# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.246 0.121 0.033 0.113 0.030 0.037 0.189 0.060 0.092 0.035 2 N 0.072 0.126 0.059 0.018 0.110 0.011 0.017 0.342 0.101 0.088 0.054 3 S 0.009 0.030 0.010 0.003 0.015 0.003 0.006 0.777 0.128 0.012 0.006 4 E 0.004 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.915 0.044 0.007 0.002 5 V 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.940 0.027 0.015 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.038 0.005 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.056 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.955 0.033 0.004 0.001 9 F 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.842 0.108 0.031 0.001 10 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.666 0.303 0.016 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.685 0.262 0.009 0.001 12 D 0.011 0.016 0.013 0.001 0.014 0.002 0.255 0.452 0.118 0.113 0.005 13 I 0.034 0.366 0.127 0.005 0.084 0.011 0.026 0.128 0.061 0.133 0.024 14 G 0.073 0.102 0.085 0.034 0.086 0.020 0.028 0.210 0.106 0.163 0.094 15 E 0.036 0.045 0.023 0.007 0.054 0.010 0.060 0.435 0.253 0.058 0.020 16 D 0.035 0.084 0.043 0.014 0.077 0.028 0.101 0.294 0.151 0.140 0.034 17 Y 0.200 0.119 0.020 0.004 0.274 0.006 0.020 0.181 0.071 0.057 0.048 18 I 0.131 0.176 0.018 0.003 0.556 0.007 0.013 0.066 0.012 0.008 0.009 19 E 0.331 0.085 0.014 0.002 0.466 0.003 0.008 0.037 0.006 0.013 0.035 20 L 0.323 0.062 0.016 0.009 0.216 0.019 0.027 0.088 0.041 0.034 0.166 21 E 0.023 0.085 0.026 0.175 0.039 0.288 0.282 0.043 0.013 0.012 0.014 22 N 0.048 0.040 0.063 0.196 0.051 0.053 0.018 0.033 0.027 0.352 0.120 23 E 0.156 0.182 0.036 0.005 0.492 0.005 0.011 0.025 0.026 0.036 0.026 24 I 0.231 0.132 0.019 0.005 0.516 0.009 0.013 0.016 0.014 0.015 0.030 25 H 0.212 0.162 0.044 0.013 0.385 0.016 0.019 0.023 0.011 0.033 0.082 26 L 0.176 0.179 0.067 0.025 0.282 0.030 0.036 0.037 0.025 0.076 0.068 27 K 0.088 0.345 0.214 0.024 0.221 0.009 0.010 0.027 0.017 0.021 0.024 28 P 0.044 0.135 0.048 0.009 0.084 0.013 0.034 0.361 0.239 0.018 0.017 29 E 0.083 0.057 0.015 0.005 0.109 0.012 0.032 0.437 0.175 0.052 0.023 30 V 0.085 0.139 0.007 0.001 0.144 0.003 0.010 0.451 0.070 0.069 0.021 31 F 0.064 0.028 0.003 0.004 0.071 0.007 0.015 0.655 0.052 0.065 0.037 32 Y 0.054 0.060 0.017 0.011 0.105 0.013 0.020 0.597 0.097 0.011 0.015 33 E 0.093 0.042 0.005 0.001 0.104 0.004 0.012 0.655 0.040 0.030 0.013 34 V 0.092 0.079 0.005 0.001 0.086 0.003 0.012 0.595 0.073 0.032 0.022 35 W 0.085 0.036 0.004 0.003 0.108 0.014 0.050 0.556 0.104 0.021 0.018 36 K 0.042 0.052 0.013 0.005 0.081 0.009 0.035 0.607 0.112 0.029 0.014 37 Y 0.100 0.045 0.021 0.007 0.120 0.013 0.107 0.326 