# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.013 0.224 0.010 0.040 0.020 0.001 0.001 0.006 0.191 0.458 0.011 0.024 2 G 0.004 0.015 0.308 0.008 0.031 0.016 0.001 0.001 0.006 0.319 0.224 0.045 0.022 3 E 0.015 0.031 0.460 0.017 0.021 0.017 0.002 0.001 0.021 0.161 0.078 0.026 0.151 4 L 0.036 0.023 0.388 0.039 0.016 0.014 0.006 0.003 0.047 0.123 0.032 0.181 0.093 5 P 0.063 0.011 0.253 0.067 0.014 0.020 0.032 0.007 0.064 0.040 0.034 0.064 0.330 6 L 0.251 0.011 0.069 0.045 0.017 0.018 0.097 0.033 0.069 0.018 0.011 0.217 0.144 7 I 0.414 0.008 0.026 0.020 0.005 0.011 0.095 0.042 0.055 0.006 0.005 0.100 0.213 8 L 0.335 0.011 0.052 0.018 0.008 0.011 0.063 0.048 0.062 0.010 0.008 0.173 0.200 9 A 0.140 0.017 0.203 0.048 0.010 0.015 0.029 0.026 0.068 0.052 0.050 0.127 0.216 10 D 0.021 0.007 0.273 0.033 0.013 0.011 0.004 0.003 0.022 0.202 0.264 0.088 0.059 11 D 0.005 0.004 0.097 0.014 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.242 0.585 0.012 0.020 12 G 0.008 0.013 0.182 0.012 0.013 0.008 0.001 0.001 0.004 0.391 0.293 0.054 0.021 13 T 0.061 0.030 0.347 0.010 0.014 0.017 0.006 0.001 0.017 0.094 0.053 0.062 0.288 14 Y 0.182 0.035 0.162 0.030 0.010 0.027 0.022 0.005 0.029 0.030 0.017 0.171 0.280 15 E 0.227 0.011 0.069 0.037 0.008 0.036 0.033 0.005 0.022 0.015 0.013 0.354 0.171 16 I 0.253 0.009 0.064 0.041 0.011 0.034 0.035 0.005 0.014 0.017 0.016 0.060 0.440 17 T 0.187 0.007 0.090 0.045 0.012 0.046 0.018 0.003 0.018 0.029 0.021 0.418 0.107 18 K 0.152 0.017 0.093 0.011 0.031 0.075 0.012 0.004 0.022 0.037 0.050 0.072 0.423 19 L 0.069 0.034 0.180 0.030 0.052 0.113 0.008 0.003 0.012 0.075 0.152 0.124 0.147 20 N 0.018 0.010 0.158 0.027 0.043 0.081 0.002 0.001 0.005 0.136 0.404 0.065 0.049 21 G 0.004 0.005 0.067 0.007 0.024 0.050 0.001 0.001 0.002 0.153 0.662 0.008 0.018 22 G 0.009 0.014 0.223 0.014 0.022 0.104 0.001 0.001 0.004 0.250 0.312 0.024 0.025 23 R 0.028 0.025 0.307 0.016 0.023 0.190 0.003 0.001 0.009 0.165 0.059 0.072 0.103 24 R 0.065 0.023 0.154 0.025 0.023 0.294 0.009 0.002 0.024 0.039 0.040 0.062 0.241 25 F 0.120 0.011 0.059 0.030 0.018 0.395 0.021 0.005 0.020 0.015 0.028 0.153 0.124 26 L 0.216 0.011 0.033 0.027 0.014 0.297 0.042 0.008 0.016 0.010 0.022 0.067 0.238 27 F 0.253 0.008 0.028 0.022 0.015 0.315 0.024 0.006 0.013 0.013 0.018 0.184 0.101 28 R 0.224 0.008 0.037 0.017 0.018 0.366 0.010 0.004 0.014 0.014 0.028 0.086 0.176 29 M 0.089 0.011 0.071 0.028 0.055 0.474 0.006 0.002 0.008 0.024 0.063 0.046 0.124 30 K 0.033 0.007 0.087 0.034 0.062 0.444 0.003 0.001 0.007 0.045 0.171 0.063 0.042 31 N 0.021 0.007 0.114 0.014 0.075 0.357 0.001 0.001 0.005 0.095 0.240 0.025 0.047 32 L 0.016 0.010 0.168 0.020 0.061 0.209 0.001 0.001 0.005 0.135 0.312 0.023 0.039 33 G 0.018 0.017 0.238 0.010 0.050 0.154 0.001 0.001 0.007 0.134 0.233 0.072 0.064 34 I 0.033 0.041 0.369 0.005 0.045 0.108 0.002 0.002 0.013 0.084 0.094 0.029 0.174 35 E 0.032 0.033 0.284 0.018 0.039 0.093 0.003 0.002 0.010 0.118 0.116 0.187 0.064 36 S 0.009 0.011 0.125 0.025 0.039 0.051 0.001 0.001 0.011 0.098 0.518 0.027 0.084 37 G 0.006 0.004 0.221 0.026 0.016 0.022 0.001 0.001 0.007 0.125 0.519 0.018 0.034 38 K 0.021 0.008 0.434 0.021 0.015 0.023 0.003 0.001 0.020 0.153 0.032 0.194 0.075 39 K 0.063 0.018 0.135 0.013 0.008 0.020 0.018 0.003 0.034 0.031 0.020 0.060 0.577 40 I 0.166 0.016 0.085 0.035 0.007 0.019 0.036 0.008 