# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.014 0.005 0.027 0.011 0.023 0.027 0.002 0.001 0.002 0.860 2 N 0.017 0.015 0.004 0.020 0.018 0.050 0.085 0.002 0.001 0.003 0.786 3 S 0.029 0.016 0.006 0.020 0.012 0.027 0.051 0.001 0.001 0.004 0.835 4 E 0.029 0.040 0.002 0.015 0.012 0.012 0.309 0.001 0.001 0.003 0.578 5 V 0.070 0.119 0.004 0.022 0.010 0.015 0.293 0.001 0.001 0.005 0.463 6 I 0.063 0.646 0.002 0.024 0.013 0.028 0.054 0.001 0.001 0.002 0.168 7 K 0.015 0.831 0.001 0.007 0.007 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.102 8 E 0.013 0.885 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.079 9 F 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.030 10 L 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 11 E 0.035 0.882 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.015 0.001 0.001 0.049 12 D 0.148 0.708 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.042 0.001 0.001 0.082 13 I 0.201 0.634 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 0.090 14 G 0.145 0.337 0.057 0.005 0.003 0.007 0.064 0.070 0.001 0.002 0.310 15 E 0.094 0.240 0.181 0.013 0.011 0.011 0.073 0.010 0.001 0.003 0.364 16 D 0.067 0.257 0.010 0.022 0.019 0.023 0.074 0.010 0.001 0.005 0.513 17 Y 0.181 0.233 0.018 0.024 0.026 0.039 0.075 0.014 0.001 0.007 0.381 18 I 0.080 0.323 0.020 0.103 0.171 0.124 0.026 0.002 0.001 0.003 0.148 19 E 0.028 0.142 0.009 0.083 0.123 0.173 0.054 0.007 0.001 0.003 0.377 20 L 0.072 0.102 0.004 0.128 0.174 0.263 0.026 0.002 0.001 0.002 0.227 21 E 0.023 0.146 0.006 0.099 0.131 0.221 0.039 0.006 0.001 0.006 0.323 22 N 0.049 0.040 0.007 0.058 0.137 0.167 0.054 0.008 0.001 0.011 0.470 23 E 0.317 0.032 0.030 0.073 0.059 0.102 0.085 0.002 0.001 0.011 0.289 24 I 0.029 0.032 0.010 0.082 0.205 0.203 0.084 0.002 0.001 0.009 0.345 25 H 0.035 0.009 0.004 0.076 0.187 0.388 0.044 0.002 0.001 0.008 0.247 26 L 0.040 0.019 0.013 0.105 0.118 0.267 0.053 0.002 0.001 0.004 0.379 27 K 0.018 0.008 0.002 0.070 0.102 0.232 0.135 0.001 0.001 0.002 0.430 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.015 0.003 0.001 0.062 0.100 0.254 0.083 0.001 0.001 0.005 0.476 30 V 0.133 0.006 0.002 0.057 0.037 0.093 0.061 0.001 0.001 0.004 0.607 31 F 0.036 0.027 0.002 0.099 0.168 0.324 0.046 0.001 0.001 0.003 0.294 32 Y 0.014 0.035 0.003 0.078 0.281 0.328 0.039 0.001 0.001 0.002 0.220 33 E 0.013 0.071 0.001 0.065 0.152 0.226 0.068 0.001 0.001 0.002 0.403 34 V 0.047 0.061 0.001 0.063 0.193 0.259 0.035 0.001 0.001 0.001 0.340 35 W 0.014 0.184 0.002 0.047 0.213 0.275 0.027 0.001 0.001 0.006 0.231 36 K 0.065 0.140 0.005 0.041 0.227 0.249 0.044 0.003 0.001 0.003 0.223 37 Y 0.076 0.255 