# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.063 0.010 0.026 0.028 0.037 0.066 0.017 0.753 2 G 0.153 0.011 0.057 0.050 0.050 0.101 0.033 0.544 3 E 0.099 0.004 0.038 0.028 0.051 0.133 0.018 0.629 4 L 0.053 0.003 0.064 0.103 0.138 0.076 0.003 0.559 5 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.001 0.987 6 L 0.005 0.002 0.063 0.171 0.391 0.050 0.001 0.317 7 I 0.054 0.009 0.124 0.261 0.354 0.039 0.003 0.155 8 L 0.046 0.011 0.071 0.301 0.454 0.030 0.003 0.084 9 A 0.046 0.011 0.079 0.248 0.411 0.040 0.005 0.161 10 D 0.037 0.011 0.071 0.088 0.190 0.084 0.015 0.503 11 D 0.060 0.006 0.018 0.029 0.043 0.099 0.026 0.718 12 G 0.167 0.007 0.022 0.040 0.035 0.267 0.060 0.401 13 T 0.207 0.004 0.037 0.033 0.061 0.309 0.019 0.329 14 Y 0.026 0.008 0.056 0.108 0.125 0.125 0.003 0.547 15 E 0.020 0.010 0.053 0.193 0.324 0.148 0.003 0.250 16 I 0.026 0.012 0.050 0.131 0.322 0.061 0.002 0.397 17 T 0.010 0.027 0.053 0.356 0.425 0.029 0.002 0.097 18 K 0.018 0.037 0.031 0.208 0.340 0.038 0.006 0.323 19 L 0.042 0.076 0.075 0.182 0.372 0.062 0.011 0.181 20 N 0.058 0.057 0.029 0.082 0.120 0.184 0.027 0.444 21 G 0.169 0.042 0.025 0.035 0.036 0.072 0.052 0.569 22 G 0.209 0.030 0.043 0.023 0.028 0.198 0.035 0.435 23 R 0.120 0.028 0.042 0.033 0.048 0.208 0.016 0.505 24 R 0.037 0.052 0.039 0.066 0.103 0.143 0.006 0.554 25 F 0.040 0.099 0.064 0.147 0.246 0.132 0.007 0.266 26 L 0.038 0.201 0.067 0.157 0.261 0.059 0.006 0.213 27 F 0.022 0.282 0.056 0.195 0.259 0.038 0.006 0.143 28 R 0.039 0.370 0.034 0.142 0.214 0.042 0.010 0.148 29 M 0.064 0.389 0.047 0.098 0.228 0.032 0.019 0.123 30 K 0.059 0.438 0.036 0.082 0.115 0.049 0.034 0.188 31 N 0.134 0.215 0.040 0.036 0.045 0.051 0.062 0.416 32 L 0.307 0.175 0.073 0.086 0.066 0.038 0.054 0.200 33 G 0.211 0.055 0.052 0.062 0.069 0.064 0.047 0.439 34 I 0.061 0.039 0.246 0.108 0.167 0.058 0.013 0.308 35 E 0.031 0.038 0.054 0.111 0.153 0.188 0.009 0.415 36 S 0.053 0.027 0.039 0.059 0.087 0.099 0.016 0.621 37 G 0.130 0.036 0.071 0.069 0.076 0.096 0.043 0.479 38 K 0.213 0.013 0.098 0.062 0.069 0.247 0.022 0.277 39 K 0.023 0.007 0.029 0.064 0.080 0.076 0.005 0.717 40 I 0.042 0.012 0.064 0.202 0.406 0.069 0.004 0.202 41 Q 0.019 0.009 0.075 0.254 0.314 0.057 0.004 0.266 42 V 0.012 0.012 0.074 0.212 0.289 0.038 0.004 0.359 43 S 0.010 0.015 0.060 0.227 0.306 0.059 0.006 0.317 44 G 0.044 0.013 0.039 0.119 0.188 0.078 0.024 0.496 45 R 0.125 0.008 0.076 0.071 0.124 0.217 0.016 0.363 46 R 0.041 0.008 0.046 0.115 0.126 0.140 0.007 0.516 47 Y 0.059 0.016 0.055 0.216 0.319 0.072 0.007 0.257 48 Y 0.029 0.009 0.085 0.212 0.376 0.054 0.006 0.229 49 I 0.016 0.014 0.061 0.325 0.374 0.038 0.003 0.169 50 E 0.013 0.016 0.055 0.236 0.379 0.051 0.006 0.246 51 G 0.035 0.018 0.047 0.155 0.260 0.054 0.014 0.418 52 R 0.144 0.010 0.100 0.135 0.220 0.126 0.015 0.250 53 E 0.020 0.008 0.038 0.072 0.092 0.069 0.005 0.697 54 I 0.037 0.017 0.114 0.151 0.334 0.071 0.007 0.268 55 D 0.028 0.028 0.077 0.136 0.173 0.096 0.008 0.453 56 L 0.063 0.038 0.114 0.114 0.218 0.070 0.014 0.370 57 G 0.110 0.041 0.069 0.095 0.127 0.182 0.022 0.356 58 Y 0.121 0.038 0.087 0.067 0.111 0.120 0.017 0.439 59 G 0.051 0.056 0.041 0.079 0.107 0.122 0.015 0.529 60 E 0.074 0.026 0.027 0.032 0.064 0.141 0.013 0.623 61 A 0.084 0.082 0.042 0.069 0.098 0.146 0.014 0.465 62 T 0.108 0.113 0.047 0.114 0.126 0.117 0.023 0.352 63 K 0.090 0.093 0.066 0.094 0.122 0.097 0.017 0.420 64 I 0.057 0.142 0.078 0.145 0.190 0.090 0.007 0.290 65 W 0.032 0.127 0.076 0.239 0.309 0.071 0.010 0.136 66 V 0.026 0.162 0.063 0.167 0.277 0.037 0.006 0.261 67 R 0.015 0.178 0.115 0.219 0.259 0.039 0.006 0.169 68 R 0.030 0.197 0.041 0.136 0.190 0.062 0.011 0.333 69 V 0.062 0.285 0.071 0.104 0.229 0.036 0.015 0.197 70 S 0.035 0.239 0.044 0.076 0.122 0.073 0.017 0.394 71 D 0.102 0.142 0.019 0.026 0.043 0.062 0.037 0.570 72 A 0.249 0.136 0.025 0.018 0.025 0.127 0.038 0.382 73 G 0.210 0.111 0.018 0.018 0.019 0.140 0.050 0.435 74 E 0.159 0.103 0.051 0.022 0.034 0.135 0.023 0.473 75 E 0.044 0.078 0.019 0.017 0.029 0.097 0.011 0.706 76 S 0.133 0.102 0.025 0.021 0.042 0.091 0.037 0.550 77 H 0.223 0.060 0.026 0.039 0.041 0.079 0.014 0.519 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 79 Q 0.015 0.008 0.012 0.038 0.113 0.245 0.005 0.564 80 K 0.267 0.022 0.012 0.015 0.023 0.088 0.009 0.564