.032 0.098 0.094 0.065 0.059 0.033 0.026 0.018 0.010 3 E 0.141 0.224 0.055 0.209 0.156 0.075 0.070 0.031 0.021 0.011 0.006 4 L 0.018 0.013 0.010 0.033 0.052 0.090 0.176 0.229 0.181 0.112 0.085 5 P 0.075 0.107 0.081 0.242 0.178 0.140 0.087 0.038 0.027 0.018 0.007 6 L 0.008 0.017 0.026 0.073 0.075 0.095 0.161 0.181 0.166 0.122 0.076 7 I 0.008 0.012 0.019 0.036 0.045 0.060 0.135 0.185 0.206 0.179 0.116 8 L 0.008 0.018 0.039 0.060 0.062 0.072 0.146 0.161 0.160 0.173 0.102 9 A 0.016 0.032 0.070 0.116 0.106 0.130 0.159 0.123 0.108 0.092 0.049 10 D 0.161 0.156 0.091 0.183 0.147 0.083 0.085 0.038 0.028 0.019 0.008 11 D 0.310 0.220 0.048 0.133 0.102 0.058 0.057 0.032 0.021 0.013 0.006 12 G 0.423 0.142 0.032 0.088 0.071 0.068 0.072 0.040 0.032 0.021 0.012 13 T 0.160 0.203 0.065 0.194 0.144 0.081 0.070 0.032 0.026 0.016 0.008 14 Y 0.033 0.032 0.025 0.061 0.075 0.128 0.191 0.166 0.136 0.092 0.060 15 E 0.109 0.172 0.112 0.269 0.164 0.075 0.050 0.023 0.014 0.009 0.003 16 I 0.006 0.010 0.015 0.033 0.036 0.054 0.117 0.184 0.211 0.170 0.165 17 T 0.051 0.064 0.085 0.164 0.154 0.112 0.142 0.075 0.072 0.056 0.026 18 K 0.046 0.083 0.125 0.228 0.184 0.116 0.107 0.046 0.033 0.022 0.009 19 L 0.025 0.025 0.036 0.069 0.072 0.118 0.185 0.144 0.146 0.104 0.075 20 N 0.238 0.227 0.078 0.152 0.113 0.055 0.061 0.031 0.023 0.015 0.007 21 G 0.405 0.249 0.055 0.105 0.068 0.035 0.036 0.021 0.014 0.008 0.004 22 G 0.297 0.125 0.045 0.117 0.118 0.086 0.083 0.047 0.041 0.026 0.015 23 R 0.068 0.079 0.041 0.143 0.146 0.147 0.170 0.087 0.066 0.037 0.018 24 R 0.033 0.057 0.066 0.183 0.172 0.158 0.151 0.081 0.055 0.030 0.014 25 F 0.005 0.011 0.025 0.043 0.058 0.092 0.192 0.201 0.175 0.119 0.080 26 L 0.006 0.016 0.048 0.092 0.089 0.105 0.178 0.137 0.148 0.112 0.067 27 F 0.005 0.010 0.055 0.058 0.062 0.089 0.169 0.167 0.164 0.138 0.083 28 R 0.009 0.026 0.112 0.176 0.178 0.132 0.168 0.082 0.061 0.040 0.017 29 M 0.004 0.008 0.024 0.026 0.027 0.053 0.129 0.151 0.208 0.219 0.152 30 K 0.036 0.048 0.105 0.220 0.214 0.134 0.128 0.053 0.033 0.023 0.007 31 N 0.159 0.129 0.153 0.218 0.119 0.081 0.069 0.031 0.021 0.014 0.006 32 L 0.023 0.023 0.023 0.043 0.053 0.100 0.183 0.169 0.171 0.125 0.086 33 G 0.300 0.266 0.075 0.123 0.080 0.042 0.050 0.025 0.020 0.013 0.006 34 I 0.029 0.027 0.034 0.063 0.066 0.097 0.160 0.131 0.157 0.130 0.105 35 E 0.280 0.275 0.113 0.146 0.082 0.036 0.029 0.016 0.012 0.008 0.004 36 S 0.147 0.226 0.051 0.144 0.120 0.087 0.109 0.053 0.032 0.020 0.012 37 G 0.395 0.143 0.045 0.111 0.089 0.066 0.054 0.038 0.027 0.019 0.014 38 K 0.259 0.185 0.082 0.182 0.121 0.079 0.054 0.018 0.010 0.006 0.002 39 K 0.094 0.128 0.079 0.255 0.166 0.104 0.089 0.041 0.026 0.012 0.006 40 I 0.009 0.010 0.011 0.021 0.034 0.058 0.145 0.201 0.209 0.169 0.133 41 Q 0.062 0.136 0.152 0.288 0.192 0.074 0.051 