# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.036 0.006 0.038 0.033 0.060 0.004 0.120 0.370 0.003 0.329 0.001 2 G 0.092 0.022 0.129 0.042 0.121 0.011 0.061 0.190 0.005 0.328 0.001 3 E 0.112 0.264 0.342 0.117 0.052 0.060 0.017 0.002 0.024 0.004 0.006 4 L 0.028 0.196 0.623 0.006 0.028 0.018 0.003 0.001 0.091 0.002 0.003 5 P 0.172 0.009 0.749 0.013 0.003 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.035 6 L 0.157 0.411 0.261 0.060 0.051 0.027 0.005 0.003 0.023 0.001 0.001 7 I 0.051 0.677 0.194 0.016 0.027 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 8 L 0.074 0.441 0.339 0.028 0.035 0.060 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 9 A 0.206 0.305 0.277 0.047 0.082 0.036 0.008 0.002 0.029 0.008 0.001 10 D 0.309 0.120 0.208 0.174 0.047 0.041 0.042 0.010 0.038 0.009 0.001 11 D 0.121 0.047 0.172 0.385 0.034 0.021 0.174 0.022 0.017 0.006 0.001 12 G 0.031 0.010 0.034 0.016 0.063 0.005 0.070 0.552 0.002 0.216 0.001 13 T 0.166 0.288 0.339 0.102 0.049 0.026 0.009 0.001 0.016 0.002 0.001 14 Y 0.095 0.447 0.227 0.042 0.128 0.027 0.012 0.003 0.016 0.002 0.001 15 E 0.140 0.440 0.271 0.030 0.052 0.043 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 16 I 0.148 0.476 0.247 0.031 0.022 0.040 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 17 T 0.223 0.458 0.142 0.052 0.078 0.029 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 18 K 0.252 0.262 0.189 0.076 0.088 0.066 0.029 0.008 0.024 0.006 0.001 19 L 0.284 0.284 0.245 0.089 0.025 0.024 0.014 0.002 0.030 0.002 0.001 20 N 0.137 0.061 0.156 0.356 0.032 0.041 0.167 0.010 0.034 0.005 0.001 21 G 0.035 0.007 0.049 0.052 0.072 0.005 0.171 0.395 0.003 0.211 0.001 22 G 0.116 0.017 0.107 0.038 0.133 0.013 0.055 0.211 0.003 0.307 0.001 23 R 0.287 0.208 0.298 0.099 0.049 0.032 0.009 0.001 0.013 0.003 0.002 24 R 0.273 0.391 0.142 0.051 0.092 0.028 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 25 F 0.256 0.443 0.126 0.040 0.074 0.043 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 26 L 0.357 0.362 0.142 0.035 0.025 0.044 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 27 F 0.413 0.297 0.134 0.041 0.043 0.042 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 28 R 0.419 0.249 0.114 0.069 0.041 0.073 0.012 0.001 0.021 0.001 0.001 29 M 0.385 0.186 0.240 0.093 0.024 0.042 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 30 K 0.641 0.077 0.117 0.101 0.025 0.013 0.013 0.001 0.007 0.002 0.001 31 N 0.255 0.074 0.096 0.228 0.046 0.064 0.161 0.029 0.041 0.005 0.001 32 L 0.270 0.101 0.208 0.339 0.021 0.013 0.033 0.002 0.012 0.001 0.001 33 G 0.104 0.031 0.112 0.039 0.141 0.022 0.085 0.309 0.007 0.150 0.001 34 I 0.121 0.434 0.338 0.028 0.041 0.021 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 35 E 0.224 0.335 0.238 0.071 0.051 0.047 0.007 0.001 0.022 0.002 0.001 36 S 0.124 0.173 0.193 0.310 0.103 0.020 0.051 0.005 0.016 0.005 0.001 37 G 0.018 0.009 0.033 0.010 0.105 0.005 0.071 0.516 0.004 0.229 0.001 38 K 0.132 0.291 0.414 0.064 0.052 0.018 0.011 0.002 0.012 0.002 0.002 39 K 0.063 0.412 0.321 0.057 0.052 0.046 0.017 0.003 0.024 0.001 0.003 40 I 0.016 0.799 0.120 0.009 0.037 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 