# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.108 0.020 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.038 0.113 0.600 2 G 0.237 0.016 0.036 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.024 0.108 0.468 3 E 0.082 0.016 0.020 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.008 0.128 0.579 4 L 0.054 0.011 0.013 0.004 0.047 0.035 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.004 0.113 0.366 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 6 L 0.016 0.003 0.001 0.001 0.013 0.017 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.014 0.006 0.569 0.002 0.056 0.232 7 I 0.034 0.012 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.063 0.183 0.070 0.011 0.385 0.002 0.051 0.162 8 L 0.028 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.038 0.003 0.232 0.037 0.018 0.010 0.312 0.004 0.034 0.236 9 A 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.237 0.019 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.420 0.003 0.042 0.179 10 D 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.004 0.151 0.374 11 D 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.014 0.112 0.771 12 G 0.166 0.009 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.108 0.185 0.419 13 T 0.222 0.008 0.072 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.012 0.287 0.297 14 Y 0.010 0.014 0.007 0.005 0.040 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.003 0.089 0.308 15 E 0.008 0.006 0.003 0.003 0.343 0.189 0.047 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.181 0.003 0.064 0.126 16 I 0.014 0.022 0.002 0.001 0.012 0.039 0.049 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.042 0.022 0.358 0.005 0.080 0.272 17 T 0.008 0.021 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.009 0.002 0.003 0.007 0.006 0.087 0.121 0.041 0.019 0.505 0.003 0.031 0.108 18 K 0.018 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.017 0.038 0.006 0.050 0.031 0.020 0.009 0.220 0.006 0.061 0.466 19 L 0.022 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.062 0.020 0.005 0.006 0.003 0.002 0.002 0.466 0.008 0.098 0.214 20 N 0.047 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.026 0.164 0.469 21 G 0.100 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.050 0.131 0.616 22 G 0.104 0.016 0.061 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.039 0.177 0.538 23 R 0.117 0.019 0.047 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.015 0.251 0.430 24 R 0.052 0.050 0.012 0.004 0.048 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.006 0.113 0.600 25 F 0.046 0.084 0.008 0.003 0.074 0.056 0.048 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.305 0.008 0.074 0.274 26 L 0.036 0.151 0.005 0.001 0.010 0.022 0.030 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.005 0.455 0.006 0.059 0.190 27 F 0.024 0.188 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.009 0.005 0.483 0.006 0.056 0.180 28 R 0.029 0.213 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 0.004 0.002 0.480 0.008 0.045 0.194 29 M 0.044 0.291 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.359 0.016 0.047 0.204 30 K 0.034 0.298 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.022 0.063 0.307 31 N 0.091 0.212 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.053 0.050 0.463 32 L 0.188 0.217 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.078 0.127 0.043 0.287 33 G 0.126 0.091 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.025 0.009 0.003 0.002 0.048 0.063 0.092 0.471 34 I 0.049 0.034 0.150 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.083 0.012 0.078 0.541 35 E 0.026 0.047 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.111 0.032 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.009 0.205 0.409 36 S 0.081 0.051 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.012 0.120 0.644 37 G 0.107 0.065 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.083 0.090 0.510 38 K 0.393 0.010 0.108 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.040 0.127 0.224 39 K 0.013 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.122 0.002 0.072 0.758 40 I 0.009 0.008 0.005 0.005 0.171 0.040 0.031 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.059 0.054 0.016 0.011 0.339 0.004 0.051 0.182 41 Q 0.012 0.019 0.002 0.003 0.023 0.040 0.009 0.010 0.002 0.009 0.007 0.002 0.020 0.011 0.010 0.008 0.301 0.005 0.062 0.446 42 V 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.084 0.021 0.008 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.455 0.003 0.057 0.324 43 S 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.003 0.119 0.386 44 G 0.028 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.026 0.113 0.564 45 R 0.200 0.009 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.046 0.148 0.388 46 R 0.031 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.199 0.005 0.147 0.586 47 Y 0.021 0.024 0.007 0.004 0.103 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.013 0.007 0.006 0.348 0.007 0.098 0.317 48 Y 0.026 0.035 0.006 0.003 0.040 0.027 0.007 0.007 0.002 0.005 0.004 0.002 0.012 0.007 0.006 0.006 0.388 0.008 0.070 0.339 49 I 0.017 0.035 0.004 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.049 0.010 0.005 0.004 0.005 0.003 0.002 0.005 0.517 0.006 0.058 0.263 50 E 0.013 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.487 0.005 0.079 0.350 51 G 0.034 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.322 0.024 0.074 0.502 52 R 0.143 0.017 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.281 0.028 0.104 0.393 53 E 0.027 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.162 0.006 0.113 0.651 54 I 0.028 0.028 0.015 0.006 0.041 0.007 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.022 0.023 0.007 0.006 0.469 0.009 0.078 0.245 55 D 0.025 0.059 0.006 0.004 0.014 0.006 0.002 0.003 0.007 0.006 0.018 0.004 0.015 0.011 0.007 0.006 0.161 0.010 0.101 0.536 56 L 0.039 0.048 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.016 0.017 0.006 0.005 0.006 0.006 0.003 0.005 0.333 0.017 0.075 0.406 57 G 0.047 0.054 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.008 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.086 0.018 0.253 0.492 58 Y 0.112 0.025 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.035 0.185 0.515 59 G 0.067 0.050 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.029 0.112 0.627 60 E 0.102 0.024 0.022 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.017 0.260 0.489 61 A 0.076 0.081 0.012 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.012 0.121 0.610 62 T 0.088 0.113 0.011 0.002 0.010 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.019 0.101 0.374 63 K 0.099 0.114 0.010 0.002 0.005 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.017 0.079 0.410 64 I 0.053 0.105 0.019 0.002 0.003 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.510 0.009 0.077 0.196 65 W 0.020 0.112 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.613 0.006 0.061 0.170 66 V 0.022 0.147 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.621 0.008 0.030 0.147 67 R 0.021 0.171 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.007 0.004 0.577 0.007 0.043 0.147 68 R 0.046 0.166 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.034 0.019 0.005 0.239 0.022 0.096 0.346 69 V 0.097 0.148 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.004 0.039 0.022 0.007 0.005 0.298 0.036 0.070 0.223 70 S 0.036 0.146 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.034 0.010 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.217 0.019 0.102 0.387 71 D 0.053 0.112 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.027 0.111 0.535 72 A 0.110 0.147 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.106 0.134 0.413 73 G 0.166 0.091 0.056 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.144 0.162 0.339 74 E 0.142 0.045 0.192 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.205 0.341 75 E 0.068 0.092 0.019 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.097 0.642 76 S 0.224 0.080 0.010 0.005 0.020 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.069 0.489 77 H 0.206 0.060 0.034 0.004 0.005 0.013 0.014 0.006 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.064 0.026 0.102 0.448 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 Q 0.025 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.005 0.148 0.704 80 K 0.231 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.007 0.078 0.601