0.021 0.012 0.008 0.003 42 V 0.021 0.027 0.055 0.058 0.054 0.084 0.144 0.128 0.165 0.150 0.115 43 S 0.139 0.178 0.087 0.208 0.154 0.080 0.074 0.032 0.024 0.016 0.008 44 G 0.272 0.141 0.062 0.120 0.096 0.073 0.086 0.057 0.046 0.031 0.016 45 R 0.129 0.098 0.070 0.187 0.161 0.127 0.097 0.052 0.040 0.026 0.013 46 R 0.069 0.082 0.067 0.188 0.144 0.142 0.147 0.068 0.054 0.027 0.013 47 Y 0.024 0.032 0.040 0.075 0.085 0.110 0.188 0.155 0.139 0.096 0.056 48 Y 0.025 0.044 0.061 0.128 0.131 0.119 0.167 0.118 0.100 0.068 0.040 49 I 0.014 0.024 0.044 0.055 0.052 0.078 0.135 0.136 0.178 0.168 0.116 50 E 0.081 0.163 0.114 0.237 0.173 0.083 0.075 0.032 0.022 0.014 0.006 51 G 0.216 0.108 0.059 0.119 0.099 0.083 0.104 0.076 0.063 0.045 0.029 52 R 0.126 0.101 0.056 0.157 0.159 0.128 0.115 0.059 0.047 0.034 0.017 53 E 0.168 0.181 0.089 0.222 0.131 0.073 0.066 0.032 0.021 0.012 0.006 54 I 0.017 0.016 0.021 0.042 0.052 0.081 0.153 0.187 0.185 0.144 0.102 55 D 0.141 0.191 0.106 0.234 0.155 0.062 0.054 0.025 0.017 0.011 0.005 56 L 0.025 0.028 0.031 0.053 0.054 0.091 0.157 0.146 0.177 0.147 0.092 57 G 0.312 0.232 0.088 0.145 0.077 0.053 0.042 0.019 0.016 0.011 0.005 58 Y 0.072 0.064 0.032 0.101 0.102 0.128 0.178 0.120 0.093 0.066 0.044 59 G 0.413 0.157 0.058 0.106 0.083 0.052 0.046 0.031 0.025 0.019 0.012 60 E 0.203 0.255 0.081 0.198 0.137 0.054 0.040 0.015 0.009 0.005 0.002 61 A 0.058 0.043 0.037 0.082 0.077 0.088 0.139 0.140 0.149 0.106 0.083 62 T 0.041 0.059 0.052 0.152 0.169 0.175 0.173 0.072 0.056 0.035 0.016 63 K 0.065 0.104 0.153 0.287 0.159 0.104 0.069 0.027 0.018 0.010 0.004 64 I 0.013 0.015 0.031 0.053 0.069 0.109 0.197 0.173 0.154 0.114 0.072 65 W 0.010 0.025 0.042 0.084 0.083 0.084 0.169 0.154 0.156 0.125 0.069 66 V 0.003 0.008 0.034 0.039 0.043 0.067 0.131 0.144 0.190 0.200 0.140 67 R 0.022 0.034 0.183 0.228 0.210 0.111 0.102 0.045 0.032 0.024 0.009 68 R 0.030 0.059 0.098 0.151 0.143 0.140 0.179 0.080 0.063 0.039 0.017 69 V 0.012 0.015 0.017 0.033 0.036 0.061 0.152 0.189 0.191 0.173 0.121 70 S 0.108 0.095 0.105 0.162 0.143 0.106 0.124 0.073 0.044 0.031 0.011 71 D 0.300 0.231 0.164 0.140 0.065 0.037 0.028 0.014 0.010 0.008 0.003 72 A 0.227 0.138 0.046 0.115 0.104 0.113 0.120 0.060 0.039 0.025 0.014 73 G 0.492 0.205 0.038 0.071 0.056 0.033 0.041 0.026 0.019 0.012 0.007 74 E 0.242 0.270 0.084 0.144 0.110 0.058 0.046 0.023 0.012 0.007 0.003 75 E 0.372 0.147 0.095 0.118 0.081 0.059 0.059 0.036 0.018 0.010 0.004 76 S 0.259 0.158 0.081 0.139 0.094 0.085 0.088 0.044 0.027 0.017 0.007 77 H 0.108 0.106 0.072 0.135 0.114 0.141 0.149 0.083 0.048 0.030 0.015 78 P 0.365 0.153 0.112 0.115 0.070 0.061 0.057 0.031 0.018 0.013 0.006 79 Q 0.302 0.163 0.115 0.150 0.100 0.074 0.050 0.023 0.013 0.008 0.003 80 K 0.382 0.141 0.097 0.116 0.086 0.063 0.053 0.028 0.018 0.011 0.005