# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.250 0.008 0.011 0.014 0.095 0.050 0.560 2 N 0.017 0.880 0.001 0.002 0.002 0.008 0.036 0.054 3 S 0.007 0.942 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.028 4 E 0.002 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.012 5 V 0.003 0.936 0.003 0.001 0.002 0.002 0.041 0.013 6 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 7 K 0.016 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.018 8 E 0.007 0.914 0.006 0.001 0.001 0.005 0.029 0.037 9 F 0.024 0.896 0.005 0.001 0.002 0.006 0.030 0.035 10 L 0.099 0.172 0.070 0.003 0.003 0.027 0.521 0.106 11 E 0.195 0.150 0.017 0.003 0.004 0.091 0.072 0.468 12 D 0.055 0.097 0.019 0.005 0.007 0.084 0.057 0.677 13 I 0.021 0.070 0.033 0.004 0.006 0.192 0.056 0.617 14 G 0.170 0.199 0.012 0.008 0.014 0.095 0.153 0.350 15 E 0.066 0.109 0.013 0.009 0.018 0.108 0.069 0.608 16 D 0.031 0.153 0.065 0.064 0.134 0.097 0.074 0.382 17 Y 0.027 0.070 0.067 0.060 0.200 0.077 0.110 0.389 18 I 0.017 0.008 0.165 0.209 0.186 0.057 0.115 0.243 19 E 0.024 0.006 0.097 0.173 0.262 0.049 0.067 0.322 20 L 0.219 0.008 0.050 0.101 0.107 0.071 0.065 0.380 21 E 0.053 0.006 0.053 0.050 0.099 0.093 0.048 0.599 22 N 0.017 0.003 0.036 0.077 0.200 0.084 0.034 0.549 23 E 0.010 0.003 0.052 0.180 0.212 0.074 0.028 0.442 24 I 0.014 0.003 0.097 0.224 0.167 0.080 0.031 0.384 25 H 0.010 0.002 0.062 0.144 0.250 0.083 0.041 0.409 26 L 0.015 0.006 0.038 0.097 0.132 0.089 0.038 0.586 27 K 0.120 0.086 0.024 0.035 0.045 0.084 0.217 0.388 28 P 0.041 0.099 0.031 0.035 0.062 0.115 0.076 0.540 29 E 0.009 0.099 0.065 0.113 0.221 0.072 0.076 0.346 30 V 0.009 0.180 0.059 0.139 0.227 0.049 0.094 0.243 31 F 0.008 0.175 0.051 0.206 0.309 0.029 0.079 0.142 32 Y 0.012 0.113 0.062 0.204 0.366 0.022 0.103 0.118 33 E 0.013 0.088 0.083 0.263 0.322 0.023 0.089 0.119 34 V 0.020 0.096 0.086 0.222 0.299 0.032 0.082 0.163 35 W 0.045 0.029 0.119 0.164 0.232 0.057 0.130 0.224 36 K 0.032 0.020 0.070 0.212 0.303 0.048 0.049 0.267 37 Y 0.050 0.014 0.042 0.120 0.206 0.078 0.050 0.439 38 V 0.013 0.008 0.036 0.111 0.097 0.138 0.038 0.560 39 G 0.028 0.040 0.027 0.046 0.099 0.100 0.044 0.615 40 E 0.286 0.068 0.008 0.024 0.026 0.073 0.175 0.339 41 P 0.068 0.038 0.025 0.048 0.053 0.122 0.143 0.504 42 E 0.031 0.039 0.023 0.037 0.113 0.096 0.104 0.558 43 L 0.060 0.053 0.031 0.070 0.078 0.121 0.110 0.477 44 K 0.010 0.037 0.059 0.148 0.357 0.054 0.067 0.268 45 T 0.012 0.043 0.067 0.122 0.260 0.049 0.076 0.371 46 Y 0.004 0.014 0.147 0.344 0.343 0.022 0.023 0.104 47 V 0.020 0.013 0.139 0.218 0.200 0.053 0.066 0.292 48 I 0.063 0.014 0.149 0.200 0.216 0.052 0.085 0.221 49 E 0.040 0.017 0.054 0.038 0.105 0.096 0.078 0.571 50 D 0.088 0.013 0.048 0.075 0.111 0.108 0.057 0.500 51 E 0.011 0.006 0.136 0.198 0.200 0.081 0.049 0.320 52 I 0.008 0.003 0.120 0.100 0.151 0.101 0.053 0.464 53 V 0.020 0.003 0.098 0.114 0.119 0.108 0.044 0.494 54 E 0.400 0.020 0.033 0.042 0.043 0.070 0.150 0.242 55 P 0.057 0.006 0.013 0.012 0.033 0.101 0.019 