0.089 0.121 0.051 38 V 0.061 0.209 0.101 0.060 0.113 0.057 0.088 0.114 0.044 0.105 0.048 39 G 0.037 0.058 0.084 0.247 0.043 0.092 0.054 0.042 0.031 0.245 0.066 40 E 0.093 0.299 0.234 0.026 0.247 0.006 0.007 0.020 0.020 0.031 0.017 41 P 0.071 0.213 0.067 0.010 0.183 0.017 0.059 0.141 0.202 0.021 0.015 42 E 0.129 0.125 0.026 0.007 0.193 0.015 0.066 0.150 0.122 0.103 0.064 43 L 0.316 0.071 0.011 0.003 0.323 0.008 0.026 0.072 0.058 0.038 0.075 44 K 0.137 0.100 0.039 0.028 0.257 0.075 0.097 0.118 0.048 0.042 0.058 45 T 0.194 0.193 0.035 0.008 0.417 0.012 0.016 0.042 0.014 0.037 0.033 46 Y 0.170 0.118 0.010 0.001 0.666 0.002 0.004 0.011 0.004 0.006 0.008 47 V 0.296 0.076 0.007 0.001 0.572 0.002 0.004 0.010 0.003 0.007 0.022 48 I 0.202 0.208 0.051 0.017 0.335 0.021 0.020 0.032 0.017 0.021 0.076 49 E 0.153 0.115 0.043 0.044 0.199 0.059 0.092 0.088 0.065 0.063 0.077 50 D 0.075 0.150 0.100 0.062 0.144 0.041 0.043 0.079 0.097 0.160 0.050 51 E 0.101 0.264 0.066 0.008 0.314 0.010 0.026 0.052 0.057 0.064 0.037 52 I 0.270 0.103 0.020 0.003 0.420 0.005 0.022 0.032 0.032 0.041 0.054 53 V 0.113 0.265 0.146 0.056 0.190 0.051 0.043 0.017 0.014 0.046 0.059 54 E 0.057 0.329 0.363 0.048 0.132 0.014 0.010 0.011 0.007 0.011 0.019 55 P 0.060 0.101 0.047 0.044 0.077 0.043 0.111 0.154 0.230 0.095 0.038 56 G 0.029 0.129 0.124 0.110 0.072 0.040 0.031 0.066 0.086 0.271 0.041 57 E 0.144 0.124 0.044 0.011 0.282 0.011 0.023 0.088 0.089 0.118 0.066 58 Y 0.096 0.139 0.073 0.031 0.187 0.034 0.062 0.120 0.077 0.127 0.054 59 D 0.122 0.246 0.106 0.021 0.326 0.017 0.019 0.032 0.019 0.062 0.029 60 P 0.120 0.236 0.097 0.013 0.291 0.009 0.010 0.093 0.077 0.026 0.026 61 P 0.034 0.073 0.029 0.007 0.063 0.017 0.057 0.390 0.287 0.027 0.016 62 E 0.097 0.071 0.019 0.005 0.113 0.010 0.056 0.239 0.135 0.194 0.061 63 M 0.142 0.247 0.038 0.005 0.278 0.011 0.019 0.129 0.050 0.044 0.036 64 K 0.112 0.123 0.041 0.017 0.207 0.032 0.060 0.195 0.074 0.081 0.058 65 Y 0.267 0.062 0.022 0.013 0.232 0.012 0.020 0.112 0.058 0.126 0.077 66 T 0.030 0.273 0.159 0.059 0.111 0.073 0.085 0.117 0.045 0.032 0.016 67 N 0.136 0.093 0.052 0.017 0.174 0.014 0.035 0.121 0.068 0.182 0.109 68 V 0.300 0.066 0.012 0.004 0.262 0.008 0.031 0.083 0.115 0.041 0.079 69 K 0.060 0.198 0.073 0.029 0.215 0.118 0.124 0.096 0.039 0.026 0.021 70 K 0.343 0.073 0.010 0.004 0.403 0.005 0.012 0.043 0.016 0.038 0.054 71 V 0.201 0.121 0.024 0.003 0.550 0.009 0.021 0.024 0.018 0.008 0.020 72 K 0.215 0.114 0.015 0.004 0.475 0.011 0.021 0.032 0.010 0.023 0.079 73 I 0.512 0.037 0.004 0.002 0.256 0.004 0.017 0.021 0.025 0.015 0.108 74 K 0.066 0.145 0.052 0.048 0.234 0.172 0.153 0.064 0.022 0.018 0.025 75 K 0.291 0.093 