0.005 0.038 0.130 0.169 0.033 0.003 0.001 0.004 0.288 38 V 0.072 0.207 0.017 0.032 0.164 0.212 0.031 0.007 0.001 0.007 0.252 39 G 0.096 0.111 0.029 0.025 0.059 0.136 0.058 0.024 0.001 0.010 0.453 40 E 0.162 0.074 0.036 0.032 0.066 0.097 0.063 0.005 0.001 0.005 0.462 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 E 0.064 0.014 0.003 0.029 0.071 0.260 0.152 0.004 0.001 0.012 0.392 43 L 0.367 0.045 0.015 0.047 0.048 0.071 0.040 0.003 0.001 0.006 0.357 44 K 0.092 0.033 0.006 0.079 0.291 0.254 0.052 0.001 0.001 0.003 0.189 45 T 0.041 0.024 0.009 0.087 0.097 0.123 0.067 0.002 0.001 0.004 0.547 46 Y 0.034 0.012 0.001 0.185 0.266 0.291 0.027 0.001 0.001 0.001 0.183 47 V 0.011 0.017 0.003 0.189 0.171 0.267 0.059 0.001 0.001 0.007 0.275 48 I 0.008 0.017 0.002 0.193 0.212 0.429 0.032 0.001 0.001 0.002 0.104 49 E 0.008 0.020 0.002 0.164 0.102 0.352 0.059 0.001 0.001 0.003 0.289 50 D 0.019 0.017 0.001 0.074 0.136 0.189 0.058 0.001 0.001 0.008 0.497 51 E 0.168 0.016 0.004 0.048 0.071 0.082 0.115 0.002 0.001 0.013 0.480 52 I 0.131 0.025 0.006 0.074 0.147 0.204 0.077 0.002 0.001 0.007 0.328 53 V 0.062 0.018 0.009 0.063 0.158 0.365 0.040 0.003 0.001 0.009 0.274 54 E 0.022 0.014 0.006 0.048 0.161 0.222 0.066 0.001 0.001 0.002 0.459 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 G 0.017 0.004 0.001 0.029 0.090 0.223 0.096 0.001 0.001 0.006 0.534 57 E 0.431 0.004 0.003 0.021 0.019 0.031 0.052 0.001 0.001 0.005 0.433 58 Y 0.118 0.013 0.005 0.040 0.051 0.079 0.065 0.001 0.001 0.004 0.625 59 D 0.057 0.008 0.005 0.026 0.063 0.096 0.239 0.001 0.001 0.007 0.498 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 61 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.043 0.001 0.001 0.001 0.946 62 E 0.144 0.004 0.001 0.008 0.005 0.014 0.463 0.001 0.001 0.013 0.349 63 M 0.562 0.112 0.002 0.017 0.020 0.028 0.035 0.001 0.001 0.005 0.218 64 K 0.133 0.225 0.008 0.029 0.092 0.087 0.105 0.003 0.001 0.005 0.313 65 Y 0.135 0.158 0.016 0.036 0.047 0.075 0.048 0.003 0.001 0.006 0.476 66 T 0.095 0.133 0.005 0.050 0.169 0.161 0.062 0.005 0.001 0.004 0.315 67 N 0.054 0.049 0.005 0.023 0.053 0.109 0.076 0.007 0.001 0.007 0.617 68 V 0.070 0.081 0.016 0.063 0.084 0.146 0.049 0.004 0.001 0.004 0.484 69 K 0.040 0.062 0.007 0.051 0.161 0.206 0.152 0.005 0.001 0.006 0.311 70 K 0.096 0.056 0.004 0.044 0.042 0.092 0.069 0.007 0.001 0.008 0.582 71 V 0.182 0.036 0.002 0.066 0.214 0.253 0.011 0.001 0.001 0.001 0.235 72 K 0.017 0.026 0.004 0.074 0.224 0.354 0.036 0.003 0.001 0.008 0.255 73 I 0.012 0.019 0.011 0.077 0.172 0.217 0.024 0.001 0.001 0.001 0.467 74 K 0.005 0.007 0.001 0.102 0.302 0.488 0.026 0.001 0.001 0.001 0.068 