0.759 56 G 0.085 0.006 0.034 0.062 0.067 0.100 0.033 0.614 57 E 0.019 0.004 0.035 0.075 0.143 0.138 0.034 0.553 58 Y 0.004 0.003 0.015 0.034 0.040 0.133 0.015 0.756 59 D 0.213 0.070 0.015 0.054 0.049 0.096 0.135 0.369 60 P 0.247 0.088 0.006 0.011 0.018 0.081 0.074 0.476 61 P 0.061 0.070 0.011 0.047 0.052 0.090 0.044 0.624 62 E 0.048 0.033 0.023 0.046 0.137 0.091 0.114 0.508 63 M 0.046 0.017 0.032 0.099 0.083 0.115 0.104 0.503 64 K 0.026 0.019 0.044 0.235 0.266 0.060 0.042 0.307 65 Y 0.035 0.017 0.019 0.078 0.120 0.071 0.055 0.606 66 T 0.017 0.014 0.035 0.126 0.114 0.087 0.048 0.558 67 N 0.053 0.043 0.027 0.106 0.187 0.064 0.120 0.401 68 V 0.047 0.013 0.014 0.047 0.060 0.078 0.046 0.694 69 K 0.014 0.013 0.061 0.304 0.204 0.051 0.033 0.320 70 K 0.007 0.009 0.027 0.047 0.212 0.046 0.042 0.609 71 V 0.012 0.005 0.043 0.281 0.102 0.072 0.029 0.455 72 K 0.010 0.008 0.141 0.205 0.299 0.042 0.040 0.256 73 I 0.011 0.006 0.050 0.066 0.082 0.076 0.056 0.654 74 K 0.009 0.010 0.229 0.216 0.189 0.053 0.034 0.259 75 K 0.005 0.007 0.136 0.074 0.340 0.045 0.027 0.365 76 V 0.006 0.004 0.170 0.284 0.156 0.046 0.079 0.254 77 Y 0.005 0.009 0.223 0.182 0.289 0.037 0.046 0.208 78 F 0.018 0.009 0.105 0.136 0.173 0.080 0.066 0.412 79 E 0.006 0.002 0.196 0.173 0.199 0.048 0.061 0.314 80 T 0.211 0.012 0.042 0.061 0.084 0.066 0.160 0.364 81 L 0.242 0.005 0.022 0.018 0.019 0.096 0.056 0.542 82 D 0.017 0.004 0.037 0.033 0.052 0.135 0.026 0.697 83 N 0.008 0.004 0.038 0.015 0.081 0.122 0.047 0.684 84 V 0.008 0.004 0.083 0.183 0.128 0.137 0.070 0.388 85 R 0.003 0.008 0.281 0.165 0.269 0.038 0.055 0.181 86 V 0.007 0.012 0.209 0.114 0.151 0.055 0.087 0.364 87 V 0.010 0.008 0.384 0.114 0.098 0.059 0.079 0.248 88 T 0.014 0.052 0.319 0.062 0.100 0.076 0.102 0.276 89 D 0.037 0.636 0.028 0.007 0.009 0.031 0.109 0.143 90 Y 0.033 0.823 0.009 0.002 0.002 0.014 0.049 0.068 91 S 0.011 0.889 0.002 0.002 0.002 0.009 0.050 0.036 92 E 0.005 0.933 0.002 0.001 0.001 0.004 0.038 0.016 93 F 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 94 Q 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 95 K 0.009 0.948 0.002 0.001 0.002 0.003 0.011 0.023 96 I 0.028 0.794 0.024 0.007 0.010 0.011 0.065 0.062 97 L 0.157 0.212 0.102 0.015 0.013 0.040 0.317 0.143 98 K 0.284 0.063 0.021 0.008 0.009 0.059 0.094 0.461 99 K 0.049 0.026 0.009 0.003 0.004 0.074 0.028 0.806 100 R 0.033 0.062 0.015 0.005 0.008 0.123 0.027 0.726 101 G 0.058 0.082 0.016 0.009 0.018 0.095 0.047 0.676 102 T 0.060 0.120 0.029 0.033 0.035 0.088 0.065 0.571 103 K 0.079 0.193 0.049 0.023 0.047 0.079 0.069 0.461 104 L 0.128 0.175 0.056 0.027 0.040 0.084 0.082 0.410 105 E 0.085 0.132 0.081 0.036 0.070 0.084 0.079 0.432 106 H 0.087 0.089 0.042 0.033 0.058 0.081 0.075 0.534 107 H 0.141 0.038 0.057 0.038 0.051 0.094 0.096 0.486 108 H 0.112 0.012 0.030 0.028 0.038 0.106 0.043 0.630 109 H 0.064 0.005 0.019 0.020 0.033 0.105 0.030 0.725 110 H 0.034 0.004 0.018 0.013 0.024 0.128 0.037 0.741 111 H 0.036 0.006 0.024 0.018 0.027 0.138 0.050 0.701