# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.353 0.174 0.167 0.106 0.087 0.050 0.028 0.015 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 2 G 0.237 0.132 0.119 0.138 0.135 0.097 0.057 0.036 0.021 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 3 E 0.159 0.147 0.122 0.156 0.153 0.094 0.066 0.041 0.030 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 4 L 0.039 0.035 0.047 0.084 0.108 0.141 0.150 0.145 0.100 0.071 0.047 0.020 0.009 0.004 5 P 0.042 0.037 0.054 0.077 0.102 0.121 0.139 0.153 0.107 0.066 0.054 0.029 0.012 0.007 6 L 0.022 0.017 0.025 0.040 0.061 0.089 0.093 0.161 0.135 0.140 0.103 0.063 0.036 0.014 7 I 0.036 0.024 0.031 0.056 0.083 0.095 0.109 0.134 0.132 0.112 0.074 0.069 0.029 0.014 8 L 0.031 0.031 0.040 0.085 0.094 0.117 0.135 0.126 0.119 0.091 0.076 0.036 0.014 0.006 9 A 0.067 0.067 0.081 0.117 0.123 0.169 0.130 0.079 0.078 0.038 0.031 0.014 0.005 0.003 10 D 0.186 0.151 0.137 0.145 0.140 0.091 0.059 0.035 0.027 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 11 D 0.226 0.207 0.182 0.136 0.109 0.055 0.037 0.021 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 12 G 0.245 0.158 0.156 0.125 0.116 0.089 0.049 0.027 0.017 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 13 T 0.206 0.147 0.160 0.138 0.144 0.081 0.054 0.030 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 14 Y 0.141 0.069 0.078 0.118 0.136 0.142 0.111 0.086 0.050 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 15 E 0.138 0.129 0.106 0.149 0.154 0.095 0.075 0.073 0.040 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 16 I 0.044 0.033 0.047 0.072 0.098 0.129 0.138 0.173 0.104 0.082 0.044 0.023 0.011 0.003 17 T 0.148 0.099 0.110 0.140 0.133 0.127 0.090 0.059 0.040 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 18 K 0.206 0.125 0.138 0.141 0.138 0.087 0.060 0.035 0.033 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 19 L 0.092 0.056 0.070 0.128 0.149 0.168 0.127 0.081 0.060 0.041 0.017 0.007 0.003 0.001 20 N 0.276 0.199 0.178 0.128 0.089 0.055 0.036 0.020 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 21 G 0.318 0.146 0.144 0.120 0.105 0.070 0.041 0.025 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 22 G 0.232 0.147 0.121 0.138 0.141 0.093 0.054 0.033 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 23 R 0.169 0.133 0.119 0.146 0.143 0.102 0.075 0.053 0.029 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 24 R 0.161 0.128 0.127 0.131 0.133 0.105 0.083 0.059 0.037 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 25 F 0.070 0.042 0.064 0.093 0.128 0.161 0.132 0.110 0.075 0.056 0.039 0.017 0.008 0.004 26 L 0.049 0.039 0.054 0.095 0.143 0.137 0.132 0.111 0.101 0.067 0.036 0.022 0.008 0.005 27 F 0.080 0.048 0.054 0.089 0.100 0.121 0.114 0.123 0.092 0.076 0.055 0.030 0.014 0.004 28 R 0.146 0.130 0.114 0.148 0.119 0.094 0.084 0.057 0.048 0.024 0.022 0.010 0.003 0.002 29 M 0.060 0.048 0.069 0.097 0.121 0.152 0.136 0.110 0.093 0.058 0.037 0.013 0.005 0.002 30 K 0.175 0.134 0.139 0.142 0.134 0.102 0.069 0.048 0.028 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 31 N 0.254 0.161 0.151 0.123 0.122 0.067 0.045 0.031 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 32 L 0.090 0.064 0.083 0.152 0.176 0.162 0.106 0.072 0.042 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 33 G 0.268 0.181 0.147 0.134 0.108 0.067 0.045 0.024 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 34 I 0.154 0.084 0.094 0.152 0.160 0.131 0.091 0.058 0.035 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 35 E 0.371 0.208 0.149 0.106 0.072 0.042 0.025 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.319 0.140 0.152 0.121 0.109 0.068 0.038 0.022 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 37 G 0.289 0.146 0.133 0.132 0.122 0.069 0.046 0.030 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 38 K 0.382 0.163 0.111 0.109 0.088 0.060 0.034 0.024 0.012 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 39 K 0.170 0.136 0.147 0.163 0.162 0.084 0.059 0.035 