75 K 0.023 0.010 0.002 0.090 0.104 0.172 0.048 0.002 0.001 0.005 0.544 76 V 0.034 0.011 0.001 0.167 0.243 0.283 0.032 0.001 0.001 0.001 0.229 77 Y 0.013 0.012 0.002 0.228 0.202 0.360 0.026 0.001 0.001 0.007 0.149 78 F 0.010 0.019 0.004 0.135 0.311 0.331 0.022 0.001 0.001 0.002 0.165 79 E 0.006 0.009 0.001 0.111 0.254 0.392 0.060 0.001 0.001 0.002 0.166 80 T 0.024 0.009 0.001 0.059 0.111 0.199 0.095 0.001 0.001 0.008 0.494 81 L 0.050 0.024 0.002 0.067 0.143 0.166 0.128 0.002 0.001 0.010 0.409 82 D 0.061 0.016 0.003 0.035 0.056 0.057 0.179 0.003 0.001 0.023 0.566 83 N 0.221 0.008 0.011 0.043 0.021 0.032 0.162 0.003 0.001 0.035 0.465 84 V 0.222 0.009 0.028 0.041 0.036 0.035 0.230 0.002 0.001 0.024 0.374 85 R 0.024 0.008 0.010 0.160 0.220 0.153 0.192 0.001 0.001 0.018 0.214 86 V 0.007 0.005 0.002 0.101 0.086 0.136 0.072 0.001 0.001 0.002 0.588 87 V 0.017 0.006 0.001 0.264 0.125 0.372 0.034 0.001 0.001 0.002 0.181 88 T 0.007 0.012 0.002 0.254 0.119 0.198 0.095 0.001 0.001 0.005 0.307 89 D 0.012 0.011 0.002 0.090 0.079 0.130 0.187 0.001 0.001 0.005 0.483 90 Y 0.019 0.015 0.003 0.066 0.017 0.068 0.332 0.001 0.001 0.006 0.474 91 S 0.011 0.011 0.001 0.006 0.007 0.011 0.520 0.001 0.001 0.006 0.428 92 E 0.037 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.371 0.001 0.001 0.004 0.564 93 F 0.036 0.284 0.001 0.003 0.001 0.002 0.353 0.001 0.001 0.002 0.316 94 Q 0.023 0.759 0.001 0.002 0.002 0.003 0.060 0.001 0.001 0.001 0.148 95 K 0.007 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.053 96 I 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 97 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 98 K 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 99 K 0.020 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.014 100 R 0.112 0.758 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.070 0.001 0.001 0.049 101 G 0.305 0.291 0.086 0.003 0.004 0.004 0.010 0.113 0.001 0.004 0.179 102 T 0.120 0.062 0.642 0.008 0.007 0.005 0.028 0.006 0.001 0.003 0.120 103 K 0.031 0.040 0.026 0.029 0.021 0.025 0.063 0.005 0.001 0.004 0.757 104 L 0.054 0.066 0.026 0.070 0.080 0.125 0.079 0.003 0.001 0.008 0.488 105 E 0.045 0.089 0.005 0.073 0.062 0.096 0.141 0.003 0.001 0.004 0.482 106 H 0.098 0.086 0.004 0.054 0.051 0.079 0.085 0.003 0.001 0.005 0.535 107 H 0.112 0.125 0.004 0.055 0.049 0.081 0.073 0.004 0.001 0.006 0.491 108 H 0.081 0.093 0.010 0.042 0.042 0.069 0.084 0.006 0.001 0.008 0.565 109 H 0.102 0.090 0.012 0.047 0.043 0.080 0.086 0.006 0.001 0.008 0.525 110 H 0.112 0.074 0.016 0.039 0.049 0.105 0.091 0.006 0.001 0.009 0.500 111 H 0.086 0.056 0.009 0.031 0.042 0.074 0.067 0.004 0.001 0.008 0.624