# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.195 0.002 0.019 0.019 0.026 0.089 0.005 0.001 0.058 0.548 2 N 0.015 0.684 0.001 0.007 0.012 0.021 0.029 0.004 0.001 0.039 0.186 3 S 0.009 0.827 0.001 0.003 0.006 0.007 0.011 0.001 0.001 0.040 0.095 4 E 0.008 0.906 0.001 0.007 0.007 0.010 0.007 0.002 0.001 0.025 0.028 5 V 0.007 0.812 0.004 0.006 0.004 0.011 0.009 0.005 0.001 0.093 0.048 6 I 0.060 0.886 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.012 0.001 0.014 0.016 7 K 0.083 0.675 0.004 0.002 0.005 0.006 0.009 0.003 0.001 0.147 0.064 8 E 0.017 0.697 0.012 0.003 0.002 0.007 0.025 0.007 0.004 0.065 0.161 9 F 0.091 0.679 0.013 0.002 0.003 0.005 0.024 0.026 0.007 0.070 0.079 10 L 0.266 0.380 0.040 0.003 0.004 0.003 0.021 0.060 0.020 0.071 0.131 11 E 0.098 0.185 0.012 0.003 0.008 0.009 0.061 0.005 0.004 0.086 0.530 12 D 0.069 0.159 0.019 0.007 0.003 0.007 0.069 0.009 0.004 0.053 0.602 13 I 0.122 0.185 0.019 0.012 0.006 0.008 0.122 0.023 0.008 0.078 0.418 14 G 0.261 0.190 0.008 0.007 0.003 0.007 0.065 0.013 0.004 0.029 0.414 15 E 0.038 0.096 0.002 0.009 0.008 0.017 0.100 0.002 0.001 0.037 0.691 16 D 0.027 0.177 0.003 0.056 0.018 0.062 0.104 0.005 0.001 0.059 0.489 17 Y 0.068 0.165 0.002 0.060 0.027 0.077 0.109 0.008 0.002 0.113 0.369 18 I 0.013 0.055 0.007 0.170 0.107 0.096 0.084 0.002 0.001 0.133 0.333 19 E 0.014 0.068 0.007 0.138 0.129 0.272 0.045 0.003 0.001 0.089 0.232 20 L 0.294 0.135 0.005 0.067 0.057 0.086 0.060 0.009 0.001 0.068 0.218 21 E 0.075 0.042 0.007 0.064 0.100 0.146 0.089 0.009 0.003 0.084 0.380 22 N 0.045 0.036 0.007 0.083 0.094 0.246 0.076 0.004 0.001 0.050 0.360 23 E 0.046 0.013 0.003 0.075 0.112 0.146 0.080 0.003 0.001 0.053 0.468 24 I 0.019 0.005 0.002 0.081 0.318 0.174 0.073 0.001 0.001 0.048 0.279 25 H 0.004 0.005 0.002 0.059 0.173 0.300 0.073 0.001 0.001 0.041 0.341 26 L 0.015 0.015 0.001 0.047 0.105 0.116 0.104 0.001 0.001 0.031 0.564 27 K 0.173 0.116 0.002 0.025 0.101 0.093 0.063 0.007 0.001 0.055 0.364 28 P 0.039 0.202 0.002 0.018 0.050 0.080 0.095 0.003 0.001 0.048 0.463 29 E 0.024 0.201 0.003 0.040 0.051 0.156 0.073 0.003 0.001 0.085 0.363 30 V 0.026 0.201 0.002 0.095 0.108 0.220 0.061 0.004 0.001 0.061 0.220 31 F 0.018 0.203 0.003 0.060 0.127 0.266 0.038 0.005 0.001 0.080 0.200 32 Y 0.021 0.201 0.004 0.039 0.215 0.229 0.031 0.002 0.001 0.086 0.170 33 E 0.039 0.257 0.005 0.030 0.163 0.307 0.022 0.004 0.001 0.051 0.121 34 V 0.065 0.137 0.006 0.041 0.162 0.244 0.048 0.009 0.003 0.056 0.230 35 W 0.089 0.034 0.026 0.046 0.186 0.241 0.049 0.011 0.008 0.069 0.242 36 K 0.104 0.013 0.004 0.038 0.156 0.209 0.055 0.005 0.001 0.045 0.370 37 Y 0.159 0.007 0.002 0.023 0.040 0.047 0.075 