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 40 I 0.087 0.042 0.058 0.103 0.141 0.180 0.138 0.114 0.056 0.048 0.019 0.008 0.004 0.001 41 Q 0.192 0.153 0.154 0.163 0.138 0.079 0.055 0.030 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 42 V 0.099 0.044 0.064 0.109 0.144 0.158 0.115 0.097 0.070 0.061 0.023 0.010 0.004 0.001 43 S 0.215 0.137 0.127 0.150 0.134 0.091 0.057 0.035 0.026 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 44 G 0.257 0.135 0.123 0.127 0.105 0.084 0.059 0.045 0.031 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 45 R 0.196 0.137 0.118 0.145 0.139 0.099 0.065 0.042 0.028 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 46 R 0.163 0.152 0.156 0.144 0.129 0.092 0.066 0.039 0.027 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 47 Y 0.083 0.057 0.077 0.111 0.151 0.160 0.126 0.102 0.059 0.039 0.020 0.008 0.004 0.002 48 Y 0.075 0.066 0.089 0.135 0.170 0.140 0.117 0.086 0.057 0.033 0.019 0.010 0.003 0.002 49 I 0.065 0.041 0.050 0.086 0.123 0.140 0.121 0.132 0.098 0.077 0.036 0.019 0.010 0.003 50 E 0.164 0.132 0.125 0.161 0.134 0.093 0.070 0.045 0.032 0.019 0.014 0.007 0.002 0.001 51 G 0.190 0.121 0.139 0.131 0.125 0.091 0.069 0.046 0.043 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 52 R 0.189 0.107 0.116 0.145 0.145 0.122 0.068 0.045 0.028 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 53 E 0.233 0.171 0.146 0.148 0.135 0.063 0.040 0.025 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 54 I 0.082 0.046 0.063 0.118 0.148 0.182 0.130 0.101 0.053 0.049 0.017 0.006 0.003 0.001 55 D 0.267 0.193 0.160 0.135 0.109 0.056 0.036 0.020 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 56 L 0.094 0.052 0.073 0.123 0.145 0.156 0.118 0.090 0.059 0.053 0.022 0.010 0.005 0.001 57 G 0.197 0.125 0.104 0.135 0.139 0.106 0.076 0.054 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 58 Y 0.112 0.081 0.094 0.140 0.141 0.133 0.101 0.078 0.053 0.036 0.021 0.007 0.003 0.001 59 G 0.239 0.140 0.128 0.131 0.115 0.093 0.062 0.038 0.028 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 60 E 0.236 0.163 0.164 0.136 0.116 0.072 0.045 0.028 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 61 A 0.111 0.083 0.094 0.124 0.150 0.141 0.117 0.077 0.049 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 62 T 0.092 0.083 0.105 0.136 0.155 0.151 0.112 0.068 0.042 0.029 0.018 0.006 0.003 0.002 63 K 0.110 0.091 0.115 0.135 0.164 0.109 0.097 0.065 0.049 0.032 0.018 0.009 0.003 0.003 64 I 0.049 0.027 0.037 0.064 0.088 0.121 0.117 0.147 0.121 0.106 0.065 0.033 0.018 0.006 65 W 0.033 0.034 0.044 0.094 0.121 0.127 0.135 0.136 0.109 0.069 0.047 0.032 0.012 0.007 66 V 0.025 0.018 0.024 0.045 0.061 0.097 0.122 0.169 0.146 0.132 0.090 0.046 0.018 0.006 67 R 0.107 0.101 0.106 0.128 0.126 0.118 0.091 0.083 0.060 0.033 0.028 0.012 0.005 0.002 68 R 0.096 0.098 0.110 0.142 0.153 0.122 0.093 0.061 0.055 0.033 0.023 0.009 0.003 0.002 69 V 0.042 0.042 0.067 0.109 0.155 0.173 0.148 0.117 0.081 0.041 0.016 0.005 0.002 0.001 70 S 0.188 0.167 0.174 0.161 0.125 0.081 0.048 0.027 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 71 D 0.376 0.199 0.160 0.109 0.079 0.036 0.019 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 72 A 0.244 0.147 0.133 0.160 0.136 0.084 0.049 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 73 G 0.387 0.216 0.141 0.110 0.067 0.037 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.541 0.198 0.117 0.068 0.041 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.529 0.187 0.122 0.075 0.047 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.490 0.160 0.131 0.081 0.070 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 H 0.295 0.117 0.125 0.146 0.152 0.079 0.042 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 78 P 0.423 0.135 0.114 0.118 0.098 0.053 0.028 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.431 0.152 0.127 0.112 0.083 0.044 0.023 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.363 0.149 0.126 0.120 0.098 0.062 0.036 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001