# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.018 0.009 0.036 0.031 0.061 0.003 0.184 0.439 0.006 0.210 0.002 2 G 0.054 0.026 0.166 0.034 0.116 0.010 0.043 0.281 0.004 0.260 0.005 3 E 0.116 0.267 0.307 0.208 0.022 0.044 0.015 0.002 0.012 0.001 0.005 4 L 0.015 0.480 0.330 0.004 0.050 0.013 0.003 0.001 0.103 0.001 0.001 5 P 0.154 0.018 0.721 0.011 0.011 0.031 0.003 0.001 0.002 0.004 0.044 6 L 0.047 0.565 0.212 0.037 0.101 0.013 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 7 I 0.025 0.637 0.238 0.007 0.037 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 8 L 0.034 0.477 0.324 0.023 0.020 0.089 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 9 A 0.132 0.386 0.254 0.059 0.085 0.039 0.010 0.002 0.024 0.007 0.002 10 D 0.275 0.167 0.211 0.122 0.055 0.062 0.030 0.012 0.044 0.018 0.004 11 D 0.096 0.053 0.084 0.557 0.025 0.011 0.152 0.005 0.013 0.002 0.001 12 G 0.026 0.008 0.025 0.012 0.089 0.003 0.084 0.574 0.003 0.176 0.001 13 T 0.151 0.255 0.300 0.217 0.022 0.027 0.018 0.001 0.008 0.001 0.001 14 Y 0.095 0.444 0.280 0.058 0.071 0.027 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 15 E 0.178 0.497 0.188 0.028 0.036 0.046 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 16 I 0.172 0.511 0.205 0.025 0.030 0.038 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 17 T 0.251 0.424 0.164 0.062 0.032 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 18 K 0.238 0.330 0.202 0.050 0.074 0.046 0.015 0.002 0.041 0.002 0.001 19 L 0.376 0.246 0.178 0.117 0.024 0.021 0.011 0.001 0.023 0.002 0.002 20 N 0.144 0.074 0.167 0.230 0.042 0.025 0.221 0.031 0.032 0.029 0.004 21 G 0.034 0.007 0.041 0.044 0.083 0.004 0.134 0.346 0.004 0.300 0.001 22 G 0.102 0.027 0.128 0.054 0.116 0.013 0.059 0.287 0.006 0.205 0.003 23 R 0.388 0.180 0.277 0.088 0.027 0.020 0.007 0.002 0.008 0.002 0.002 24 R 0.544 0.199 0.133 0.058 0.028 0.018 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 25 F 0.417 0.330 0.125 0.038 0.054 0.018 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 26 L 0.580 0.242 0.105 0.025 0.012 0.023 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 27 F 0.530 0.272 0.090 0.035 0.034 0.019 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 28 R 0.509 0.213 0.128 0.042 0.031 0.035 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 29 M 0.515 0.138 0.172 0.085 0.018 0.034 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 30 K 0.701 0.048 0.096 0.105 0.013 0.007 0.016 0.003 0.005 0.003 0.001 31 N 0.391 0.054 0.092 0.227 0.048 0.040 0.072 0.040 0.020 0.015 0.001 32 L 0.325 0.112 0.163 0.323 0.013 0.010 0.037 0.001 0.014 0.001 0.001 33 G 0.120 0.034 0.119 0.028 0.113 0.034 0.103 0.291 0.011 0.146 0.003 34 I 0.235 0.278 0.382 0.047 0.014 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 35 E 0.320 0.264 0.224 0.104 0.019 0.028 0.007 0.001 0.026 0.002 0.004 36 S 0.125 0.156 0.184 0.274 0.069 0.016 0.126 0.011 0.029 0.007 0.002 37 G 0.011 0.008 0.028 0.008 0.080 0.005 0.091 0.592 0.003 0.173 0.001 38 K 0.095 0.296 0.444 0.074 0.054 0.015 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 39 K 0.066 0.457 0.310 0.056 0.040 0.043 0.011 0.001 0.015 0.001 0.002 40 I 0.019 0.726 0.158 0.015 0.052 