# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.232 0.218 0.216 0.167 0.054 0.058 0.022 0.004 0.023 0.005 0.001 2 N 0.226 0.095 0.288 0.080 0.062 0.135 0.049 0.004 0.049 0.012 0.001 3 S 0.971 0.002 0.013 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.981 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 F 0.962 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.901 0.003 0.006 0.075 0.004 0.002 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 13 I 0.403 0.016 0.055 0.496 0.003 0.005 0.014 0.001 0.006 0.001 0.001 14 G 0.152 0.010 0.046 0.040 0.027 0.013 0.245 0.295 0.007 0.165 0.001 15 E 0.620 0.043 0.189 0.109 0.011 0.012 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 16 D 0.306 0.050 0.095 0.434 0.025 0.025 0.051 0.004 0.007 0.002 0.001 17 Y 0.152 0.397 0.095 0.129 0.147 0.020 0.029 0.004 0.025 0.001 0.001 18 I 0.034 0.746 0.153 0.008 0.023 0.025 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 19 E 0.017 0.523 0.318 0.005 0.006 0.126 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 L 0.059 0.507 0.254 0.012 0.021 0.071 0.002 0.001 0.072 0.001 0.001 21 E 0.335 0.112 0.285 0.116 0.036 0.020 0.063 0.001 0.026 0.004 0.003 22 N 0.043 0.014 0.023 0.066 0.082 0.011 0.288 0.365 0.005 0.103 0.001 23 E 0.079 0.260 0.466 0.079 0.049 0.022 0.021 0.003 0.015 0.002 0.003 24 I 0.059 0.573 0.274 0.038 0.015 0.020 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 25 H 0.054 0.394 0.352 0.037 0.063 0.063 0.010 0.001 0.021 0.001 0.003 26 L 0.137 0.335 0.301 0.094 0.055 0.040 0.007 0.002 0.023 0.002 0.005 27 K 0.023 0.281 0.426 0.005 0.044 0.016 0.006 0.001 0.196 0.003 0.001 28 P 0.352 0.004 0.577 0.008 0.004 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 29 E 0.441 0.185 0.184 0.079 0.053 0.033 0.006 0.006 0.010 0.001 0.001 30 V 0.341 0.406 0.165 0.034 0.025 0.019 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 31 F 0.517 0.315 0.074 0.032 0.036 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 32 Y 0.479 0.245 0.066 0.022 0.155 0.009 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 33 E 0.502 0.228 0.119 0.046 0.063 0.029 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 34 V 0.601 0.306 0.040 0.017 0.019 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 W 0.654 0.168 0.099 0.029 0.015 0.024 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 36 K 0.588 0.172 0.071 0.068 0.054 0.014 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 37 Y 0.356 0.177 0.183 0.099 0.064 0.042 0.016 0.001 0.060 0.002 0.001 38 V 0.324 0.166 0.221 0.214 0.022 0.009 0.025 0.001 0.015 0.002 0.001 39 G 0.044 0.012 0.035 0.042 0.096 0.007 0.065 0.442 0.002 0.256 0.001 40 E 0.058 0.208 0.580 0.015 0.046 0.013 0.006 0.001 0.070 0.004 0.001 41 P 0.261 0.014 0.653 0.021 0.004 0.026 0.002 0.001 0.003 0.001 0.015 42 E 0.237 0.218 0.286 0.099 0.054 0.053 0.012 0.004 0.034 0.001 0.001 43 L 0.141 0.313 0.396 0.046 0.052 0.022 0.005 0.001 0.021 0.001 0.003 44 K 0.123 0.354 0.338 0.051 0.063 0.036 0.011 0.001 0.020 0.001 0.002 45 T 0.069 0.644 0.142 0.033 0.080 0.013 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 46 Y 0.025 0.686 0.103 0.012 0.141 0.015 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 47 V 0.017 0.760 0.145 0.005 0.022 0.041 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 48 I 0.043 0.479 0.325 0.013 0.032 0.085 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 49 E 0.204 0.302 0.265 0.066 0.061 0.048 0.021 0.001 0.028 0.002 0.002 50 D 0.166 0.175 0.124 0.193 0.161 0.030 0.104 0.015 0.020 0.010 0.001 51 E 0.133 0.357 0.211 0.099 0.104 0.022 0.034 0.008 0.026 0.005 0.001 52 I 0.101 0.421 0.332 0.057 0.022 0.045 0.007 0.001 0.010 0.001 0.005 53 V 0.116 0.504 0.254 0.036 0.026 0.037 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 54 E 0.018 0.244 0.528 0.005 0.019 0.028 0.004 0.001 0.150 0.002 0.002 55 P 0.147 0.006 0.733 0.024 0.004 0.008 0.005 0.001 0.005 0.002 0.065 56 G 0.019 0.007 0.045 0.015 0.037 0.008 0.027 0.721 0.002 0.118 0.001 57 E 0.159 0.219 0.408 0.126 0.037 0.028 0.005 0.001 0.013 0.002 0.003 58 Y 0.088 0.340 0.323 0.121 0.036 0.055 0.010 0.003 