0.003 0.001 0.045 0.597 38 V 0.005 0.003 0.001 0.013 0.060 0.054 0.170 0.001 0.001 0.018 0.676 39 G 0.012 0.032 0.001 0.016 0.017 0.030 0.083 0.002 0.001 0.017 0.791 40 E 0.394 0.094 0.002 0.005 0.020 0.012 0.050 0.009 0.001 0.038 0.376 41 P 0.083 0.061 0.005 0.014 0.037 0.039 0.125 0.005 0.001 0.182 0.449 42 E 0.022 0.057 0.005 0.040 0.030 0.142 0.094 0.002 0.001 0.140 0.465 43 L 0.085 0.080 0.002 0.066 0.037 0.087 0.104 0.005 0.001 0.076 0.457 44 K 0.011 0.043 0.002 0.058 0.153 0.258 0.076 0.002 0.001 0.052 0.346 45 T 0.006 0.033 0.001 0.041 0.108 0.354 0.054 0.001 0.001 0.088 0.314 46 Y 0.007 0.021 0.002 0.164 0.308 0.263 0.045 0.001 0.001 0.051 0.138 47 V 0.008 0.012 0.004 0.105 0.267 0.372 0.034 0.002 0.001 0.062 0.132 48 I 0.207 0.017 0.003 0.103 0.174 0.186 0.049 0.005 0.001 0.061 0.194 49 E 0.055 0.012 0.002 0.075 0.125 0.183 0.073 0.002 0.001 0.048 0.424 50 D 0.012 0.005 0.001 0.052 0.064 0.156 0.108 0.001 0.001 0.041 0.559 51 E 0.020 0.003 0.001 0.089 0.190 0.266 0.100 0.001 0.001 0.044 0.285 52 I 0.003 0.001 0.001 0.061 0.163 0.211 0.104 0.001 0.001 0.037 0.419 53 V 0.009 0.002 0.001 0.056 0.229 0.204 0.071 0.001 0.001 0.033 0.393 54 E 0.264 0.012 0.002 0.073 0.084 0.075 0.060 0.006 0.001 0.069 0.354 55 P 0.076 0.008 0.001 0.029 0.019 0.019 0.107 0.005 0.001 0.043 0.691 56 G 0.115 0.008 0.001 0.031 0.029 0.043 0.109 0.004 0.001 0.035 0.624 57 E 0.011 0.002 0.001 0.026 0.022 0.041 0.158 0.001 0.001 0.053 0.686 58 Y 0.002 0.003 0.001 0.032 0.031 0.043 0.145 0.001 0.001 0.028 0.713 59 D 0.216 0.073 0.002 0.016 0.025 0.026 0.082 0.014 0.001 0.040 0.505 60 P 0.674 0.040 0.002 0.003 0.004 0.005 0.032 0.017 0.002 0.034 0.187 61 P 0.078 0.057 0.001 0.007 0.012 0.028 0.101 0.004 0.001 0.031 0.680 62 E 0.028 0.015 0.003 0.013 0.011 0.041 0.097 0.001 0.001 0.073 0.717 63 M 0.012 0.008 0.002 0.031 0.069 0.090 0.207 0.001 0.001 0.093 0.485 64 K 0.063 0.055 0.003 0.027 0.052 0.087 0.091 0.007 0.001 0.051 0.564 65 Y 0.094 0.028 0.003 0.009 0.039 0.046 0.083 0.005 0.001 0.045 0.648 66 T 0.041 0.026 0.003 0.016 0.083 0.098 0.086 0.002 0.001 0.041 0.603 67 N 0.050 0.044 0.002 0.034 0.073 0.158 0.068 0.003 0.001 0.036 0.534 68 V 0.062 0.016 0.002 0.014 0.045 0.053 0.096 0.002 0.001 0.031 0.678 69 K 0.015 0.009 0.001 0.029 0.199 0.228 0.086 0.001 0.001 0.019 0.413 70 K 0.018 0.011 0.001 0.027 0.052 0.173 0.068 0.001 0.001 0.035 0.615 71 V 0.009 0.003 0.001 0.028 0.217 0.171 0.105 0.001 0.001 0.026 0.438 72 K 0.017 0.020 0.001 0.070 0.199 0.357 0.041 0.001 0.001 0.028 0.265 73 I 0.029 0.021 0.001 0.027 0.111 0.151 0.065 0.001 0.001 0.033 0.560 74 K 0.010 0.013 0.001 0.100 0.295 0.329 0.043 0.001 0.001 0.024 0.185 75 K 