41 Q 0.029 0.545 0.293 0.011 0.036 0.053 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 42 V 0.028 0.743 0.134 0.014 0.036 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 43 S 0.066 0.352 0.254 0.103 0.111 0.044 0.028 0.002 0.038 0.003 0.001 44 G 0.026 0.034 0.067 0.017 0.266 0.012 0.068 0.314 0.007 0.189 0.001 45 R 0.098 0.395 0.308 0.063 0.079 0.025 0.011 0.002 0.015 0.002 0.001 46 R 0.062 0.531 0.225 0.045 0.083 0.028 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 47 Y 0.029 0.739 0.097 0.018 0.089 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 48 Y 0.024 0.699 0.149 0.013 0.051 0.036 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 49 I 0.025 0.733 0.164 0.011 0.029 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 50 E 0.086 0.279 0.352 0.120 0.063 0.045 0.021 0.001 0.031 0.002 0.001 51 G 0.031 0.022 0.060 0.014 0.183 0.011 0.056 0.360 0.009 0.253 0.001 52 R 0.178 0.338 0.281 0.060 0.093 0.021 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 53 E 0.117 0.310 0.301 0.080 0.062 0.076 0.022 0.005 0.020 0.003 0.002 54 I 0.059 0.729 0.130 0.017 0.036 0.012 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 55 D 0.128 0.180 0.311 0.052 0.030 0.198 0.014 0.002 0.082 0.001 0.002 56 L 0.275 0.194 0.220 0.208 0.043 0.026 0.014 0.001 0.015 0.003 0.001 57 G 0.137 0.024 0.077 0.046 0.131 0.021 0.090 0.208 0.009 0.256 0.001 58 Y 0.217 0.166 0.236 0.188 0.090 0.029 0.041 0.003 0.024 0.007 0.001 59 G 0.161 0.045 0.173 0.044 0.162 0.020 0.070 0.093 0.010 0.221 0.001 60 E 0.383 0.188 0.222 0.092 0.056 0.037 0.009 0.002 0.010 0.002 0.001 61 A 0.386 0.162 0.235 0.105 0.037 0.040 0.010 0.002 0.018 0.002 0.002 62 T 0.383 0.221 0.133 0.145 0.068 0.020 0.017 0.002 0.009 0.001 0.001 63 K 0.212 0.301 0.170 0.101 0.078 0.043 0.056 0.007 0.030 0.001 0.001 64 I 0.058 0.777 0.092 0.010 0.045 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 65 W 0.111 0.493 0.200 0.018 0.036 0.114 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 66 V 0.118 0.558 0.177 0.025 0.028 0.054 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 67 R 0.218 0.439 0.138 0.047 0.089 0.038 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 68 R 0.155 0.326 0.197 0.077 0.081 0.099 0.025 0.003 0.036 0.001 0.001 69 V 0.165 0.454 0.218 0.078 0.032 0.031 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 70 S 0.313 0.178 0.236 0.099 0.085 0.034 0.018 0.003 0.020 0.012 0.001 71 D 0.321 0.097 0.160 0.168 0.064 0.066 0.066 0.013 0.032 0.012 0.001 72 A 0.397 0.038 0.136 0.313 0.020 0.016 0.056 0.006 0.010 0.007 0.001 73 G 0.141 0.015 0.067 0.044 0.091 0.008 0.091 0.329 0.005 0.209 0.001 74 E 0.376 0.115 0.292 0.113 0.034 0.029 0.017 0.005 0.014 0.004 0.002 75 E 0.368 0.158 0.226 0.144 0.033 0.032 0.018 0.003 0.012 0.004 0.002 76 S 0.239 0.176 0.189 0.248 0.052 0.044 0.019 0.007 0.020 0.004 0.001 77 H 0.022 0.266 0.286 0.005 0.074 0.022 0.008 0.001 0.313 0.003 0.001 78 P 0.402 0.003 0.511 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 79 Q 0.401 0.110 0.177 0.201 0.028 0.022 0.023 0.017 0.016 0.004 0.001 80 K 0.313 0.122 0.285 0.138 0.035 0.035 0.029 0.009 0.027 0.005 0.002