# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.005 0.049 0.030 0.067 0.006 0.130 0.047 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.041 0.023 0.146 0.101 0.106 0.227 0.001 2 N 0.002 0.002 0.029 0.038 0.042 0.003 0.048 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.117 0.055 0.161 0.411 0.001 3 S 0.001 0.002 0.008 0.008 0.042 0.003 0.045 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.019 0.555 0.039 0.031 0.069 0.001 4 E 0.001 0.001 0.013 0.008 0.005 0.010 0.062 0.752 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.070 0.020 0.015 0.018 0.001 5 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.004 0.019 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.036 0.015 0.016 0.009 0.001 6 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.063 0.002 0.003 0.002 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.004 0.002 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.802 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.008 0.006 0.002 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.064 0.788 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.004 0.004 0.004 0.001 12 D 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.028 0.244 0.435 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.140 0.050 0.030 0.018 0.001 13 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.010 0.007 0.152 0.161 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.387 0.058 0.079 0.101 0.001 14 G 0.001 0.002 0.017 0.010 0.014 0.005 0.119 0.101 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.148 0.215 0.172 0.157 0.001 15 E 0.002 0.003 0.024 0.020 0.042 0.006 0.085 0.075 0.010 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.024 0.405 0.041 0.072 0.170 0.001 16 D 0.018 0.028 0.059 0.059 0.091 0.010 0.226 0.112 0.005 0.002 0.003 0.002 0.006 0.010 0.047 0.020 0.113 0.055 0.054 0.077 0.003 17 Y 0.046 0.056 0.058 0.080 0.183 0.008 0.091 0.102 0.003 0.002 0.006 0.007 0.010 0.018 0.050 0.056 0.065 0.055 0.061 0.031 0.009 18 I 0.078 0.121 0.173 0.129 0.125 0.008 0.032 0.068 0.003 0.001 0.012 0.011 0.029 0.027 0.070 0.031 0.016 0.015 0.017 0.018 0.016 19 E 0.112 0.187 0.056 0.069 0.296 0.004 0.016 0.038 0.003 0.001 0.011 0.013 0.036 0.017 0.028 0.025 0.010 0.014 0.022 0.013 0.029 20 L 0.156 0.163 0.095 0.184 0.161 0.001 0.008 0.019 0.006 0.003 0.009 0.009 0.023 0.020 0.061 0.015 0.011 0.008 0.018 0.018 0.013 21 E 0.047 0.067 0.099 0.260 0.205 0.001 0.036 0.005 0.004 0.011 0.007 0.007 0.016 0.014 0.080 0.027 0.059 0.008 0.014 0.027 0.006 22 N 0.042 0.082 0.057 0.060 0.106 0.002 0.408 0.004 0.001 0.002 0.006 0.007 0.012 0.009 0.051 0.025 0.033 0.035 0.014 0.039 0.006 23 E 0.086 0.086 0.125 0.077 0.185 0.002 0.072 0.004 0.001 0.001 0.008 0.008 0.018 0.010 0.042 0.040 0.021 0.158 0.025 0.022 0.009 24 I 0.109 0.092 0.154 0.060 0.340 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.018 0.012 0.052 0.030 0.016 0.021 0.024 0.028 0.008 25 H 0.079 0.099 0.172 0.130 0.220 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 0.029 0.020 0.102 0.019 0.011 0.018 0.032 0.023 0.007 26 L 0.096 0.082 0.051 0.084 0.340 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.030 0.016 0.067 0.027 0.024 0.019 0.039 0.070 0.010 27 K 0.054 0.045 0.122 0.169 0.104 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.010 0.077 0.018 0.031 0.021 0.073 0.235 0.004 28 P 0.014 0.022 0.014 0.042 0.289 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.023 0.075 0.314 0.017 0.039 0.093 0.003 29 E 0.043 0.070 0.147 0.088 0.069 0.006 0.143 0.062 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.008 0.160 0.016 0.054 0.046 0.023 0.036 0.003 30 V 0.099 