# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.013 0.680 0.002 0.006 0.057 0.001 0.001 0.006 0.148 0.042 0.032 0.010 2 N 0.001 0.002 0.714 0.001 0.007 0.191 0.001 0.001 0.005 0.035 0.036 0.001 0.007 3 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.002 4 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 5 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 6 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.043 0.804 0.001 0.001 0.001 0.011 0.128 0.001 0.001 12 D 0.001 0.002 0.041 0.001 0.050 0.567 0.001 0.001 0.001 0.039 0.297 0.001 0.001 13 I 0.001 0.003 0.090 0.001 0.041 0.289 0.001 0.001 0.001 0.203 0.369 0.002 0.002 14 G 0.001 0.004 0.299 0.002 0.018 0.067 0.001 0.001 0.002 0.194 0.408 0.003 0.002 15 E 0.001 0.005 0.271 0.006 0.075 0.103 0.001 0.001 0.004 0.236 0.282 0.002 0.015 16 D 0.009 0.012 0.234 0.027 0.064 0.098 0.003 0.001 0.012 0.164 0.306 0.056 0.015 17 Y 0.094 0.017 0.115 0.010 0.094 0.094 0.015 0.009 0.055 0.037 0.050 0.033 0.377 18 I 0.261 0.025 0.051 0.037 0.009 0.034 0.042 0.033 0.061 0.015 0.014 0.330 0.087 19 E 0.386 0.015 0.030 0.020 0.008 0.017 0.038 0.014 0.021 0.007 0.009 0.078 0.358 20 L 0.214 0.005 0.111 0.024 0.008 0.021 0.017 0.005 0.027 0.014 0.022 0.259 0.272 21 E 0.082 0.003 0.086 0.219 0.011 0.015 0.006 0.001 0.025 0.059 0.255 0.074 0.162 22 N 0.050 0.003 0.054 0.061 0.012 0.009 0.004 0.001 0.010 0.183 0.408 0.151 0.055 23 E 0.138 0.011 0.241 0.011 0.015 0.006 0.012 0.003 0.022 0.085 0.030 0.146 0.281 24 I 0.271 0.029 0.076 0.020 0.005 0.002 0.022 0.004 0.023 0.034 0.006 0.224 0.284 25 H 0.217 0.016 0.149 0.013 0.004 0.003 0.036 0.006 0.042 0.032 0.012 0.211 0.258 26 L 0.060 0.015 0.395 0.021 0.005 0.005 0.012 0.004 0.022 0.107 0.027 0.075 0.253 27 K 0.004 0.002 0.833 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.053 0.011 0.051 0.020 28 P 0.009 0.006 0.409 0.011 0.026 0.054 0.002 0.001 0.022 0.110 0.136 0.008 0.208 29 E 0.013 0.010 0.211 0.031 0.030 0.099 0.002 0.001 0.014 0.264 0.107 0.175 0.044 30 V 0.044 0.009 0.162 0.005 0.104 0.121 0.011 0.004 0.039 0.043 0.028 0.125 0.305 31 F 0.061 0.004 0.068 0.015 0.027 0.316 0.013 0.017 0.181 0.010 0.045 0.061 0.183 32 Y 0.419 0.005 0.019 0.048 0.008 0.152 0.031 0.017 0.029 0.007 0.008 0.147 0.108 33 E 0.510 0.002 0.016 0.015 0.005 0.133 0.029 0.007 0.014 0.004 0.005 0.132 0.128 34 V 0.330 0.002 0.031 0.010 0.010 0.189 0.027 0.013 0.035 0.005 0.028 0.096 0.225 35 W 0.303 0.005 0.049 0.044 0.013 0.224 0.015 0.007 0.029 0.011 0.075 0.104 0.120 36 K 0.120 0.008 0.099 0.018 0.026 0.174 0.005 0.002 0.011 0.049 0.129 0.222 0.137 37 Y 0.084 0.009 0.171 0.009 0.040 0.092 0.004 0.001 0.008 0.054 0.173 0.044 0.310 38 V 0.017 0.010 0.171 0.011 0.018 0.047 0.001 0.001 0.005 0.195 0.388 0.112 0.025 