0.012 0.003 0.509 0.004 0.007 0.027 0.007 0.021 0.025 76 V 0.220 0.094 0.010 0.002 0.584 0.004 0.011 0.027 0.014 0.011 0.023 77 Y 0.263 0.086 0.015 0.006 0.458 0.013 0.017 0.039 0.014 0.024 0.065 78 F 0.221 0.143 0.030 0.010 0.357 0.013 0.016 0.072 0.028 0.037 0.072 79 E 0.137 0.197 0.058 0.014 0.340 0.020 0.044 0.088 0.031 0.038 0.032 80 T 0.232 0.141 0.081 0.008 0.249 0.008 0.026 0.084 0.036 0.077 0.058 81 L 0.107 0.082 0.073 0.098 0.115 0.092 0.044 0.180 0.084 0.064 0.061 82 D 0.014 0.234 0.088 0.136 0.040 0.135 0.257 0.053 0.021 0.015 0.006 83 N 0.035 0.019 0.029 0.068 0.024 0.014 0.007 0.014 0.018 0.550 0.222 84 V 0.144 0.306 0.037 0.003 0.418 0.005 0.013 0.017 0.021 0.012 0.022 85 R 0.202 0.142 0.011 0.004 0.598 0.007 0.008 0.008 0.003 0.004 0.013 86 V 0.307 0.081 0.007 0.002 0.545 0.003 0.004 0.008 0.004 0.007 0.031 87 V 0.317 0.062 0.014 0.007 0.425 0.016 0.013 0.019 0.011 0.030 0.088 88 T 0.084 0.316 0.141 0.056 0.208 0.043 0.036 0.041 0.014 0.025 0.037 89 D 0.144 0.180 0.092 0.018 0.232 0.014 0.025 0.075 0.046 0.111 0.065 90 Y 0.052 0.123 0.040 0.011 0.093 0.010 0.014 0.280 0.244 0.099 0.033 91 S 0.008 0.089 0.038 0.009 0.024 0.013 0.034 0.612 0.148 0.018 0.007 92 E 0.006 0.013 0.004 0.001 0.007 0.002 0.011 0.788 0.122 0.039 0.007 93 F 0.007 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.849 0.097 0.021 0.004 94 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.927 0.055 0.003 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.032 0.003 0.001 96 I 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.930 0.045 0.012 0.001 97 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.896 0.072 0.015 0.001 98 K 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.816 0.133 0.009 0.001 99 K 0.009 0.020 0.021 0.005 0.012 0.010 0.122 0.650 0.098 0.049 0.004 100 R 0.012 0.485 0.134 0.027 0.041 0.025 0.071 0.101 0.035 0.053 0.015 101 G 0.042 0.023 0.021 0.041 0.027 0.014 0.009 0.041 0.036 0.480 0.266 102 T 0.055 0.437 0.108 0.013 0.190 0.009 0.017 0.083 0.032 0.037 0.020 103 K 0.194 0.161 0.034 0.011 0.310 0.010 0.030 0.102 0.046 0.054 0.050 104 L 0.175 0.136 0.037 0.011 0.248 0.018 0.033 0.155 0.090 0.047 0.049 105 E 0.097 0.116 0.046 0.025 0.165 0.045 0.073 0.235 0.088 0.064 0.047 106 H 0.135 0.124 0.052 0.017 0.175 0.017 0.041 0.181 0.082 0.122 0.054 107 H 0.089 0.132 0.061 0.025 0.156 0.026 0.049 0.181 0.107 0.119 0.055 108 H 0.104 0.127 0.060 0.025 0.160 0.025 0.046 0.175 0.105 0.119 0.053 109 H 0.098 0.142 0.068 0.025 0.162 0.023 0.051 0.164 0.095 0.120 0.051 110 H 0.103 0.148 0.080 0.029 0.170 0.028 0.048 0.132 0.083 0.124 0.054 111 H 0.115 0.190 0.095 0.025 0.215 0.021 0.032 0.103 0.065 0.091 0.049