0.114 0.055 0.081 0.261 0.005 0.052 0.114 0.001 0.001 0.008 0.008 0.017 0.008 0.019 0.028 0.046 0.021 0.033 0.026 0.004 31 F 0.140 0.193 0.079 0.121 0.154 0.003 0.022 0.127 0.002 0.001 0.006 0.006 0.021 0.009 0.041 0.010 0.031 0.011 0.011 0.006 0.007 32 Y 0.211 0.275 0.051 0.127 0.100 0.003 0.018 0.099 0.003 0.001 0.008 0.007 0.024 0.009 0.021 0.007 0.014 0.005 0.006 0.006 0.006 33 E 0.319 0.302 0.024 0.064 0.126 0.002 0.010 0.082 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.005 0.015 0.005 0.011 0.004 0.004 0.003 0.003 34 V 0.171 0.235 0.037 0.128 0.112 0.004 0.025 0.123 0.003 0.004 0.006 0.004 0.016 0.013 0.041 0.013 0.026 0.017 0.010 0.006 0.005 35 W 0.140 0.185 0.068 0.084 0.132 0.008 0.043 0.117 0.004 0.007 0.006 0.004 0.013 0.009 0.054 0.020 0.036 0.027 0.025 0.013 0.003 36 K 0.091 0.116 0.077 0.108 0.141 0.007 0.065 0.093 0.010 0.006 0.006 0.005 0.022 0.013 0.056 0.017 0.072 0.040 0.024 0.025 0.006 37 Y 0.099 0.068 0.061 0.073 0.236 0.008 0.079 0.041 0.011 0.006 0.005 0.004 0.011 0.010 0.037 0.017 0.062 0.085 0.044 0.041 0.002 38 V 0.018 0.021 0.095 0.145 0.096 0.004 0.064 0.014 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.060 0.016 0.172 0.069 0.087 0.120 0.001 39 G 0.014 0.021 0.041 0.031 0.184 0.003 0.131 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.024 0.022 0.107 0.145 0.069 0.185 0.001 40 E 0.010 0.007 0.060 0.063 0.059 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.115 0.064 0.207 0.352 0.001 41 P 0.004 0.004 0.015 0.037 0.117 0.002 0.027 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.455 0.021 0.056 0.212 0.001 42 E 0.014 0.020 0.055 0.065 0.083 0.009 0.288 0.070 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.043 0.010 0.134 0.095 0.056 0.045 0.001 43 L 0.031 0.036 0.063 0.077 0.145 0.007 0.211 0.087 0.003 0.001 0.007 0.006 0.012 0.006 0.034 0.019 0.099 0.036 0.057 0.060 0.003 44 K 0.069 0.081 0.156 0.194 0.117 0.004 0.092 0.044 0.003 0.001 0.006 0.005 0.014 0.007 0.037 0.015 0.071 0.023 0.023 0.030 0.007 45 T 0.141 0.187 0.033 0.066 0.244 0.004 0.081 0.029 0.003 0.001 0.012 0.013 0.031 0.016 0.019 0.032 0.030 0.019 0.013 0.010 0.015 46 Y 0.231 0.256 0.127 0.124 0.070 0.002 0.011 0.014 0.001 0.001 0.010 0.009 0.027 0.017 0.050 0.010 0.004 0.009 0.008 0.007 0.012 47 V 0.122 0.254 0.026 0.055 0.301 0.002 0.006 0.011 0.002 0.001 0.012 0.012 0.036 0.029 0.020 0.048 0.007 0.010 0.015 0.010 0.023 48 I 0.202 0.189 0.060 0.087 0.120 0.001 0.006 0.010 0.006 0.001 0.014 0.016 0.038 0.052 0.104 0.022 0.007 0.011 0.023 0.015 0.016 49 E 0.066 0.107 0.085 0.210 0.198 0.002 0.013 0.006 0.008 0.003 0.013 0.013 0.038 0.035 0.079 0.036 0.026 0.006 0.016 0.029 0.010 50 D 0.111 0.139 0.027 0.055 0.262 0.003 0.110 0.009 0.001 0.003 0.006 0.007 0.011 0.018 0.080 0.048 0.033 0.025 0.018 0.025 0.009 51 E 0.057 0.055 0.189 0.171 0.075 0.006 0.049 0.006 0.001 0.002 0.007 0.007 0.013 0.015 0.183 0.026 0.020 0.060 0.022 0.030 0.006 52 I 0.028 0.059 0.056 0.092 0.257 0.002 0.025 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.009 0.021 0.197 0.025 0.043 0.098 0.059 0.008 53 V 0.035 0.052 0.147 0.056 0.152 0.002 0.015 0.004 0.002 0.001 0.006 0.008 0.021 0.016 0.213 0.024 0.032 0.059 0.059 0.086 0.012 54 E 0.029 0.021 0.074 0.160 0.140 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.005 0.005 0.013 0.012 0.022 0.038 0.038 0.011 0.096 0.312 0.005 55 P 0.005 0.007 0.012 0.049 0.242 0.001 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.060 0.054 0.348 0.028 0.049 0.101 0.002 56 G 0.011 0.015 0.079 0.079 0.050 0.005 0.264 0.012 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.006 0.118 0.023 0.074 0.104 0.058 0.087 0.001 57 E 