39 G 0.006 0.010 0.250 0.006 0.016 0.021 0.001 0.001 0.002 0.313 0.312 0.010 0.054 40 E 0.002 0.008 0.624 0.002 0.019 0.020 0.001 0.001 0.002 0.211 0.043 0.056 0.013 41 P 0.006 0.016 0.274 0.014 0.112 0.067 0.002 0.001 0.006 0.099 0.286 0.010 0.107 42 E 0.016 0.014 0.155 0.036 0.110 0.070 0.004 0.002 0.016 0.132 0.283 0.125 0.038 43 L 0.029 0.013 0.315 0.022 0.073 0.023 0.007 0.003 0.051 0.075 0.031 0.032 0.327 44 K 0.041 0.011 0.264 0.047 0.016 0.016 0.011 0.008 0.103 0.085 0.024 0.314 0.061 45 T 0.098 0.007 0.109 0.016 0.013 0.013 0.033 0.021 0.189 0.028 0.026 0.048 0.400 46 Y 0.206 0.007 0.070 0.023 0.002 0.006 0.088 0.037 0.090 0.017 0.006 0.367 0.078 47 V 0.264 0.015 0.055 0.023 0.005 0.009 0.095 0.057 0.090 0.016 0.007 0.079 0.285 48 I 0.158 0.008 0.128 0.043 0.009 0.016 0.051 0.037 0.085 0.021 0.016 0.281 0.147 49 E 0.056 0.007 0.156 0.080 0.040 0.038 0.017 0.014 0.112 0.046 0.094 0.060 0.280 50 D 0.049 0.007 0.209 0.060 0.055 0.037 0.011 0.005 0.047 0.146 0.120 0.158 0.097 51 E 0.056 0.015 0.205 0.025 0.073 0.029 0.014 0.003 0.049 0.130 0.071 0.150 0.180 52 I 0.061 0.039 0.215 0.007 0.041 0.024 0.014 0.005 0.061 0.083 0.088 0.157 0.205 53 V 0.051 0.118 0.296 0.021 0.016 0.016 0.014 0.004 0.028 0.105 0.051 0.091 0.189 54 E 0.006 0.016 0.638 0.005 0.013 0.008 0.002 0.001 0.009 0.106 0.024 0.111 0.062 55 P 0.002 0.009 0.316 0.006 0.131 0.029 0.001 0.001 0.006 0.085 0.352 0.007 0.057 56 G 0.001 0.006 0.209 0.014 0.089 0.018 0.001 0.001 0.003 0.250 0.388 0.017 0.006 57 E 0.002 0.015 0.356 0.001 0.120 0.017 0.001 0.001 0.006 0.313 0.127 0.017 0.027 58 Y 0.003 0.114 0.480 0.001 0.025 0.010 0.001 0.001 0.008 0.219 0.078 0.016 0.043 59 D 0.001 0.023 0.779 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.143 0.013 0.020 0.009 60 P 0.001 0.008 0.640 0.002 0.085 0.052 0.001 0.001 0.003 0.083 0.098 0.004 0.023 61 P 0.001 0.004 0.071 0.013 0.185 0.167 0.001 0.001 0.003 0.060 0.482 0.007 0.006 62 E 0.005 0.012 0.115 0.006 0.243 0.141 0.001 0.001 0.008 0.100 0.305 0.029 0.033 63 M 0.016 0.030 0.363 0.005 0.096 0.094 0.002 0.002 0.023 0.113 0.057 0.062 0.136 64 K 0.028 0.041 0.365 0.018 0.028 0.065 0.005 0.002 0.030 0.097 0.075 0.152 0.093 65 Y 0.046 0.024 0.323 0.009 0.040 0.068 0.005 0.002 0.028 0.072 0.074 0.072 0.236 66 T 0.044 0.016 0.381 0.048 0.015 0.035 0.006 0.001 0.015 0.106 0.082 0.149 0.101 67 N 0.031 0.013 0.272 0.023 0.030 0.035 0.004 0.001 0.014 0.110 0.087 0.186 0.193 68 V 0.039 0.012 0.320 0.019 0.055 0.027 0.006 0.001 0.023 0.052 0.054 0.046 0.347 69 K 0.061 0.008 0.143 0.081 0.035 0.017 0.008 0.002 0.022 0.075 0.048 0.418 0.081 70 K 0.096 0.006 0.116 0.008 0.023 0.010 0.011 0.003 0.055 0.043 0.031 0.076 0.522 71 V 0.145 0.014 0.210 0.024 0.003 0.003 0.025 0.005 0.035 0.040 0.008 