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 41 Q 0.031 0.485 0.345 0.013 0.034 0.068 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 42 V 0.043 0.681 0.167 0.017 0.030 0.032 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 43 S 0.061 0.289 0.365 0.088 0.056 0.043 0.054 0.003 0.032 0.006 0.003 44 G 0.018 0.029 0.056 0.019 0.275 0.011 0.059 0.325 0.006 0.201 0.001 45 R 0.087 0.399 0.347 0.048 0.072 0.020 0.009 0.002 0.012 0.002 0.001 46 R 0.103 0.506 0.214 0.064 0.071 0.019 0.007 0.001 0.013 0.001 0.002 47 Y 0.033 0.653 0.125 0.030 0.122 0.013 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 48 Y 0.036 0.630 0.215 0.018 0.050 0.029 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 49 I 0.029 0.747 0.138 0.009 0.030 0.018 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 50 E 0.069 0.323 0.403 0.084 0.024 0.036 0.030 0.001 0.026 0.001 0.003 51 G 0.028 0.024 0.055 0.019 0.168 0.014 0.086 0.409 0.006 0.189 0.001 52 R 0.152 0.339 0.352 0.043 0.062 0.017 0.013 0.003 0.014 0.003 0.001 53 E 0.147 0.354 0.306 0.057 0.032 0.075 0.010 0.001 0.015 0.001 0.002 54 I 0.101 0.623 0.153 0.036 0.053 0.013 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 55 D 0.104 0.191 0.386 0.025 0.030 0.191 0.013 0.003 0.045 0.007 0.005 56 L 0.364 0.138 0.226 0.194 0.025 0.014 0.017 0.001 0.015 0.002 0.003 57 G 0.154 0.028 0.076 0.037 0.099 0.018 0.061 0.286 0.013 0.224 0.002 58 Y 0.157 0.151 0.242 0.336 0.040 0.014 0.033 0.002 0.020 0.002 0.002 59 G 0.114 0.034 0.145 0.030 0.140 0.020 0.055 0.201 0.010 0.246 0.004 60 E 0.417 0.159 0.219 0.131 0.021 0.020 0.016 0.002 0.011 0.001 0.002 61 A 0.379 0.195 0.248 0.071 0.050 0.026 0.010 0.004 0.014 0.003 0.001 62 T 0.453 0.192 0.133 0.156 0.027 0.015 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 63 K 0.210 0.399 0.184 0.042 0.077 0.024 0.046 0.004 0.014 0.001 0.001 64 I 0.116 0.649 0.147 0.013 0.031 0.026 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 65 W 0.094 0.416 0.352 0.025 0.041 0.048 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 66 V 0.193 0.520 0.144 0.038 0.018 0.061 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 67 R 0.253 0.433 0.132 0.040 0.093 0.023 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 68 R 0.194 0.352 0.225 0.048 0.066 0.061 0.015 0.002 0.035 0.001 0.001 69 V 0.229 0.404 0.206 0.055 0.027 0.036 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 70 S 0.406 0.151 0.249 0.087 0.041 0.024 0.012 0.004 0.012 0.012 0.003 71 D 0.435 0.106 0.118 0.167 0.040 0.036 0.037 0.012 0.036 0.011 0.002 72 A 0.397 0.061 0.145 0.288 0.014 0.009 0.066 0.003 0.011 0.002 0.003 73 G 0.065 0.009 0.042 0.016 0.066 0.006 0.064 0.503 0.005 0.222 0.001 74 E 0.374 0.124 0.319 0.132 0.013 0.016 0.008 0.002 0.009 0.002 0.003 75 E 0.367 0.197 0.208 0.155 0.022 0.019 0.012 0.002 0.011 0.002 0.004 76 S 0.242 0.181 0.175 0.286 0.042 0.026 0.021 0.006 0.017 0.002 0.002 77 H 0.013 0.204 0.410 0.006 0.071 0.015 0.008 0.001 0.268 0.005 0.001 78 P 0.348 0.005 0.562 0.016 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 79 Q 0.277 0.187 0.268 0.150 0.031 0.023 0.029 0.011 0.021 0.002 0.001 80 K 0.222 0.230 0.335 0.082 0.058 0.023 0.017 0.006 0.020 0.005 0.002