0.009 0.014 0.001 0.068 0.118 0.398 0.046 0.001 0.001 0.046 0.299 76 V 0.002 0.002 0.001 0.075 0.345 0.342 0.047 0.001 0.001 0.043 0.143 77 Y 0.005 0.009 0.001 0.082 0.234 0.460 0.028 0.001 0.001 0.030 0.152 78 F 0.018 0.007 0.001 0.052 0.252 0.254 0.057 0.001 0.001 0.068 0.290 79 E 0.007 0.004 0.005 0.090 0.269 0.311 0.041 0.001 0.001 0.065 0.206 80 T 0.128 0.009 0.008 0.048 0.112 0.183 0.062 0.004 0.001 0.087 0.359 81 L 0.290 0.004 0.003 0.029 0.068 0.060 0.076 0.004 0.001 0.065 0.399 82 D 0.037 0.005 0.001 0.026 0.056 0.081 0.112 0.002 0.001 0.036 0.644 83 N 0.005 0.002 0.001 0.028 0.050 0.118 0.099 0.001 0.001 0.025 0.671 84 V 0.003 0.001 0.001 0.042 0.247 0.181 0.098 0.001 0.001 0.051 0.377 85 R 0.002 0.003 0.001 0.130 0.334 0.315 0.031 0.001 0.001 0.050 0.135 86 V 0.008 0.007 0.001 0.102 0.181 0.206 0.047 0.002 0.001 0.057 0.388 87 V 0.019 0.005 0.001 0.129 0.199 0.172 0.074 0.001 0.001 0.101 0.298 88 T 0.008 0.018 0.001 0.123 0.077 0.114 0.080 0.001 0.001 0.080 0.498 89 D 0.031 0.278 0.001 0.036 0.017 0.022 0.076 0.008 0.001 0.077 0.453 90 Y 0.054 0.722 0.003 0.004 0.006 0.004 0.026 0.013 0.001 0.048 0.118 91 S 0.024 0.887 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.033 0.036 92 E 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.017 93 F 0.009 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.006 0.010 94 Q 0.018 0.918 0.005 0.001 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.027 0.016 95 K 0.021 0.889 0.002 0.001 0.003 0.009 0.006 0.002 0.001 0.024 0.043 96 I 0.057 0.720 0.014 0.002 0.009 0.014 0.021 0.009 0.005 0.065 0.084 97 L 0.119 0.217 0.178 0.011 0.035 0.042 0.046 0.036 0.033 0.121 0.162 98 K 0.328 0.032 0.015 0.006 0.027 0.038 0.057 0.005 0.006 0.141 0.345 99 K 0.164 0.041 0.004 0.009 0.010 0.009 0.060 0.004 0.001 0.023 0.674 100 R 0.024 0.060 0.003 0.008 0.015 0.021 0.102 0.004 0.001 0.016 0.746 101 G 0.036 0.043 0.002 0.008 0.008 0.019 0.090 0.004 0.001 0.024 0.766 102 T 0.024 0.045 0.001 0.029 0.064 0.056 0.092 0.002 0.001 0.042 0.644 103 K 0.049 0.097 0.003 0.059 0.037 0.061 0.066 0.008 0.001 0.076 0.543 104 L 0.128 0.059 0.005 0.044 0.050 0.059 0.109 0.008 0.002 0.115 0.423 105 E 0.072 0.046 0.004 0.070 0.031 0.055 0.079 0.004 0.002 0.065 0.572 106 H 0.081 0.026 0.004 0.056 0.031 0.061 0.079 0.004 0.001 0.053 0.604 107 H 0.098 0.012 0.005 0.033 0.044 0.057 0.113 0.005 0.002 0.051 0.581 108 H 0.088 0.006 0.003 0.019 0.041 0.052 0.102 0.003 0.001 0.033 0.652 109 H 0.034 0.003 0.001 0.015 0.030 0.044 0.099 0.001 0.001 0.018 0.754 110 H 0.032 0.004 0.001 0.013 0.018 0.026 0.106 0.001 0.001 0.018 0.781 111 H 0.029 0.005 0.001 0.016 0.028 0.038 0.134 0.001 0.001 0.023 0.725