# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.026 0.076 0.083 0.316 0.032 0.071 0.049 0.052 0.041 0.190 0.063 2 G 0.055 0.134 0.194 0.133 0.076 0.032 0.025 0.051 0.052 0.192 0.056 3 E 0.181 0.166 0.076 0.021 0.232 0.025 0.059 0.058 0.057 0.070 0.057 4 L 0.102 0.316 0.189 0.038 0.227 0.022 0.019 0.021 0.018 0.018 0.032 5 P 0.177 0.218 0.047 0.015 0.374 0.017 0.026 0.043 0.033 0.020 0.030 6 L 0.212 0.153 0.017 0.002 0.520 0.005 0.012 0.023 0.017 0.012 0.026 7 I 0.234 0.150 0.026 0.002 0.502 0.003 0.010 0.015 0.007 0.010 0.043 8 L 0.229 0.182 0.045 0.007 0.370 0.008 0.011 0.020 0.011 0.027 0.090 9 A 0.065 0.283 0.216 0.085 0.128 0.039 0.034 0.050 0.031 0.031 0.037 10 D 0.036 0.076 0.109 0.152 0.053 0.093 0.130 0.184 0.085 0.057 0.024 11 D 0.032 0.159 0.142 0.115 0.047 0.063 0.107 0.106 0.090 0.111 0.029 12 G 0.026 0.070 0.121 0.145 0.032 0.051 0.035 0.048 0.051 0.324 0.097 13 T 0.171 0.164 0.052 0.014 0.278 0.012 0.021 0.064 0.052 0.101 0.072 14 Y 0.151 0.258 0.024 0.006 0.424 0.014 0.012 0.035 0.022 0.021 0.031 15 E 0.212 0.191 0.041 0.004 0.448 0.008 0.014 0.034 0.011 0.007 0.030 16 I 0.320 0.072 0.013 0.005 0.306 0.009 0.013 0.098 0.049 0.055 0.059 17 T 0.099 0.211 0.032 0.009 0.433 0.013 0.024 0.098 0.037 0.017 0.026 18 K 0.269 0.096 0.054 0.008 0.314 0.007 0.020 0.084 0.033 0.039 0.075 19 L 0.125 0.089 0.053 0.033 0.146 0.050 0.086 0.220 0.063 0.070 0.065 20 N 0.020 0.187 0.110 0.193 0.046 0.137 0.097 0.080 0.042 0.063 0.024 21 G 0.015 0.051 0.076 0.303 0.016 0.059 0.042 0.085 0.048 0.240 0.063 22 G 0.035 0.109 0.198 0.108 0.043 0.025 0.015 0.103 0.074 0.227 0.063 23 R 0.066 0.138 0.040 0.010 0.134 0.021 0.039 0.324 0.155 0.044 0.027 24 R 0.128 0.095 0.032 0.013 0.159 0.024 0.043 0.315 0.092 0.061 0.038 25 F 0.126 0.116 0.022 0.009 0.251 0.011 0.020 0.326 0.063 0.031 0.024 26 L 0.173 0.065 0.019 0.007 0.220 0.009 0.018 0.386 0.053 0.025 0.026 27 F 0.096 0.110 0.033 0.010 0.200 0.010 0.030 0.409 0.056 0.020 0.027 28 R 0.136 0.089 0.021 0.008 0.138 0.007 0.042 0.431 0.059 0.036 0.035 29 M 0.068 0.061 0.016 0.007 0.118 0.011 0.028 0.445 0.171 0.048 0.028 30 K 0.021 0.039 0.026 0.012 0.034 0.029 0.101 0.511 0.157 0.055 0.014 31 N 0.081 0.046 0.029 0.016 0.070 0.022 0.081 0.323 0.092 0.187 0.054 32 L 0.030 0.444 0.091 0.028 0.126 0.020 0.034 0.107 0.055 0.046 0.018 33 G 0.090 0.090 0.076 0.071 0.120 0.026 0.020 0.185 0.075 0.148 0.100 34 I 0.112 0.082 0.055 0.011 0.158 0.014 0.044 0.334 0.111 0.045 0.034 35 E 0.095 0.045 0.035 0.051 0.078 0.084 0.103 0.316 0.068 0.082 0.044 36 S 0.018 0.326 0.162 0.132 0.051 0.077 0.089 0.070 0.029 0.032 0.014 37 G 0.056 0.018 0.028 0.090 0.028 0.036 0.012 0.048 0.038 0.422 0.225 38 K 0.056 0.383 0.090 0.025 0.185 0.033 0.041 0.084 0.044 0.037 0.022 39 K 0.310 0.086 0.022 0.005 0.338 0.010 0.021 0.046 0.025 0.053 0.082 40 I 0.164 0.228 0.015 0.004 0.532 0.004 0.006 0.015 