0.319 0.168 72 K 0.130 0.008 0.109 0.019 0.002 0.003 0.021 0.003 0.024 0.022 0.004 0.424 0.231 73 I 0.126 0.003 0.058 0.012 0.008 0.005 0.017 0.005 0.026 0.011 0.008 0.045 0.676 74 K 0.130 0.003 0.078 0.259 0.008 0.007 0.016 0.006 0.032 0.035 0.018 0.355 0.053 75 K 0.203 0.002 0.075 0.016 0.020 0.008 0.030 0.011 0.071 0.036 0.017 0.120 0.391 76 V 0.360 0.005 0.054 0.018 0.007 0.006 0.111 0.028 0.078 0.012 0.010 0.113 0.198 77 Y 0.531 0.005 0.013 0.041 0.002 0.003 0.043 0.013 0.019 0.005 0.003 0.233 0.088 78 F 0.509 0.004 0.028 0.016 0.005 0.008 0.034 0.009 0.015 0.007 0.006 0.089 0.269 79 E 0.234 0.010 0.088 0.029 0.011 0.019 0.019 0.012 0.030 0.025 0.042 0.274 0.205 80 T 0.112 0.013 0.175 0.022 0.049 0.040 0.007 0.004 0.029 0.058 0.136 0.055 0.301 81 L 0.035 0.010 0.326 0.022 0.044 0.030 0.003 0.001 0.012 0.192 0.143 0.119 0.063 82 D 0.008 0.004 0.069 0.040 0.026 0.009 0.002 0.001 0.004 0.190 0.601 0.019 0.028 83 N 0.005 0.003 0.087 0.015 0.011 0.006 0.002 0.001 0.008 0.163 0.665 0.016 0.017 84 V 0.027 0.016 0.577 0.019 0.010 0.006 0.008 0.004 0.043 0.119 0.031 0.060 0.079 85 R 0.074 0.033 0.194 0.017 0.009 0.010 0.046 0.032 0.169 0.069 0.014 0.175 0.159 86 V 0.095 0.012 0.060 0.015 0.007 0.010 0.166 0.159 0.227 0.011 0.009 0.039 0.191 87 V 0.138 0.020 0.066 0.086 0.006 0.016 0.126 0.158 0.138 0.016 0.008 0.160 0.062 88 T 0.037 0.019 0.298 0.012 0.016 0.038 0.039 0.050 0.202 0.060 0.029 0.061 0.139 89 D 0.007 0.015 0.574 0.005 0.017 0.082 0.005 0.006 0.050 0.089 0.090 0.019 0.038 90 Y 0.001 0.006 0.282 0.003 0.041 0.408 0.001 0.001 0.007 0.161 0.074 0.005 0.010 91 S 0.001 0.002 0.052 0.001 0.069 0.779 0.001 0.001 0.001 0.061 0.031 0.002 0.002 92 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.024 0.002 0.010 0.385 0.001 0.001 0.001 0.027 0.548 0.002 0.001 101 G 0.001 0.001 0.108 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 0.002 0.067 0.749 0.002 0.003 102 T 0.001 0.008 0.753 0.001 0.006 0.045 0.001 0.001 0.008 0.101 0.053 0.010 0.013 103 K 0.005 0.042 0.502 0.005 0.021 0.077 0.003 0.002 0.045 0.127 0.043 0.041 0.085 104 L 0.012 0.024 0.302 0.018 0.057 0.174 0.008 0.008 0.071 0.070 0.053 0.072 0.132 105 E 0.013 0.018 0.265 0.037 0.092 0.162 0.010 0.009 0.079 0.070 0.079 0.069 0.096 106 H 0.010 0.018 0.275 0.015 0.145 0.141 0.007 0.008 0.073 0.085 0.081 0.050 0.092 107 H 0.009 0.015 0.354 0.012 0.107 0.128 0.003 0.002 0.032 0.102 0.127 0.047 0.061 108 H 0.006 0.018 0.339 0.007 0.094 0.087 0.002 0.001 0.023 0.171 0.176 0.027 0.048 109 H 0.004 0.021 0.434 0.002 0.045 0.059 0.002 0.001 0.015 0.187 0.173 0.031 0.025 110 H 0.002 0.037 0.531 0.002 0.022 0.026 0.001 0.001 0.008 0.224 0.095 0.016 0.034 111 H 0.001 0.009 0.787 0.002 0.010 0.014 0.001 0.001 0.004 0.117 0.037 0.011 0.008