0.018 0.005 0.002 59 D 0.015 0.122 0.594 0.010 0.033 0.055 0.010 0.001 0.143 0.015 0.003 60 P 0.514 0.002 0.379 0.008 0.005 0.007 0.001 0.001 0.012 0.013 0.060 61 P 0.936 0.001 0.035 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 62 E 0.567 0.021 0.045 0.329 0.005 0.014 0.009 0.004 0.005 0.001 0.001 63 M 0.354 0.172 0.250 0.139 0.018 0.020 0.017 0.002 0.027 0.001 0.001 64 K 0.300 0.324 0.234 0.062 0.017 0.035 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 65 Y 0.314 0.261 0.169 0.121 0.046 0.045 0.012 0.001 0.028 0.002 0.001 66 T 0.311 0.205 0.171 0.188 0.059 0.018 0.019 0.003 0.020 0.004 0.001 67 N 0.164 0.130 0.196 0.142 0.116 0.064 0.123 0.020 0.030 0.015 0.001 68 V 0.246 0.333 0.249 0.086 0.033 0.024 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 69 K 0.274 0.336 0.256 0.055 0.035 0.020 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 70 K 0.106 0.407 0.296 0.054 0.054 0.051 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 71 V 0.028 0.731 0.158 0.011 0.040 0.013 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 72 K 0.028 0.529 0.321 0.011 0.038 0.056 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 73 I 0.093 0.479 0.292 0.020 0.045 0.044 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 74 K 0.237 0.400 0.208 0.022 0.083 0.015 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 75 K 0.119 0.382 0.297 0.030 0.091 0.055 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 76 V 0.058 0.749 0.130 0.010 0.024 0.017 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 77 Y 0.096 0.636 0.167 0.013 0.042 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 F 0.123 0.531 0.103 0.021 0.154 0.021 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 79 E 0.298 0.347 0.179 0.048 0.076 0.026 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 80 T 0.211 0.357 0.229 0.078 0.057 0.030 0.007 0.001 0.028 0.002 0.001 81 L 0.465 0.217 0.142 0.075 0.033 0.022 0.014 0.001 0.025 0.003 0.002 82 D 0.184 0.034 0.129 0.379 0.021 0.021 0.213 0.005 0.008 0.005 0.001 83 N 0.052 0.022 0.039 0.125 0.051 0.014 0.264 0.395 0.006 0.033 0.001 84 V 0.045 0.452 0.432 0.018 0.024 0.009 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 85 R 0.041 0.378 0.449 0.015 0.020 0.081 0.003 0.001 0.011 0.001 0.002 86 V 0.032 0.714 0.169 0.012 0.027 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 87 V 0.119 0.516 0.191 0.033 0.068 0.039 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 88 T 0.138 0.282 0.167 0.060 0.192 0.064 0.030 0.004 0.056 0.006 0.001 89 D 0.223 0.146 0.259 0.138 0.073 0.102 0.026 0.003 0.026 0.004 0.001 90 Y 0.597 0.122 0.091 0.106 0.031 0.026 0.008 0.002 0.014 0.003 0.001 91 S 0.928 0.008 0.021 0.021 0.006 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 92 E 0.955 0.003 0.006 0.030 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.930 0.010 0.005 0.048 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 Q 0.992 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.986 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.979 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 K 0.967 0.006 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.890 0.012 0.021 0.060 0.005 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 100 R 0.227 0.016 0.083 0.607 0.004 0.005 0.051 0.001 0.006 0.001 0.001 101 G 0.021 0.002 0.016 0.008 0.012 0.003 0.147 0.687 0.001 0.104 0.001 102 T 0.236 0.186 0.415 0.093 0.028 0.024 0.007 0.001 0.008 0.002 0.001 103 K 0.199 0.186 0.358 0.097 0.042 0.066 0.017 0.002 0.028 0.004 0.001 104 L 0.262 0.285 0.281 0.064 0.038 0.038 0.007 0.001 0.022 0.001 0.002 105 E 0.349 0.246 0.210 0.083 0.045 0.033 0.009 0.001 0.021 0.001 0.002 106 H 0.234 0.244 0.186 0.149 0.079 0.040 0.023 0.005 0.035 0.004 0.001 107 H 0.230 0.213 0.199 0.166 0.068 0.036 0.039 0.007 0.034 0.006 0.001 108 H 0.245 0.205 0.180 0.186 0.061 0.040 0.042 0.007 0.027 0.007 0.001 109 H 0.225 0.203 0.187 0.208 0.054 0.041 0.040 0.007 0.026 0.006 0.001 110 H 0.194 0.205 0.208 0.211 0.057 0.043 0.039 0.008 0.027 0.007 0.001 111 H 0.174 0.225 0.233 0.153 0.070 0.050 0.042 0.009 0.036 0.008 0.002