# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.033 0.001 0.004 0.008 0.015 0.104 0.014 0.820 2 G 0.006 0.004 0.024 0.069 0.094 0.155 0.022 0.626 3 E 0.033 0.014 0.030 0.082 0.166 0.097 0.031 0.548 4 L 0.025 0.019 0.044 0.214 0.186 0.085 0.063 0.365 5 P 0.016 0.016 0.078 0.199 0.333 0.054 0.054 0.250 6 L 0.017 0.009 0.076 0.225 0.437 0.030 0.038 0.167 7 I 0.015 0.004 0.139 0.213 0.365 0.047 0.037 0.180 8 L 0.030 0.004 0.064 0.196 0.280 0.070 0.058 0.298 9 A 0.242 0.007 0.037 0.059 0.105 0.074 0.100 0.377 10 D 0.150 0.009 0.015 0.024 0.028 0.102 0.046 0.625 11 D 0.012 0.004 0.004 0.009 0.017 0.124 0.010 0.820 12 G 0.032 0.031 0.013 0.042 0.109 0.130 0.043 0.601 13 T 0.024 0.019 0.019 0.115 0.127 0.113 0.122 0.462 14 Y 0.012 0.045 0.048 0.229 0.207 0.076 0.093 0.290 15 E 0.065 0.111 0.049 0.155 0.255 0.046 0.084 0.235 16 I 0.054 0.027 0.043 0.234 0.162 0.065 0.106 0.308 17 T 0.039 0.015 0.043 0.193 0.234 0.083 0.082 0.311 18 K 0.134 0.014 0.021 0.047 0.081 0.084 0.056 0.563 19 L 0.227 0.025 0.011 0.031 0.030 0.079 0.048 0.550 20 N 0.160 0.048 0.008 0.015 0.025 0.093 0.031 0.620 21 G 0.033 0.041 0.007 0.013 0.023 0.119 0.023 0.742 22 G 0.039 0.121 0.011 0.039 0.058 0.118 0.056 0.559 23 R 0.042 0.277 0.027 0.113 0.124 0.065 0.112 0.240 24 R 0.035 0.284 0.034 0.106 0.149 0.050 0.109 0.234 25 F 0.030 0.392 0.043 0.107 0.249 0.024 0.060 0.095 26 L 0.026 0.303 0.063 0.151 0.277 0.023 0.068 0.090 27 F 0.025 0.101 0.081 0.264 0.230 0.030 0.173 0.096 28 R 0.069 0.116 0.046 0.161 0.215 0.049 0.143 0.203 29 M 0.169 0.054 0.075 0.089 0.102 0.075 0.143 0.293 30 K 0.194 0.071 0.016 0.038 0.049 0.074 0.053 0.505 31 N 0.072 0.026 0.010 0.012 0.025 0.103 0.030 0.721 32 L 0.014 0.014 0.024 0.041 0.075 0.127 0.040 0.664 33 G 0.039 0.018 0.048 0.082 0.091 0.124 0.161 0.437 34 I 0.188 0.010 0.017 0.067 0.043 0.078 0.065 0.533 35 E 0.268 0.012 0.032 0.026 0.071 0.067 0.046 0.477 36 S 0.036 0.006 0.030 0.024 0.053 0.111 0.018 0.722 37 G 0.018 0.004 0.010 0.035 0.073 0.114 0.023 0.722 38 K 0.013 0.012 0.046 0.251 0.329 0.060 0.048 0.241 39 K 0.013 0.004 0.044 0.172 0.330 0.054 0.040 0.343 40 I 0.004 0.002 0.087 0.319 0.258 0.061 0.053 0.217 41 Q 0.047 0.004 0.085 0.217 0.312 0.056 0.050 0.229 42 V 0.212 0.007 0.043 0.102 0.144 0.064 0.053 0.375 43 S 0.044 0.008 0.035 0.063 0.102 0.109 0.030 0.607 44 G 0.033 0.007 0.017 0.051 0.121 0.126 0.039 0.607 45 R 0.015 0.014 0.023 0.273 0.248 0.077 0.045 0.305 46 R 0.018 0.012 0.029 0.194 0.432 0.045 0.026 0.244 47 Y 0.009 0.008 0.059 0.347 0.345 0.036 0.047 0.148 48 Y 0.029 0.006 0.038 0.297 0.338 0.044 0.046 0.202 49 I 0.103 0.010 0.066 0.176 0.321 0.047 0.053 0.225 50 E 0.045 0.012 0.031 0.079 0.129 0.075 0.023 0.607 51 G 0.049 0.012 0.013 0.052 0.078 0.106 0.034 0.656 52 R 0.042 0.033 0.041 0.174 0.166 0.090 0.065 0.389 53 E 0.066 0.021 0.036 0.070 0.125 0.078 0.059 0.545 54 I 0.099 0.035 0.046 0.123 0.129 0.080 0.064 0.425 55 D 0.121 0.030 0.031 0.057 0.112 0.095 0.052 0.503 56 L 0.055 0.031 0.032 0.057 0.106 0.108 0.032 0.578 57 G 0.163 0.099 0.017 0.028 0.073 0.094 0.059 0.466 58 Y 0.076 0.040 0.017 0.035 0.044 0.136 0.150 0.502 59 G 0.059 0.153 0.027 0.069 0.075 0.111 0.162 0.344 60 E 0.138 0.189 0.024 0.025 0.057 0.086 0.084 0.398 61 A 0.049 0.221 0.029 0.053 0.062 0.106 0.096 0.383 62 T 0.023 0.282 0.036 0.068 0.141 0.083 0.116 0.253 63 K 0.019 0.191 0.066 0.135 0.190 0.065 0.123 0.211 64 I 0.014 0.168 0.085 0.177 0.237 0.047 0.085 0.187 65 W 0.028 0.227 0.132 0.153 0.250 0.034 0.079 0.097 66 V 0.047 0.099 0.078 0.160 0.172 0.062 0.165 0.217 67 R 0.023 0.085 0.121 0.174 0.183 0.061 0.099 0.254 68 R 0.085 0.092 0.099 0.061 0.152 0.071 0.077 0.363 69 V 0.057 0.057 0.069 0.073 0.068 0.114 0.113 0.449 70 S 0.160 0.061 0.024 0.031 0.045 0.095 0.058 0.526 71 D 0.346 0.056 0.011 0.012 0.024 0.064 0.053 0.435 72 A 0.049 0.030 0.031 0.016 0.030 0.126 0.075 0.644 73 G 0.125 0.043 0.026 0.031 0.055 0.111 0.111 0.498 74 E 0.194 0.011 0.014 0.024 0.038 0.102 0.065 0.552 75 E 0.010 0.003 0.018 0.028 0.045 0.140 0.020 0.735 76 S 0.015 0.004 0.017 0.025 0.050 0.121 0.024 0.744 77 H 0.303 0.014 0.016 0.045 0.040 0.083 0.111 0.388 78 P 0.151 0.006 0.010 0.017 0.021 0.087 0.037 0.670 79 Q 0.034 0.007 0.020 0.018 0.040 0.106 0.027 0.748 80 K 0.031 0.005 0.011 0.028 0.040 0.118 0.023 0.744