# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.089 0.016 0.022 0.026 0.037 0.074 0.029 0.707 2 G 0.218 0.009 0.047 0.058 0.052 0.104 0.024 0.487 3 E 0.049 0.006 0.047 0.042 0.059 0.223 0.008 0.566 4 L 0.042 0.003 0.064 0.202 0.283 0.064 0.003 0.338 5 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.002 0.001 0.978 6 L 0.005 0.001 0.031 0.264 0.428 0.040 0.001 0.230 7 I 0.028 0.003 0.109 0.283 0.428 0.031 0.001 0.117 8 L 0.013 0.005 0.051 0.309 0.448 0.021 0.001 0.152 9 A 0.007 0.005 0.054 0.254 0.494 0.035 0.002 0.149 10 D 0.016 0.006 0.043 0.132 0.238 0.119 0.008 0.439 11 D 0.018 0.003 0.016 0.022 0.038 0.095 0.017 0.792 12 G 0.150 0.004 0.018 0.017 0.023 0.267 0.065 0.455 13 T 0.171 0.007 0.016 0.019 0.018 0.563 0.024 0.182 14 Y 0.051 0.021 0.041 0.163 0.196 0.152 0.006 0.371 15 E 0.016 0.016 0.035 0.165 0.341 0.168 0.002 0.258 16 I 0.017 0.022 0.032 0.229 0.380 0.042 0.002 0.276 17 T 0.011 0.044 0.032 0.248 0.520 0.040 0.002 0.103 18 K 0.042 0.062 0.020 0.131 0.273 0.038 0.006 0.429 19 L 0.067 0.151 0.040 0.146 0.320 0.044 0.014 0.217 20 N 0.078 0.120 0.021 0.082 0.113 0.202 0.031 0.354 21 G 0.119 0.047 0.019 0.022 0.040 0.069 0.045 0.639 22 G 0.144 0.042 0.058 0.025 0.040 0.156 0.040 0.495 23 R 0.092 0.031 0.045 0.107 0.073 0.176 0.014 0.462 24 R 0.035 0.039 0.031 0.055 0.093 0.104 0.005 0.638 25 F 0.037 0.074 0.051 0.157 0.288 0.071 0.003 0.318 26 L 0.026 0.169 0.065 0.173 0.345 0.038 0.004 0.180 27 F 0.027 0.160 0.052 0.266 0.321 0.036 0.003 0.135 28 R 0.026 0.233 0.040 0.134 0.265 0.050 0.006 0.246 29 M 0.038 0.298 0.051 0.140 0.340 0.018 0.008 0.107 30 K 0.036 0.319 0.044 0.099 0.208 0.044 0.016 0.234 31 N 0.118 0.238 0.028 0.047 0.074 0.081 0.046 0.368 32 L 0.251 0.170 0.051 0.055 0.079 0.041 0.070 0.284 33 G 0.181 0.078 0.076 0.072 0.087 0.092 0.038 0.376 34 I 0.041 0.042 0.152 0.152 0.130 0.043 0.006 0.434 35 E 0.026 0.060 0.096 0.139 0.169 0.145 0.006 0.359 36 S 0.046 0.026 0.029 0.034 0.058 0.084 0.008 0.715 37 G 0.126 0.043 0.071 0.035 0.072 0.091 0.045 0.518 38 K 0.223 0.017 0.051 0.129 0.074 0.232 0.024 0.251 39 K 0.050 0.012 0.039 0.065 0.076 0.095 0.009 0.655 40 I 0.016 0.006 0.037 0.335 0.396 0.022 0.002 0.186 41 Q 0.009 0.009 0.067 0.247 0.385 0.041 0.001 0.241 42 V 0.013 0.008 0.043 0.246 0.348 0.026 0.001 0.315 43 S 0.009 0.012 0.049 0.202 0.426 0.047 0.003 0.253 44 G 0.035 0.009 0.030 0.080 0.187 0.083 0.010 0.567 45 R 0.105 0.013 0.049 0.197 0.217 0.156 0.018 0.245 46 R 0.048 0.013 0.044 0.103 0.132 0.130 0.011 0.518 47 Y 0.023 0.007 0.030 0.355 0.391 0.028 0.003 0.164 48 Y 0.015 0.012 0.054 0.259 0.428 0.038 0.002 0.192 49 I 0.011 0.009 0.037 0.348 0.438 0.023 0.001 0.132 50 E 0.010 0.017 0.038 0.183 0.427 0.042 0.003 0.281 51 G 0.028 0.014 0.030 0.079 0.197 0.057 0.009 0.585 52 R 0.124 0.016 0.053 0.170 0.203 0.125 0.017 0.291 53 E 0.045 0.011 0.041 0.056 0.085 0.118 0.008 0.637 54 I 0.032 0.012 0.066 0.251 0.317 0.054 0.003 0.266 55 D 0.022 0.024 0.086 0.135 0.217 0.106 0.004 0.407 56 L 0.037 0.025 0.065 0.116 0.198 0.062 0.005 0.491 57 G 0.057 0.046 0.070 0.080 0.166 0.242 0.010 0.329 58 Y 0.075 0.039 0.037 0.065 0.092 0.099 0.010 0.583 59 G 0.051 0.065 0.059 0.066 0.126 0.090 0.014 0.528 60 E 0.070 0.045 0.033 0.048 0.068 0.147 0.010 0.579 61 A 0.068 0.094 0.039 0.049 0.108 0.072 0.012 0.558 62 T 0.065 0.132 0.039 0.126 0.243 0.066 0.012 0.316 63 K 0.078 0.126 0.043 0.100 0.168 0.050 0.013 0.423 64 I 0.059 0.142 0.069 0.216 0.238 0.038 0.007 0.231 65 W 0.021 0.184 0.069 0.215 0.320 0.038 0.005 0.149 66 V 0.017 0.179 0.056 0.196 0.393 0.016 0.004 0.140 67 R 0.017 0.181 0.075 0.199 0.350 0.027 0.004 0.147 68 R 0.051 0.157 0.043 0.105 0.202 0.042 0.013 0.388 69 V 0.071 0.206 0.072 0.113 0.267 0.034 0.012 0.224 70 S 0.047 0.198 0.053 0.084 0.146 0.082 0.017 0.373 71 D 0.083 0.122 0.028 0.029 0.054 0.076 0.020 0.587 72 A 0.112 0.130 0.029 0.011 0.023 0.165 0.032 0.498 73 G 0.209 0.075 0.015 0.012 0.015 0.227 0.050 0.396 74 E 0.292 0.101 0.026 0.013 0.013 0.131 0.030 0.394 75 E 0.155 0.159 0.049 0.026 0.029 0.109 0.023 0.450 76 S 0.142 0.094 0.030 0.017 0.037 0.066 0.027 0.588 77 H 0.163 0.052 0.030 0.023 0.031 0.116 0.016 0.568 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 79 Q 0.042 0.016 0.028 0.045 0.070 0.146 0.007 0.645 80 K 0.194 0.022 0.023 0.024 0.023 0.063 0.007 0.645