# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.211 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.053 0.076 0.610 2 N 0.022 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.013 0.071 3 S 0.009 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.008 0.036 4 E 0.009 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.005 0.023 5 V 0.008 0.922 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.007 0.031 6 I 0.017 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.005 0.012 7 K 0.028 0.878 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.010 0.039 8 E 0.025 0.845 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.014 0.063 9 F 0.088 0.607 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.163 0.028 0.083 10 L 0.163 0.233 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.316 0.047 0.160 11 E 0.196 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.080 0.571 12 D 0.074 0.061 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.060 0.078 0.703 13 I 0.062 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.157 0.680 14 G 0.129 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.049 0.090 0.603 15 E 0.062 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.054 0.108 0.676 16 D 0.064 0.189 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.077 0.065 0.404 17 Y 0.046 0.101 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.211 0.086 0.079 0.430 18 I 0.008 0.019 0.020 0.001 0.028 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.524 0.095 0.039 0.232 19 E 0.062 0.026 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.423 0.069 0.043 0.345 20 L 0.245 0.037 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.065 0.053 0.304 21 E 0.042 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.062 0.073 0.645 22 N 0.033 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.395 0.027 0.060 0.449 23 E 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.068 0.072 0.458 24 I 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.310 0.035 0.087 0.515 25 H 0.011 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.004 0.002 0.001 0.237 0.034 0.085 0.595 26 L 0.015 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.123 0.029 0.133 0.667 27 K 0.213 0.368 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.078 0.055 0.233 28 P 0.047 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.043 0.068 0.262 29 E 0.053 0.553 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.125 0.030 0.133 30 V 0.020 0.572 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.094 0.040 0.129 31 F 0.019 0.684 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.052 0.025 0.073 32 Y 0.016 0.626 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.059 0.032 0.110 33 E 0.034 0.576 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.073 0.025 0.086 34 V 0.048 0.363 0.034 0.003 0.003 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.171 0.053 0.143 35 W 0.105 0.096 0.107 0.003 0.019 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.126 0.052 0.239 36 K 0.149 0.025 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.043 0.087 0.524 37 Y 0.222 0.006 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.046 0.079 0.593 38 V 0.007 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.033 0.155 0.751 39 G 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.025 0.113 0.792 40 E 0.209 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.094 0.098 0.500 41 P 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.067 0.132 0.708 42 E 0.041 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.013 0.010 0.004 0.002 0.201 0.082 0.093 0.526 43 L 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.004 0.008 0.010 0.010 0.007 0.176 0.067 0.116 0.554 44 K 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.005 0.539 0.051 0.051 0.313 45 T 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.005 0.004 0.505 0.048 0.039 0.360 46 Y 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.775 0.034 0.018 0.133 47 V 0.024 0.006 0.003 0.001 0.012 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.718 0.047 0.023 0.140 48 I 0.085 0.007 0.005 0.001 0.011 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.511 0.105 0.036 0.216 49 E 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.058 0.086 0.557 50 D 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.033 0.076 0.593 51 E 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.031 0.103 0.625 52 I 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.021 0.096 0.582 53 V 0.022 0.003 0.002 0.001 0.010 0.010 0.008 0.005 0.004 0.003 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.208 0.036 0.117 0.553 54 E 0.207 0.012 0.004 0.001 0.013 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 0.002 0.003 0.202 0.102 0.082 0.338 55 P 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.045 0.137 0.737 56 G 0.138 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.028 0.104 0.657 57 E 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.023 0.133 0.736 58 Y 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.009 0.160 0.746 59 D 0.236 0.135 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.088 0.093 0.377 60 P 0.578 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.043 0.184 61 P 0.139 0.229 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.057 0.077 0.460 62 E 0.059 0.046 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.132 0.138 0.084 0.517 63 M 0.032 0.030 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.137 0.215 0.123 0.412 64 K 0.096 0.050 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.154 0.068 0.118 0.481 65 Y 0.037 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.134 0.049 0.078 0.645 66 T 0.041 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.041 0.087 0.613 67 N 0.151 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.374 0.067 0.052 0.294 68 V 0.064 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.058 0.075 0.587 69 K 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.442 0.044 0.057 0.415 70 K 0.007 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.435 0.040 0.059 0.430 71 V 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.472 0.038 0.079 0.377 72 K 0.037 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.731 0.071 0.024 0.104 73 I 0.019 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.387 0.083 0.066 0.424 74 K 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.752 0.023 0.029 0.178 75 K 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.708 0.021 0.042 0.213 76 V 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.054 0.058 0.322 77 Y 0.007 0.010 0.002 0.001 0.005 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.737 0.055 0.029 0.115 78 F 0.038 0.009 0.003 0.002 0.035 0.081 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.054 0.064 0.430 79 E 0.022 0.005 0.019 0.002 0.279 0.044 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.264 0.103 0.033 0.204 80 T 0.124 0.004 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.067 0.085 0.619 81 L 0.390 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.043 0.050 0.477 82 D 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.015 0.098 0.815 83 N 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.021 0.082 0.662 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.069 0.032 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.174 0.052 0.060 0.300 85 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.027 0.002 0.026 0.010 0.006 0.004 0.635 0.085 0.031 0.143 86 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.134 0.081 0.033 0.008 0.309 0.054 0.045 0.318 87 V 0.007 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.033 0.008 0.569 0.051 0.037 0.232 88 T 0.015 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.266 0.071 0.097 0.500 89 D 0.059 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.075 0.076 0.338 90 Y 0.025 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.063 0.026 0.108 91 S 0.011 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.006 0.026 92 E 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.009 93 F 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 94 Q 0.017 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.003 0.010 95 K 0.048 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.005 0.025 96 I 0.059 0.600 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.175 0.020 0.076 97 L 0.086 0.157 0.239 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.324 0.034 0.138 98 K 0.336 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.062 0.058 0.476 99 K 0.068 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.068 0.772 100 R 0.038 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.115 0.770 101 G 0.047 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.090 0.714 102 T 0.048 0.079 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.060 0.099 0.606 103 K 0.079 0.136 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.111 0.089 0.079 0.475 104 L 0.125 0.122 0.008 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.010 0.010 0.006 0.003 0.099 0.096 0.085 0.417 105 E 0.146 0.101 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.003 0.111 0.099 0.082 0.421 106 H 0.120 0.072 0.007 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.097 0.092 0.509 107 H 0.112 0.032 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.087 0.096 0.545 108 H 0.125 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.076 0.085 0.596 109 H 0.057 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.036 0.092 0.744 110 H 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.024 0.099 0.781 111 H 0.029 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.026 0.121 0.756