0.007 0.006 0.019 41 Q 0.256 0.111 0.046 0.004 0.488 0.005 0.010 0.022 0.007 0.007 0.043 42 V 0.358 0.070 0.031 0.024 0.230 0.032 0.033 0.059 0.027 0.043 0.093 43 S 0.022 0.106 0.091 0.263 0.048 0.192 0.122 0.050 0.029 0.054 0.023 44 G 0.051 0.037 0.063 0.233 0.034 0.054 0.017 0.045 0.042 0.316 0.107 45 R 0.088 0.262 0.047 0.018 0.291 0.026 0.028 0.094 0.067 0.049 0.029 46 R 0.230 0.124 0.025 0.008 0.368 0.015 0.032 0.076 0.038 0.034 0.049 47 Y 0.221 0.151 0.027 0.007 0.459 0.007 0.014 0.037 0.015 0.015 0.046 48 Y 0.251 0.127 0.049 0.009 0.387 0.010 0.024 0.056 0.018 0.019 0.051 49 I 0.275 0.082 0.052 0.035 0.199 0.043 0.045 0.104 0.039 0.047 0.080 50 E 0.025 0.164 0.098 0.171 0.056 0.154 0.141 0.072 0.039 0.057 0.022 51 G 0.066 0.046 0.069 0.229 0.050 0.044 0.014 0.042 0.041 0.280 0.119 52 R 0.057 0.315 0.057 0.022 0.232 0.035 0.047 0.104 0.068 0.040 0.023 53 E 0.296 0.090 0.022 0.005 0.353 0.007 0.018 0.057 0.029 0.047 0.076 54 I 0.159 0.230 0.044 0.012 0.363 0.014 0.026 0.062 0.027 0.021 0.042 55 D 0.254 0.102 0.077 0.018 0.299 0.021 0.026 0.057 0.024 0.033 0.090 56 L 0.089 0.194 0.080 0.042 0.141 0.049 0.061 0.144 0.075 0.082 0.045 57 G 0.045 0.062 0.084 0.179 0.051 0.087 0.058 0.098 0.060 0.204 0.073 58 Y 0.051 0.180 0.100 0.099 0.080 0.046 0.053 0.121 0.083 0.144 0.041 59 G 0.041 0.102 0.155 0.176 0.061 0.055 0.028 0.103 0.082 0.142 0.055 60 E 0.073 0.134 0.058 0.020 0.126 0.025 0.064 0.255 0.146 0.065 0.033 61 A 0.162 0.068 0.026 0.011 0.141 0.018 0.026 0.200 0.141 0.140 0.069 62 T 0.060 0.247 0.054 0.022 0.192 0.033 0.053 0.225 0.070 0.026 0.020 63 K 0.268 0.057 0.017 0.007 0.311 0.010 0.022 0.129 0.040 0.073 0.066 64 I 0.202 0.177 0.009 0.004 0.491 0.005 0.014 0.062 0.014 0.008 0.015 65 W 0.240 0.103 0.024 0.006 0.458 0.010 0.025 0.072 0.014 0.011 0.038 66 V 0.330 0.089 0.014 0.008 0.356 0.007 0.011 0.079 0.032 0.026 0.049 67 R 0.123 0.150 0.046 0.022 0.268 0.034 0.066 0.155 0.056 0.034 0.046 68 R 0.160 0.204 0.059 0.005 0.305 0.007 0.025 0.103 0.034 0.031 0.067 69 V 0.118 0.129 0.026 0.008 0.194 0.012 0.028 0.212 0.130 0.087 0.058 70 S 0.051 0.118 0.085 0.027 0.100 0.042 0.083 0.267 0.131 0.066 0.032 71 D 0.084 0.087 0.063 0.032 0.099 0.036 0.080 0.253 0.090 0.123 0.052 72 A 0.031 0.277 0.146 0.069 0.081 0.044 0.070 0.101 0.065 0.089 0.026 73 G 0.050 0.091 0.108 0.161 0.051 0.041 0.021 0.078 0.071 0.231 0.097 74 E 0.079 0.117 0.057 0.025 0.132 0.030 0.044 0.203 0.163 0.105 0.044 75 E 0.089 0.121 0.042 0.016 0.162 0.028 0.063 0.198 0.126 0.115 0.040 76 S 0.091 0.125 0.074 0.036 0.119 0.036 0.069 0.102 0.076 0.205 0.065 77 H 0.069 0.361 0.220 0.021 0.220 0.007 0.007 0.027 0.016 0.020 0.032 78 P 0.084 0.194 0.067 0.017 0.148 0.018 0.035 0.213 0.146 0.048 0.030 79 Q 0.064 0.110 0.050 0.015 0.106 0.027 0.076 0.242 0.163 0.110 0.038 80 K 0.095 0.163 0.052 0.019 0.168 0.021 0.044 0.183 0.095 0.114 0.046