0.009 0.007 0.063 0.058 0.165 0.005 0.083 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.021 0.048 0.121 0.127 0.135 0.135 0.001 58 Y 0.009 0.011 0.086 0.055 0.128 0.004 0.088 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.034 0.017 0.105 0.153 0.098 0.191 0.001 59 D 0.007 0.006 0.069 0.059 0.113 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.015 0.058 0.048 0.163 0.409 0.001 60 P 0.001 0.001 0.008 0.038 0.034 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.081 0.012 0.160 0.638 0.001 61 P 0.002 0.002 0.014 0.024 0.039 0.002 0.051 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.690 0.020 0.025 0.083 0.001 62 E 0.004 0.006 0.023 0.024 0.027 0.008 0.674 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.004 0.070 0.037 0.022 0.020 0.001 63 M 0.026 0.021 0.090 0.036 0.145 0.010 0.218 0.105 0.003 0.002 0.005 0.003 0.007 0.003 0.021 0.010 0.067 0.105 0.062 0.060 0.001 64 K 0.027 0.028 0.163 0.199 0.148 0.004 0.054 0.055 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.017 0.010 0.116 0.021 0.047 0.092 0.003 65 Y 0.050 0.078 0.041 0.081 0.355 0.004 0.083 0.033 0.003 0.002 0.004 0.004 0.011 0.002 0.014 0.018 0.065 0.073 0.045 0.030 0.003 66 T 0.046 0.037 0.193 0.151 0.072 0.008 0.056 0.035 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.003 0.075 0.007 0.065 0.018 0.048 0.164 0.002 67 N 0.019 0.029 0.052 0.089 0.284 0.004 0.111 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.014 0.024 0.058 0.075 0.072 0.136 0.003 68 V 0.023 0.034 0.052 0.053 0.186 0.004 0.096 0.029 0.010 0.003 0.007 0.005 0.013 0.008 0.050 0.050 0.158 0.086 0.082 0.047 0.005 69 K 0.022 0.019 0.397 0.168 0.059 0.005 0.087 0.021 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.085 0.005 0.040 0.007 0.013 0.052 0.002 70 K 0.035 0.064 0.022 0.057 0.483 0.004 0.151 0.006 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.005 0.009 0.029 0.012 0.058 0.023 0.015 0.007 71 V 0.116 0.081 0.130 0.089 0.150 0.002 0.018 0.008 0.002 0.001 0.012 0.009 0.019 0.028 0.164 0.047 0.011 0.037 0.036 0.030 0.009 72 K 0.062 0.090 0.252 0.182 0.146 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.016 0.011 0.132 0.026 0.006 0.007 0.015 0.020 0.014 73 I 0.120 0.166 0.021 0.027 0.330 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.013 0.010 0.019 0.037 0.031 0.168 0.004 0.006 0.016 0.006 0.020 74 K 0.055 0.059 0.109 0.103 0.026 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.022 0.045 0.528 0.005 0.003 0.001 0.003 0.005 0.014 75 K 0.085 0.160 0.018 0.053 0.233 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.021 0.023 0.037 0.112 0.017 0.170 0.004 0.005 0.006 0.005 0.030 76 V 0.158 0.143 0.035 0.038 0.089 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.015 0.031 0.152 0.230 0.055 0.002 0.005 0.005 0.003 0.019 77 Y 0.172 0.292 0.079 0.112 0.086 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.015 0.039 0.049 0.071 0.031 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 78 F 0.236 0.213 0.026 0.031 0.268 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.021 0.036 0.043 0.060 0.002 0.004 0.006 0.003 0.021 79 E 0.114 0.182 0.108 0.112 0.068 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.019 0.019 0.051 0.053 0.210 0.010 0.005 0.004 0.005 0.007 0.018 80 T 0.097 0.117 0.040 0.086 0.374 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.008 0.011 0.024 0.018 0.027 0.081 0.010 0.015 0.029 0.021 0.018 81 L 0.078 0.074 0.111 0.130 0.142 0.001 0.010 0.003 0.003 0.004 0.006 0.006 0.010 0.018 0.237 0.022 0.032 0.025 0.040 0.045 0.005 82 D 0.024 0.020 0.098 0.192 0.129 0.002 0.097 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.005 0.065 0.029 