# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.025 0.003 0.001 0.013 0.015 0.026 0.104 0.002 0.001 0.020 0.793 2 G 0.009 0.004 0.001 0.025 0.060 0.082 0.181 0.002 0.001 0.020 0.615 3 E 0.018 0.017 0.001 0.031 0.090 0.173 0.089 0.003 0.001 0.020 0.557 4 L 0.040 0.023 0.001 0.048 0.237 0.151 0.101 0.004 0.001 0.035 0.360 5 P 0.020 0.022 0.001 0.110 0.153 0.303 0.112 0.002 0.001 0.040 0.237 6 L 0.013 0.013 0.001 0.138 0.120 0.330 0.075 0.001 0.001 0.050 0.257 7 I 0.011 0.019 0.003 0.177 0.265 0.240 0.047 0.002 0.001 0.034 0.202 8 L 0.043 0.015 0.004 0.124 0.171 0.307 0.061 0.005 0.001 0.072 0.199 9 A 0.116 0.010 0.002 0.057 0.052 0.060 0.113 0.006 0.001 0.127 0.457 10 D 0.120 0.020 0.001 0.063 0.037 0.038 0.118 0.004 0.001 0.082 0.515 11 D 0.019 0.023 0.001 0.021 0.020 0.023 0.095 0.001 0.001 0.027 0.770 12 G 0.020 0.085 0.001 0.029 0.057 0.087 0.064 0.003 0.001 0.038 0.615 13 T 0.031 0.025 0.001 0.027 0.095 0.209 0.076 0.004 0.001 0.219 0.313 14 Y 0.011 0.063 0.002 0.048 0.207 0.172 0.077 0.002 0.001 0.126 0.291 15 E 0.024 0.117 0.002 0.068 0.223 0.221 0.052 0.002 0.001 0.066 0.225 16 I 0.034 0.049 0.003 0.043 0.192 0.272 0.040 0.003 0.001 0.108 0.254 17 T 0.034 0.038 0.006 0.035 0.154 0.254 0.074 0.002 0.002 0.088 0.313 18 K 0.074 0.043 0.010 0.024 0.084 0.151 0.117 0.005 0.003 0.071 0.418 19 L 0.183 0.041 0.005 0.017 0.042 0.045 0.103 0.009 0.002 0.059 0.494 20 N 0.122 0.053 0.002 0.013 0.021 0.028 0.117 0.005 0.001 0.052 0.585 21 G 0.025 0.091 0.002 0.016 0.023 0.034 0.103 0.003 0.001 0.036 0.665 22 G 0.027 0.183 0.003 0.026 0.055 0.090 0.095 0.006 0.001 0.054 0.459 23 R 0.038 0.227 0.004 0.035 0.101 0.151 0.071 0.008 0.001 0.080 0.283 24 R 0.022 0.255 0.004 0.037 0.127 0.128 0.059 0.005 0.001 0.095 0.267 25 F 0.021 0.500 0.004 0.040 0.096 0.121 0.029 0.005 0.001 0.050 0.133 26 L 0.021 0.519 0.005 0.043 0.080 0.107 0.027 0.004 0.002 0.068 0.124 27 F 0.021 0.228 0.012 0.041 0.135 0.199 0.039 0.005 0.003 0.159 0.158 28 R 0.076 0.184 0.024 0.031 0.067 0.088 0.072 0.010 0.008 0.237 0.203 29 M 0.278 0.097 0.043 0.041 0.051 0.058 0.047 0.017 0.014 0.127 0.226 30 K 0.230 0.038 0.004 0.032 0.031 0.053 0.105 0.010 0.003 0.037 0.456 31 N 0.035 0.025 0.001 0.040 0.023 0.059 0.065 0.003 0.001 0.023 0.725 32 L 0.007 0.010 0.002 0.054 0.075 0.057 0.147 0.001 0.001 0.045 0.601 33 G 0.046 0.015 0.010 0.059 0.061 0.180 0.177 0.009 0.003 0.110 0.330 34 I 0.218 0.008 0.004 0.023 0.035 0.033 0.070 0.005 0.001 0.038 0.565 35 E 0.226 0.005 0.001 0.040 0.030 0.031 0.086 0.003 0.001 0.030 0.548 36 S 0.012 0.003 0.001 0.015 0.010 0.031 0.086 0.001 0.001 0.013 0.829 37 G 0.008 0.006 0.001 0.026 0.038 0.066 0.128 0.001 0.001 0.027 0.698 38 K 0.016 0.008 0.001 0.079 0.149 0.325 0.065 0.001 0.001 0.035 0.322 39 K 0.004 0.003 0.001 0.061 0.135 0.234 0.074 0.001 0.001 0.062 0.425 40 I 0.003 0.005 0.001 0.157 0.261 0.222 0.078 0.001 