0.037 0.015 0.012 0.376 0.188 41 Q 0.235 0.011 0.082 0.020 0.005 0.016 0.035 0.013 0.039 0.015 0.008 0.250 0.271 42 V 0.199 0.011 0.082 0.017 0.010 0.015 0.028 0.009 0.023 0.021 0.024 0.138 0.423 43 S 0.074 0.006 0.152 0.108 0.014 0.019 0.008 0.002 0.022 0.059 0.189 0.209 0.137 44 G 0.047 0.005 0.162 0.055 0.017 0.016 0.002 0.001 0.012 0.169 0.360 0.055 0.099 45 R 0.074 0.010 0.292 0.029 0.017 0.020 0.005 0.001 0.017 0.160 0.075 0.161 0.139 46 R 0.135 0.017 0.161 0.026 0.014 0.023 0.014 0.002 0.021 0.050 0.030 0.114 0.391 47 Y 0.254 0.013 0.060 0.029 0.012 0.033 0.032 0.004 0.016 0.016 0.020 0.312 0.198 48 Y 0.395 0.013 0.042 0.013 0.007 0.017 0.032 0.012 0.020 0.010 0.009 0.105 0.327 49 I 0.344 0.012 0.065 0.031 0.007 0.020 0.024 0.007 0.015 0.022 0.020 0.279 0.155 50 E 0.102 0.007 0.145 0.062 0.012 0.027 0.009 0.002 0.028 0.062 0.200 0.127 0.218 51 G 0.027 0.006 0.165 0.065 0.020 0.029 0.003 0.001 0.010 0.137 0.430 0.029 0.078 52 R 0.034 0.011 0.261 0.023 0.025 0.035 0.008 0.001 0.020 0.154 0.065 0.288 0.073 53 E 0.073 0.030 0.136 0.008 0.021 0.041 0.020 0.005 0.030 0.046 0.026 0.045 0.520 54 I 0.078 0.044 0.177 0.041 0.024 0.053 0.021 0.012 0.040 0.047 0.030 0.336 0.097 55 D 0.053 0.018 0.329 0.020 0.037 0.074 0.014 0.008 0.032 0.074 0.051 0.111 0.178 56 L 0.033 0.020 0.197 0.028 0.106 0.096 0.008 0.006 0.023 0.092 0.234 0.035 0.121 57 G 0.014 0.013 0.196 0.020 0.039 0.069 0.003 0.001 0.011 0.159 0.371 0.078 0.025 58 Y 0.016 0.025 0.294 0.009 0.059 0.068 0.002 0.001 0.010 0.208 0.199 0.019 0.091 59 G 0.010 0.025 0.346 0.014 0.033 0.085 0.001 0.001 0.008 0.230 0.143 0.065 0.039 60 E 0.017 0.020 0.328 0.019 0.055 0.134 0.002 0.001 0.012 0.138 0.118 0.042 0.115 61 A 0.063 0.017 0.224 0.068 0.057 0.118 0.005 0.002 0.017 0.086 0.109 0.055 0.178 62 T 0.121 0.008 0.154 0.085 0.027 0.100 0.007 0.002 0.023 0.074 0.085 0.184 0.130 63 K 0.221 0.007 0.076 0.029 0.017 0.090 0.027 0.005 0.025 0.024 0.040 0.086 0.353 64 I 0.487 0.005 0.025 0.015 0.005 0.036 0.044 0.015 0.025 0.006 0.007 0.161 0.169 65 W 0.542 0.004 0.015 0.014 0.002 0.032 0.054 0.011 0.020 0.004 0.005 0.166 0.131 66 V 0.485 0.005 0.030 0.038 0.005 0.038 0.055 0.009 0.022 0.007 0.011 0.096 0.198 67 R 0.295 0.005 0.071 0.065 0.007 0.056 0.025 0.005 0.029 0.030 0.021 0.256 0.135 68 R 0.201 0.010 0.116 0.021 0.012 0.056 0.012 0.003 0.033 0.041 0.032 0.121 0.343 69 V 0.087 0.024 0.243 0.022 0.039 0.092 0.008 0.002 0.024 0.062 0.073 0.102 0.223 70 S 0.019 0.017 0.379 0.024 0.048 0.084 0.002 0.001 0.012 0.111 0.137 0.096 0.071 71 D 0.006 0.013 0.245 0.007 0.102 0.098 0.001 0.001 0.005 0.162 0.285 0.026 0.051 72 A 0.002 0.012 0.106 0.008 0.066 0.081 0.001 0.001 0.004 0.109 0.586 0.007 0.019 73 G 0.002 0.016 0.201 0.004 0.066 0.063 0.001 0.001 0.003 0.233 0.377 0.022 0.012 74 E 0.003 0.027 0.452 0.003 0.089 0.081 0.001 0.001 0.008 0.155 0.106 0.018 0.059 75 E 0.003 0.061 0.371 0.007 0.077 0.095 0.002 0.001 0.014 0.122 0.140 0.035 0.072 76 S 0.004 0.052 0.415 0.012 0.062 0.057 0.001 0.001 0.013 0.166 0.137 0.039 0.040 77 H 0.001 0.014 0.680 0.002 0.024 0.015 0.001 0.001 0.007 0.160 0.034 0.034 0.027 78 P 0.001 0.020 0.535 0.003 0.058 0.040 0.001 0.001 0.005 0.114 0.169 0.008 0.047 79 Q 0.001 0.027 0.463 0.006 0.062 0.043 0.001 0.001 0.006 0.176 0.178 0.024 0.013 80 K 0.001 0.013 0.623 0.003 0.057 0.031 0.001 0.001 0.004 0.170 0.058 0.010 0.030