0.128 0.012 0.030 0.149 0.002 83 N 0.014 0.031 0.026 0.031 0.121 0.002 0.433 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.005 0.038 0.029 0.043 0.152 0.025 0.032 0.003 84 V 0.044 0.046 0.154 0.050 0.133 0.002 0.054 0.004 0.001 0.001 0.011 0.010 0.019 0.018 0.102 0.091 0.034 0.088 0.063 0.067 0.010 85 R 0.068 0.067 0.208 0.072 0.215 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.009 0.011 0.024 0.028 0.134 0.040 0.012 0.014 0.028 0.039 0.016 86 V 0.058 0.083 0.030 0.036 0.309 0.002 0.008 0.004 0.003 0.001 0.029 0.026 0.079 0.101 0.066 0.095 0.012 0.009 0.021 0.011 0.017 87 V 0.045 0.044 0.080 0.121 0.050 0.002 0.009 0.006 0.003 0.001 0.019 0.022 0.055 0.073 0.364 0.020 0.014 0.010 0.033 0.022 0.009 88 T 0.039 0.039 0.049 0.055 0.188 0.003 0.021 0.014 0.004 0.001 0.019 0.021 0.037 0.062 0.057 0.119 0.044 0.029 0.053 0.141 0.006 89 D 0.015 0.015 0.022 0.031 0.130 0.004 0.033 0.041 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.017 0.101 0.084 0.079 0.075 0.128 0.207 0.002 90 Y 0.001 0.003 0.019 0.024 0.021 0.002 0.020 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.050 0.020 0.607 0.023 0.039 0.089 0.001 91 S 0.002 0.002 0.011 0.008 0.013 0.006 0.099 0.520 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.212 0.019 0.027 0.060 0.001 92 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.052 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.117 0.021 0.009 0.009 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.003 0.002 0.002 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 97 L 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.019 0.904 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.007 0.002 0.001 98 K 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.061 0.764 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.009 0.006 0.006 0.001 99 K 0.001 0.002 0.011 0.015 0.011 0.016 0.281 0.220 0.106 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.199 0.031 0.026 0.029 0.001 100 R 0.001 0.001 0.006 0.018 0.012 0.005 0.341 0.061 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.184 0.068 0.085 0.199 0.001 101 G 0.001 0.002 0.008 0.006 0.027 0.004 0.077 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.071 0.579 0.079 0.089 0.001 102 T 0.003 0.003 0.059 0.038 0.043 0.007 0.045 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.027 0.186 0.055 0.174 0.259 0.001 103 K 0.005 0.008 0.044 0.034 0.149 0.010 0.074 0.122 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.048 0.034 0.134 0.084 0.101 0.132 0.002 104 L 0.013 0.012 0.076 0.085 0.085 0.009 0.061 0.150 0.008 0.002 0.004 0.003 0.008 0.012 0.072 0.033 0.131 0.044 0.111 0.079 0.002 105 E 0.013 0.014 0.065 0.070 0.119 0.014 0.096 0.153 0.006 0.003 0.004 0.004 0.009 0.013 0.084 0.024 0.148 0.042 0.049 0.069 0.002 106 H 0.016 0.017 0.051 0.050 0.090 0.015 0.191 0.093 0.006 0.003 0.004 0.003 0.007 0.012 0.047 0.034 0.115 0.067 0.088 0.089 0.001 107 H 0.011 0.012 0.053 0.055 0.103 0.009 0.119 0.063 0.004 0.003 0.003 0.003 0.007 0.008 0.061 0.033 0.173 0.081 0.090 0.107 0.002 108 H 0.010 0.011 0.064 0.047 0.103 0.010 0.129 0.045 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.043 0.030 0.170 0.071 0.093 0.153 0.001 109 H 0.006 0.007 0.055 0.046 0.088 0.009 0.150 0.027 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.039 0.028 0.178 0.068 0.108 0.171 0.001 110 H 0.006 0.008 0.049 0.042 0.111 0.006 0.136 0.023 0.003 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.037 0.029 0.169 0.083 0.108 0.172 0.002 111 H 0.008 0.007 0.083 0.062 0.083 0.004 0.075 0.021 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.041 0.030 0.132 0.071 0.150 0.217 0.002