# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.050 0.016 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.010 0.096 0.724 2 N 0.026 0.063 0.005 0.001 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.008 0.098 0.707 3 S 0.018 0.042 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.065 0.832 4 E 0.019 0.090 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.313 0.558 5 V 0.052 0.377 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.188 0.359 6 I 0.019 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.018 0.089 7 K 0.005 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.059 8 E 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.031 9 F 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 10 L 0.042 0.920 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.019 11 E 0.023 0.908 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.042 12 D 0.090 0.726 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.003 0.085 13 I 0.127 0.712 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.003 0.087 14 G 0.066 0.388 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.069 0.401 15 E 0.049 0.189 0.166 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.045 0.499 16 D 0.185 0.182 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.031 0.142 0.379 17 Y 0.240 0.163 0.034 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.090 0.020 0.123 0.314 18 I 0.036 0.174 0.006 0.006 0.006 0.007 0.008 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.010 0.002 0.001 0.549 0.007 0.035 0.117 19 E 0.031 0.178 0.009 0.001 0.004 0.004 0.008 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.332 0.009 0.067 0.337 20 L 0.033 0.154 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.512 0.010 0.028 0.156 21 E 0.037 0.168 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.277 0.018 0.078 0.397 22 N 0.086 0.080 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.172 0.061 0.109 0.472 23 E 0.260 0.040 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.066 0.133 0.311 24 I 0.079 0.066 0.016 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.342 0.013 0.104 0.358 25 H 0.063 0.052 0.009 0.004 0.057 0.020 0.027 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.281 0.015 0.069 0.384 26 L 0.047 0.054 0.012 0.002 0.005 0.022 0.011 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.196 0.014 0.057 0.557 27 K 0.040 0.029 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.008 0.112 0.593 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 E 0.053 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.010 0.127 0.550 30 V 0.142 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.008 0.083 0.477 31 F 0.088 0.089 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.006 0.050 0.309 32 Y 0.024 0.151 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.499 0.004 0.100 0.206 33 E 0.024 0.162 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.590 0.004 0.036 0.170 34 V 0.015 0.391 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.338 0.005 0.035 0.202 35 W 0.021 0.390 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.002 0.368 0.011 0.036 0.141 36 K 0.042 0.442 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.285 0.015 0.045 0.150 37 Y 0.082 0.433 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.027 0.021 0.208 38 V 0.096 0.431 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.124 0.041 0.027 0.259 39 G 0.105 0.183 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.081 0.056 0.466 40 E 0.113 0.087 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.039 0.122 0.464 41 P 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 42 E 0.062 0.048 0.004 0.001 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.010 0.140 0.659 43 L 0.291 0.095 0.007 0.002 0.004 0.003 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.016 0.057 0.386 44 K 0.179 0.165 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.009 0.044 0.221 45 T 0.072 0.165 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.013 0.051 0.379 46 Y 0.063 0.072 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.703 0.009 0.019 0.116 47 V 0.026 0.091 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.546 0.006 0.084 0.225 48 I 0.009 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.819 0.004 0.016 0.092 49 E 0.017 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.622 0.008 0.055 0.230 50 D 0.051 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.553 0.015 0.040 0.290 51 E 0.090 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.002 0.295 0.016 0.096 0.442 52 I 0.053 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.011 0.006 0.003 0.328 0.014 0.097 0.425 53 V 0.033 0.044 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.513 0.013 0.077 0.295 54 E 0.026 0.041 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.130 0.007 0.117 0.622 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.992 56 G 0.024 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.011 0.169 0.616 57 E 0.245 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.061 0.639 58 Y 0.082 0.024 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.006 0.100 0.706 59 D 0.081 0.021 0.012 0.002 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.018 0.093 0.589 60 P 0.056 0.018 0.008 0.001 0.004 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.003 0.077 0.746 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 62 E 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.125 0.008 0.080 0.712 63 M 0.414 0.030 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.164 0.012 0.036 0.319 64 K 0.197 0.059 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.005 0.003 0.001 0.280 0.011 0.049 0.368 65 Y 0.115 0.069 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.008 0.007 0.003 0.001 0.005 0.004 0.003 0.002 0.191 0.015 0.058 0.502 66 T 0.091 0.062 0.007 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.012 0.004 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.271 0.013 0.118 0.390 67 N 0.037 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.012 0.091 0.727 68 V 0.065 0.051 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.020 0.119 0.578 69 K 0.072 0.025 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.017 0.243 0.296 70 K 0.063 0.028 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.010 0.097 0.670 71 V 0.062 0.036 0.011 0.005 0.016 0.012 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.467 0.019 0.048 0.297 72 K 0.030 0.014 0.004 0.001 0.003 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.488 0.006 0.105 0.328 73 I 0.008 0.014 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.325 0.003 0.053 0.581 74 K 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.004 0.027 0.095 75 K 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.003 0.091 0.511 76 V 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.832 0.004 0.015 0.116 77 Y 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.009 0.005 0.709 0.003 0.055 0.177 78 F 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.114 0.152 0.075 0.030 0.315 0.003 0.045 0.234 79 E 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.008 0.083 0.070 0.009 0.004 0.579 0.003 0.039 0.169 80 T 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.167 0.160 0.009 0.054 0.012 0.003 0.003 0.112 0.007 0.045 0.308 81 L 0.048 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.053 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.272 0.009 0.069 0.381 82 D 0.014 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.011 0.309 0.510 83 N 0.174 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.082 0.123 0.570 84 V 0.094 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.030 0.279 0.433 85 R 0.085 0.006 0.032 0.004 0.061 0.011 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.021 0.231 0.231 86 V 0.014 0.009 0.003 0.001 0.046 0.225 0.020 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.003 0.074 0.402 87 V 0.007 0.008 0.003 0.002 0.063 0.058 0.098 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.534 0.004 0.041 0.146 88 T 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.003 0.124 0.307 89 D 0.009 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 0.006 0.135 0.545 90 Y 0.011 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.006 0.180 0.522 91 S 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.515 0.453 92 E 0.032 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.495 0.432 93 F 0.034 0.715 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.093 0.152 94 Q 0.010 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.050 95 K 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 96 I 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 97 L 0.016 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 98 K 0.016 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.009 99 K 0.028 0.913 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.021 100 R 0.080 0.768 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.099 0.001 0.047 101 G 0.293 0.232 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.205 0.010 0.149 102 T 0.019 0.019 0.798 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.025 0.113 103 K 0.030 0.029 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.009 0.055 0.743 104 L 0.088 0.053 0.008 0.004 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.105 0.010 0.063 0.629 105 E 0.058 0.056 0.007 0.002 0.005 0.008 0.016 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.210 0.011 0.155 0.450 106 H 0.096 0.091 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.126 0.016 0.088 0.546 107 H 0.133 0.172 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.162 0.021 0.065 0.413 108 H 0.086 0.105 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.130 0.023 0.113 0.518 109 H 0.109 0.084 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.101 0.031 0.107 0.536 110 H 0.109 0.082 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.104 0.026 0.104 0.545 111 H 0.093 0.065 0.014 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.078 0.017 0.093 0.618