0.001 0.047 0.225 41 Q 0.024 0.014 0.001 0.128 0.145 0.266 0.061 0.001 0.001 0.059 0.300 42 V 0.088 0.023 0.002 0.071 0.136 0.165 0.052 0.003 0.001 0.053 0.407 43 S 0.030 0.030 0.001 0.038 0.089 0.156 0.092 0.001 0.001 0.030 0.531 44 G 0.026 0.054 0.002 0.041 0.078 0.201 0.105 0.003 0.001 0.048 0.442 45 R 0.030 0.038 0.001 0.068 0.146 0.302 0.092 0.004 0.001 0.049 0.270 46 R 0.009 0.034 0.002 0.082 0.209 0.249 0.067 0.002 0.001 0.044 0.301 47 Y 0.006 0.019 0.004 0.084 0.278 0.313 0.062 0.002 0.001 0.037 0.194 48 Y 0.041 0.025 0.005 0.075 0.163 0.328 0.059 0.005 0.002 0.058 0.239 49 I 0.124 0.042 0.005 0.070 0.160 0.138 0.061 0.007 0.002 0.047 0.343 50 E 0.046 0.057 0.002 0.051 0.092 0.138 0.106 0.005 0.001 0.029 0.473 51 G 0.044 0.061 0.002 0.049 0.063 0.142 0.104 0.005 0.001 0.060 0.468 52 R 0.033 0.052 0.005 0.096 0.140 0.172 0.098 0.006 0.001 0.065 0.332 53 E 0.025 0.030 0.008 0.100 0.128 0.189 0.108 0.006 0.002 0.064 0.340 54 I 0.067 0.032 0.005 0.088 0.113 0.127 0.108 0.009 0.001 0.045 0.405 55 D 0.089 0.031 0.003 0.102 0.072 0.100 0.092 0.010 0.002 0.051 0.448 56 L 0.049 0.037 0.003 0.061 0.051 0.052 0.081 0.006 0.002 0.034 0.626 57 G 0.073 0.101 0.003 0.041 0.042 0.063 0.071 0.011 0.002 0.042 0.551 58 Y 0.085 0.053 0.003 0.026 0.028 0.036 0.122 0.009 0.001 0.171 0.467 59 G 0.042 0.108 0.009 0.035 0.044 0.043 0.113 0.006 0.003 0.161 0.435 60 E 0.091 0.223 0.008 0.036 0.046 0.050 0.078 0.007 0.002 0.079 0.379 61 A 0.037 0.129 0.006 0.033 0.071 0.078 0.066 0.007 0.001 0.083 0.489 62 T 0.025 0.171 0.003 0.045 0.092 0.159 0.104 0.005 0.001 0.077 0.317 63 K 0.015 0.169 0.003 0.054 0.121 0.255 0.063 0.004 0.001 0.077 0.238 64 I 0.012 0.188 0.005 0.055 0.254 0.172 0.042 0.005 0.001 0.061 0.206 65 W 0.032 0.265 0.003 0.044 0.141 0.241 0.031 0.007 0.001 0.072 0.163 66 V 0.041 0.129 0.003 0.048 0.132 0.137 0.058 0.005 0.002 0.183 0.263 67 R 0.019 0.112 0.007 0.077 0.151 0.185 0.061 0.004 0.003 0.114 0.268 68 R 0.065 0.216 0.007 0.032 0.059 0.081 0.070 0.007 0.004 0.106 0.352 69 V 0.185 0.138 0.013 0.021 0.048 0.054 0.058 0.022 0.006 0.104 0.352 70 S 0.236 0.149 0.004 0.010 0.012 0.015 0.070 0.007 0.003 0.056 0.436 71 D 0.136 0.113 0.002 0.011 0.009 0.017 0.052 0.006 0.002 0.045 0.607 72 A 0.037 0.052 0.002 0.006 0.010 0.010 0.123 0.004 0.001 0.061 0.693 73 G 0.133 0.106 0.005 0.010 0.018 0.036 0.071 0.011 0.002 0.090 0.519 74 E 0.165 0.032 0.002 0.012 0.026 0.029 0.083 0.005 0.001 0.064 0.581 75 E 0.026 0.024 0.002 0.017 0.031 0.053 0.099 0.002 0.001 0.033 0.712 76 S 0.040 0.016 0.002 0.010 0.020 0.028 0.101 0.002 0.001 0.042 0.739 77 H 0.261 0.020 0.003 0.014 0.027 0.044 0.093 0.006 0.001 0.080 0.452 78 P 0.065 0.007 0.001 0.007 0.012 0.016 0.096 0.001 0.001 0.023 0.773 79 Q 0.028 0.008 0.001 0.012 0.016 0.030 0.102 0.001 0.001 0.024 0.778 80 K 0.028 0.009 0.001 0.014 0.023 0.042 0.131 0.002 0.001 0.034 0.716